23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 15
Base Pair (15:525)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
15.9 |
12.5* |
2.4* |
12.4 |
41.9* |
2.5 |
1.5 |
1.8* |
4.8 |
0.7 |
-- |
1.0 |
0.3 |
-- |
0.3 |
0.1 |
1.7 | 671 |
3 |
1.3 |
20.8* |
1.8* |
2.0 |
63.4* |
4.0 |
-- |
0.5* |
2.0 |
1.3 |
-- |
1.8 |
0.3 |
-- |
0.3 |
0.3 |
0.6 | 399 |
B |
1.6 |
-- |
0.8* |
-- |
97.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 247 |
A |
-- |
-- |
-- |
16.7* |
5.6 |
44.4* |
-- |
5.6 |
11.1 |
-- |
-- |
13.9 |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- | 36 |
C |
4.3 |
-- |
6.5* |
4.3 |
21.7* |
-- |
2.2 |
19.6 |
41.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 46 |
E |
0.9 |
71.6* |
4.3* |
1.7 |
8.6* |
-- |
-- |
-- |
3.4 |
4.3 |
-- |
1.7 |
0.9 |
-- |
0.9 |
-- |
1.8 | 116 |
M |
44.2* |
0.4* |
2.7* |
32.3* |
8.0 |
0.4 |
4.0 |
0.4 |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
4.4 | 226 |
|
Base Pair (16:524)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
20.7* |
31.4* |
17.4* |
15.3* |
10.1 |
1.9 |
0.6 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.6 | 672 |
3 |
32.7* |
13.1* |
24.4* |
17.6* |
8.5 |
2.3 |
-- |
-- |
0.3 |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 398 |
B |
42.3* |
14.6* |
8.5* |
28.0* |
6.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 246 |
A |
47.2* |
13.9* |
2.8* |
-- |
36.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
C |
2.2 |
-- |
-- |
28.3 |
67.4* |
-- |
2.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 46 |
E |
7.8* |
9.5* |
64.7* |
0.9* |
4.3 |
7.8 |
-- |
-- |
0.9 |
1.7 |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 116 |
M |
3.5* |
69.7* |
8.8* |
8.8* |
1.3 |
1.8 |
1.3 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.4 | 228 |
|
Base Pair (17:523)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
45.0* |
11.5* |
9.6* |
2.2* |
3.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.6 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
26.9 | 676 |
3 |
60.7* |
19.2* |
15.7* |
0.5* |
2.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 402 |
B |
96.8 |
-- |
-- |
-- |
3.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 250 |
A |
5.6* |
94.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
C |
91.3* |
-- |
-- |
2.2* |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 46 |
E |
-- |
37.1* |
54.3* |
1.7* |
0.9 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 | 116 |
M |
7.9* |
0.4* |
0.9* |
5.3* |
4.8 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
79.0 | 228 |
|
Base Pair (18:522)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
2.4* |
44.5* |
20.0* |
1.9* |
-- |
2.2 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.6 |
-- |
0.4 |
27.3 | 676 |
3 |
2.7* |
60.7* |
30.1* |
0.5* |
-- |
3.7 |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.7 |
0.2 | 402 |
B |
-- |
81.2* |
17.2* |
-- |
-- |
1.2 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 250 |
A |
-- |
94.4* |
5.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
C |
4.3* |
84.8* |
4.3* |
2.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.3 |
-- |
-- |
-- | 46 |
E |
9.5* |
6.0* |
65.5* |
1.7* |
-- |
10.3 |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
0.9 |
0.9 |
0.9 |
-- |
2.6 |
0.9 | 116 |
M |
1.3* |
7.9* |
5.3* |
4.4* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
80.2 | 228 |
|
Base Pair (19:521)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
6.2* |
10.5* |
19.5* |
20.8* |
12.9 |
0.1 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
1.6 |
27.3 | 677 |
3 |
9.2* |
15.6* |
23.3* |
28.0* |
19.6 |
0.2 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
2.0 |
0.2 | 403 |
B |
8.8* |
3.2* |
22.7* |
33.1* |
30.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- | 251 |
A |
38.9* |
-- |
2.8* |
47.2* |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.3 |
-- | 36 |
C |
8.7 |
-- |
63.0* |
10.9 |
15.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- | 46 |
E |
0.9* |
47.4* |
31.0* |
11.2* |
1.7 |
0.9 |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
0.9 | 116 |
M |
0.4* |
3.5* |
3.9* |
10.1* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
80.7 | 228 |
|
Base Pair (20:520)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
4.1* |
22.3* |
19.8* |
21.3* |
1.0 |
2.2 |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.6 |
27.5 | 677 |
3 |
6.9* |
36.2* |
17.4* |
32.8* |
1.5 |
2.5 |
-- |
0.2 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
1.0 |
0.4 | 403 |
B |
2.0* |
45.0* |
25.9* |
22.7* |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.4 | 251 |
A |
16.7* |
47.2* |
5.6* |
8.3* |
13.9 |
8.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
C |
-- |
-- |
84.8 |
-- |
-- |
10.9 |
4.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 46 |
E |
14.7* |
13.8* |
2.6* |
62.1* |
0.9 |
1.7 |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
1.7 |
0.9 | 116 |
M |
-- |
2.2* |
11.0* |
5.3* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
81.1 | 228 |
|
Base Pair (21:519)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
8.9* |
6.4 |
5.3 |
35.9* |
5.2 |
9.0* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
27.7 | 677 |
3 |
14.6* |
9.9 |
5.7 |
46.4* |
7.9 |
13.4* |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
0.2 | 403 |
B |
8.8* |
2.0 |
6.4 |
58.6* |
1.2 |
21.5* |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- | 251 |
A |
-- |
88.9* |
11.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
C |
-- |
-- |
-- |
91.3 |
6.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- | 46 |
E |
31.9* |
2.6* |
2.6* |
34.5* |
25.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
0.9 | 116 |
M |
0.4* |
1.3* |
5.7* |
6.1* |
-- |
3.1 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
82.1 | 228 |
|
Base Pair (22:518)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
1.6* |
40.5* |
15.7* |
3.7* |
-- |
9.5 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
28.0 | 676 |
3 |
0.5* |
59.2* |
24.4* |
2.5* |
-- |
11.9 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 402 |
B |
0.8* |
43.6* |
32.4* |
3.2* |
-- |
18.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 250 |
A |
-- |
52.8* |
41.7* |
5.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
C |
4.3* |
63.0* |
13.0* |
10.9* |
-- |
6.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 | 46 |
E |
-- |
94.8* |
1.7* |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 116 |
M |
3.1* |
3.1 |
0.9 |
4.4* |
-- |
5.7* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
81.9 | 228 |
|
Base Pair (23:517)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
55.7* |
0.4* |
1.5* |
12.3* |
1.5 |
-- |
0.3 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
27.6 | 677 |
3 |
80.1* |
-- |
0.2* |
15.6* |
2.5 |
-- |
0.2 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 403 |
B |
99.6* |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 251 |
A |
94.4* |
-- |
-- |
5.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
C |
93.5* |
-- |
-- |
6.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 46 |
E |
33.6* |
-- |
0.9* |
51.7* |
8.6 |
-- |
0.9 |
-- |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 116 |
M |
4.8* |
1.3* |
3.9* |
7.5* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.0 | 228 |
|
Base Pair (24:516)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
51.3* |
0.1* |
1.5* |
16.7* |
1.3 |
0.4 |
-- |
0.1 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
27.9 | 676 |
3 |
75.1* |
-- |
2.0* |
19.2* |
2.2 |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 402 |
B |
98.4* |
-- |
-- |
1.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 250 |
A |
75.0 |
-- |
-- |
-- |
25.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
C |
80.4* |
2.2* |
4.3* |
8.7* |
-- |
4.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 46 |
E |
25.0* |
-- |
6.9* |
62.9* |
-- |
0.9 |
-- |
0.9 |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 116 |
M |
3.5* |
-- |
-- |
14.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.4 | 228 |
|
|
Base Pair (30:510) (Tertiary)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
49.1* |
8.0* |
2.2 |
5.0 |
0.6 |
0.7 |
5.9* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
27.8 | 678 |
3 |
76.2* |
13.2* |
1.7* |
5.7* |
0.7 |
1.2 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 403 |
B |
97.6* |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 250 |
A |
75.0* |
2.8* |
13.9* |
8.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
C |
6.5* |
-- |
6.5 |
-- |
-- |
-- |
80.4* |
-- |
6.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 46 |
E |
30.8* |
44.4* |
1.7* |
17.1* |
-- |
4.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 | 117 |
M |
10.0* |
0.4* |
2.2* |
4.8* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
81.6 | 229 |
|
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