23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 2093


Base Pair (2093:2196)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 66.0* -- -- 1.8* 0.1 -- -- 0.4 -- -- -- -- 0.1 -- -- -- 31.6847
3 98.6* -- -- 1.1* 0.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --437
B 99.6 -- -- -- 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --241
A 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --101
E 96.8* -- -- 3.2* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --155
M 8.7* -- -- 3.2* -- -- -- 1.0 -- -- -- -- 0.3 -- -- -- 86.7309
 
Base Pair (2094:2195)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 8.0* 3.7* 18.9* 19.8* 14.9 1.5 -- 0.7 -- -- -- 0.1 0.2 -- -- 0.5 31.6847
3 5.9* 6.4* 32.0* 31.4* 19.9 2.7 -- 0.5 -- -- -- 0.2 0.5 -- -- 0.5 --437
B 4.6* 4.6* -- 54.8* 34.4 -- -- 0.4 -- -- -- 0.4 -- -- -- 0.8 --241
A 34.1* 24.4* 17.1* 12.2* 9.8 -- -- 2.4 -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 40.6* 1.0* -- 17.8* 38.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.0 --101
E 0.6* 4.5* 85.8* -- -- 7.7 -- -- -- -- -- -- 1.3 -- -- -- --155
M 0.3* 0.6* 6.5* 4.2* -- 0.3 -- 1.3 -- -- -- -- -- -- -- -- 86.7309
 
Base Pair (2095:2194)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 7.3 5.1* 7.0* 19.4 24.1* 1.7 -- -- -- 0.7 -- 1.4 -- -- 0.8 0.9 31.6847
3 13.5 8.2* 9.6* 30.7 31.1* 3.2 -- -- -- 1.4 -- 0.2 -- -- 1.4 0.7 --437
B 5.8* 10.4* 14.9* 50.6* 8.3 5.4 -- -- -- 0.8 -- 0.4 -- -- 2.5 0.8 --241
A 43.9* 26.8* 14.6* -- 4.9 -- -- -- -- 9.8 -- -- -- -- -- -- --41
C -- 2.0* 4.0* 13.9 64.4* -- -- -- -- -- -- 10.9 -- -- 1.0 4.0 --101
E 17.4 -- -- 7.7 73.5* 0.6* -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.6 --155
M 1.0* 1.6* 4.2* 5.2* 1.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.3 86.7309
 
Base Pair (2096:2193)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 3.4* 9.6* 20.2* 25.7* 3.0 0.9 0.9 0.1 -- -- -- 1.3 -- -- 2.8 0.2 31.8846
3 6.0* 17.7* 14.7* 44.3* 5.7 1.6 1.6 0.2 -- -- -- 2.3 -- -- 5.5 0.2 0.2436
B 5.8* 27.5* 25.4* 20.0* 6.7 2.9 -- 0.4 -- -- -- 0.8 -- -- 10.0 -- 0.4240
A 12.2 26.8* 7.3 9.8 17.1* -- 17.1* -- -- -- -- 9.8 -- -- -- -- --41
C -- 3.0* 93.1* 3.0* -- -- 1.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- --101
E 4.5* -- -- 91.0* 1.3 -- -- -- -- -- -- 2.6 -- -- -- 0.6 --155
M 1.0* 0.3* 4.2* 6.8* -- 0.3 -- -- -- -- -- 0.3 -- -- -- 0.3 86.7309
 
Base Pair (2097:2192)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 6.5* 5.3* 22.6* 22.7* 1.4 7.3 0.9 0.1 -- 0.2 -- 0.5 -- -- 0.2 0.2 32.0847
3 12.4* 9.4* 20.1* 41.6* 2.3 12.4 -- 0.2 -- -- -- 0.9 -- -- 0.5 0.2 --437
B 17.4* 6.2* 34.0* 20.7* -- 20.7 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.8 -- --241
A -- 61.0* 14.6* 2.4* 2.4 9.8 -- -- -- -- -- 9.8 -- -- -- -- --41
C -- 2.0* 90.1* -- -- 6.9 1.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- --101
E 7.7* 0.6* -- 84.5* 5.8 -- -- 0.6 -- -- -- -- -- -- -- 0.6 --155
M 0.3* 0.6* 3.9* 3.2* 0.6 0.3 2.3 -- -- 0.6 -- -- -- -- -- 0.3 87.7309
 
Base Pair (2098:2191)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 7.9* 8.7 14.8 12.5* 2.6 17.7* 0.2 -- -- -- 0.5 0.4 0.5 -- 1.8 0.8 31.6847
3 14.2* 6.6* 23.8* 22.4* 4.6 22.2 -- -- -- -- 0.9 0.7 -- -- 3.4 1.1 --437
B 3.3* 10.4 38.2 0.4 0.4 39.8* -- -- -- -- -- 1.2* -- -- 6.2 -- --241
A 22.0* 9.8* 17.1* 31.7* -- 2.4 -- -- -- -- 9.8 -- -- -- -- 7.3 --41
C -- 38.6 12.9 -- -- 47.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.0 --101
E 29.0* -- 3.2* 54.2* 12.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.3 --155
M 1.6* 1.9* 2.6* 2.6* 0.6 1.6 0.6 -- -- -- -- -- 1.3 -- -- 0.3 86.7309
 
Base Pair (2099:2190)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.7 15.2 9.8 10.0* 0.9 18.4* 0.1 -- 0.1 0.8 0.5* -- 11.0* 0.4 0.1 0.2 31.6847
3 0.9* 27.0 16.2 16.0* 1.8 35.7* -- -- -- -- 0.9 -- 0.7 0.5 0.2 -- --437
B -- 23.7 10.0 9.5* 2.9 51.5* -- -- -- -- -- -- 1.2* 0.8 0.4 -- --241
A 4.9* 53.7* 7.3* -- -- 24.4 -- -- -- -- 9.8 -- -- -- -- -- --41
C 2.0 -- -- 3.0* -- -- 1.0 -- -- 5.0 -- -- 89.1* -- -- -- --101
E 1.3* 25.2* 28.4* 30.3* 0.6 14.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --155
M -- 3.6* 3.9* 3.9* -- -- -- -- 0.3 0.6 -- -- -- 0.3 -- 0.6 86.7309
 
Base Pair (2100:2189)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 7.3 0.6 2.2 4.4 47.9* 3.9* 0.7* -- -- -- -- 0.2 -- 0.5 -- 0.5 31.7847
3 13.5 -- 0.9 5.7 72.1* 5.9* 0.5* -- -- -- -- 0.2 -- 0.9 -- -- 0.2437
B 8.3 -- -- 1.7 79.3* 10.8* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --241
A 43.9* -- -- 4.9 36.6 -- 4.9* -- -- -- -- -- -- 9.8 -- -- --41
C -- -- 1.0* 7.9 90.1* -- -- -- -- -- -- 1.0 -- -- -- -- --101
E 13.5 -- 2.6* 12.3 70.3* -- -- -- -- -- -- 0.6 -- -- -- -- 0.6155
M 1.0* 1.6* 4.5* 1.3* -- 2.3 1.3 -- -- -- -- -- -- -- -- 1.3 86.7309
 
Base Pair (2101:2188)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 21.5* 0.5* 4.0* 27.2* 13.3 0.1 0.1 0.5 0.1 -- -- 0.1 0.1 0.5 -- 0.2 31.7847
3 19.7* 0.9* 4.3* 47.8* 25.4 0.2 -- 0.2 -- -- -- 0.2 0.2 0.9 -- -- --437
B 22.0 1.7* 5.8* 29.9 39.4* 0.4 -- 0.4* -- -- -- -- 0.4 -- -- -- --241
A 65.9* -- -- 2.4* 22.0 -- -- -- -- -- -- -- -- 9.8 -- -- --41
C 93.1* -- 2.0* 4.0* 1.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --101
E 3.9* -- 3.2* 87.7* 4.5 -- -- -- -- -- -- 0.6 -- -- -- -- --155
M 0.6* -- 4.2* 5.5* 0.3 -- 0.3 1.0 0.3 -- -- -- -- -- -- 0.6 87.0309
 
Base Pair (2102:2187)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 4.5* 27.6* 18.1* 8.0* 3.5 4.0 0.1 0.2 0.1 0.1 -- 0.1 0.2 0.7 -- 0.9 31.6847
3 8.0* 34.6* 27.9* 13.5* 5.9 6.6 0.2 0.2 0.2 0.2 -- 0.2 0.5 1.1 -- 0.7 --437
B 2.9* 6.2* 42.7* 24.5* 10.8 10.4 -- 0.4 0.4 -- -- 0.4 -- -- -- 1.2 --241
A 29.3* 29.3* 31.7* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 9.8 -- -- --41
C -- 82.2* 10.9* -- -- 5.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.0 --101
E 10.3* 80.0* 3.9* -- -- 2.6 0.6 -- -- 0.6 -- -- 1.3 0.6 -- -- --155
M 1.0* -- 6.5* 2.9* 1.3 -- -- 0.3 -- -- -- -- -- 0.3 -- 1.0 86.7309
 
Base Pair (2103:2186)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 2.0* 10.3* 24.1* 18.5* 2.4 4.6 0.4 1.2 -- 0.6 0.1 0.4 0.2 -- 1.2 2.1 32.0847
3 3.7* 17.8* 25.6* 33.4* 4.6 6.9 0.5 1.1 -- 0.2 -- 0.5 0.2 -- 2.1 3.4 --437
B 3.7* 20.3* 15.8* 39.4* 5.4 4.6 -- 0.4 -- 0.4 -- 0.8 -- -- 2.9 6.2 --241
A 9.8* 68.3* 7.3* 7.3* 2.4 4.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C -- 5.9* 78.2* 1.0* -- 8.9 -- -- -- 4.0 -- -- -- -- 1.0 1.0 --101
E 1.9* 0.6* 45.8* 31.0* 3.9 11.0 1.3 2.6 -- -- -- -- 0.6 -- 1.3 -- --155
M 0.3* 1.0* 4.2* 3.2* -- -- 0.3 1.6 -- -- 0.3 0.3 0.3 -- -- 0.6 87.7309
 
Base Pair (2104:2185)   (Tertiary) Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 2.7* 15.5* 24.6* 5.3* 1.8 9.3 -- 0.2 -- -- -- 5.8 0.1 -- 1.4 1.7 31.6846
3 4.6* 23.4* 39.9* 8.3* 3.2 6.2 -- 0.2 -- -- -- 10.6 -- -- 2.3 1.4 --436
B 0.8* 37.9* 16.7* 11.2* -- 8.8 -- -- -- -- -- 19.2 -- -- 4.2 1.2 --240
A 43.9* 7.3* 4.9* 12.2* 29.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.4 --41
C -- 24.8 25.7 -- 1.0* 48.5* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --101
E -- 5.2* 85.2* 2.6* 1.3 3.9 -- 0.6 -- -- -- -- -- -- -- 1.3 --155
M 1.0* 1.3* 2.6* 2.9* -- 1.0 -- 0.3 -- -- -- 1.0 0.3 -- 0.6 2.6 86.4309
 
Base Pair (2105:2184)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 11.9* 5.2* 17.6* 15.8* 9.2 3.7 0.1 0.2 0.1 0.4 -- 1.2 -- 0.8 0.5 1.7 31.6847
3 22.9* 8.0* 13.7* 26.5* 17.6 4.6 -- 0.2 -- -- -- 2.3 -- 1.6 0.9 1.6 --437
B 23.2* 7.9* 19.9* 27.4* 9.1 4.6 -- -- -- -- -- 4.1 -- 1.2 -- 2.5 --241
A 29.3* 29.3* 17.1* -- 9.8 12.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.4 --41
C 1.0* 3.0* 78.2* 4.0* -- 7.9 1.0 1.0 -- 2.0 -- -- -- -- -- 2.0 --101
E 20.6 2.6* 3.2* 32.3 32.9* 2.6 -- 0.6* -- -- -- -- -- 2.6 2.6 -- --155
M -- 1.9* 3.2* 4.5* 0.3 1.0 -- -- 0.3 0.3 -- -- -- -- -- 1.6 86.7309
 
Base Pair (2106:2183)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 14.5* 2.0* 17.9* 16.9* 11.1 3.7 0.2 0.5 -- 0.1 -- 0.1 -- 0.4 0.5 0.5 31.6847
3 25.9* 3.2* 13.5* 29.1* 20.8 5.5 -- 0.2 -- -- -- -- -- 0.7 0.9 0.2 --437
B 30.7* 1.7* 20.7* 17.8* 21.6 5.0 -- -- -- -- -- -- -- 0.8 1.7 -- --241
A 34.1* 22.0* 14.6* 2.4* 19.5 7.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C -- 2.0* 81.2* 5.9* -- 5.0 2.0 -- -- 1.0 -- -- -- -- -- 1.0 2.0101
E 16.1* 0.6 1.9 53.5* 20.0 5.8* -- 0.6 -- -- -- -- -- 0.6 -- 0.6 --155
M 3.2* 0.3* 3.6* 3.2* 1.0 0.6 -- 1.0 -- -- -- 0.3 -- -- -- 0.6 86.1309
 
Base Pair (2107:2182)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 13.1* 24.2* 9.1* 7.8* 9.1 3.3 0.2 0.4 -- 0.6 -- -- 0.1 0.5 -- 0.2 31.4847
3 24.0* 27.2* 12.1* 11.0* 17.4 5.7 -- 0.2 -- 0.9 -- -- 0.2 0.9 -- 0.2 --437
B 5.0 46.9* 19.9* 6.2 11.6* 8.3 -- -- -- 1.7 -- -- 0.4 -- -- -- --241
A 41.5* 9.8 -- 17.1* 9.8 12.2* -- -- -- -- -- -- -- 9.8 -- -- --41
C -- 85.1* 10.9* -- -- 3.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.0 --101
E 49.0* 1.3* 3.2* 16.8* 28.4 -- -- 0.6 -- -- -- -- -- -- -- 0.6 --155
M 1.9* -- 4.2* 5.8* 0.3 -- 0.6 0.6 -- 0.3 -- -- -- -- -- -- 86.1309
 
Base Pair (2108:2181)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 6.6* 7.1 4.7 29.9* 0.5 17.1* 0.1 -- -- -- 0.1 0.1 -- -- 1.1 1.1 31.5846
3 12.2* 11.2 2.8 52.5* 0.9 18.1* -- -- -- -- 0.2 -- -- -- 1.8 0.2 --436
B 1.2* 18.3 3.8 40.4* -- 32.9* -- -- -- -- -- -- -- -- 3.3 -- --240
A 56.1* 2.4* 2.4* 31.7* 4.9 -- -- -- -- -- 2.4 -- -- -- -- -- --41
C -- 10.9 20.8 -- -- 63.4* -- -- -- -- -- 1.0* -- -- -- 4.0 --101
E 17.4* 2.6* 1.3* 76.8* 1.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.6 --155
M 1.0* -- 2.3* 7.8* -- 0.6 0.3 -- -- -- -- -- -- -- 0.3 1.3 86.4309
 
Base Pair (2109:2180)   (Tertiary) Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 18.1* -- 3.9 0.5 0.1 1.2 0.1 -- -- 0.4* -- 0.4 -- -- 0.6 42.7* 32.0847
3 34.1* -- 5.0 0.2 -- 2.3 -- -- -- 0.7* -- 0.2 -- -- 0.9 56.3* 0.2437
B -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4 -- -- -- 99.6 --241
A -- -- 53.7 -- -- 14.6 -- -- -- 7.3 -- -- -- -- 9.8 14.6 --41
C -- -- -- 1.0 -- -- -- -- -- -- -- 1.0 -- -- 1.0 97.0 --101
E 96.1* -- -- 0.6* -- 2.6* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.6155
M 1.3* -- 3.6 0.6 0.3 -- 0.3* -- -- -- -- 0.3 -- -- -- 5.8* 87.6309
 
Base Pair (2110:2179)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 46.4* -- 0.8* 2.0* -- -- 0.1 -- 0.1 0.2 -- -- 17.9 -- -- -- 32.3847
3 63.6* -- -- 1.1* -- -- -- -- 0.2 -- -- -- 33.9 -- -- -- 1.1437
B 99.2* -- -- 0.8* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --241
A 92.7* -- -- 7.3* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --41
C 97.0* -- -- 3.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --101
E 0.6 -- -- -- -- -- -- -- 0.6* -- -- -- 95.5* -- -- -- 3.2155
M 5.5* -- 2.3* 2.9* -- -- 0.3 -- -- 0.6 -- -- 1.3 -- -- -- 87.0309
 

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