23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 1764


Base Pair (1764:1988)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 54.4* 4.9 6.2 6.6* 4.0 0.5* 5.8 0.2 0.5 10.5* 0.1 3.2 0.2 0.1 0.4 1.7 0.5809
3 77.1* 8.1* 4.9* 3.5* 6.2 -- -- 0.2 -- -- -- -- -- -- -- -- --432
B 74.2* 14.8* 8.9* 1.3* 0.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --236
A 78.0* -- -- 12.2* 9.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 85.1* -- -- 11.9* -- -- -- 1.0 -- -- -- -- -- -- -- -- 2.0101
E 81.3* -- -- 4.5* 13.5 -- -- 0.6 -- -- -- -- -- -- -- -- --155
M 7.6* 1.8 10.5 9.4* 1.8 1.4* 17.0 -- 1.4 30.8* 0.4 9.4 0.7 0.4 1.1 5.1 1.2276
 
Base Pair (1765:1987)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 35.0* 26.7* 10.9* 19.5* 0.9 0.1 0.6 1.2 0.1 -- 0.5 1.2 -- -- 1.6 1.4 0.2809
3 54.2* 27.8* 14.4* 1.9* 0.9 -- -- -- -- -- 0.5 -- -- -- -- 0.2 0.2432
B 19.9* 50.8* 25.8* -- 1.7 -- -- -- -- -- 0.8 -- -- -- -- 0.4 0.4236
A 82.9* -- 2.4* 14.6* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C -- 88.1* 10.9* 1.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --101
E 98.7* -- -- 1.3* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --155
M 17.8* 2.5* 5.4* 54.0* 1.1 0.4 1.8 3.6 0.4 -- 0.7 3.6 -- -- 4.7 3.6 0.4276
 
Base Pair (1766:1986)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 40.2* 25.5* 6.4* 24.1* 0.2 0.5 0.1 0.7 -- 0.1 0.4 0.2 0.2 -- -- 1.1 0.1809
3 62.7* 28.0* 2.1* 6.5* -- -- -- -- -- -- 0.5 -- -- -- -- -- 0.2432
B 36.4* 49.6* 2.5* 10.2* -- -- -- -- -- -- 0.8 -- -- -- -- -- 0.4236
A 80.5* 9.8* -- 9.8* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 1.0* 80.2* 17.8* -- -- 1.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --101
E 98.1* -- 1.9* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --155
M 19.2* 1.4* 9.1* 60.5* 0.7 1.1 0.4 2.2 -- 0.4 0.4 0.7 0.7 -- -- 3.3 --276
 
Base Pair (1767:1985)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 32.9* 26.6* 5.1* 31.5* 1.2 0.7 -- 1.1 -- -- 0.2 0.1 0.1 -- -- 0.1 0.2809
3 34.3* 27.1* -- 36.3* 0.2 1.2 -- -- -- -- 0.5 -- 0.2 -- -- -- 0.2432
B 45.8* 49.6* -- 0.8* -- 2.1 -- -- -- -- 0.8 -- 0.4 -- -- -- 0.4236
A 97.6* -- -- 2.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C -- 95.0* 2.0* 2.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.0101
E -- -- -- 99.4 0.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --155
M 42.8* 0.7* 14.1* 34.8* 3.3 0.4 -- 3.3 -- -- -- 0.4 -- -- -- 0.4 --276
 
Base Pair (1768:1984)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 3.0* 25.1* 6.1* 46.4* 7.9 3.7 0.1 0.1 -- -- 0.1 0.4 -- 0.9 0.1 5.9 0.1808
3 2.6* 14.8* 0.7* 64.5* 4.9 2.3 -- 0.2 -- -- -- 0.7 -- -- -- 9.0 0.2431
B 2.1* 23.7* -- 49.6* 3.4 3.4 -- -- -- -- -- 1.3 -- -- -- 16.1 0.4236
A 15.0 20.0* -- 25.0 32.5* 5.0 -- 2.5* -- -- -- -- -- -- -- -- --40
C -- 1.0* 9.9* 78.2* 10.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --101
E -- -- 1.9* 97.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.6 --155
M 4.7 50.0* 13.0* 6.5 11.6* 7.2 0.4 -- -- -- 0.4 -- -- 2.5 0.4 3.3 --276
 
Base Pair (1769:1983)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 19.3* 25.2* 26.4* 16.0* 1.7 7.9 -- 0.1 0.1 2.1 -- -- 0.1 -- -- 0.6 0.3808
3 18.5* 6.7* 37.5* 17.1* 2.8 13.7 -- -- 0.2 2.5 -- -- -- -- -- 0.5 0.4432
B 33.9* -- -- 30.5* 5.1 24.2* -- -- 0.4 4.7* -- -- -- -- -- 0.8 0.4236
A -- 61.0* 31.7* 4.9* -- 2.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 69.3* -- 1.0* 28.7* -- -- -- 1.0 -- -- -- -- -- -- -- -- --101
E -- 2.6* 96.1* -- -- 0.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.6155
M 2.2* 63.6* 18.2* 9.5* 0.7 1.8 -- -- -- 2.2 -- -- 0.4 -- -- 1.1 0.4275
 
Base Pair (1770:1982)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 10.8 41.4* 2.8* 4.3 30.8* 8.0 0.1 -- 0.1 0.1 -- 0.9 0.2 -- -- -- 0.3809
3 13.7 47.2* 0.2* 1.4 35.4* 0.5 -- -- -- -- -- 1.2 0.2 -- -- -- 0.2432
B 24.2 5.5* -- 2.5 64.8* -- -- -- -- -- -- 2.1 0.4 -- -- -- 0.4236
A 4.9* 90.2* -- -- -- 4.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 3.0 -- -- 1.0 93.1 -- -- -- -- -- -- -- 1.0 -- -- -- 2.0101
E -- 99.4* 0.6* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --155
M 9.1* 47.5* 8.0* 10.1* 0.7 22.8 0.4 -- 0.4 0.4 -- 0.7 -- -- -- -- --276
 

Base Pair (1771:1980)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 1.7* 90.1* 0.4* 1.0* -- 6.0 -- -- 0.2 -- 0.1 -- -- -- -- 0.4 0.1815
3 2.5* 86.8* -- -- -- 9.5 -- -- 0.2 -- 0.2 -- -- -- -- 0.5* 0.2432
B 3.4* 95.8* -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4 -- -- -- -- -- 0.4236
A 7.3* 48.8* -- -- -- 39.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 4.9* --41
C 1.0* 98.0* -- -- -- -- -- -- 1.0 -- -- -- -- -- -- -- --101
E -- 83.2 -- -- -- 16.1 -- -- 0.6 -- -- -- -- -- -- -- --155
M 0.7* 92.2* 1.1* 2.8* -- 2.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4 --282
 
Base Pair (1772:1979)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 82.7* -- -- 14.0* 2.0 -- -- 0.4 -- 0.1* 0.2 -- 0.1 0.1 -- 0.2 0.1815
3 80.8* -- -- 14.6* 3.5 -- -- 0.7 -- -- -- -- 0.2 -- -- -- 0.2432
B 75.4* -- -- 22.5* 0.4 -- -- 1.3 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4236
A 95.1* -- -- 2.4* -- -- -- -- -- -- -- -- 2.4 -- -- -- --41
C 85.1* -- -- 14.9* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --101
E 85.2* -- -- 5.8* 9.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --155
M 84.8* -- -- 12.8* 0.4 -- -- -- -- 0.4* 0.7 -- -- 0.4 -- 0.7 --282
 

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