23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 1648


Base Pair (1648:2009)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 2.9* 33.0* 33.8* 1.1* 0.2 0.4 18.5 0.6 0.5 0.6 -- -- 0.4 0.1 0.1 1.5 6.0805
3 4.9* 37.6* 55.4* -- -- 0.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.2 0.4428
B -- 59.7* 40.3* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --236
A 39.0* 46.3* 7.3* -- -- 4.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.441
C -- 99.0* 1.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --101
E 3.3* 0.7* 92.1* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 3.3 0.7151
M 0.7* 1.8* 12.3 3.3 0.7 0.4 53.6* 1.8 1.4 1.8 -- -- 1.1 0.4 0.4 2.5* 17.7276
 
Base Pair (1649:2008)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 77.2* 0.2* 0.7* 15.2* 1.4 0.4 0.2 0.4 -- -- -- -- -- 0.1 0.2 0.7 3.0804
3 72.0* -- -- 25.0* 2.1 -- -- 0.2 -- -- -- -- -- -- -- 0.2 0.4428
B 99.6 -- -- -- 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --236
A 82.9* -- -- 7.3* 7.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.441
C 97.0* -- -- 3.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --101
E 25.8* -- -- 68.9* 3.3 -- -- 0.7 -- -- -- -- -- -- -- 0.7 0.7151
M 77.8* 0.7* 2.2* 4.4* 0.7 1.1 0.7 0.7 -- -- -- -- -- 0.4 0.7 1.8 8.7275
 
Base Pair (1650:2007)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 30.3* -- 1.4* 62.1* 0.7 -- 0.4 0.7 0.2 0.2 0.5 -- -- -- 0.6 0.6 2.1805
3 51.2* -- 0.2* 48.4* -- -- -- -- 0.2 -- -- -- -- -- -- -- --428
B 15.7* -- -- 83.9* -- -- -- -- 0.4 -- -- -- -- -- -- -- --236
A 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C -- -- -- 98.0 2.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --101
E 93.4* -- 0.7* 6.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --151
M 9.1* -- 3.6* 69.9* 1.4 -- 1.1 2.2 0.4 0.7 1.4 -- -- -- 1.8 1.8 6.6276
 
Base Pair (1651:2006)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 48.9* 6.2* 16.1* 22.7* 0.7 -- 1.7 -- 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 -- 0.6 2.0803
3 59.7* -- -- 39.1* -- -- -- -- 0.5 -- -- -- -- 0.2 -- 0.5 --427
B 90.3* -- -- 9.3* -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4 -- -- --236
A 92.5* -- -- 2.5 -- -- -- -- 5.0* -- -- -- -- -- -- -- --40
C 98.0* -- -- 2.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --100
E 3.3* -- -- 95.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.3 --151
M 14.5* 18.1* 46.7* 4.7* 2.2 -- 5.1 -- -- 0.4 0.4 0.4 0.4 -- -- 1.1 6.2276
 

Base Pair (1656:2004)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 1.1 44.8* 6.9 11.8 2.1 0.2 4.4 10.5* 0.1 0.9 0.6 0.4 1.2* -- 0.1 13.8* 0.9802
3 1.9* 56.6* 7.5 3.5 2.8 0.2 0.5* 0.2 -- 1.2 -- -- -- -- 0.2 25.1* 0.2426
B -- 88.1* 11.1* -- 0.4* -- -- 0.4* -- -- -- -- -- -- -- -- --235
A 5.0* 77.5* 15.0* 2.5* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --40
C -- 94.0* 4.0* 2.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --100
E 4.0* 2.0 -- 9.3 7.3 0.7 1.3 -- -- 3.3* -- -- -- -- 0.7 70.9* 0.7151
M 0.4 8.7* 6.9* 28.3 1.8* 0.4 12.0 30.1* 0.4 0.7 1.8 1.1 3.6 -- -- 1.4 2.7276
 
Base Pair (1657:2003)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 32.5* 11.3* 42.5* 6.6* 1.4 2.9 0.5 0.2 0.6 0.2 -- -- -- 0.1 0.2 0.5 0.3803
3 36.1* 15.7* 40.3* 0.7* 0.5 5.2 0.2 0.2 -- 0.2 -- -- -- 0.2 0.5 0.2 --427
B 3.4* 14.0* 71.9* 0.4* -- 8.1 0.4 -- -- 0.4 -- -- -- -- 0.9 0.4 --235
A 2.4* 82.9* 7.3* -- -- 7.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C -- 1.0* 99.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --100
E 96.0* -- -- 1.3* 1.3 -- -- 0.7 -- -- -- -- -- 0.7 -- -- --151
M 38.8* 8.3* 25.4* 18.1* 3.3 0.4 1.1 0.4 1.8 0.4 -- -- -- -- -- 1.1 1.2276
 
Base Pair (1658:2002)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 7.0* 40.7* 19.7* 26.9* 1.0 2.1 0.9 0.4 0.2 0.1 -- 0.2 -- -- 0.2 0.4 0.1803
3 4.9* 47.1* 31.6* 11.7* 1.2 2.3 -- -- 0.2 0.2 -- 0.5 -- -- -- 0.2 --427
B 8.1* 66.0* 5.1* 19.1* -- -- -- -- 0.4 -- -- 0.9 -- -- -- 0.4 --235
A 2.4* 63.4* 9.8* 12.2* 12.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C -- 97.0* 3.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --100
E 0.7* 13.2* 78.8* -- -- 6.6 -- -- -- 0.7 -- -- -- -- -- -- --151
M 12.7* 10.5* 7.2* 60.1* 1.1 2.5 2.5 1.1 0.4 -- -- -- -- -- 0.7 0.7 0.4276
 
Base Pair (1659:2001)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 11.4* 3.1* 45.8* 33.7* 0.4 0.7 0.7 2.4 -- 0.2 -- -- 0.1 0.1 0.2 0.5 0.4804
3 17.3* 4.4* 34.8* 40.9* 0.2 0.9 0.2 0.2 -- -- -- -- 0.2 -- -- -- 0.7428
B 22.0* 7.6* 62.7* 5.1* -- 1.7 -- -- -- -- -- -- 0.4 -- -- -- 0.4236
A 41.5* -- 2.4* 51.2* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 4.941
C -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --100
E 3.3* 0.7* -- 94.0* 0.7 -- 0.7 0.7 -- -- -- -- -- -- -- -- --151
M 6.5* 2.2* 43.1* 34.8* 0.7 0.7 1.8 6.5 -- 0.7 -- -- -- 0.4 0.7 1.4 0.4276
 
Base Pair (1660:2000)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 50.5* 27.2* 5.3* 11.2* 1.7 0.2 1.0 0.9 -- 0.2 0.1 0.6 0.2 -- 0.1 0.2 0.2804
3 63.3* 25.5* 2.1* 5.4* 1.9 0.2 -- 0.2 -- -- -- 0.7 0.2 -- 0.2 -- 0.2428
B 45.8* 42.4* 3.8* 5.5* 1.3 0.4 -- -- -- -- -- -- 0.4 -- -- -- 0.4236
A 80.5* 19.5* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C -- 96.0* 4.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --100
E 86.1* 0.7* -- 6.6* 3.3 -- -- 0.7 -- -- -- 2.0 -- -- 0.7 -- --151
M 48.9* 5.1* 10.9* 24.3* 2.2 0.4 2.9 2.2 -- 0.7 0.4 0.7 0.4 -- -- 0.7 0.4276
 
Base Pair (1661:1999)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 38.2* 8.6* 29.0* 10.6* 8.0 0.5 0.4 1.0 -- 0.4 0.5 0.7 0.2 0.1 1.0 0.7 0.1804
3 58.9* 7.9* 6.5* 11.0* 13.8 -- 0.2 -- -- 0.5 -- 0.2 0.5 -- 0.2 0.2 --428
B 80.5* 6.8* 11.0* -- 0.4 -- -- -- -- 0.8 -- -- 0.4 -- -- -- --236
A 68.3* 24.4* 4.9* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.4 -- --41
C -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --100
E 22.5 5.3* -- 31.1 38.4* -- 0.7* -- -- -- -- 0.7 0.7 -- -- 0.7 --151
M 19.9* 12.7* 38.0* 13.8* 1.8 1.4 0.7 2.9 -- 0.4 1.4 1.8 -- 0.4 2.5 1.8 0.4276
 
Base Pair (1662:1998)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 6.5* 22.4* 47.6* 21.3* 0.2 0.2 0.4 0.1 0.1 -- -- 0.6 0.4 -- -- -- 0.1804
3 -- 18.9* 75.5* 4.7* -- 0.5 -- -- -- -- -- 0.5 -- -- -- -- --428
B -- 8.9* 81.8* 8.5* -- 0.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --236
A -- 73.2* 26.8* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C -- 95.0* 5.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --100
E -- 19.9* 78.8* -- -- -- -- -- -- -- -- 1.3 -- -- -- -- --151
M 18.8* 1.4* 19.9* 54.7* 0.7 -- 1.1 0.4 0.4 -- -- 1.1 1.1 -- -- -- 0.4276
 
Base Pair (1663:1997)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 21.1* 4.0* 23.1* 34.5* 0.1 11.8 0.2 2.5 -- 0.2 -- 0.1 -- -- 0.1 2.0 0.1804
3 20.3* 6.8* 34.6* 35.3* 0.2 2.6 -- -- -- 0.2 -- -- -- -- -- -- --428
B 32.6* 5.1* 55.9* 1.3* 0.4 4.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --236
A 22.0* 29.3* 39.0* 9.8* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C -- 2.0 17.0 -- -- 78.0 -- -- -- -- -- -- -- -- 1.0 2.0 --100
E 0.7* 3.3* -- 95.4* -- -- -- -- -- 0.7 -- -- -- -- -- -- --151
M 30.1* 0.4* 7.6* 45.7* -- 2.2 0.7 7.2 -- 0.4 -- 0.4 -- -- -- 5.1 0.4276
 

Base Pair (1665:1995)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 25.0* -- 0.2* 74.0* 0.1 -- 0.2 0.1 -- -- -- -- -- -- -- 0.1 0.1805
3 44.6* -- -- 54.9* -- -- 0.2 0.2 -- -- -- -- -- -- -- -- --428
B -- -- -- 99.6 -- -- 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- --236
A 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C -- -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --101
E 99.3 -- -- -- -- -- -- 0.7 -- -- -- -- -- -- -- -- --151
M 3.6* -- 0.7* 94.2* 0.4 -- 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4 0.4276
 
Base Pair (1666:1994)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 96.8* -- 1.5* 0.6* 0.4 0.1 -- 0.1 -- -- -- -- 0.1 -- 0.1 -- 0.2805
3 99.5 -- -- -- -- -- -- 0.2 -- -- -- -- 0.2 -- -- -- --428
B 99.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4 -- -- -- --236
A 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --101
E 99.3 -- -- -- -- -- -- 0.7 -- -- -- -- -- -- -- -- --151
M 91.3* -- 4.3* 1.8* 1.1 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4 -- 0.7276
 
Base Pair (1667:1993)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.1 -- 1.2* 0.6 97.3* -- 0.1 -- -- -- -- -- 0.1 0.1 -- 0.1 0.2807
3 0.2 -- -- 0.2 99.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.2 --430
B 0.4 -- -- -- 99.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4 --236
A -- -- -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C -- -- -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --101
E -- -- -- 0.7 99.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --153
M -- -- 3.6* 1.4 93.1* -- 0.4 -- -- -- -- -- 0.4 0.4 -- -- 0.7276
 

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