23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 2296
| Base Pair (2296:2322)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.4* |
63.4* |
0.1* |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.5 |
-- |
2.7 |
0.5 |
31.7 | 848 |
| 3 |
-- |
-- |
92.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
5.0 |
0.7 |
-- | 437 |
| B |
-- |
-- |
96.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.5 |
0.8 |
-- | 241 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 102 |
| E |
-- |
-- |
85.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
2.6 |
-- |
10.3 |
0.6 |
-- | 155 |
| M |
-- |
1.0* |
10.0* |
0.3* |
-- |
0.6 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.3 |
86.7 | 309 |
| |
| Base Pair (2297:2321)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
57.8* |
3.3* |
6.1* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
31.8 | 848 |
| 3 |
-- |
85.8* |
2.7* |
11.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 437 |
| B |
-- |
76.3* |
5.0* |
18.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
97.1* |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 102 |
| E |
-- |
96.8* |
-- |
2.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 155 |
| M |
0.3* |
5.2* |
4.5* |
1.0* |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
86.7 | 309 |
| |
|
| Base Pair (2299:2317)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
38.6* |
0.5* |
8.6* |
12.3* |
5.3 |
-- |
0.6 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
33.7 | 848 |
| 3 |
55.6* |
0.9* |
14.6* |
18.8* |
8.0 |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.5 | 437 |
| B |
61.4* |
0.8* |
17.4* |
4.6* |
13.3 |
-- |
2.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
75.6* |
4.9* |
2.4* |
9.8* |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
82.4* |
-- |
2.0* |
3.9* |
8.8 |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 102 |
| E |
41.3* |
-- |
13.5* |
43.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.3 | 155 |
| M |
-- |
-- |
2.3* |
5.8* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
91.6 | 309 |
| |
| Base Pair (2300:2316)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
15.4* |
17.9* |
13.0* |
15.3* |
2.6 |
1.7 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
33.6 | 848 |
| 3 |
20.6* |
31.4* |
16.9* |
26.5* |
0.7 |
2.7 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 437 |
| B |
8.7* |
35.3* |
7.1* |
44.8* |
-- |
4.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
82.9* |
14.6* |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
30.4* |
11.8* |
32.4* |
4.9* |
18.6 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 102 |
| E |
22.6* |
29.7* |
36.8* |
5.2* |
1.3 |
1.3 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.3 | 155 |
| M |
3.2* |
1.0* |
1.0* |
2.9* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
91.3 | 309 |
| |
| Base Pair (2301:2315)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
19.9* |
26.5* |
3.3* |
15.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.4 |
-- |
0.1 |
-- |
33.7 | 848 |
| 3 |
38.4* |
28.4* |
2.7* |
29.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.7 | 437 |
| B |
11.2* |
34.0* |
5.0* |
49.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 241 |
| A |
-- |
97.6* |
-- |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
91.2* |
4.9* |
2.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 102 |
| E |
91.0* |
1.3* |
-- |
5.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
1.3 | 155 |
| M |
0.3* |
2.6* |
3.6* |
1.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
91.3 | 309 |
| |
| Base Pair (2302:2314)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.8* |
12.5* |
29.4* |
16.9* |
0.9 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 |
-- |
33.5 | 848 |
| 3 |
11.0* |
21.3* |
33.9* |
31.8* |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- | 437 |
| B |
2.9* |
38.6* |
58.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
12.7* |
86.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 102 |
| E |
-- |
-- |
4.5* |
89.7* |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.3 |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
0.3* |
-- |
4.2* |
1.3* |
1.3 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
91.6 | 309 |
| |
| Base Pair (2303:2313)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
60.8* |
0.9* |
0.4* |
2.5* |
0.6 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.1 |
-- |
34.0 | 848 |
| 3 |
97.3* |
1.4* |
-- |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.2 |
-- |
-- | 437 |
| B |
99.6* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
92.7* |
2.4* |
-- |
4.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
83.3* |
-- |
-- |
10.8* |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 102 |
| E |
94.8* |
2.6* |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
0.6 |
-- |
-- | 155 |
| M |
1.9* |
0.6* |
1.0* |
2.3* |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
92.9 | 309 |
| |
| Base Pair (2304:2312)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.1 |
0.2 |
0.2 |
13.8 |
41.7* |
0.9* |
0.1 |
0.7* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
34.4 | 848 |
| 3 |
13.5 |
-- |
-- |
24.9 |
58.4* |
1.8* |
-- |
0.7* |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- | 437 |
| B |
2.9 |
-- |
-- |
2.1 |
92.9* |
-- |
-- |
1.2* |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
19.5 |
-- |
-- |
-- |
61.0* |
19.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
94.1* |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
1.0 | 102 |
| E |
28.4* |
-- |
-- |
67.1* |
3.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- | 155 |
| M |
0.3* |
0.6* |
0.6* |
1.9* |
1.0 |
-- |
0.3 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
94.2 | 309 |
| |
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