23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 1467
| Base Pair (1467:1525)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
9.0* |
13.3* |
25.8* |
0.3* |
0.7 |
1.3 |
1.6 |
-- |
1.0 |
-- |
0.1 |
-- |
1.4 |
1.0 |
0.3 |
0.7 |
43.2 | 860 |
| 3 |
6.4* |
23.3* |
40.9* |
0.4* |
0.2 |
2.3 |
2.9 |
-- |
1.7 |
-- |
0.2 |
-- |
2.1 |
0.8 |
0.4 |
0.8 |
17.5 | 484 |
| B |
11.4* |
42.8* |
19.7* |
0.8* |
0.4 |
3.0 |
5.3 |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
1.5 |
-- |
1.1 |
9.5 | 264 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
12.2 |
-- |
-- |
-- |
87.7 | 41 |
| C |
46.0* |
-- |
24.0* |
1.0 |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
5.0 |
1.0 |
2.0 |
13.0 | 100 |
| E |
0.6* |
2.2* |
78.8* |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
1.1 |
0.6 |
13.4 | 179 |
| M |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.7 | 276 |
| |
| Base Pair (1468:1524)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.1* |
10.6 |
3.7 |
2.6 |
1.0 |
10.8* |
4.5* |
0.5 |
8.4 |
0.2 |
0.2 |
1.3* |
4.4 |
2.9 |
0.2 |
4.1 |
37.4 | 861 |
| 3 |
3.1* |
18.8* |
6.0 |
4.1 |
1.0 |
18.6 |
8.0* |
0.6 |
14.6 |
0.2 |
-- |
1.0 |
6.4 |
5.2 |
0.2 |
4.7* |
7.3 | 485 |
| B |
5.7* |
29.9* |
10.2* |
1.5* |
0.8 |
27.7 |
3.4 |
0.4 |
2.7 |
0.4 |
-- |
1.1 |
3.0 |
1.9 |
0.4 |
2.3 |
8.7 | 264 |
| A |
-- |
29.3* |
-- |
2.4 |
4.9 |
2.4 |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
2.4 |
-- |
-- |
41.5* |
9.7 | 41 |
| C |
46.0* |
-- |
3.0 |
2.0 |
3.0 |
3.0 |
-- |
1.0 |
1.0* |
1.0* |
2.0 |
6.0 |
7.0 |
-- |
1.0 |
12.0* |
12.0 | 100 |
| E |
-- |
-- |
3.9 |
5.6 |
0.6 |
8.9 |
16.1 |
1.1 |
35.6* |
-- |
-- |
-- |
12.2* |
11.1 |
-- |
-- |
5.1 | 180 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.7 | 276 |
| |
|
| Base Pair (1471:1520)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
6.3 |
16.5* |
1.7* |
7.7 |
28.3* |
0.5 |
0.1 |
0.7* |
0.5 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
36.8 | 861 |
| 3 |
6.6 |
29.3* |
2.9* |
10.7 |
41.0* |
0.6 |
-- |
1.0* |
0.4 |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
6.5 | 485 |
| B |
8.3 |
0.4 |
-- |
9.8 |
68.2* |
0.8* |
-- |
1.5* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
9.9 | 264 |
| A |
14.6 |
41.5* |
-- |
2.4 |
39.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
22.0 |
-- |
-- |
14.0 |
45.0* |
1.0 |
1.0 |
1.0 |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
1.0 |
11.0 | 100 |
| E |
2.2* |
69.4* |
7.8* |
13.9* |
1.7 |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.4 | 180 |
| M |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.7 | 276 |
| |
| Base Pair (1472:1519)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
10.9* |
32.4* |
4.2* |
12.0* |
2.2 |
0.7 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
36.5 | 861 |
| 3 |
17.9* |
45.4* |
5.2* |
20.0* |
3.5 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
6.1 | 485 |
| B |
22.3* |
58.0* |
6.8* |
0.8* |
0.4 |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
0.8 |
-- |
-- |
8.7 | 264 |
| A |
7.3* |
85.4* |
-- |
4.9* |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
7.0* |
59.0* |
11.0* |
6.0* |
2.0 |
1.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
10.0 | 100 |
| E |
13.9* |
17.8* |
3.9* |
51.7* |
8.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.0 | 180 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
99.7 | 276 |
| |
| Base Pair (1473:1518)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
29.8* |
4.2* |
3.9* |
18.7* |
0.7 |
2.8 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.5 |
-- |
1.3 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.9 |
36.6 | 861 |
| 3 |
42.9* |
7.0* |
5.6* |
27.6* |
1.2 |
4.9 |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.6 |
-- |
2.1 |
-- |
0.2 |
0.2 |
1.0 |
6.1 | 485 |
| B |
23.5* |
7.6* |
7.2* |
42.4* |
-- |
6.8 |
-- |
-- |
0.4 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
1.9 |
8.3 | 264 |
| A |
65.9* |
7.3 |
4.9 |
12.2* |
-- |
9.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
48.0* |
2.0* |
7.0* |
27.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
3.0 |
10.0 | 100 |
| E |
66.7* |
5.0* |
3.3* |
11.7* |
3.3 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.0 | 180 |
| M |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.6 | 276 |
| |
| Base Pair (1474:1517)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
12.2* |
12.1 |
11.6 |
4.3* |
-- |
13.8* |
0.7 |
0.3 |
0.2 |
4.3* |
0.1 |
-- |
2.7 |
0.7 |
-- |
0.6 |
36.3 | 861 |
| 3 |
20.8* |
19.4* |
13.0* |
7.4* |
-- |
18.4 |
1.2 |
0.4 |
0.4 |
6.8 |
-- |
-- |
4.5 |
0.8 |
-- |
1.0 |
5.7 | 485 |
| B |
24.6* |
2.3 |
14.8 |
6.4* |
-- |
20.8* |
2.3 |
0.4 |
-- |
12.1* |
-- |
-- |
8.0 |
-- |
-- |
-- |
8.3 | 264 |
| A |
12.2* |
36.6* |
9.8* |
-- |
-- |
31.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
9.8 |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
3.0* |
10.0* |
37.0* |
1.0* |
-- |
30.0 |
-- |
1.0 |
-- |
4.0 |
1.0 |
-- |
1.0 |
2.0 |
-- |
-- |
10.0 | 100 |
| E |
17.2* |
41.1* |
13.3* |
10.6* |
-- |
11.7 |
-- |
0.6 |
1.1 |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
3.4 | 180 |
| M |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 | 276 |
| |
|
| Base Pair (1478:1513)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
17.9 |
2.0 |
0.9 |
3.5 |
22.0* |
0.8* |
1.9 |
0.2* |
0.5 |
4.8* |
1.0 |
-- |
1.6 |
1.9 |
0.1 |
-- |
40.8 | 860 |
| 3 |
27.5 |
3.5 |
0.8 |
5.4 |
30.4* |
1.4* |
2.9 |
0.2* |
0.6 |
8.5* |
1.9 |
-- |
1.9 |
1.7 |
0.2 |
-- |
13.2 | 484 |
| B |
26.6 |
2.7* |
-- |
1.5 |
50.2* |
-- |
3.0* |
2.3 |
0.4 |
0.4 |
0.4 |
-- |
2.7 |
0.4 |
-- |
-- |
9.5 | 263 |
| A |
61.0 |
-- |
-- |
-- |
26.8 |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
9.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
21.0 |
-- |
4.0* |
4.0 |
41.0* |
-- |
2.0 |
1.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
5.0 |
8.0 |
-- |
-- |
13.0 | 100 |
| E |
15.6* |
3.3 |
5.0 |
21.1* |
1.7 |
-- |
3.9 |
-- |
0.6 |
22.2* |
2.2 |
-- |
1.1 |
7.2 |
1.1 |
-- |
15.1 | 180 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.7 | 276 |
| |
| Base Pair (1479:1512)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
28.7* |
3.3* |
5.2* |
7.5* |
2.7 |
2.1 |
0.1 |
0.5 |
0.5 |
0.3 |
3.7 |
0.3 |
0.3 |
2.0 |
1.9 |
1.6 |
39.0 | 861 |
| 3 |
40.6* |
5.8* |
9.1* |
9.7* |
3.9 |
3.3 |
-- |
0.6 |
0.6 |
0.6 |
6.6 |
0.6 |
0.4 |
2.1 |
2.7 |
2.9 |
10.5 | 485 |
| B |
61.7* |
1.5* |
8.0* |
11.7* |
7.6 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.7 | 264 |
| A |
29.3* |
39.0* |
24.4* |
4.9* |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
50.0* |
-- |
1.0 |
18.0* |
4.0 |
2.0* |
1.0 |
1.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
7.0 |
1.0 |
-- |
13.0 | 100 |
| E |
14.4 |
8.3 |
13.9* |
5.6* |
3.3 |
6.1 |
-- |
2.2 |
1.7 |
2.2 |
18.9* |
0.6 |
0.6 |
0.6* |
5.6 |
6.7 |
9.5 | 180 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
99.4 | 276 |
| |
| Base Pair (1480:1511)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.8* |
20.0* |
7.0* |
6.5* |
1.7 |
5.1 |
0.9 |
0.3 |
0.2 |
0.3 |
5.0 |
1.2 |
0.3 |
2.0 |
0.3 |
2.1 |
38.8 | 860 |
| 3 |
13.6* |
30.0* |
10.7* |
11.2* |
3.1 |
1.7 |
1.4 |
0.6 |
-- |
0.6 |
8.7 |
2.1 |
0.6 |
3.5 |
0.6 |
3.5 |
8.0 | 484 |
| B |
14.4* |
36.7* |
14.8* |
14.8* |
1.5 |
2.3 |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
0.4 |
3.4 |
9.1 | 264 |
| A |
2.4* |
85.4* |
4.9* |
2.4* |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
1.0* |
27.0 |
8.0 |
2.0* |
-- |
36.0* |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
23.0 | 100 |
| E |
24.4* |
3.9* |
5.0* |
7.8* |
9.4 |
2.8 |
-- |
1.7 |
3.3 |
1.7 |
23.3 |
4.4 |
-- |
0.6 |
-- |
2.2 |
9.5 | 180 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 | 276 |
| |
| Base Pair (1481:1510)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.7* |
3.1 |
1.2 |
0.6 |
1.7 |
3.7* |
0.3* |
0.2 |
0.1 |
1.0 |
0.8 |
12.3* |
0.2 |
0.5 |
-- |
0.5 |
70.9 | 861 |
| 3 |
4.7* |
5.6 |
0.6 |
1.0 |
2.9 |
6.6* |
0.2* |
0.4 |
0.2 |
1.6 |
1.4 |
21.9* |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.8 |
51.1 | 485 |
| B |
19.7* |
9.5 |
7.2 |
9.1* |
1.5 |
34.5* |
0.8 |
0.4 |
-- |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
16.6 | 264 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.3 |
92.6 | 41 |
| C |
-- |
-- |
7.0* |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0* |
-- |
-- |
89.0 | 100 |
| E |
2.8* |
20.7* |
7.8* |
38.5* |
3.9 |
3.4 |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
1.7 |
4.5 |
-- |
0.6 |
3.9 |
1.1 |
10.1 | 179 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 | 276 |
| |
|
| Base Pair (1482:1507)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.0* |
13.9* |
7.0* |
2.9* |
1.4 |
3.3 |
0.5 |
0.1 |
0.9 |
0.2 |
-- |
1.0 |
2.3 |
1.5 |
0.2 |
5.3 |
52.4 | 861 |
| 3 |
12.2* |
24.7* |
11.8* |
4.5* |
2.3 |
5.4 |
0.2 |
0.2 |
1.6 |
0.2 |
-- |
1.4 |
4.1 |
2.5 |
0.4 |
9.1 |
19.2 | 485 |
| B |
12.5* |
0.4 |
1.1 |
0.4 |
5.7 |
0.4 |
0.4 |
0.4 |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
1.5 |
0.4 |
11.7* |
61.0 | 264 |
| A |
53.7* |
24.4* |
12.2* |
2.4* |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
3.0* |
2.0* |
1.0 |
2.0 |
3.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
84.0 | 100 |
| E |
10.6* |
76.1* |
0.6* |
0.6* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
6.1 |
0.6 |
0.6 |
3.4 | 180 |
| M |
0.4* |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
99.0 | 276 |
| |
| Base Pair (1483:1506)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
18.7* |
4.2* |
12.1* |
2.6* |
3.8 |
3.6 |
0.1 |
0.2 |
-- |
4.5 |
0.1 |
0.1 |
6.9 |
2.2 |
0.1 |
0.7 |
40.0 | 861 |
| 3 |
33.2* |
7.2* |
21.0* |
4.5* |
6.2 |
5.8 |
-- |
0.2 |
-- |
7.2 |
0.2 |
0.2 |
3.5 |
3.3 |
0.2 |
1.0 |
6.1 | 485 |
| B |
52.3* |
2.3* |
4.5* |
6.8* |
8.3 |
0.8 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
4.5 |
1.5 |
-- |
1.5 |
16.6 | 264 |
| A |
43.9* |
9.8 |
-- |
-- |
-- |
43.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- | 41 |
| C |
-- |
1.0 |
1.0 |
-- |
3.0 |
3.0* |
1.0 |
1.0* |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
42.0* |
3.0 |
-- |
1.0 |
42.0 | 100 |
| E |
2.8* |
57.2* |
13.9* |
10.6* |
5.6 |
3.3 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
0.6 |
0.6 |
0.6 |
0.6 |
-- |
3.4 | 180 |
| M |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.0 | 276 |
| |
| Base Pair (1484:1505)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
11.9* |
4.0* |
8.5* |
8.8* |
7.3 |
1.7 |
0.5 |
0.2 |
6.3 |
-- |
0.5 |
0.2 |
5.9 |
2.9 |
-- |
3.8 |
37.3 | 860 |
| 3 |
20.9* |
7.0* |
14.7* |
14.9* |
12.4 |
2.9 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
9.3 |
5.0 |
-- |
6.8 |
4.9 | 484 |
| B |
28.8* |
9.5* |
17.8* |
27.3* |
2.7 |
4.5 |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.3 | 264 |
| A |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
1.0 |
-- |
1.0 |
4.0 |
3.0 |
1.0 |
4.0 |
2.0 |
51.0* |
-- |
-- |
2.0* |
6.0* |
-- |
-- |
-- |
25.0 | 100 |
| E |
12.8* |
5.6* |
68.9* |
-- |
1.1 |
5.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
4.0 | 180 |
| M |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
98.9 | 276 |
| |
| Base Pair (1485:1504)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
11.3 |
3.3* |
11.0 |
6.0* |
7.4 |
0.8 |
0.6 |
0.8 |
0.9 |
0.5 |
0.2 |
1.4 |
14.5* |
4.3 |
0.1* |
1.3 |
35.5 | 861 |
| 3 |
16.3 |
5.6* |
19.2 |
8.2* |
6.4 |
1.2 |
0.8 |
1.2 |
-- |
0.4 |
0.2 |
2.3 |
25.6* |
7.6 |
0.2* |
0.2 |
4.5 | 485 |
| B |
29.9* |
9.8* |
28.4* |
14.8* |
4.5 |
1.9 |
-- |
1.1 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
8.3 | 264 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
18.0 |
1.0 |
1.0 |
12.0 |
32.0* |
1.0 |
1.0 |
1.0 |
7.0* |
2.0* |
1.0 |
1.0 |
1.0 |
-- |
-- |
10.0 |
11.0 | 100 |
| E |
-- |
1.1* |
10.1* |
1.1 |
57.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
6.1 |
6.7 |
13.4 |
-- |
-- |
2.8 | 179 |
| M |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.9 | 276 |
| |
| Base Pair (1486:1503)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
6.2* |
3.1* |
5.5* |
17.7* |
3.4 |
1.4 |
2.4 |
1.4 |
14.3 |
0.1 |
0.2 |
-- |
3.1 |
3.7 |
0.1 |
2.0 |
35.4 | 861 |
| 3 |
9.1* |
5.2 |
9.3* |
20.4 |
3.3 |
2.5 |
3.7 |
1.6 |
24.9* |
-- |
0.4 |
-- |
5.2 |
6.6 |
-- |
3.1 |
4.7 | 485 |
| B |
16.3* |
8.7* |
17.0* |
37.5* |
5.7 |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
1.9 |
8.3 | 264 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
9.0* |
2.0* |
1.0* |
53.0* |
13.0 |
-- |
3.0 |
2.0 |
2.0 |
1.0 |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
1.0 |
2.0 |
9.0 | 100 |
| E |
0.6* |
1.1* |
1.7 |
0.6 |
0.6 |
-- |
59.4* |
6.1 |
17.8 |
-- |
0.6 |
-- |
1.1 |
0.6 |
-- |
5.6* |
4.5 | 180 |
| M |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.9 | 276 |
| |
| Base Pair (1487:1502)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
12.0* |
4.5* |
7.7 |
11.0 |
1.9 |
0.9 |
16.3* |
1.7 |
1.9 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
4.5 |
0.1 |
0.1 |
1.2* |
35.7 | 860 |
| 3 |
10.1* |
8.0* |
13.0 |
16.1 |
1.0 |
1.4 |
28.7* |
3.1 |
3.3 |
0.2 |
-- |
0.2 |
7.6 |
-- |
-- |
2.1* |
5.1 | 485 |
| B |
14.4* |
14.8* |
23.9* |
29.5* |
1.5 |
2.7 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
3.4 |
8.7 | 264 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.3 |
9.8* |
-- |
-- |
-- |
82.9* |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
54.5* |
-- |
2.0* |
17.2* |
11.1 |
1.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
1.0 |
-- |
-- |
10.1 | 99 |
| E |
6.1* |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
69.4* |
6.7 |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
10.6 |
-- |
-- |
0.6* |
4.0 | 180 |
| M |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
98.9 | 276 |
| |
| Base Pair (1488:1501)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
11.6* |
4.9 |
2.1 |
11.5* |
2.9 |
16.3* |
-- |
0.2 |
6.6 |
0.1* |
0.2 |
-- |
0.3 |
5.2 |
0.6 |
0.1 |
37.3 | 861 |
| 3 |
13.4* |
6.2 |
0.8 |
16.3* |
4.3 |
28.7* |
-- |
0.2 |
11.3 |
-- |
0.2 |
-- |
0.6 |
8.9 |
0.8 |
-- |
8.1 | 485 |
| B |
24.6* |
10.6 |
-- |
29.5* |
9.8 |
15.5* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
8.7 | 264 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
43.9 |
-- |
-- |
39.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
17.1 | 41 |
| C |
35.0* |
12.0* |
13.0* |
20.0* |
4.0 |
-- |
-- |
1.0 |
2.0 |
1.0 |
1.0 |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
1.0 |
8.0 | 100 |
| E |
-- |
1.7 |
-- |
0.6* |
-- |
58.3* |
-- |
-- |
18.3 |
-- |
-- |
-- |
0.6* |
15.0 |
-- |
-- |
5.6 | 180 |
| M |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
98.9 | 276 |
| |
| Base Pair (1489:1500)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.7* |
12.2 |
10.6 |
3.4* |
2.0 |
23.8* |
0.6 |
0.5 |
3.0 |
0.1* |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
35.6 | 861 |
| 3 |
12.8* |
20.6 |
6.8 |
3.9* |
2.7 |
40.2* |
0.8 |
0.8 |
5.4 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
5.3 | 485 |
| B |
0.4* |
18.3 |
1.5 |
6.5* |
0.4 |
62.4* |
1.1 |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
8.4 | 263 |
| A |
65.9* |
-- |
4.9* |
12.2* |
17.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
4.0* |
5.0* |
58.0* |
10.0* |
4.0 |
10.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.0 | 100 |
| E |
18.9* |
55.0* |
12.2* |
0.6* |
-- |
4.4 |
-- |
1.7 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
6.2 | 180 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
98.9 | 276 |
| |
|
| Base Pair (1491:1499)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
39.6* |
9.3* |
1.5* |
11.6* |
0.7 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
1.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
35.3 | 861 |
| 3 |
69.3* |
15.1* |
1.2* |
6.0* |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
1.9 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
4.7 | 485 |
| B |
89.8* |
1.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
8.7 | 264 |
| A |
-- |
90.2* |
9.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
5.0* |
7.0* |
7.0* |
71.0* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
8.0 | 100 |
| E |
55.0* |
18.3* |
1.1* |
16.1* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8 | 180 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.9 | 276 |
| |
| Base Pair (1492:1498)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
46.2* |
5.9* |
3.1* |
1.2* |
0.5 |
2.8 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
3.6 |
-- |
1.2 |
-- |
35.3 | 861 |
| 3 |
69.1* |
10.5* |
4.9* |
1.9* |
0.4 |
4.7 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
1.6 |
-- |
1.9 |
-- |
4.7 | 485 |
| B |
80.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
8.7 | 264 |
| A |
-- |
97.6* |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
63.0* |
-- |
3.0* |
1.0* |
1.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
23.0 |
-- |
-- |
-- |
8.0 | 100 |
| E |
68.9* |
6.1* |
10.0* |
5.0* |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
5.0 |
-- |
2.8 | 180 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
98.9 | 276 |
| |
Last generated : Mon Jul 2 2001 (16 : 9)