23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 2043
| Base Pair (2043:2625)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.6 |
46.6* |
3.6 |
2.5* |
0.7 |
0.1 |
2.6 |
0.4 |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
8.8* |
1.0 |
-- |
0.1 |
30.3 | 729 |
| 3 |
3.9 |
63.8* |
3.9 |
0.5 |
1.2 |
-- |
3.9 |
0.7* |
0.5 |
0.2 |
-- |
-- |
15.5* |
1.7 |
-- |
-- |
4.1 | 412 |
| B |
1.7* |
94.0* |
1.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.6 | 235 |
| A |
2.4* |
97.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
92.7* |
5.5* |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 55 |
| E |
8.1 |
1.5* |
8.8 |
1.5 |
3.7 |
-- |
11.8 |
2.2* |
1.5 |
0.7 |
-- |
-- |
47.1* |
5.1 |
-- |
-- |
8.1 | 136 |
| M |
1.1* |
9.9* |
2.7* |
5.7* |
-- |
0.4 |
1.1 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
78.0 | 262 |
| |
| Base Pair (2044:2624)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.3* |
39.9* |
6.6* |
2.3* |
0.4 |
0.4 |
0.8 |
-- |
15.4 |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 |
28.0 | 729 |
| 3 |
9.2* |
54.9* |
5.3* |
1.2* |
0.7 |
-- |
0.7 |
-- |
27.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.5 | 412 |
| B |
13.1* |
83.9* |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 236 |
| A |
-- |
58.5* |
31.7* |
7.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- | 41 |
| C |
-- |
76.4* |
20.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 55 |
| E |
5.2* |
3.0 |
1.5* |
1.5 |
2.2 |
-- |
2.2 |
-- |
83.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 | 135 |
| M |
0.4* |
8.8* |
5.7* |
4.6* |
-- |
1.1 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.8 |
77.1 | 262 |
| |
| Base Pair (2045:2623)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.7* |
35.9* |
10.3* |
20.3* |
0.3 |
3.8 |
0.3 |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
27.7 | 729 |
| 3 |
1.2* |
62.1* |
4.4* |
29.1* |
-- |
2.2 |
0.2 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 412 |
| B |
-- |
91.1* |
4.7* |
-- |
-- |
3.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 236 |
| A |
-- |
90.2* |
9.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
67.3* |
5.5* |
-- |
27.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 55 |
| E |
3.7* |
3.0* |
2.2* |
88.9* |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 135 |
| M |
-- |
2.3* |
7.6* |
9.5* |
0.8 |
1.5 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
77.1 | 262 |
| |
| Base Pair (2046:2622)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
14.1 |
7.7* |
18.4* |
9.9 |
24.1* |
0.3 |
0.4 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.3 |
23.9 | 729 |
| 3 |
23.3 |
10.9* |
28.4* |
2.9 |
33.3* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
0.2 |
-- | 412 |
| B |
40.7 |
-- |
-- |
1.3 |
58.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 236 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
9.1 |
-- |
-- |
38.2 |
50.9* |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 55 |
| E |
-- |
3.0* |
86.7* |
6.7* |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
0.7 |
-- | 135 |
| M |
0.8* |
4.2* |
6.5* |
14.9* |
4.2 |
-- |
1.1 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
66.5 | 262 |
| |
| Base Pair (2047:2621)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.3* |
63.3* |
9.3* |
1.5* |
0.1 |
0.8 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
23.8 | 728 |
| 3 |
-- |
92.9* |
4.4* |
0.7* |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- | 411 |
| B |
-- |
94.5* |
4.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 235 |
| A |
-- |
97.6* |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
94.5* |
5.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 55 |
| E |
-- |
88.9* |
4.4* |
2.2* |
-- |
4.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 135 |
| M |
0.8* |
10.3* |
17.9* |
3.1* |
0.4 |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
66.0 | 262 |
| |
| Base Pair (2048:2620)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
29.1* |
9.9* |
13.0* |
46.5* |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.5 |
-- | 729 |
| 3 |
49.0* |
2.4* |
2.2* |
45.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 412 |
| B |
80.9* |
-- |
0.8* |
17.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 236 |
| A |
19.5* |
24.4* |
17.1* |
39.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 55 |
| E |
2.2* |
-- |
-- |
97.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 135 |
| M |
3.8* |
23.7* |
32.8* |
36.3* |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
1.5 |
-- | 262 |
| |
| Base Pair (2049:2619)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
46.5* |
8.0* |
1.6* |
42.4* |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
0.1 | 729 |
| 3 |
70.1* |
1.2* |
1.7* |
24.8* |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.7 |
0.2 |
-- |
0.2 | 412 |
| B |
58.5* |
1.7* |
1.3* |
36.9* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 236 |
| A |
51.2* |
2.4* |
9.8* |
36.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
94.5* |
5.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 55 |
| E |
96.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
0.7 |
-- |
-- | 135 |
| M |
19.1* |
0.4* |
0.8* |
79.0* |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 262 |
| |
| Base Pair (2050:2618)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.5* |
41.2* |
17.8* |
6.7* |
0.5 |
8.0 |
0.1 |
-- |
0.1 |
22.4 |
0.4 |
0.1 |
1.0 |
0.3 |
-- |
0.7 |
0.1 | 729 |
| 3 |
0.2* |
46.4* |
3.4* |
2.4* |
-- |
10.9 |
-- |
-- |
0.2 |
33.3 |
0.7 |
-- |
1.7 |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 | 412 |
| B |
-- |
72.0* |
1.7* |
4.2* |
-- |
17.4 |
-- |
-- |
0.4 |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
0.4 | 236 |
| A |
2.4* |
48.8* |
22.0* |
-- |
-- |
9.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
17.1 |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
83.6* |
1.8* |
-- |
-- |
14.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 55 |
| E |
-- |
0.7 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.3 |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 135 |
| M |
1.1* |
24.0* |
43.9* |
14.9* |
1.5 |
1.9 |
0.4 |
-- |
-- |
9.9 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- | 262 |
| |
|
| Base Pair (2052:2617)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
26.3* |
1.8* |
-- |
47.7* |
24.0 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 726 |
| 3 |
31.1 |
1.9* |
-- |
26.9 |
40.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 412 |
| B |
50.4* |
-- |
-- |
46.6* |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 236 |
| A |
22.0 |
19.5* |
-- |
-- |
58.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
96.2 |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 52 |
| E |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 135 |
| M |
5.0* |
1.9* |
-- |
89.7* |
3.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 262 |
| |
| Base Pair (2053:2616)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
96.4* |
1.1* |
1.4* |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 726 |
| 3 |
97.6* |
1.9* |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- | 412 |
| B |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 236 |
| A |
78.0* |
19.5* |
-- |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 52 |
| E |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- | 135 |
| M |
93.9* |
-- |
3.8* |
1.5* |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 262 |
| |
| Base Pair (2054:2615)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
20.8* |
-- |
-- |
77.8* |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- | 726 |
| 3 |
35.9* |
-- |
-- |
61.9* |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- | 412 |
| B |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 236 |
| A |
31.7* |
-- |
-- |
46.3* |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
19.5 |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 52 |
| E |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 135 |
| M |
1.1* |
-- |
-- |
98.5* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 262 |
| |
|
| Base Pair (2056:2612)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
70.7* |
-- |
-- |
18.7* |
-- |
-- |
7.6 |
0.7 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- | 726 |
| 3 |
65.8* |
-- |
-- |
32.8* |
-- |
-- |
1.0 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 412 |
| B |
97.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7* |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 236 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.2 |
-- |
3.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 52 |
| E |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 135 |
| M |
92.4* |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
0.4 |
1.1 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
5.3 |
-- |
-- |
-- |
-- | 262 |
| |
| Base Pair (2057:2611) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
40.9* |
2.6* |
0.1* |
54.9* |
1.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- | 727 |
| 3 |
51.7* |
4.6* |
0.2* |
43.0* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 412 |
| B |
90.3* |
-- |
-- |
8.9* |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 236 |
| A |
-- |
46.3* |
2.4* |
51.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 53 |
| E |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 135 |
| M |
11.8* |
-- |
-- |
84.7* |
3.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 262 |
| |
Last generated : Mon Jul 2 2001 (16 : 9)