23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 1764
Base Pair (1764:1988)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
54.4* |
4.9 |
6.2 |
6.6* |
4.0 |
0.5* |
5.8 |
0.2 |
0.5 |
10.5* |
0.1 |
3.2 |
0.2 |
0.1 |
0.4 |
1.7 |
0.5 | 809 |
3 |
77.1* |
8.1* |
4.9* |
3.5* |
6.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 432 |
B |
74.2* |
14.8* |
8.9* |
1.3* |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 236 |
A |
78.0* |
-- |
-- |
12.2* |
9.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
85.1* |
-- |
-- |
11.9* |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 101 |
E |
81.3* |
-- |
-- |
4.5* |
13.5 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
M |
7.6* |
1.8 |
10.5 |
9.4* |
1.8 |
1.4* |
17.0 |
-- |
1.4 |
30.8* |
0.4 |
9.4 |
0.7 |
0.4 |
1.1 |
5.1 |
1.2 | 276 |
|
Base Pair (1765:1987)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
35.0* |
26.7* |
10.9* |
19.5* |
0.9 |
0.1 |
0.6 |
1.2 |
0.1 |
-- |
0.5 |
1.2 |
-- |
-- |
1.6 |
1.4 |
0.2 | 809 |
3 |
54.2* |
27.8* |
14.4* |
1.9* |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 | 432 |
B |
19.9* |
50.8* |
25.8* |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 | 236 |
A |
82.9* |
-- |
2.4* |
14.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
-- |
88.1* |
10.9* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
E |
98.7* |
-- |
-- |
1.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
M |
17.8* |
2.5* |
5.4* |
54.0* |
1.1 |
0.4 |
1.8 |
3.6 |
0.4 |
-- |
0.7 |
3.6 |
-- |
-- |
4.7 |
3.6 |
0.4 | 276 |
|
Base Pair (1766:1986)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
40.2* |
25.5* |
6.4* |
24.1* |
0.2 |
0.5 |
0.1 |
0.7 |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
1.1 |
0.1 | 809 |
3 |
62.7* |
28.0* |
2.1* |
6.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 432 |
B |
36.4* |
49.6* |
2.5* |
10.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 236 |
A |
80.5* |
9.8* |
-- |
9.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
1.0* |
80.2* |
17.8* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
E |
98.1* |
-- |
1.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
M |
19.2* |
1.4* |
9.1* |
60.5* |
0.7 |
1.1 |
0.4 |
2.2 |
-- |
0.4 |
0.4 |
0.7 |
0.7 |
-- |
-- |
3.3 |
-- | 276 |
|
Base Pair (1767:1985)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
32.9* |
26.6* |
5.1* |
31.5* |
1.2 |
0.7 |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 | 809 |
3 |
34.3* |
27.1* |
-- |
36.3* |
0.2 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 432 |
B |
45.8* |
49.6* |
-- |
0.8* |
-- |
2.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 236 |
A |
97.6* |
-- |
-- |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
-- |
95.0* |
2.0* |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 101 |
E |
-- |
-- |
-- |
99.4 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
M |
42.8* |
0.7* |
14.1* |
34.8* |
3.3 |
0.4 |
-- |
3.3 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 276 |
|
Base Pair (1768:1984)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
3.0* |
25.1* |
6.1* |
46.4* |
7.9 |
3.7 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.9 |
0.1 |
5.9 |
0.1 | 808 |
3 |
2.6* |
14.8* |
0.7* |
64.5* |
4.9 |
2.3 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
9.0 |
0.2 | 431 |
B |
2.1* |
23.7* |
-- |
49.6* |
3.4 |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
16.1 |
0.4 | 236 |
A |
15.0 |
20.0* |
-- |
25.0 |
32.5* |
5.0 |
-- |
2.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 40 |
C |
-- |
1.0* |
9.9* |
78.2* |
10.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
E |
-- |
-- |
1.9* |
97.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- | 155 |
M |
4.7 |
50.0* |
13.0* |
6.5 |
11.6* |
7.2 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
2.5 |
0.4 |
3.3 |
-- | 276 |
|
Base Pair (1769:1983)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
19.3* |
25.2* |
26.4* |
16.0* |
1.7 |
7.9 |
-- |
0.1 |
0.1 |
2.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 |
0.3 | 808 |
3 |
18.5* |
6.7* |
37.5* |
17.1* |
2.8 |
13.7 |
-- |
-- |
0.2 |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.4 | 432 |
B |
33.9* |
-- |
-- |
30.5* |
5.1 |
24.2* |
-- |
-- |
0.4 |
4.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.4 | 236 |
A |
-- |
61.0* |
31.7* |
4.9* |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
69.3* |
-- |
1.0* |
28.7* |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
E |
-- |
2.6* |
96.1* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 155 |
M |
2.2* |
63.6* |
18.2* |
9.5* |
0.7 |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
1.1 |
0.4 | 275 |
|
Base Pair (1770:1982)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
10.8 |
41.4* |
2.8* |
4.3 |
30.8* |
8.0 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.9 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 809 |
3 |
13.7 |
47.2* |
0.2* |
1.4 |
35.4* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 432 |
B |
24.2 |
5.5* |
-- |
2.5 |
64.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.1 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 236 |
A |
4.9* |
90.2* |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
3.0 |
-- |
-- |
1.0 |
93.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 101 |
E |
-- |
99.4* |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
M |
9.1* |
47.5* |
8.0* |
10.1* |
0.7 |
22.8 |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 276 |
|
|
Base Pair (1771:1980)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
1.7* |
90.1* |
0.4* |
1.0* |
-- |
6.0 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.1 | 815 |
3 |
2.5* |
86.8* |
-- |
-- |
-- |
9.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5* |
0.2 | 432 |
B |
3.4* |
95.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 236 |
A |
7.3* |
48.8* |
-- |
-- |
-- |
39.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.9* |
-- | 41 |
C |
1.0* |
98.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
E |
-- |
83.2 |
-- |
-- |
-- |
16.1 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
M |
0.7* |
92.2* |
1.1* |
2.8* |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 282 |
|
Base Pair (1772:1979)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
82.7* |
-- |
-- |
14.0* |
2.0 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.1* |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 | 815 |
3 |
80.8* |
-- |
-- |
14.6* |
3.5 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 432 |
B |
75.4* |
-- |
-- |
22.5* |
0.4 |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 236 |
A |
95.1* |
-- |
-- |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
C |
85.1* |
-- |
-- |
14.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
E |
85.2* |
-- |
-- |
5.8* |
9.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
M |
84.8* |
-- |
-- |
12.8* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
0.7 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.7 |
-- | 282 |
|
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