23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 1707


Base Pair (1707:1751)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 19.0 1.4* -- 7.8 41.4* -- -- 0.1* -- -- 0.6 -- 0.4 -- -- -- 29.2833
3 26.2 2.4* -- 6.4 63.5* -- -- -- -- -- 1.1 -- -- -- -- -- 0.4455
B 44.4* 4.2* -- 10.4* 38.6 -- -- -- -- -- 1.9 -- -- -- -- -- 0.4259
A 2.4 -- -- -- 97.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 27.7 -- -- 21.8 49.5* -- -- 1.0* -- -- -- -- -- -- -- -- --101
E 1.9 -- -- 1.3 96.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.6155
M 4.0* 0.4* -- 5.1* 2.2 -- -- -- -- -- -- -- 1.1 -- -- -- 87.4277
 
Base Pair (1708:1750)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 20.7* 48.2* 0.5* 0.4* 0.2 -- -- -- -- 0.4 -- 0.1 -- 0.1 -- -- 29.4834
3 37.3* 61.6* -- -- -- -- -- -- -- 0.4 -- -- -- 0.2 -- -- 0.4456
B 5.8* 92.7* -- -- -- -- -- -- -- 0.8 -- -- -- 0.4 -- -- 0.4260
A -- 97.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.441
C 2.0* 93.1* -- -- 2.0 -- -- -- -- 1.0 -- 1.0 -- -- -- -- 1.0101
E 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --155
M 0.4* 9.7* 1.4* 1.1* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 87.4277
 
Base Pair (1709:1749)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.4* 33.9* 16.9* 0.4* -- -- -- -- -- 18.6 -- 0.2 -- -- -- -- 29.6833
3 -- 38.9* 26.2* -- -- -- -- -- -- 34.1 -- 0.4 -- -- -- -- 0.4455
B -- 52.5* 45.9* -- -- -- -- -- -- 0.8 -- 0.8 -- -- -- -- --259
A -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 2.0* 91.1* 6.9* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --101
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- 98.7 -- -- -- -- -- -- 1.3155
M 0.4* 4.7* 5.4* 1.1* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 88.4277
 
Base Pair (1710:1748)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 6.4* 20.5* 34.4* 3.7* 0.5 3.1 -- 0.1 0.2 1.0 -- -- 0.1 -- -- 0.1 29.9834
3 10.7* 25.2* 54.2* 4.2* 0.9 3.9 -- -- -- 0.4 -- -- 0.2 -- -- 0.2 --456
B 18.8* 43.1* 22.3* 5.8* 1.5 6.9 -- -- -- 0.8 -- -- 0.4 -- -- 0.4 --260
A -- 7.3* 82.9* 9.8* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 3.0* 50.5* 28.7* 8.9* -- 6.9 -- -- -- 1.0 -- -- -- -- -- -- 1.0101
E -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --155
M 0.4* 1.8* 4.0* 1.1* -- 0.4 -- 0.4 0.7 1.8 -- -- -- -- -- -- 89.5277
 
Base Pair (1711:1747)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 7.1* 26.8* 12.9* 9.0* 1.2 4.3 -- -- 0.2 -- -- 0.5 1.0 -- -- 0.5 36.5836
3 12.2* 42.1* 12.4* 12.0* 1.5 6.3 -- -- -- -- -- 0.7 1.7 -- -- 0.2 10.6458
B 9.2* 16.0* 21.4* 17.6* 2.7 11.1 -- -- -- -- -- 0.4 3.1 -- -- -- 18.8262
A 78.0* -- -- 22.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 3.0* 27.7* 39.6* 15.8* 2.0 5.0 -- -- -- -- -- 1.0 -- -- -- -- 6.0101
E -- 97.4* 0.6* -- -- -- -- -- -- -- -- 1.3 -- -- -- 0.6 --155
M -- 1.1* 4.0* 1.4* 0.4 0.7 -- -- 0.7 -- -- -- -- -- -- 1.1 90.6277
 
Base Pair (1712:1746)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 1.0* 13.9* 27.8* 3.2* 0.8 3.2 0.2 0.2 1.3 0.8 -- -- 1.1 3.2 -- 0.2 42.7835
3 0.9* 16.8* 42.9* 3.5* 0.2 5.0 0.4 0.4 2.4 1.3 -- -- 1.5 5.9 -- 0.4 18.1457
B 1.5* 14.6* 15.3* 6.1* 0.4 8.4 0.8 0.8 4.2 2.3 -- -- 2.7 10.3 -- 0.8 31.9261
A -- 85.4* 12.2* -- -- 2.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 4.0* 32.7* 24.8* 7.9* 5.9 2.0 -- -- -- 1.0 -- -- 2.0 -- -- -- 19.8101
E -- 2.6* 97.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --155
M -- 2.2* 4.0* 1.1* -- 0.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 92.1277
 

Base Pair (1716:1743)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 5.6* 5.9* 2.8* 0.8* 2.4 4.1 0.6 1.3 0.5 0.5 -- -- 0.4 0.6 -- 0.1 74.5836
3 10.3* 10.7* 3.5* 0.9* 3.9 6.6 0.4 2.2 0.7 0.2 -- -- 0.4 1.1 -- 0.2 58.9458
B 10.7* 13.7* 3.4* 1.1* 6.9 11.5 -- 3.8 1.1 0.4 -- -- 0.8 1.9 -- 0.4 44.3262
A 46.3* 31.7* 17.1* -- -- -- 4.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C -- -- 3.0 -- -- 4.0* 2.0 -- 1.0 3.0* -- -- 1.0 -- -- -- 86.2101
E -- -- -- 0.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 99.4155
M -- -- 1.4* 1.1* 0.7 -- 0.4 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- 96.1277
 
Base Pair (1717:1742)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 5.5* 4.2* 4.8* 3.9* 1.4 2.5 0.5 0.4 0.1 0.2 -- -- -- 0.7 0.4 0.4 74.9836
3 10.0* 7.2* 7.4* 6.8* 2.2 4.4 0.4 0.7 -- -- -- -- -- 0.9 0.4 0.7 58.9458
B 8.0* 10.3* 12.2* 9.2* 3.8 7.6 0.4 0.8 -- -- -- -- -- 1.5 0.8 1.1 44.3262
A 58.5* 14.6* 4.9* 17.1* -- -- 2.4 2.4 -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C -- 2.0* 2.0* 1.0 1.0* 1.0 -- -- -- -- -- -- -- 2.0 1.0 -- 90.2101
E 0.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 99.4155
M -- -- 1.4* 0.4* 0.4 -- 0.7 -- 0.4 0.7 -- -- -- -- -- -- 96.1277
 
Base Pair (1718:1741)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 6.3* 2.5* 6.5* 1.0* 1.0 4.1 -- 0.2 -- 0.1 0.1 0.1 -- -- 1.2 1.1 75.8836
3 11.6* 4.6* 11.1* 0.9* 1.5 7.2 -- 0.2 -- 0.2 -- 0.2 -- -- 1.7 1.3 59.4458
B 18.3* 3.8 11.5 1.1* 1.9 12.6* -- 0.4 -- -- -- 0.4 -- -- 3.1 2.3 44.7262
A 9.8* 26.8* 51.2* 2.4* 4.9 -- -- -- -- 2.4 -- -- -- -- -- -- 2.441
C -- -- -- 2.0* -- 1.0 -- -- -- -- -- -- -- -- 2.0* 1.0 94.1101
E 0.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 99.4155
M -- -- 1.1* 0.7* 0.4 -- -- 0.4 -- -- 0.4* -- -- -- -- 0.7 96.5277
 

Base Pair (1724:1736)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 10.0* 2.2* 2.9* 2.9* 4.2 -- 0.5 0.1 2.6 0.2 0.1 0.2 0.1 0.1 -- 0.2 73.5836
3 17.7* 3.5* 4.6* 5.2* 7.4 -- 0.7 0.2 4.8 0.4 -- 0.4 0.2 0.2 -- 0.4 54.1458
B 26.0* 6.1 6.9* 7.3 13.0 -- 1.1 0.4 8.4* -- -- 0.8* 0.4 0.4 -- 0.8 28.6262
A 31.7* -- 7.3* 12.2* -- -- -- -- -- 4.9 -- -- -- -- -- -- 43.941
C 3.0* 1.0* 3.0* -- -- -- 1.0 -- -- -- 1.0 -- -- -- -- -- 91.1101
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0155
M -- 0.4* -- -- 0.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 99.3277
 
Base Pair (1725:1735)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 15.7* 2.5* 6.0* 2.3* 0.7 0.2 -- 0.2 -- -- -- -- 0.5 0.1 -- 0.2 71.6836
3 28.2* 4.4* 9.8* 3.3* 1.3 0.2 -- 0.4 -- -- -- -- 0.9 0.2 -- -- 51.3458
B 45.0* 7.6* 16.4* 5.7* 2.3 0.4 -- 0.8 -- -- -- -- 1.5 0.4 -- -- 19.8262
A 26.8* -- 4.9* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 68.341
C 2.0* -- 5.0* 4.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.0 87.1101
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0155
M -- 0.4 -- -- -- 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 99.3277
 
Base Pair (1726:1734)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 16.0* 6.7* 2.9* 3.3* 0.5 0.7 0.4 -- -- 0.2 -- -- -- -- 0.1 -- 69.1836
3 29.0* 11.4* 1.5* 5.7* 0.9 1.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 50.4458
B 46.6* 19.8* 2.7* 9.9* 1.5 1.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 17.6262
A 26.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 73.241
C 1.0* 3.0* 15.8* 2.0* -- -- 3.0 -- -- 2.0 -- -- -- -- 1.0 -- 72.3101
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0155
M -- 0.4* 0.4* -- -- 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 99.0277
 
Base Pair (1727:1733)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 3.7* 7.4* 2.2* 7.7* 0.2 6.2 0.2 0.1 -- 0.7 0.8 0.1 1.2 -- 0.1 0.1 69.2835
3 6.8* 12.9* 2.0* 12.9* 0.4 10.5 -- 0.2 -- 0.2 1.5 -- 2.2 -- -- -- 50.3457
B 11.9* 22.6* 3.4* 22.6* 0.8 18.4 -- 0.4 -- 0.4 2.7 -- 3.8 -- -- -- 13.0261
A -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.041
C -- 2.0* 7.9* 4.0* -- 4.0 2.0 -- -- 5.0 -- 1.0 -- -- 1.0 1.0 72.3101
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0155
M -- 0.4* 0.4* 0.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 98.9277
 

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