23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 2023
| Base Pair (2023:2040)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
22.7* |
32.4* |
15.0* |
24.9* |
0.5 |
0.5 |
0.1 |
0.5 |
-- |
1.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
1.2 |
0.6 | 846 |
| 3 |
16.4* |
47.9* |
4.1* |
30.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 434 |
| B |
22.3* |
24.4* |
0.4* |
52.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 238 |
| A |
43.9* |
19.5* |
31.7* |
4.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
94.1* |
-- |
-- |
5.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
-- |
91.6* |
2.6* |
5.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
8.4* |
21.2* |
35.0* |
22.8* |
1.3 |
1.3 |
0.3 |
1.3 |
-- |
3.2 |
0.3 |
-- |
0.3 |
0.3 |
-- |
3.2 |
0.9 | 311 |
| |
| Base Pair (2024:2039)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.9 |
54.4* |
24.9* |
1.7 |
7.0* |
4.3 |
-- |
0.1* |
-- |
0.8 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 |
2.0 |
0.4 | 847 |
| 3 |
4.4 |
72.0* |
6.9* |
0.2 |
11.7* |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.7 |
0.2 | 435 |
| B |
7.5 |
53.6* |
11.3* |
-- |
20.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
6.7 |
0.4 | 239 |
| A |
-- |
85.4* |
-- |
-- |
4.9* |
9.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
1.0* |
96.0* |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
0.6* |
96.8* |
1.9* |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
4.5* |
47.3* |
27.0* |
3.2* |
2.6 |
10.3 |
-- |
0.3 |
-- |
2.3 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
1.0 |
0.3 |
0.9 | 311 |
| |
| Base Pair (2025:2038)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.9* |
58.9* |
9.2* |
21.5* |
0.4 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 847 |
| 3 |
14.0* |
43.1* |
7.6* |
35.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 436 |
| B |
17.1* |
67.5* |
8.3* |
6.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 240 |
| A |
9.8* |
58.5* |
22.0* |
9.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
94.1* |
2.0* |
-- |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
10.3* |
1.3* |
2.6* |
85.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
1.9* |
69.7* |
13.9* |
9.4* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 310 |
| |
| Base Pair (2026:2037)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
8.6* |
33.8* |
19.7* |
31.0* |
-- |
5.9 |
-- |
0.1 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.3 | 849 |
| 3 |
15.3* |
10.5* |
25.2* |
47.8* |
-- |
0.7 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- | 437 |
| B |
14.5* |
17.0* |
45.6* |
21.2* |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 241 |
| A |
73.2* |
-- |
-- |
24.4* |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
53.5* |
3.0* |
-- |
-- |
42.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 101 |
| E |
1.3* |
3.2* |
-- |
95.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
1.9* |
60.1* |
17.4* |
17.4* |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.6 | 311 |
| |
| Base Pair (2027:2036)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
96.2* |
0.2* |
1.8* |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 | 848 |
| 3 |
98.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 | 436 |
| B |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- | 240 |
| A |
90.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
9.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 155 |
| M |
92.6* |
0.6* |
4.8* |
1.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 311 |
| |
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