23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 1527
| Base Pair (1527:1544) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.9 |
18.8* |
3.7 |
1.6* |
7.7 |
0.3 |
1.0 |
-- |
0.2 |
2.8 |
0.2 |
0.1 |
20.0* |
0.2 |
0.1* |
0.3 |
40.8 | 861 |
| 3 |
2.9 |
32.6* |
4.7 |
0.4* |
13.4 |
-- |
0.8 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
33.8* |
0.2 |
-- |
0.4 |
10.4 | 485 |
| B |
3.4 |
13.6* |
5.7 |
0.4 |
2.7 |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
62.1* |
-- |
-- |
0.8* |
9.9 | 264 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
73.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
26.8 | 41 |
| C |
2.0* |
4.0 |
9.0 |
11.0* |
1.0 |
3.0* |
5.0 |
-- |
1.0 |
24.0* |
2.0 |
1.0 |
8.0 |
1.0 |
1.0 |
1.0 |
26.0 | 100 |
| E |
2.8 |
67.8* |
4.4* |
0.6 |
15.6* |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
7.8 | 180 |
| M |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.7 | 276 |
| |
| Base Pair (1528:1543) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.7* |
7.2 |
4.7* |
11.2 |
0.6 |
1.0 |
0.9 |
0.2 |
21.4* |
0.2 |
0.1 |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
44.9 | 859 |
| 3 |
10.1* |
12.2 |
7.5* |
19.3 |
1.0 |
1.0 |
0.6 |
0.4 |
36.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
11.5 | 483 |
| B |
5.3* |
0.4 |
12.1* |
-- |
1.1 |
1.5 |
1.1 |
0.8 |
65.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
12.1 | 264 |
| A |
10.3* |
61.5* |
-- |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
25.6 | 39 |
| C |
-- |
3.0 |
4.0 |
3.0 |
-- |
4.0 |
5.0 |
-- |
9.0* |
2.0* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
13.0* |
56.0 | 100 |
| E |
17.2* |
18.9* |
2.2* |
51.7* |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.8 | 180 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.7 | 276 |
| |
| Base Pair (1529:1542)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
10.2* |
13.3* |
4.7* |
5.6* |
4.9 |
5.8 |
1.4 |
0.1 |
3.0 |
0.7 |
0.5 |
-- |
1.9 |
0.1 |
0.2 |
-- |
47.5 | 859 |
| 3 |
16.8* |
21.3* |
3.7* |
5.2* |
6.6 |
9.1 |
1.9 |
0.2 |
5.4 |
1.2 |
-- |
-- |
2.9 |
-- |
0.2 |
-- |
25.4 | 483 |
| B |
19.8* |
3.1 |
3.1* |
2.3 |
11.8 |
-- |
3.4 |
-- |
9.5* |
2.3 |
-- |
-- |
4.2 |
-- |
0.4 |
-- |
40.1 | 262 |
| A |
4.9* |
48.8* |
12.2* |
4.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
24.4 | 41 |
| C |
7.0* |
11.0* |
22.0* |
23.0* |
10.0 |
6.0 |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
2.0 |
1.0 |
1.0 |
-- |
11.0 | 100 |
| E |
15.0* |
41.7* |
2.8* |
9.4* |
0.6 |
24.4 |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
4.4 | 180 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.7 | 276 |
| |
| Base Pair (1530:1541)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
12.2* |
19.6* |
5.9* |
4.9* |
5.0 |
3.1 |
0.7 |
1.2 |
4.2 |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.5 |
2.8 |
-- |
0.8 |
38.6 | 859 |
| 3 |
17.8* |
33.7* |
5.0* |
5.2* |
8.1 |
3.7 |
1.0 |
1.9 |
7.0 |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.8 |
5.0 |
-- |
0.6 |
9.3 | 483 |
| B |
24.4* |
17.6* |
5.7* |
1.9* |
8.0 |
2.3 |
1.9 |
3.4 |
13.0 |
0.8 |
0.8 |
-- |
1.5 |
8.8 |
-- |
-- |
9.9 | 262 |
| A |
7.3* |
36.6* |
2.4* |
7.3* |
-- |
22.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
24.4 | 41 |
| C |
19.0* |
5.0* |
27.0* |
17.0* |
4.0 |
7.0 |
1.0 |
1.0 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.0 |
13.0 | 100 |
| E |
10.6* |
56.7* |
4.4* |
9.4* |
10.0 |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
1.7 |
5.0 | 180 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.3 | 276 |
| |
| Base Pair (1531:1540)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
11.9* |
15.8* |
10.7* |
4.7* |
7.3 |
2.2 |
-- |
0.2 |
1.5 |
4.9 |
-- |
0.1 |
1.3 |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
38.6 | 859 |
| 3 |
20.3* |
25.5* |
13.0* |
5.4* |
11.0 |
1.7 |
-- |
0.4 |
2.7 |
8.7 |
-- |
-- |
2.3 |
0.2 |
-- |
-- |
8.9 | 483 |
| B |
9.9* |
32.8* |
10.3* |
5.3* |
9.2 |
0.8 |
-- |
0.8 |
5.0 |
12.2 |
-- |
-- |
4.2 |
-- |
-- |
-- |
9.6 | 262 |
| A |
14.6* |
22.0* |
29.3* |
-- |
2.4 |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
24.4 | 41 |
| C |
4.0* |
13.0* |
28.0* |
14.0* |
10.0 |
10.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
4.0 |
15.0 | 100 |
| E |
36.7* |
15.6* |
13.3* |
6.7* |
15.6 |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
4.4 | 180 |
| M |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.3 | 276 |
| |
| Base Pair (1532:1539)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
8.6* |
22.7* |
10.5* |
9.4* |
5.8 |
2.7 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
1.0 |
0.3 |
-- |
1.3 |
37.0 | 860 |
| 3 |
8.5* |
37.6* |
15.3* |
12.4* |
9.9 |
4.5 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
1.4 |
0.6 |
-- |
2.1 |
7.0 | 484 |
| B |
6.5* |
20.2* |
22.4* |
21.3* |
16.3 |
0.8 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
9.9 | 263 |
| A |
14.6* |
61.0* |
-- |
2.4* |
4.9 |
4.9 |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
7.3 |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
33.0* |
13.0* |
16.0* |
21.0* |
2.0 |
1.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
11.0 | 100 |
| E |
10.0* |
57.8* |
8.3* |
1.7* |
1.7 |
10.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
5.6 |
4.4 | 180 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
0.4* |
99.3 | 276 |
| |
| Base Pair (1533:1538)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
8.0* |
22.3* |
3.3* |
9.1* |
3.0 |
2.8 |
0.5 |
3.7 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
-- |
1.3 |
2.6 |
0.1 |
0.7 |
42.2 | 861 |
| 3 |
11.5* |
33.2* |
2.1* |
14.4* |
4.5 |
2.7 |
0.6 |
6.4 |
0.4 |
0.2 |
-- |
-- |
2.3 |
4.5 |
0.2 |
0.8 |
16.1 | 485 |
| B |
3.8 |
45.5* |
3.4 |
9.5* |
3.8 |
4.5 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
4.2* |
-- |
-- |
-- |
24.6 | 264 |
| A |
19.5* |
68.3* |
-- |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
9.8 | 41 |
| C |
13.0* |
31.0* |
18.0* |
8.0* |
4.0 |
11.0 |
-- |
1.0 |
-- |
1.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
11.0 | 100 |
| E |
21.1* |
7.2* |
0.6* |
24.4* |
6.7 |
0.6 |
1.7 |
17.2 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
12.2 |
0.6 |
2.2 |
5.0 | 180 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
99.3 | 276 |
| |
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