23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 1682
| Base Pair (1682:1706)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
11.7 |
6.8* |
1.9* |
15.7 |
34.0* |
0.4 |
1.1 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
27.6 | 836 |
| 3 |
13.1 |
11.6* |
2.8* |
20.1 |
51.7* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 458 |
| B |
22.5* |
20.2* |
5.0* |
34.0* |
17.2 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 262 |
| A |
2.4 |
-- |
-- |
2.4 |
95.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
37.6 |
-- |
-- |
20.8 |
41.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
98.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
-- |
1.4* |
1.1* |
6.5* |
1.8 |
1.1 |
2.5 |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.0 | 277 |
| |
| Base Pair (1683:1705)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.0* |
42.4* |
8.6* |
20.0* |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
27.7 | 835 |
| 3 |
1.3* |
48.1* |
14.7* |
35.7* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 457 |
| B |
2.3* |
69.7* |
21.8* |
6.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 261 |
| A |
-- |
75.6* |
24.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
95.0* |
4.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 101 |
| E |
-- |
4.5* |
-- |
94.8* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
0.7* |
13.7* |
0.4* |
1.4* |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.0 | 277 |
| |
| Base Pair (1684:1704)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.3* |
36.2* |
23.4* |
9.2* |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
27.5 | 836 |
| 3 |
4.1* |
41.9* |
35.4* |
16.8* |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 458 |
| B |
7.3* |
51.5* |
9.5* |
29.4* |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 262 |
| A |
-- |
95.1* |
4.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
94.1* |
5.0* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
-- |
11.6* |
87.1* |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
-- |
5.8* |
10.5* |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.0 | 277 |
| |
| Base Pair (1685:1703)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.4* |
65.6* |
3.6* |
1.0* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
27.5 | 836 |
| 3 |
2.4* |
93.0* |
1.5* |
1.7* |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- | 458 |
| B |
2.7* |
92.4* |
2.3* |
2.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 262 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
87.1* |
11.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
2.6* |
92.3* |
0.6* |
0.6* |
-- |
3.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
0.4* |
12.3* |
4.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.0 | 277 |
| |
| Base Pair (1686:1702)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
65.8* |
3.6* |
-- |
-- |
3.0 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
27.5 | 836 |
| 3 |
-- |
93.4* |
3.1* |
-- |
-- |
3.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 458 |
| B |
-- |
95.4* |
1.5* |
-- |
-- |
3.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 262 |
| A |
-- |
85.4 |
-- |
-- |
-- |
14.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
93.1* |
5.0* |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
-- |
92.3* |
6.5* |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
-- |
10.1* |
4.0* |
-- |
-- |
2.5 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.0 | 277 |
| |
|
| Base Pair (1690:1697) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
10.8 |
-- |
53.5* |
2.9* |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
3.9* |
27.7 | 836 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
7.9 |
-- |
80.1* |
3.1* |
-- |
0.7 |
0.2 |
-- |
-- |
7.2* |
0.2 | 458 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
11.1 |
-- |
74.8* |
2.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
11.5* |
0.4 | 262 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
63.4* |
17.1* |
-- |
4.9 |
2.4 |
-- |
-- |
7.3* |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
46.5 |
-- |
50.5* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 101 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
4.5 |
-- |
93.5* |
0.6* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
2.5 |
-- |
10.5* |
3.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.0 | 277 |
| |
| Base Pair (1691:1696)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.6* |
66.8* |
-- |
0.1* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
27.5 | 835 |
| 3 |
5.7* |
92.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- | 457 |
| B |
6.5* |
91.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 261 |
| A |
9.8* |
87.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
3.2* |
96.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
4.3* |
11.9* |
-- |
0.4* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.0 | 277 |
| |
Last generated : Mon Jul 2 2001 (16 : 9)