23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 15


Base Pair (15:525)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 15.9 12.5* 2.4* 12.4 41.9* 2.5 1.5 1.8* 4.8 0.7 -- 1.0 0.3 -- 0.3 0.1 1.7671
3 1.3 20.8* 1.8* 2.0 63.4* 4.0 -- 0.5* 2.0 1.3 -- 1.8 0.3 -- 0.3 0.3 0.6399
B 1.6 -- 0.8* -- 97.6* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --247
A -- -- -- 16.7* 5.6 44.4* -- 5.6 11.1 -- -- 13.9 -- -- -- 2.8 --36
C 4.3 -- 6.5* 4.3 21.7* -- 2.2 19.6 41.3* -- -- -- -- -- -- -- --46
E 0.9 71.6* 4.3* 1.7 8.6* -- -- -- 3.4 4.3 -- 1.7 0.9 -- 0.9 -- 1.8116
M 44.2* 0.4* 2.7* 32.3* 8.0 0.4 4.0 0.4 2.2 -- -- -- 0.4 -- 0.4 -- 4.4226
 
Base Pair (16:524)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 20.7* 31.4* 17.4* 15.3* 10.1 1.9 0.6 0.1 0.1 0.3 0.3 -- -- -- -- -- 1.6672
3 32.7* 13.1* 24.4* 17.6* 8.5 2.3 -- -- 0.3 0.5 0.5 -- -- -- -- -- 0.3398
B 42.3* 14.6* 8.5* 28.0* 6.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --246
A 47.2* 13.9* 2.8* -- 36.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C 2.2 -- -- 28.3 67.4* -- 2.2* -- -- -- -- -- -- -- -- -- --46
E 7.8* 9.5* 64.7* 0.9* 4.3 7.8 -- -- 0.9 1.7 1.7 -- -- -- -- -- 0.9116
M 3.5* 69.7* 8.8* 8.8* 1.3 1.8 1.3 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- 4.4228
 
Base Pair (17:523)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 45.0* 11.5* 9.6* 2.2* 3.1 0.1 -- 0.1 -- 0.1 0.3 0.6 0.1 -- -- 0.1 26.9676
3 60.7* 19.2* 15.7* 0.5* 2.2 0.2 -- -- -- -- -- 1.0 -- -- -- -- 0.4402
B 96.8 -- -- -- 3.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --250
A 5.6* 94.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C 91.3* -- -- 2.2* 2.2 -- -- -- -- -- 4.3 -- -- -- -- -- --46
E -- 37.1* 54.3* 1.7* 0.9 0.9 -- -- -- -- -- 3.4 -- -- -- -- 1.8116
M 7.9* 0.4* 0.9* 5.3* 4.8 -- -- 0.4 -- 0.4 -- -- 0.4 -- -- 0.4 79.0228
 
Base Pair (18:522)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 2.4* 44.5* 20.0* 1.9* -- 2.2 0.3 -- 0.1 -- -- 0.1 0.1 0.6 -- 0.4 27.3676
3 2.7* 60.7* 30.1* 0.5* -- 3.7 0.2 -- 0.2 -- -- 0.2 0.2 0.2 -- 0.7 0.2402
B -- 81.2* 17.2* -- -- 1.2 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- --250
A -- 94.4* 5.6* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C 4.3* 84.8* 4.3* 2.2* -- -- -- -- -- -- -- -- -- 4.3 -- -- --46
E 9.5* 6.0* 65.5* 1.7* -- 10.3 -- -- 0.9 -- -- 0.9 0.9 0.9 -- 2.6 0.9116
M 1.3* 7.9* 5.3* 4.4* -- -- 0.4 -- -- -- -- -- -- 0.4 -- -- 80.2228
 
Base Pair (19:521)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 6.2* 10.5* 19.5* 20.8* 12.9 0.1 0.6 -- -- -- 0.1 -- -- 0.3 -- 1.6 27.3677
3 9.2* 15.6* 23.3* 28.0* 19.6 0.2 1.0 -- -- -- 0.2 -- -- 0.5 -- 2.0 0.2403
B 8.8* 3.2* 22.7* 33.1* 30.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.0 --251
A 38.9* -- 2.8* 47.2* 2.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 8.3 --36
C 8.7 -- 63.0* 10.9 15.2* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.2 --46
E 0.9* 47.4* 31.0* 11.2* 1.7 0.9 3.4 -- -- -- 0.9 -- -- 1.7 -- -- 0.9116
M 0.4* 3.5* 3.9* 10.1* 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.9 80.7228
 
Base Pair (20:520)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 4.1* 22.3* 19.8* 21.3* 1.0 2.2 0.3 0.1 -- 0.4 -- -- -- -- 0.1 0.6 27.5677
3 6.9* 36.2* 17.4* 32.8* 1.5 2.5 -- 0.2 -- 0.7 -- -- -- -- 0.2 1.0 0.4403
B 2.0* 45.0* 25.9* 22.7* -- 2.0 -- -- -- 1.2 -- -- -- -- -- 0.8 0.4251
A 16.7* 47.2* 5.6* 8.3* 13.9 8.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C -- -- 84.8 -- -- 10.9 4.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- --46
E 14.7* 13.8* 2.6* 62.1* 0.9 1.7 -- 0.9 -- -- -- -- -- -- 0.9 1.7 0.9116
M -- 2.2* 11.0* 5.3* 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 81.1228
 
Base Pair (21:519)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 8.9* 6.4 5.3 35.9* 5.2 9.0* -- -- 0.4 -- -- 0.3 -- -- -- 0.9 27.7677
3 14.6* 9.9 5.7 46.4* 7.9 13.4* -- -- 0.5 -- -- 0.5 -- -- -- 0.7 0.2403
B 8.8* 2.0 6.4 58.6* 1.2 21.5* -- -- 0.8 -- -- -- -- -- -- 0.8 --251
A -- 88.9* 11.1* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C -- -- -- 91.3 6.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.2 --46
E 31.9* 2.6* 2.6* 34.5* 25.0 -- -- -- -- -- -- 1.7 -- -- -- 0.9 0.9116
M 0.4* 1.3* 5.7* 6.1* -- 3.1 -- -- 0.4 -- -- -- -- -- -- 0.9 82.1228
 
Base Pair (22:518)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 1.6* 40.5* 15.7* 3.7* -- 9.5 0.1 -- -- 0.3 0.3 -- 0.1 -- -- -- 28.0676
3 0.5* 59.2* 24.4* 2.5* -- 11.9 -- -- -- 0.5 0.5 -- -- -- -- -- 0.4402
B 0.8* 43.6* 32.4* 3.2* -- 18.8 -- -- -- -- 0.8 -- -- -- -- -- 0.4250
A -- 52.8* 41.7* 5.6* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C 4.3* 63.0* 13.0* 10.9* -- 6.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.246
E -- 94.8* 1.7* -- -- 0.9 -- -- -- 1.7 -- -- -- -- -- -- 0.9116
M 3.1* 3.1 0.9 4.4* -- 5.7* 0.4 -- -- -- -- -- 0.4 -- -- -- 81.9228
 
Base Pair (23:517)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 55.7* 0.4* 1.5* 12.3* 1.5 -- 0.3 -- 0.6 -- -- -- -- -- -- -- 27.6677
3 80.1* -- 0.2* 15.6* 2.5 -- 0.2 -- 1.0 -- -- -- -- -- -- -- 0.2403
B 99.6* -- -- 0.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --251
A 94.4* -- -- 5.6* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C 93.5* -- -- 6.5* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --46
E 33.6* -- 0.9* 51.7* 8.6 -- 0.9 -- 3.4 -- -- -- -- -- -- -- 0.9116
M 4.8* 1.3* 3.9* 7.5* -- -- 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 82.0228
 
Base Pair (24:516)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 51.3* 0.1* 1.5* 16.7* 1.3 0.4 -- 0.1 -- 0.4 -- -- -- -- -- -- 27.9676
3 75.1* -- 2.0* 19.2* 2.2 0.2 -- 0.2 -- 0.7 -- -- -- -- -- -- 0.2402
B 98.4* -- -- 1.6* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --250
A 75.0 -- -- -- 25.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C 80.4* 2.2* 4.3* 8.7* -- 4.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --46
E 25.0* -- 6.9* 62.9* -- 0.9 -- 0.9 -- 2.6 -- -- -- -- -- -- 0.9116
M 3.5* -- -- 14.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 82.4228
 

Base Pair (30:510)   (Tertiary) Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 49.1* 8.0* 2.2 5.0 0.6 0.7 5.9* -- 0.4 -- -- -- -- -- -- 0.1* 27.8678
3 76.2* 13.2* 1.7* 5.7* 0.7 1.2 0.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4403
B 97.6* -- -- -- 1.2 -- 1.2* -- -- -- -- -- -- -- -- -- --250
A 75.0* 2.8* 13.9* 8.3* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --36
C 6.5* -- 6.5 -- -- -- 80.4* -- 6.5 -- -- -- -- -- -- -- --46
E 30.8* 44.4* 1.7* 17.1* -- 4.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.8117
M 10.0* 0.4* 2.2* 4.8* 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4 81.6229
 

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