23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 2200
| Base Pair (2200:2223)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
37.2* |
11.0* |
1.4* |
0.5 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
7.8 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
7.3 |
33.9 | 849 |
| 3 |
-- |
62.3* |
19.6* |
1.1* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
15.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
1.2 | 438 |
| B |
-- |
72.7* |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
26.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
1.0* |
24.5* |
3.9 |
3.9 |
2.9 |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
1.0 |
59.8* |
-- | 102 |
| E |
-- |
36.1* |
53.5* |
3.2* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
3.2 | 155 |
| M |
-- |
5.8* |
1.0* |
1.0* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
91.8 | 309 |
| |
| Base Pair (2201:2222)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.2 |
21.8* |
5.8* |
3.3 |
6.7* |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
56.2 | 849 |
| 3 |
9.6* |
34.2* |
8.2* |
3.0* |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
44.2 | 438 |
| B |
17.4* |
60.7* |
14.9* |
5.4* |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 242 |
| A |
-- |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.7 | 41 |
| C |
2.0 |
22.5* |
6.9* |
9.8 |
55.9* |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 155 |
| M |
-- |
3.9* |
1.9* |
1.6* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
91.9 | 309 |
| |
| Base Pair (2202:2221)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
12.5* |
10.6* |
9.0* |
4.4* |
0.7 |
5.5 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
56.8 | 849 |
| 3 |
8.4* |
18.9* |
11.0* |
7.1* |
-- |
10.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
44.1 | 438 |
| B |
15.3* |
33.1* |
19.8* |
12.8* |
-- |
19.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
-- |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.7 | 41 |
| C |
62.7* |
3.9* |
21.6* |
2.9* |
5.9 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- | 102 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 155 |
| M |
1.6* |
1.0* |
1.9* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
93.5 | 309 |
| |
|
| Base Pair (2204:2220)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
12.6* |
13.2* |
7.7* |
1.9* |
3.7 |
1.6 |
0.7 |
-- |
0.8 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 |
57.0 | 849 |
| 3 |
21.7* |
16.9* |
1.8* |
3.0* |
7.1 |
2.1 |
1.4 |
-- |
1.6 |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.5 |
43.4 | 438 |
| B |
39.3* |
28.5* |
2.9* |
5.4* |
12.8 |
3.7 |
2.5 |
-- |
2.9 |
0.8 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.8 |
-- | 242 |
| A |
-- |
12.2* |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
85.4 | 41 |
| C |
11.8* |
32.4* |
48.0* |
2.0* |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 155 |
| M |
-- |
1.6* |
2.6* |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
95.1 | 309 |
| |
| Base Pair (2205:2219)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
11.9* |
7.4* |
6.7* |
8.5* |
8.3 |
0.7 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
56.0 | 848 |
| 3 |
5.0 |
13.3* |
10.5* |
12.1 |
16.0* |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
41.6 | 437 |
| B |
9.1 |
17.4* |
19.1* |
22.0 |
29.0* |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
1.2 | 241 |
| A |
-- |
39.0 |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
58.5 | 41 |
| C |
77.5* |
-- |
1.0 |
17.6* |
-- |
1.0* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- | 102 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 155 |
| M |
-- |
1.6* |
3.2* |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
94.8 | 309 |
| |
| Base Pair (2206:2218)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.9* |
11.8* |
16.3* |
4.6* |
1.4 |
0.8 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.4 |
56.2 | 849 |
| 3 |
10.7* |
21.2* |
16.0* |
6.2* |
2.7 |
1.6 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
41.0 | 438 |
| B |
18.6* |
31.0* |
27.7* |
11.2* |
4.5 |
2.5 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
3.7 | 242 |
| A |
4.9* |
43.9* |
7.3* |
-- |
2.4 |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
39.0 | 41 |
| C |
19.6* |
2.0* |
64.7* |
7.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
2.0 |
-- | 102 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 155 |
| M |
-- |
1.6* |
0.6* |
1.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.1 | 309 |
| |
| Base Pair (2207:2217)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.9* |
35.6* |
2.5* |
0.9* |
0.1 |
1.9 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.7 |
-- |
-- |
53.9 | 849 |
| 3 |
6.8* |
48.9* |
2.5* |
1.4* |
0.2 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
1.4 |
-- |
-- |
37.9 | 438 |
| B |
9.1* |
79.8* |
0.4* |
2.5* |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
2.5 |
-- |
-- |
4.5 | 242 |
| A |
19.5* |
51.2* |
24.4* |
-- |
2.4 |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
2.0* |
81.4* |
2.9* |
-- |
-- |
12.7 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 155 |
| M |
0.3* |
1.6* |
2.3* |
0.6* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
94.5 | 309 |
| |
| Base Pair (2208:2216)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.1* |
31.4* |
5.5* |
3.7* |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 |
54.0 | 849 |
| 3 |
6.4* |
43.4* |
5.3* |
6.4* |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
38.1 | 438 |
| B |
7.9* |
67.4* |
7.9* |
11.2* |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.9 | 242 |
| A |
22.0* |
65.9* |
9.8* |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
2.0* |
74.5* |
17.6* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
2.9 |
-- | 102 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 155 |
| M |
1.6* |
0.3* |
1.9* |
1.0* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
94.5 | 309 |
| |
| Base Pair (2209:2215)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
16.0* |
11.8* |
10.7* |
4.2* |
0.4 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
1.6 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
54.4 | 849 |
| 3 |
28.3* |
22.4* |
2.5* |
6.2* |
0.7 |
0.5 |
-- |
-- |
0.9 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
38.1 | 438 |
| B |
48.3* |
30.2* |
3.3* |
10.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
5.0 | 242 |
| A |
17.1* |
61.0* |
7.3* |
2.4* |
7.3 |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
11.8* |
2.0 |
70.6* |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
1.0 |
9.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 | 102 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 155 |
| M |
-- |
-- |
2.6* |
2.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
94.5 | 309 |
| |
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