23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 2347
| Base Pair (2347:2370)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
50.2* |
17.9* |
0.5 |
0.6* |
0.9 |
1.4 |
0.9* |
0.2 |
0.5 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
26.3 | 849 |
| 3 |
-- |
66.0* |
31.3* |
0.5* |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 438 |
| B |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
-- |
95.1* |
-- |
4.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
94.1* |
3.9* |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
-- |
5.8* |
88.4* |
-- |
0.6* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 | 155 |
| M |
0.3 |
13.3* |
3.6 |
0.6 |
1.3* |
1.6 |
3.9* |
0.3 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
73.6 | 309 |
| |
| Base Pair (2348:2369)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
10.7* |
4.1* |
62.7* |
12.2* |
0.2 |
0.9 |
0.9 |
0.7 |
0.2 |
0.6 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.5 |
5.9 | 849 |
| 3 |
2.5* |
8.0* |
85.4* |
1.8* |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 | 438 |
| B |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
26.8* |
19.5* |
36.6* |
17.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
-- |
17.4* |
75.5* |
0.6* |
-- |
3.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 | 155 |
| M |
25.9* |
-- |
18.4* |
31.1* |
0.6 |
0.6 |
2.6 |
1.9 |
0.6 |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
1.0 |
15.6 | 309 |
| |
| Base Pair (2349:2368)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
48.3* |
20.9* |
16.5* |
4.0* |
-- |
2.2 |
0.9 |
0.1 |
0.4 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.5 |
5.5 | 848 |
| 3 |
61.6* |
9.2* |
23.8* |
1.8* |
-- |
1.6 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.9 |
0.2 | 437 |
| B |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
65.9* |
2.4* |
19.5* |
12.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
1.3* |
25.2* |
61.9* |
1.9* |
-- |
4.5 |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
0.6 | 155 |
| M |
12.6* |
44.3* |
11.7* |
8.4* |
-- |
3.9 |
1.6 |
0.3 |
1.0 |
0.3 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
14.8 | 309 |
| |
| Base Pair (2350:2367)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.7* |
32.9* |
15.3* |
1.5* |
1.1 |
9.5 |
1.9 |
-- |
-- |
11.3 |
1.1 |
-- |
0.1 |
-- |
13.0 |
2.8 |
5.8 | 849 |
| 3 |
6.4 |
45.9* |
3.9 |
0.7 |
1.6* |
14.8 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
24.2* |
2.1 |
-- | 438 |
| B |
-- |
76.4* |
6.6* |
-- |
0.4* |
14.5 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- | 242 |
| A |
61.0* |
4.9 |
-- |
-- |
4.9 |
29.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
71.6* |
15.7* |
-- |
-- |
9.8 |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
1.9 |
9.0* |
0.6 |
1.9 |
2.6* |
11.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
68.4* |
3.2 |
-- | 155 |
| M |
1.0 |
1.6 |
31.4* |
3.2* |
0.6 |
1.9 |
4.2 |
-- |
-- |
30.7 |
2.6* |
-- |
0.3 |
-- |
1.3 |
4.9 |
16.2 | 309 |
| |
| Base Pair (2351:2366) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.9 |
0.8* |
10.5 |
4.6* |
1.1 |
0.2 |
26.9 |
0.8 |
0.1 |
1.6 |
-- |
0.1 |
40.8* |
0.1 |
0.6* |
0.4 |
6.4 | 849 |
| 3 |
9.6 |
1.4* |
1.8 |
5.5* |
2.1 |
0.5 |
7.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
71.5* |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 438 |
| B |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
12.8 |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
84.3* |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 | 242 |
| A |
36.6* |
-- |
4.9* |
48.8* |
9.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
16.7 |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
16.1 |
3.9* |
3.9 |
2.6* |
1.9 |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
70.3* |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
-- |
0.3 |
26.2 |
4.9 |
-- |
-- |
36.2* |
2.3 |
-- |
4.5 |
-- |
0.3* |
5.2 |
-- |
1.6* |
1.0 |
17.4 | 309 |
| |
| Base Pair (2352:2365) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.7* |
2.9 |
2.9* |
22.9 |
0.4 |
0.2 |
14.8 |
0.6 |
39.5* |
0.4 |
0.1 |
0.5* |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.8 |
13.1 | 849 |
| 3 |
1.4* |
5.7 |
4.6* |
32.9 |
-- |
-- |
4.8 |
-- |
50.2* |
-- |
-- |
0.2* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- | 438 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.7 |
-- |
90.9* |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
-- |
61.0* |
31.7* |
7.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
12.7 |
-- |
87.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
3.9* |
-- |
4.5* |
91.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
-- |
-- |
1.6 |
16.2 |
1.0 |
0.6 |
29.8* |
1.6 |
8.4 |
1.0 |
0.3* |
1.0 |
-- |
-- |
0.3 |
2.3* |
35.9 | 309 |
| |
| Base Pair (2353:2364)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
61.2* |
5.9* |
18.5* |
2.7* |
0.9 |
2.8 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
0.1 |
6.7 | 849 |
| 3 |
52.5* |
9.8* |
29.0* |
0.7* |
0.7 |
5.3 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
0.2 |
0.5 | 438 |
| B |
95.0* |
2.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
0.8 | 242 |
| A |
-- |
70.7* |
22.0* |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- | 41 |
| C |
97.1* |
-- |
-- |
1.0* |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
-- |
5.2* |
76.1* |
1.9 |
1.9* |
13.5 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
61.8* |
2.3* |
9.7* |
6.1* |
1.0 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
18.0 | 309 |
| |
| Base Pair (2354:2363)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.7* |
7.1* |
18.3* |
62.4* |
0.2 |
0.4 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
4.8 | 849 |
| 3 |
3.4* |
13.2* |
32.9* |
49.1* |
0.2 |
0.7 |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 438 |
| B |
2.9* |
6.6* |
1.7* |
88.0* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
9.8* |
80.5* |
2.4* |
2.4* |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
2.6* |
5.8* |
89.7* |
0.6* |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
10.7* |
0.6* |
3.6* |
68.9* |
0.3 |
-- |
0.6 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.6 |
13.2 | 309 |
| |
| Base Pair (2355:2362)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
15.1* |
50.1* |
4.9* |
5.2* |
0.2 |
16.6 |
0.2 |
0.8 |
0.1 |
0.1 |
0.9 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
4.7 | 849 |
| 3 |
11.6* |
47.3* |
4.1* |
1.6* |
0.2 |
32.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.7 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
0.4 | 438 |
| B |
18.2* |
78.1* |
1.2* |
0.8* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 242 |
| A |
14.6* |
36.6 |
2.4 |
-- |
-- |
41.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
2.0* |
97.1* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
0.6 |
1.9 |
9.0 |
3.2* |
-- |
80.0* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.2 |
0.6 | 155 |
| M |
24.3* |
38.5* |
7.4* |
12.0* |
0.3 |
-- |
0.6 |
1.9 |
0.3 |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
12.3 | 309 |
| |
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