23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 2127
| Base Pair (2127:2161)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
64.1* |
0.2* |
0.1* |
1.3* |
1.3 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
32.2 | 847 |
| 3 |
96.6* |
0.5* |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
1.1 | 437 |
| B |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
93.1* |
-- |
-- |
4.0* |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
91.6* |
1.3* |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
3.2 | 155 |
| M |
8.7* |
-- |
0.3* |
2.3* |
1.0 |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
86.7 | 309 |
| |
| Base Pair (2128:2160)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
29.2* |
21.5* |
4.0* |
10.7* |
0.6 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 |
33.0 | 847 |
| 3 |
33.0* |
39.6* |
3.4* |
19.9* |
0.7 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
2.4 | 437 |
| B |
38.2* |
29.9* |
0.4* |
30.7* |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
39.0* |
36.6* |
14.6* |
4.9* |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 41 |
| C |
96.0* |
-- |
-- |
2.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 101 |
| E |
23.2* |
55.5* |
5.2* |
7.1* |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
6.4 | 155 |
| M |
1.9* |
2.9* |
6.1* |
0.6* |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
86.7 | 309 |
| |
| Base Pair (2129:2159)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.1* |
51.1* |
2.0* |
1.4* |
0.1 |
1.8 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
40.0 | 845 |
| 3 |
6.0* |
73.6* |
1.4* |
2.1* |
0.2 |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
14.4 | 435 |
| B |
-- |
98.7* |
-- |
0.8* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 239 |
| A |
14.6* |
73.2* |
-- |
4.9* |
2.4 |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
97.0* |
2.0* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
12.9* |
34.8* |
3.9* |
3.2* |
-- |
3.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
40.6 | 155 |
| M |
-- |
4.5* |
2.9* |
1.0* |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
89.3 | 309 |
| |
|
| Base Pair (2136:2155)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.4 |
4.7* |
2.1* |
12.3 |
18.9* |
0.1 |
1.2 |
0.5* |
0.1 |
0.7 |
-- |
0.1 |
1.2 |
0.2 |
-- |
0.2 |
54.2 | 847 |
| 3 |
1.6 |
8.2* |
2.5* |
18.3 |
28.1* |
-- |
1.8 |
0.9* |
0.2 |
0.9 |
-- |
0.2 |
1.4 |
0.2 |
-- |
-- |
35.6 | 437 |
| B |
2.9 |
7.5* |
3.7* |
32.0 |
46.5* |
-- |
3.3 |
1.7* |
-- |
1.7 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 241 |
| A |
-- |
43.9* |
4.9* |
4.9 |
26.8* |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
14.6 |
2.4 |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
21.8 |
4.0* |
3.0* |
20.8 |
36.6* |
1.0 |
2.0 |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
4.0 |
1.0 |
-- |
2.0 |
2.0 | 101 |
| E |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.3 | 155 |
| M |
-- |
-- |
1.3* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.7 | 309 |
| |
| Base Pair (2137:2154)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.7* |
23.9* |
6.4* |
8.9* |
1.2 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.7 |
0.1 |
54.1 | 846 |
| 3 |
0.9* |
43.8* |
11.9* |
4.8* |
0.2 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.2 |
-- |
-- |
1.4 |
0.2 |
35.3 | 436 |
| B |
0.8* |
66.7* |
21.7* |
8.8* |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 240 |
| A |
4.9 |
75.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
2.4 |
-- |
-- |
14.6* |
-- |
-- | 41 |
| C |
26.7* |
7.9* |
1.0* |
52.5* |
8.9 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 101 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.3 | 155 |
| M |
-- |
1.0* |
0.3* |
0.3* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.7 | 309 |
| |
| Base Pair (2138:2153)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.6* |
15.1* |
8.7* |
6.4* |
0.7 |
5.4 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.4 |
54.1 | 847 |
| 3 |
14.2* |
25.9* |
5.9* |
10.3* |
1.4 |
4.8 |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.2 |
35.2 | 437 |
| B |
24.9* |
40.2* |
9.5* |
14.9* |
1.7 |
7.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- | 241 |
| A |
4.9* |
39.0* |
7.3* |
22.0* |
4.9 |
4.9 |
-- |
17.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
2.0* |
14.9* |
47.5* |
5.9* |
-- |
23.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
2.0 |
3.0 | 101 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
99.3 | 155 |
| M |
-- |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.7 | 309 |
| |
| Base Pair (2139:2152)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
11.5* |
6.6* |
10.9* |
6.5* |
4.5 |
5.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
54.3 | 847 |
| 3 |
21.7* |
9.2* |
7.1* |
8.9* |
8.5 |
8.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
35.2 | 437 |
| B |
35.7* |
8.3 |
11.6 |
13.7* |
14.9 |
14.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- | 241 |
| A |
22.0* |
48.8* |
7.3* |
14.6* |
-- |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
2.0* |
15.8* |
55.4* |
15.8* |
1.0 |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
4.0 | 101 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.3 | 155 |
| M |
-- |
-- |
1.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
97.7 | 309 |
| |
| Base Pair (2140:2151)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
6.0 |
8.6* |
7.7* |
3.9 |
15.7* |
3.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
54.3 | 847 |
| 3 |
11.0 |
10.5* |
4.6* |
3.7 |
30.0* |
4.6 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
35.3 | 437 |
| B |
15.4 |
10.4* |
6.6* |
6.6 |
53.1* |
7.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- | 241 |
| A |
26.8* |
51.2* |
9.8* |
-- |
7.3 |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
3.0* |
25.7* |
39.6* |
15.8* |
2.0 |
6.9 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
1.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.0 | 101 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 | 155 |
| M |
-- |
0.3* |
1.6* |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.7 | 309 |
| |
| Base Pair (2141:2150)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.1 |
13.6* |
6.6* |
7.4 |
9.8* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.4 |
-- |
0.1 |
54.3 | 847 |
| 3 |
13.3 |
12.1* |
5.5* |
13.3 |
18.3* |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.7 |
-- |
0.2 |
35.2 | 437 |
| B |
20.3 |
12.0* |
8.3* |
24.1 |
32.4* |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
22.0* |
58.5* |
9.8* |
-- |
4.9 |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
1.0* |
60.4* |
27.7* |
4.0* |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.0 | 101 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
99.3 | 155 |
| M |
0.3* |
0.3* |
1.3* |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.7 | 309 |
| |
| Base Pair (2142:2149)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
10.7* |
12.2* |
1.5* |
14.0* |
1.1 |
5.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
54.3 | 847 |
| 3 |
19.5* |
5.9 |
1.1 |
26.3* |
1.8 |
9.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
35.2 | 437 |
| B |
32.0* |
4.6 |
2.1 |
47.7* |
3.3 |
10.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
19.5* |
36.6 |
-- |
-- |
-- |
43.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
5.9* |
76.2* |
6.9* |
-- |
-- |
6.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.0 | 101 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.2 | 155 |
| M |
-- |
-- |
0.3* |
1.3* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
97.7 | 309 |
| |
| Base Pair (2143:2148)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
31.7* |
-- |
0.1 |
0.2* |
13.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
54.7 | 848 |
| 3 |
-- |
60.3* |
-- |
-- |
0.2* |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
35.9 | 438 |
| B |
-- |
95.5 |
-- |
-- |
-- |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 242 |
| A |
-- |
80.5 |
-- |
-- |
-- |
19.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
95.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.0 | 101 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.2 | 155 |
| M |
-- |
1.6* |
-- |
0.3* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.7 | 309 |
| |
| Base Pair (2144:2147) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
3.2 |
1.2 |
-- |
0.2 |
21.9* |
0.4 |
0.5* |
0.2 |
0.5 |
-- |
0.5* |
32.4* |
0.4 |
0.4 |
0.7 |
37.6 | 848 |
| 3 |
0.2 |
5.9 |
0.9 |
-- |
0.5 |
20.8* |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
0.7* |
60.0* |
0.7 |
0.2 |
-- |
9.7 | 438 |
| B |
0.4 |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
4.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
93.8* |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
73.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
26.8* |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
93.1 |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
2.0 |
-- | 101 |
| E |
-- |
16.8 |
0.6 |
-- |
1.3 |
32.3* |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
1.9* |
16.1* |
1.9 |
0.6 |
-- |
27.7 | 155 |
| M |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
0.3 |
1.0 |
1.0* |
-- |
1.3 |
-- |
0.3 |
3.9* |
-- |
-- |
1.3* |
89.0 | 309 |
| |
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