23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 183
Base Pair (183:214)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
-- |
71.8* |
1.6* |
0.1* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
25.7 | 834 |
3 |
-- |
97.5* |
1.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- | 484 |
B |
-- |
99.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 270 |
A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
-- |
94.4* |
5.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 178 |
M |
-- |
10.8* |
1.6* |
0.4* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
86.0 | 250 |
|
|
Base Pair (184:212)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
10.7* |
55.4* |
5.6* |
0.7* |
1.9 |
0.4 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
24.7 | 834 |
3 |
17.8* |
77.7* |
1.7* |
-- |
2.3 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 484 |
B |
22.6* |
71.5* |
0.7* |
-- |
4.1 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 270 |
A |
36.1* |
55.6* |
8.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
C |
-- |
82.0* |
18.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
6.7* |
91.6* |
1.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 178 |
M |
1.2* |
1.6* |
8.4* |
2.4* |
2.0 |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
82.8 | 250 |
|
Base Pair (185:211)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
6.6* |
48.3* |
15.1* |
4.0* |
0.4 |
0.5 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
24.8 | 835 |
3 |
10.7* |
69.3* |
14.2* |
4.1* |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- | 485 |
B |
15.6* |
50.0* |
24.8* |
7.4* |
1.1 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- | 270 |
A |
8.3* |
88.9* |
2.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
C |
2.0* |
59.0* |
38.0* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
3.9* |
94.4* |
0.6* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 179 |
M |
0.4* |
3.2* |
7.6* |
5.2* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.8 | 250 |
|
Base Pair (186:210)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
48.3* |
4.2* |
4.8* |
16.0* |
1.6 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
24.7 | 835 |
3 |
72.6* |
6.8* |
5.8* |
12.4* |
2.3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 485 |
B |
71.1* |
-- |
4.4* |
21.1* |
3.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 270 |
A |
33.3* |
55.6* |
11.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
C |
45.0* |
-- |
-- |
52.0* |
2.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
82.7* |
7.3* |
6.7* |
1.7* |
1.1 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 179 |
M |
2.4* |
0.8* |
4.8* |
8.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
82.8 | 250 |
|
Base Pair (187:209)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
41.9* |
28.3* |
2.4* |
1.9* |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
24.9 | 833 |
3 |
47.4* |
48.0* |
3.7* |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 483 |
B |
79.2* |
19.7* |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 269 |
A |
44.4* |
55.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
C |
93.0* |
2.0* |
-- |
4.0* |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
-- |
89.3* |
10.1* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 178 |
M |
10.8* |
0.8* |
0.8* |
4.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.8 | 250 |
|
Base Pair (188:208)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
18.8* |
7.4* |
28.6* |
1.1* |
-- |
12.0 |
-- |
2.9 |
-- |
3.8 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
25.1 | 836 |
3 |
31.1* |
5.8* |
41.4* |
1.0* |
-- |
8.2 |
-- |
4.9 |
-- |
6.4 |
0.4 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 486 |
B |
49.4* |
4.1* |
17.7* |
0.4* |
-- |
12.9 |
-- |
8.9 |
-- |
4.8 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 | 271 |
A |
36.1* |
47.2* |
-- |
11.1* |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
C |
3.0* |
22.0 |
18.0 |
1.0* |
-- |
55.0* |
-- |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
2.2* |
-- |
85.5* |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
10.1 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- | 179 |
M |
1.2* |
4.8* |
8.0* |
1.2* |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.8 | 250 |
|
|
Base Pair (194:201)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
53.3* |
0.4* |
21.8* |
21.3* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
2.1 | 840 |
3 |
63.2* |
-- |
36.2* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 486 |
B |
99.3* |
-- |
-- |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 271 |
A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
C |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
1.1* |
-- |
98.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 179 |
M |
16.1* |
1.2* |
2.8* |
69.7* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
6.7 | 254 |
|
Base Pair (195:200)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
-- |
-- |
1.2* |
95.8* |
0.1 |
-- |
0.5 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.1 | 840 |
3 |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 486 |
B |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 271 |
A |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
E |
-- |
-- |
-- |
98.9 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 179 |
M |
-- |
-- |
3.9* |
87.0* |
-- |
-- |
1.6 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
6.7 | 254 |
|
Last generated : Mon Jul 2 2001 (16 : 9)