23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 2077
| Base Pair (2077:2243)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
-- |
-- |
98.6* |
0.1 |
0.1* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1* |
-- |
-- |
0.4 |
0.3 | 845 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
99.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 436 |
| B |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 240 |
| A |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 155 |
| M |
0.3 |
-- |
-- |
96.8* |
0.3 |
0.3* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3* |
-- |
-- |
1.0 |
0.6 | 309 |
| |
| Base Pair (2078:2242)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
6.7* |
70.1* |
3.3* |
17.6* |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 | 846 |
| 3 |
-- |
99.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 437 |
| B |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
96.0* |
-- |
3.0* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 155 |
| M |
18.4* |
19.7* |
9.1* |
47.2* |
0.6 |
-- |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
0.6 |
0.3 | 309 |
| |
| Base Pair (2079:2241)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.9* |
4.5* |
77.9* |
9.6* |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.5 | 845 |
| 3 |
-- |
3.7* |
95.4* |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 436 |
| B |
-- |
0.8* |
99.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 240 |
| A |
-- |
34.1* |
61.0* |
4.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
2.0* |
-- |
97.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
98.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 155 |
| M |
15.5* |
7.1* |
46.9* |
25.6* |
-- |
0.3 |
0.3 |
1.0 |
0.3 |
-- |
1.3 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 |
1.0 | 309 |
| |
| Base Pair (2080:2240)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
33.7* |
20.8* |
18.1* |
19.7* |
1.5 |
1.1 |
2.0 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
1.4 |
0.6 | 846 |
| 3 |
39.4* |
34.3* |
-- |
23.8* |
1.1 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 437 |
| B |
54.4* |
0.4* |
-- |
43.2* |
2.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
94.0* |
-- |
-- |
3.0* |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 100 |
| E |
-- |
96.1 |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 155 |
| M |
6.1* |
8.4* |
49.5* |
19.4* |
1.9 |
1.6 |
5.5 |
-- |
-- |
0.3 |
0.3 |
-- |
1.0 |
-- |
1.0 |
3.6 |
1.3 | 309 |
| |
|
| Base Pair (2084:2235)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.9* |
46.9* |
18.0* |
8.4* |
1.7 |
16.4 |
1.5 |
0.7 |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.2 |
1.1 |
0.2 |
0.2 |
0.6 |
1.6 | 846 |
| 3 |
1.6* |
57.0* |
9.8* |
-- |
1.1 |
29.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.2 | 437 |
| B |
-- |
87.1* |
12.0* |
-- |
0.4* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
17.1* |
75.6* |
7.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
91.0* |
7.0* |
1.0* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
5.2 |
7.1 |
-- |
2.6* |
82.6* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
0.6 | 155 |
| M |
2.9* |
18.4* |
30.7* |
22.7* |
2.9 |
2.9 |
4.2 |
1.9 |
-- |
-- |
1.0 |
0.6 |
2.9 |
0.6 |
0.3 |
3.6 |
4.2 | 309 |
| |
| Base Pair (2085:2234)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.6* |
35.7* |
10.3* |
14.0* |
0.1 |
30.2 |
1.4 |
0.6 |
0.2 |
0.8 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.6 |
0.6 |
1.5 | 845 |
| 3 |
-- |
51.0* |
0.7* |
1.1* |
-- |
46.7 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 437 |
| B |
-- |
24.9 |
-- |
-- |
-- |
75.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
-- |
95.1 |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
58.0* |
7.0* |
-- |
-- |
35.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
80.0* |
1.9* |
3.2* |
-- |
13.5 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 155 |
| M |
9.7* |
6.8* |
23.1* |
36.7* |
0.3 |
7.1 |
3.9 |
1.6 |
0.6 |
1.9 |
0.3 |
0.3 |
0.3 |
-- |
1.6 |
1.6 |
3.9 | 308 |
| |
| Base Pair (2086:2233) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.2* |
2.6* |
44.9* |
14.8* |
0.8 |
0.6 |
0.7 |
1.8 |
-- |
7.7 |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.7 |
18.4 |
1.1 | 846 |
| 3 |
-- |
2.1* |
49.2* |
0.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
13.7 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
33.6 |
0.2 | 437 |
| B |
-- |
-- |
39.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
60.2 |
-- | 241 |
| A |
-- |
9.8* |
87.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
97.0* |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 100 |
| E |
-- |
3.2* |
53.5* |
2.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
38.7 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 | 155 |
| M |
14.2* |
1.9* |
22.0* |
38.5* |
2.3 |
1.6 |
1.9 |
4.9 |
-- |
3.9 |
0.3 |
0.3 |
0.6 |
-- |
1.9 |
2.6 |
2.9 | 309 |
| |
| Base Pair (2087:2232)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
51.3* |
11.3* |
16.7* |
10.9* |
4.0 |
0.6 |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.9 |
0.5 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
1.2 |
1.6 | 846 |
| 3 |
70.3* |
2.3* |
10.3* |
9.4* |
6.4 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.4 | 437 |
| B |
67.6* |
3.7* |
17.4* |
8.7* |
2.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
56.1 |
-- |
-- |
-- |
43.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
99.0* |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
78.1* |
0.6* |
1.9* |
12.9* |
3.2 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
1.2 | 155 |
| M |
9.1* |
27.8* |
31.1* |
13.9* |
1.9 |
1.6 |
1.0 |
0.6 |
2.3 |
2.3 |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
2.9 |
3.9 | 309 |
| |
| Base Pair (2088:2231)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
16.7* |
9.0* |
10.9* |
40.7* |
13.9 |
2.0 |
0.5 |
0.4 |
-- |
0.6 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.7 |
-- |
1.3 |
2.9 | 846 |
| 3 |
26.5* |
3.0* |
2.3* |
54.7* |
8.7 |
2.7 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
1.4 |
-- |
-- |
0.2 | 437 |
| B |
34.9* |
0.8* |
-- |
56.0* |
8.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
7.3 |
19.5 |
12.2 |
-- |
34.1* |
26.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
4.0 |
-- |
-- |
16.0 |
76.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- | 100 |
| E |
18.7* |
1.9* |
3.2* |
67.1* |
2.6 |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
3.9 |
-- |
-- |
0.6 | 155 |
| M |
6.8* |
20.4* |
26.5* |
28.8* |
1.3 |
1.6 |
1.3 |
0.6 |
-- |
1.6 |
0.6 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
7.3 | 309 |
| |
| Base Pair (2089:2230)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.0* |
45.9* |
5.7* |
14.9* |
0.7 |
16.0 |
0.2 |
-- |
0.7 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
4.1 |
6.9 | 846 |
| 3 |
1.6* |
62.2* |
1.4 |
0.7 |
1.1 |
27.0 |
-- |
-- |
0.7 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.8* |
0.2 | 437 |
| B |
0.4* |
49.8* |
0.8 |
0.4 |
-- |
47.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2* |
-- | 241 |
| A |
2.4 |
82.9* |
-- |
2.4 |
4.9* |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
21.0* |
2.0* |
1.0* |
73.0* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- | 100 |
| E |
3.2* |
76.1* |
2.6 |
0.6 |
1.9 |
0.6 |
-- |
-- |
1.9 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
11.6* |
0.6 | 155 |
| M |
1.9* |
36.9* |
13.3* |
16.2* |
0.3 |
5.2 |
0.6 |
-- |
1.0 |
-- |
0.3 |
0.3 |
0.3 |
0.3 |
0.3 |
3.9 |
19.1 | 309 |
| |
| Base Pair (2090:2229)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.0* |
1.4* |
6.9* |
63.5* |
0.1 |
0.6 |
1.2 |
0.5 |
0.8 |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
5.2 |
11.8 | 846 |
| 3 |
11.9* |
2.1* |
9.6* |
65.0* |
-- |
0.9 |
0.2 |
0.2 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
9.2 |
0.4 | 437 |
| B |
2.5* |
0.4* |
-- |
97.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
90.2* |
4.9* |
-- |
4.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
5.8* |
3.9* |
27.1* |
31.0* |
-- |
2.6 |
0.6 |
0.6 |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
25.8 |
1.2 | 155 |
| M |
2.3* |
1.0* |
5.2* |
49.5* |
0.3 |
0.3 |
2.9 |
1.0 |
1.6 |
0.6 |
0.6 |
0.6 |
0.3 |
0.3 |
-- |
1.6 |
31.6 | 309 |
| |
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