23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 1792
| Base Pair (1792:1827)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.0 |
-- |
0.4* |
2.7 |
81.0* |
-- |
-- |
9.1* |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.1 |
3.1 |
0.8 | 842 |
| 3 |
2.6 |
-- |
-- |
0.7 |
95.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 458 |
| B |
0.8 |
-- |
-- |
0.8 |
97.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- | 262 |
| A |
24.4 |
-- |
-- |
-- |
75.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
2.0 |
-- |
-- |
3.0 |
95.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
98.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
1.1 |
-- |
1.1* |
6.0 |
52.3* |
-- |
-- |
27.2* |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
0.4 |
8.5 |
2.5 | 283 |
| |
| Base Pair (1793:1826)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
35.2* |
61.4* |
0.2* |
1.4* |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- | 842 |
| 3 |
36.0* |
62.2* |
-- |
1.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- | 458 |
| B |
49.2* |
48.5* |
-- |
1.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 262 |
| A |
78.0* |
19.5* |
-- |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
99.0* |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
2.6* |
96.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6* |
-- | 155 |
| M |
11.0* |
82.0* |
0.7* |
1.8* |
3.5 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 283 |
| |
| Base Pair (1794:1825)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.9* |
22.7 |
12.2 |
33.7* |
2.4 |
25.9* |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.9 | 842 |
| 3 |
3.1* |
1.1 |
12.0 |
53.9* |
4.4 |
25.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 458 |
| B |
1.9* |
1.1 |
14.5 |
42.4* |
7.3 |
32.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 262 |
| A |
4.9* |
4.9 |
17.1 |
2.4* |
-- |
70.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
97.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
4.5* |
-- |
6.5* |
87.1* |
0.6 |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
0.7* |
65.7* |
15.9* |
13.1* |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
2.5 | 283 |
| |
| Base Pair (1795:1824)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.7* |
51.4* |
41.2* |
2.3* |
0.4 |
2.0 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.7 | 842 |
| 3 |
2.8* |
59.6* |
31.7* |
2.2* |
0.2 |
3.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 458 |
| B |
-- |
93.1* |
-- |
1.1* |
0.4 |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 262 |
| A |
29.3* |
70.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
95.0* |
-- |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 | 101 |
| E |
0.6* |
-- |
93.5* |
4.5* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 155 |
| M |
0.4* |
22.6* |
71.4* |
2.5* |
0.7 |
1.1 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.7 | 283 |
| |
| Base Pair (1796:1823)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.5* |
27.1 |
25.3 |
3.2* |
0.5 |
42.0* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.5 |
0.6 | 841 |
| 3 |
0.9* |
16.2 |
28.2 |
3.1* |
-- |
51.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 | 457 |
| B |
-- |
10.0 |
1.9 |
0.8* |
-- |
87.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 261 |
| A |
7.3* |
61.0* |
7.3* |
24.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
94.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- | 101 |
| E |
0.6* |
14.8* |
78.1* |
1.3* |
-- |
3.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 | 155 |
| M |
-- |
54.4* |
28.6* |
4.6* |
1.4 |
8.8 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
1.5 | 283 |
| |
| Base Pair (1797:1822)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
22.9* |
51.8* |
15.0* |
3.9* |
0.2 |
2.1 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
2.9 | 841 |
| 3 |
40.5* |
46.6* |
5.3* |
4.4* |
0.4 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.6 | 457 |
| B |
18.0* |
67.4* |
4.2* |
7.7* |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 261 |
| A |
-- |
82.9* |
7.3* |
-- |
-- |
9.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
98.0* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 101 |
| E |
89.0* |
1.9* |
6.5* |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 | 155 |
| M |
2.8* |
43.8* |
35.7* |
4.6* |
-- |
3.2 |
-- |
-- |
-- |
2.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
7.1 | 283 |
| |
| Base Pair (1798:1821)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.4* |
29.0* |
47.7* |
16.4* |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
2.9 | 842 |
| 3 |
0.7* |
31.4* |
63.5* |
1.7* |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 458 |
| B |
-- |
1.9* |
98.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 262 |
| A |
4.9* |
63.4* |
14.6* |
17.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
95.0* |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 101 |
| E |
0.6* |
72.9* |
18.1* |
0.6* |
-- |
6.5 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 155 |
| M |
-- |
1.4* |
38.2* |
45.9* |
-- |
2.1 |
-- |
-- |
0.4 |
0.7 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
2.5 |
8.1 | 283 |
| |
| Base Pair (1799:1820)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
22.1 |
-- |
0.1* |
0.6 |
73.2* |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
3.5 | 842 |
| 3 |
40.0 |
-- |
-- |
-- |
58.3* |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 | 458 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 262 |
| A |
90.2 |
-- |
-- |
-- |
9.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
96.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
97.4 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 155 |
| M |
0.7 |
-- |
0.4* |
1.8 |
89.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.1 | 283 |
| |
|
| Base Pair (1800:1817) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
64.6* |
1.1* |
16.5* |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
0.2 |
0.1 |
8.2 |
0.4 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.9 | 842 |
| 3 |
-- |
66.6* |
0.9* |
29.5* |
0.2 |
0.2 |
0.4 |
0.4 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 | 458 |
| B |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 262 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
39.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
60.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
-- |
1.3* |
5.8* |
87.1* |
0.6 |
0.6 |
1.3 |
1.3 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.3 | 155 |
| M |
-- |
70.3* |
1.8* |
1.4* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
2.8 |
1.1 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
21.6 | 283 |
| |
|
| Base Pair (1803:1814) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.5 |
0.4 |
0.6* |
1.5 |
20.2* |
0.1 |
7.6 |
2.6 |
37.5* |
0.2 |
0.1* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
28.2 | 840 |
| 3 |
0.9 |
0.7 |
0.2* |
0.9 |
37.3* |
-- |
0.2 |
2.0 |
55.9* |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
1.3 | 456 |
| B |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
98.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 259 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
75.6* |
-- |
-- |
17.1* |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
53.5 |
11.9 |
29.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 101 |
| E |
2.6 |
1.9* |
0.6* |
1.9 |
89.1* |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.2 | 156 |
| M |
-- |
-- |
1.4* |
1.8 |
-- |
0.4 |
3.2 |
0.4 |
10.6* |
0.7 |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
81.3 | 283 |
| |
| Base Pair (1804:1813)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
22.7* |
27.7* |
9.6* |
10.0* |
0.1 |
0.6 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
28.4 | 840 |
| 3 |
18.9* |
49.1* |
15.4* |
13.8* |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.3 | 456 |
| B |
32.4* |
42.5* |
2.7* |
22.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 259 |
| A |
-- |
78.0* |
22.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
90.1* |
-- |
3.0* |
5.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
1.3* |
52.6* |
34.6* |
3.2* |
-- |
3.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.8 | 156 |
| M |
4.9* |
3.2* |
2.8* |
5.7* |
0.4 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.3 | 283 |
| |
| Base Pair (1805:1812)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.6* |
29.4* |
25.7* |
10.7* |
0.2 |
1.8 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
27.8 | 840 |
| 3 |
6.1* |
53.5* |
20.2* |
15.8* |
0.4 |
3.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 456 |
| B |
6.2* |
30.1* |
35.1* |
27.8* |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 259 |
| A |
-- |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
97.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- | 101 |
| E |
4.5* |
80.8* |
0.6* |
-- |
1.3 |
7.7 |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.8 | 156 |
| M |
0.7* |
1.1* |
9.2* |
6.4* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.3 | 283 |
| |
| Base Pair (1806:1811)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.0* |
52.5* |
5.6* |
4.9* |
0.5 |
1.4 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
-- |
1.0 |
28.5 | 840 |
| 3 |
7.0* |
74.8* |
5.5* |
8.8* |
0.2 |
2.0 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.7 |
-- |
-- |
0.6 | 456 |
| B |
-- |
90.3* |
4.2* |
1.9* |
-- |
3.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 259 |
| A |
4.9* |
92.7* |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
89.1* |
5.0* |
-- |
2.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
1.0 | 101 |
| E |
19.2* |
44.2* |
5.1* |
22.4* |
0.6 |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.9 |
-- |
-- |
4.4 | 156 |
| M |
3.5* |
3.5* |
6.0* |
0.4* |
0.4 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.1 |
83.4 | 283 |
| |
Last generated : Mon Jul 2 2001 (16 : 9)