23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 1835
| Base Pair (1835:1905)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
98.1* |
-- |
0.1* |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 851 |
| 3 |
99.8 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 439 |
| B |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
95.2* |
-- |
0.3* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
3.2 | 311 |
| |
| Base Pair (1836:1904)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.7* |
95.5* |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 | 852 |
| 3 |
5.2* |
94.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 440 |
| B |
0.8* |
99.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 244 |
| A |
51.2* |
48.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 155 |
| M |
-- |
95.5* |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.5 | 311 |
| |
| Base Pair (1837:1903)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
92.8* |
4.6* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
1.2 | 852 |
| 3 |
-- |
96.4* |
3.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 440 |
| B |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 244 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
97.0* |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
-- |
89.7* |
10.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
-- |
86.5* |
6.4* |
-- |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
3.2 | 311 |
| |
|
| Base Pair (1840:1902)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
87.3* |
3.5* |
0.2* |
6.3* |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
1.4 | 852 |
| 3 |
92.5* |
4.3* |
-- |
2.5* |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 440 |
| B |
95.5* |
-- |
-- |
4.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 244 |
| A |
53.7* |
46.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
97.0* |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 101 |
| E |
98.1 |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
76.8* |
3.5* |
0.6* |
13.5* |
0.3 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
3.2 | 311 |
| |
| Base Pair (1841:1901)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
98.5 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 852 |
| 3 |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 440 |
| B |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 244 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
-- |
-- |
95.8 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.2 | 311 |
| |
|
| Base Pair (1842:1898)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
97.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
1.3 | 852 |
| 3 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
98.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 440 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 244 |
| A |
9.8 |
-- |
-- |
-- |
90.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
94.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.3 |
-- |
-- |
3.5 | 311 |
| |
| Base Pair (1843:1897)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.5* |
65.2* |
1.3* |
28.3* |
0.5 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
1.6 | 851 |
| 3 |
4.3* |
95.2* |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 440 |
| B |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 244 |
| A |
46.3* |
53.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 155 |
| M |
0.6* |
11.3* |
3.5* |
77.7* |
1.3 |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.3 |
-- |
-- |
4.2 | 310 |
| |
| Base Pair (1844:1896)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.3* |
46.7* |
25.2* |
3.6* |
-- |
17.8 |
-- |
-- |
0.1 |
0.6 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.1 | 852 |
| 3 |
1.6* |
25.7* |
38.0* |
1.8* |
-- |
32.5 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 440 |
| B |
-- |
34.8* |
64.3* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 244 |
| A |
17.1* |
58.5* |
17.1* |
7.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
91.1* |
5.9* |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
-- |
2.6 |
1.9 |
3.2* |
-- |
91.6* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
1.3* |
62.1* |
13.5* |
6.4* |
-- |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
11.2 | 311 |
| |
| Base Pair (1845:1895)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
42.9* |
19.9* |
2.3* |
4.5* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
30.0 | 860 |
| 3 |
56.0* |
37.3* |
2.2* |
4.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 448 |
| B |
83.7* |
10.7* |
0.4* |
4.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 252 |
| A |
97.6* |
-- |
-- |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
92.1* |
-- |
-- |
7.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
-- |
90.3* |
5.8* |
3.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
8.0* |
1.3* |
3.2* |
4.2* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.9 | 311 |
| |
| Base Pair (1846:1894)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
64.7* |
0.1* |
1.0* |
0.6* |
0.2 |
0.3 |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.9 |
0.1 |
30.2 | 864 |
| 3 |
96.0* |
-- |
1.1* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 452 |
| B |
95.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 257 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
99.0* |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
95.5* |
-- |
3.2* |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
8.0* |
0.3 |
1.0 |
1.6* |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
2.6 |
0.3 |
83.9 | 311 |
| |
|
| Base Pair (1849:1893)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
43.1* |
3.5 |
2.5 |
1.9* |
0.2 |
16.4* |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
30.7 | 864 |
| 3 |
55.8* |
6.6 |
3.8 |
-- |
-- |
31.2* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
0.4 | 452 |
| B |
95.3* |
3.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 256 |
| A |
19.5* |
48.8* |
31.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
95.0* |
-- |
-- |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
1.0 | 101 |
| E |
-- |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
91.0* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
1.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.9 |
-- | 155 |
| M |
7.7* |
-- |
1.6* |
4.2* |
0.6 |
0.3 |
-- |
0.3 |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
84.5 | 311 |
| |
| Base Pair (1850:1892)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
63.6* |
1.8* |
0.8* |
2.2* |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
30.8 | 865 |
| 3 |
93.4* |
2.9* |
-- |
2.9* |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 453 |
| B |
94.2* |
-- |
-- |
5.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 257 |
| A |
68.3* |
31.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
97.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 101 |
| E |
98.7 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
9.3* |
1.0* |
2.3* |
1.9* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
84.8 | 311 |
| |
| Base Pair (1851:1891)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.3 |
1.3 |
-- |
-- |
65.5* |
0.7* |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1* |
-- |
0.3 |
0.2 |
0.6 |
0.1 |
30.4 | 867 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 455 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 259 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
-- |
1.0 |
3.5 |
-- |
-- |
3.9* |
1.9* |
-- |
0.3 |
0.6 |
0.3* |
-- |
1.0 |
0.6 |
1.6 |
0.3 |
84.9 | 311 |
| |
|
| Base Pair (1855:1887) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
13.3 |
0.7* |
0.1 |
6.9 |
13.6* |
-- |
1.2* |
1.4 |
0.8 |
0.2 |
0.2 |
0.8 |
0.3 |
-- |
7.2* |
0.2 |
53.0 | 867 |
| 3 |
8.8 |
-- |
-- |
8.6 |
22.4* |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
0.2* |
0.4 |
0.7 |
-- |
-- |
13.6* |
0.2 |
43.0 | 455 |
| B |
15.4 |
-- |
-- |
15.1 |
39.4* |
-- |
-- |
3.5 |
-- |
0.4* |
0.8 |
1.2 |
-- |
-- |
23.9* |
0.4 |
-- | 259 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 41 |
| C |
68.3* |
-- |
-- |
17.8* |
9.9 |
-- |
3.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 155 |
| M |
1.9 |
1.9* |
0.3 |
1.0 |
1.9* |
-- |
2.3* |
0.6 |
2.3 |
0.3 |
-- |
1.3 |
1.0 |
-- |
-- |
0.3 |
84.9 | 311 |
| |
| Base Pair (1856:1886) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
18.6* |
0.6* |
1.0* |
15.8* |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
9.9 |
53.1 | 867 |
| 3 |
13.2* |
0.4* |
0.2* |
24.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
18.9 |
43.1 | 455 |
| B |
23.2* |
0.8* |
0.4* |
42.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
33.2 |
-- | 259 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 41 |
| C |
97.0* |
-- |
-- |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 155 |
| M |
1.0* |
1.0* |
2.6* |
7.7* |
0.3 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
85.2 | 311 |
| |
|
| Base Pair (1858:1884) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2 |
0.3 |
0.9 |
1.3 |
0.2 |
-- |
3.2 |
-- |
19.9* |
0.5 |
-- |
-- |
20.3* |
-- |
-- |
-- |
53.1 | 868 |
| 3 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
20.4* |
-- |
-- |
-- |
35.3* |
-- |
-- |
-- |
43.2 | 456 |
| B |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
35.8* |
-- |
-- |
-- |
61.9* |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 260 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
21.8 |
-- |
75.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 155 |
| M |
0.6 |
0.3* |
2.6 |
2.6* |
0.6 |
-- |
1.0 |
-- |
1.3 |
1.3 |
-- |
-- |
4.8* |
-- |
-- |
-- |
84.9 | 311 |
| |
| Base Pair (1859:1883) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
10.9* |
0.3 |
0.6 |
1.7 |
1.7 |
0.3 |
0.5 |
0.2 |
19.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
10.4* |
53.3 | 869 |
| 3 |
1.3* |
0.4 |
-- |
0.2 |
0.7 |
-- |
0.4 |
0.4 |
34.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
18.6* |
42.9 | 457 |
| B |
2.3* |
0.8 |
-- |
0.4 |
1.1 |
-- |
0.8 |
0.8 |
60.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
32.6* |
-- | 261 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 41 |
| C |
88.1* |
-- |
-- |
5.0* |
5.9 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 155 |
| M |
-- |
0.3 |
1.6* |
2.9 |
1.9* |
1.0 |
0.3 |
-- |
3.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
1.6 |
86.2 | 311 |
| |
| Base Pair (1860:1882)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
11.3 |
4.9* |
9.1 |
2.8* |
14.7 |
4.1 |
1.4 |
-- |
0.2 |
2.3 |
-- |
0.1 |
14.8* |
0.1 |
-- |
2.6 |
31.4 | 869 |
| 3 |
20.8 |
7.4* |
1.1 |
2.2 |
25.8 |
1.1 |
2.6 |
-- |
0.4 |
4.4 |
-- |
0.2 |
28.2* |
0.2 |
-- |
4.2* |
1.3 | 457 |
| B |
33.7 |
2.7 |
-- |
3.1 |
44.4* |
0.4* |
-- |
-- |
0.4 |
7.7* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
7.3 |
-- | 261 |
| A |
2.4* |
65.9* |
-- |
-- |
2.4 |
7.3 |
17.1* |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
5.9* |
60.4* |
2.0* |
-- |
30.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 101 |
| E |
3.9 |
-- |
3.2 |
1.3* |
0.6 |
0.6* |
3.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.6* |
0.6 |
-- |
-- |
3.8 | 155 |
| M |
1.0* |
1.0* |
4.2* |
3.9* |
3.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
85.8 | 311 |
| |
| Base Pair (1861:1881)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
13.7* |
13.2* |
23.4* |
8.2* |
0.9 |
8.7 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
31.3 | 869 |
| 3 |
24.9* |
21.9* |
38.9* |
10.9* |
0.9 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 | 457 |
| B |
43.7* |
22.2* |
12.3* |
19.2* |
1.5 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 261 |
| A |
-- |
95.1* |
4.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
5.9 |
17.8 |
1.0 |
2.0* |
70.3* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- | 101 |
| E |
-- |
1.9* |
92.9* |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.2 | 155 |
| M |
1.6* |
2.9* |
2.3* |
6.4* |
0.6 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
85.8 | 311 |
| |
| Base Pair (1862:1880)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
19.9 |
6.1* |
5.4* |
4.6 |
30.3* |
1.0 |
-- |
0.1* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.7 |
31.1 | 869 |
| 3 |
35.2 |
10.1* |
9.0* |
3.9 |
37.6* |
1.1 |
-- |
0.2* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
0.7 |
1.3 | 457 |
| B |
3.1 |
5.7* |
15.7* |
6.5 |
65.9* |
1.1 |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
0.4 | 261 |
| A |
19.5* |
73.2* |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
10.9 |
-- |
-- |
-- |
83.2* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
3.0 |
1.0 | 101 |
| E |
93.5* |
0.6* |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
3.2 | 155 |
| M |
0.3* |
2.3* |
1.9* |
7.1* |
2.3 |
1.0 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
84.9 | 311 |
| |
| Base Pair (1863:1879)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
34.3* |
7.9* |
1.2* |
16.9* |
1.0 |
1.4 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
36.6 | 869 |
| 3 |
40.7* |
13.8* |
0.7* |
30.4* |
0.7 |
0.7 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
0.2 |
11.8 | 457 |
| B |
58.2* |
22.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
18.8 | 261 |
| A |
73.2* |
12.2* |
7.3* |
-- |
-- |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
97.0* |
-- |
2.0* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
2.6* |
-- |
-- |
89.7* |
1.9 |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
3.2 | 155 |
| M |
4.5* |
1.9 |
1.6 |
2.3* |
1.9 |
2.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
84.9 | 311 |
| |
| Base Pair (1864:1878)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.8* |
0.8 |
1.3 |
13.8* |
0.6 |
37.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
0.2 |
2.9 |
36.9 | 869 |
| 3 |
7.4* |
1.3 |
0.4 |
24.9* |
-- |
45.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
0.4 |
5.5 |
12.1 | 457 |
| B |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
80.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
18.4 | 261 |
| A |
82.9* |
12.2* |
-- |
4.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
97.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
-- |
0.6* |
-- |
72.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
6.5 |
-- |
-- |
-- |
16.1 |
4.5 | 155 |
| M |
2.6* |
0.3 |
1.9 |
1.9* |
1.6 |
6.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
85.5 | 311 |
| |
|
| Base Pair (1867:1874)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
29.6* |
1.7* |
7.2* |
1.7* |
0.9 |
0.2 |
-- |
0.3 |
0.5 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
57.5 | 869 |
| 3 |
50.3* |
-- |
2.6* |
1.5* |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
44.0 | 457 |
| B |
88.1* |
-- |
4.6* |
2.7* |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
1.9 | 261 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 41 |
| C |
21.8* |
14.9* |
48.5* |
5.9* |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
4.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 101 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 155 |
| M |
1.6* |
-- |
0.6 |
0.6* |
-- |
0.6* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
95.5 | 311 |
| |
| Base Pair (1868:1873)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.6* |
23.7* |
6.1* |
1.3* |
0.5 |
8.7 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
57.4 | 869 |
| 3 |
1.1* |
38.7* |
1.1* |
1.1* |
-- |
13.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
44.0 | 457 |
| B |
1.9* |
67.8* |
1.9* |
1.9* |
-- |
23.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
1.9 | 261 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 41 |
| C |
6.9* |
28.7* |
40.6* |
5.9* |
3.0 |
10.9 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 101 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 155 |
| M |
0.6* |
-- |
2.3* |
-- |
0.3 |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
95.5 | 311 |
| |
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