23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 1707
Base Pair (1707:1751)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
19.0 |
1.4* |
-- |
7.8 |
41.4* |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
29.2 | 833 |
3 |
26.2 |
2.4* |
-- |
6.4 |
63.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 455 |
B |
44.4* |
4.2* |
-- |
10.4* |
38.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 259 |
A |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
27.7 |
-- |
-- |
21.8 |
49.5* |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
E |
1.9 |
-- |
-- |
1.3 |
96.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 155 |
M |
4.0* |
0.4* |
-- |
5.1* |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
87.4 | 277 |
|
Base Pair (1708:1750)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
20.7* |
48.2* |
0.5* |
0.4* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
29.4 | 834 |
3 |
37.3* |
61.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 | 456 |
B |
5.8* |
92.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 | 260 |
A |
-- |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 41 |
C |
2.0* |
93.1* |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 101 |
E |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
M |
0.4* |
9.7* |
1.4* |
1.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
87.4 | 277 |
|
Base Pair (1709:1749)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
0.4* |
33.9* |
16.9* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
18.6 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
29.6 | 833 |
3 |
-- |
38.9* |
26.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
34.1 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 455 |
B |
-- |
52.5* |
45.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 259 |
A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
2.0* |
91.1* |
6.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.3 | 155 |
M |
0.4* |
4.7* |
5.4* |
1.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
88.4 | 277 |
|
Base Pair (1710:1748)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
6.4* |
20.5* |
34.4* |
3.7* |
0.5 |
3.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
1.0 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
29.9 | 834 |
3 |
10.7* |
25.2* |
54.2* |
4.2* |
0.9 |
3.9 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- | 456 |
B |
18.8* |
43.1* |
22.3* |
5.8* |
1.5 |
6.9 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 260 |
A |
-- |
7.3* |
82.9* |
9.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
3.0* |
50.5* |
28.7* |
8.9* |
-- |
6.9 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 101 |
E |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
M |
0.4* |
1.8* |
4.0* |
1.1* |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.7 |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
89.5 | 277 |
|
Base Pair (1711:1747)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
7.1* |
26.8* |
12.9* |
9.0* |
1.2 |
4.3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.5 |
1.0 |
-- |
-- |
0.5 |
36.5 | 836 |
3 |
12.2* |
42.1* |
12.4* |
12.0* |
1.5 |
6.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
1.7 |
-- |
-- |
0.2 |
10.6 | 458 |
B |
9.2* |
16.0* |
21.4* |
17.6* |
2.7 |
11.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
3.1 |
-- |
-- |
-- |
18.8 | 262 |
A |
78.0* |
-- |
-- |
22.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
3.0* |
27.7* |
39.6* |
15.8* |
2.0 |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
6.0 | 101 |
E |
-- |
97.4* |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- | 155 |
M |
-- |
1.1* |
4.0* |
1.4* |
0.4 |
0.7 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
90.6 | 277 |
|
Base Pair (1712:1746)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
1.0* |
13.9* |
27.8* |
3.2* |
0.8 |
3.2 |
0.2 |
0.2 |
1.3 |
0.8 |
-- |
-- |
1.1 |
3.2 |
-- |
0.2 |
42.7 | 835 |
3 |
0.9* |
16.8* |
42.9* |
3.5* |
0.2 |
5.0 |
0.4 |
0.4 |
2.4 |
1.3 |
-- |
-- |
1.5 |
5.9 |
-- |
0.4 |
18.1 | 457 |
B |
1.5* |
14.6* |
15.3* |
6.1* |
0.4 |
8.4 |
0.8 |
0.8 |
4.2 |
2.3 |
-- |
-- |
2.7 |
10.3 |
-- |
0.8 |
31.9 | 261 |
A |
-- |
85.4* |
12.2* |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
4.0* |
32.7* |
24.8* |
7.9* |
5.9 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
19.8 | 101 |
E |
-- |
2.6* |
97.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
M |
-- |
2.2* |
4.0* |
1.1* |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.1 | 277 |
|
|
Base Pair (1716:1743)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
5.6* |
5.9* |
2.8* |
0.8* |
2.4 |
4.1 |
0.6 |
1.3 |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
0.4 |
0.6 |
-- |
0.1 |
74.5 | 836 |
3 |
10.3* |
10.7* |
3.5* |
0.9* |
3.9 |
6.6 |
0.4 |
2.2 |
0.7 |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 |
1.1 |
-- |
0.2 |
58.9 | 458 |
B |
10.7* |
13.7* |
3.4* |
1.1* |
6.9 |
11.5 |
-- |
3.8 |
1.1 |
0.4 |
-- |
-- |
0.8 |
1.9 |
-- |
0.4 |
44.3 | 262 |
A |
46.3* |
31.7* |
17.1* |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
4.0* |
2.0 |
-- |
1.0 |
3.0* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
86.2 | 101 |
E |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 | 155 |
M |
-- |
-- |
1.4* |
1.1* |
0.7 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.1 | 277 |
|
Base Pair (1717:1742)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
5.5* |
4.2* |
4.8* |
3.9* |
1.4 |
2.5 |
0.5 |
0.4 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
0.4 |
0.4 |
74.9 | 836 |
3 |
10.0* |
7.2* |
7.4* |
6.8* |
2.2 |
4.4 |
0.4 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
0.4 |
0.7 |
58.9 | 458 |
B |
8.0* |
10.3* |
12.2* |
9.2* |
3.8 |
7.6 |
0.4 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
0.8 |
1.1 |
44.3 | 262 |
A |
58.5* |
14.6* |
4.9* |
17.1* |
-- |
-- |
2.4 |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
-- |
2.0* |
2.0* |
1.0 |
1.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
1.0 |
-- |
90.2 | 101 |
E |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 | 155 |
M |
-- |
-- |
1.4* |
0.4* |
0.4 |
-- |
0.7 |
-- |
0.4 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.1 | 277 |
|
Base Pair (1718:1741)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
6.3* |
2.5* |
6.5* |
1.0* |
1.0 |
4.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
1.2 |
1.1 |
75.8 | 836 |
3 |
11.6* |
4.6* |
11.1* |
0.9* |
1.5 |
7.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
1.7 |
1.3 |
59.4 | 458 |
B |
18.3* |
3.8 |
11.5 |
1.1* |
1.9 |
12.6* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
3.1 |
2.3 |
44.7 | 262 |
A |
9.8* |
26.8* |
51.2* |
2.4* |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 41 |
C |
-- |
-- |
-- |
2.0* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0* |
1.0 |
94.1 | 101 |
E |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 | 155 |
M |
-- |
-- |
1.1* |
0.7* |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
96.5 | 277 |
|
|
Base Pair (1724:1736)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
10.0* |
2.2* |
2.9* |
2.9* |
4.2 |
-- |
0.5 |
0.1 |
2.6 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
73.5 | 836 |
3 |
17.7* |
3.5* |
4.6* |
5.2* |
7.4 |
-- |
0.7 |
0.2 |
4.8 |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.4 |
54.1 | 458 |
B |
26.0* |
6.1 |
6.9* |
7.3 |
13.0 |
-- |
1.1 |
0.4 |
8.4* |
-- |
-- |
0.8* |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.8 |
28.6 | 262 |
A |
31.7* |
-- |
7.3* |
12.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
43.9 | 41 |
C |
3.0* |
1.0* |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
91.1 | 101 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 155 |
M |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.3 | 277 |
|
Base Pair (1725:1735)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
15.7* |
2.5* |
6.0* |
2.3* |
0.7 |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.1 |
-- |
0.2 |
71.6 | 836 |
3 |
28.2* |
4.4* |
9.8* |
3.3* |
1.3 |
0.2 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
0.2 |
-- |
-- |
51.3 | 458 |
B |
45.0* |
7.6* |
16.4* |
5.7* |
2.3 |
0.4 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
0.4 |
-- |
-- |
19.8 | 262 |
A |
26.8* |
-- |
4.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
68.3 | 41 |
C |
2.0* |
-- |
5.0* |
4.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
87.1 | 101 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 155 |
M |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.3 | 277 |
|
Base Pair (1726:1734)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
16.0* |
6.7* |
2.9* |
3.3* |
0.5 |
0.7 |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
69.1 | 836 |
3 |
29.0* |
11.4* |
1.5* |
5.7* |
0.9 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
50.4 | 458 |
B |
46.6* |
19.8* |
2.7* |
9.9* |
1.5 |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
17.6 | 262 |
A |
26.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
73.2 | 41 |
C |
1.0* |
3.0* |
15.8* |
2.0* |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
72.3 | 101 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 155 |
M |
-- |
0.4* |
0.4* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.0 | 277 |
|
Base Pair (1727:1733)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
3.7* |
7.4* |
2.2* |
7.7* |
0.2 |
6.2 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.7 |
0.8 |
0.1 |
1.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
69.2 | 835 |
3 |
6.8* |
12.9* |
2.0* |
12.9* |
0.4 |
10.5 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
1.5 |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
50.3 | 457 |
B |
11.9* |
22.6* |
3.4* |
22.6* |
0.8 |
18.4 |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
2.7 |
-- |
3.8 |
-- |
-- |
-- |
13.0 | 261 |
A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 41 |
C |
-- |
2.0* |
7.9* |
4.0* |
-- |
4.0 |
2.0 |
-- |
-- |
5.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
1.0 |
72.3 | 101 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 155 |
M |
-- |
0.4* |
0.4* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.9 | 277 |
|
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