23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 1935
| Base Pair (1935:1962) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
51.6* |
20.5* |
-- |
16.5* |
5.7 |
0.2 |
0.2 |
2.6 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.7 |
0.2 |
0.4 |
-- | 847 |
| 3 |
56.9* |
39.9* |
-- |
-- |
2.5 |
0.5 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 436 |
| B |
99.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 240 |
| A |
22.0 |
51.2* |
-- |
-- |
26.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
97.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
-- |
98.7* |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
29.4* |
-- |
-- |
45.2* |
11.9 |
-- |
0.6 |
6.1 |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.6 |
0.6 |
1.0 |
-- | 310 |
| |
|
| Base Pair (1945:1961)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
97.3* |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1* |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 848 |
| 3 |
99.1* |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 436 |
| B |
98.8* |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 240 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 155 |
| M |
93.9* |
-- |
0.3 |
-- |
0.3 |
-- |
0.3* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.5 |
-- |
-- |
-- |
-- | 311 |
| |
| Base Pair (1946:1960)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
7.3* |
85.2* |
1.3 |
2.6* |
1.5 |
-- |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
1.3 |
0.1 | 847 |
| 3 |
-- |
7.8* |
90.8* |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- | 435 |
| B |
-- |
0.8* |
96.7* |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- | 239 |
| A |
-- |
78.0* |
22.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
12.9* |
83.2* |
3.0* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
-- |
4.8* |
78.1* |
2.6 |
6.8* |
3.9 |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
2.3 |
0.3 | 311 |
| |
| Base Pair (1947:1959)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
84.4* |
2.6* |
0.1 |
0.2* |
11.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.2 | 848 |
| 3 |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 436 |
| B |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 240 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
1.0* |
99.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 155 |
| M |
-- |
58.5* |
7.1* |
0.3 |
0.6* |
32.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 311 |
| |
| Base Pair (1948:1958)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
44.7* |
14.7* |
14.3* |
22.4* |
-- |
1.7 |
-- |
0.1 |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 848 |
| 3 |
63.5* |
0.5* |
0.7* |
34.9* |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 436 |
| B |
97.1* |
-- |
-- |
2.5* |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 240 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
74.3* |
-- |
4.0* |
21.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
1.9* |
1.3* |
1.9* |
94.2* |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
8.7* |
39.5* |
36.7* |
5.1* |
-- |
4.2 |
-- |
-- |
-- |
5.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- | 311 |
| |
| Base Pair (1949:1957)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
42.5* |
13.6 |
13.7 |
7.8* |
-- |
22.2* |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- | 848 |
| 3 |
61.9* |
2.5 |
0.2 |
1.1* |
-- |
33.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- | 436 |
| B |
98.8* |
-- |
-- |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 240 |
| A |
73.2* |
26.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
64.4* |
-- |
-- |
35.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
1.9* |
-- |
0.6 |
1.9* |
-- |
94.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- | 155 |
| M |
8.0* |
33.4* |
37.0* |
8.0* |
-- |
13.2 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 311 |
| |
| Base Pair (1950:1956) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.2 |
13.0 |
0.4 |
44.2* |
9.8* |
2.0 |
2.9* |
0.8 |
25.4* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
1.1 |
-- | 848 |
| 3 |
-- |
-- |
3.4 |
0.2 |
58.5* |
2.8* |
1.4 |
-- |
-- |
32.1* |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
1.1 |
-- | 436 |
| B |
-- |
-- |
4.6* |
-- |
94.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 240 |
| A |
-- |
-- |
9.8 |
-- |
58.5* |
17.1* |
14.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.0* |
-- |
-- |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
3.2* |
3.2* |
-- |
-- |
-- |
89.0* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
3.2 |
-- | 155 |
| M |
-- |
0.6* |
30.5* |
0.6 |
6.8* |
22.8 |
3.5 |
7.4* |
2.3 |
24.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
-- | 311 |
| |
Last generated : Mon Jul 2 2001 (16 : 9)