23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 235
| Base Pair (235:262)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.4* |
1.9* |
67.7* |
1.3* |
0.9 |
0.8 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.5 |
-- |
-- |
0.9 |
24.0 | 863 |
| 3 |
2.4* |
2.9* |
90.2* |
1.4* |
1.4 |
0.8 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.6 | 509 |
| B |
0.7* |
-- |
98.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 274 |
| A |
27.8* |
38.9* |
11.1* |
2.8* |
19.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
97.0 |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
0.5* |
92.5* |
3.0* |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
1.5 | 199 |
| M |
-- |
0.4* |
11.0* |
1.6* |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
0.4 |
1.6 |
-- |
-- |
2.8 |
80.4 | 254 |
| |
| Base Pair (236:261)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.6* |
57.7* |
11.8* |
8.9* |
1.3 |
0.1 |
1.7 |
0.5 |
0.1 |
1.2 |
0.6 |
0.8 |
-- |
-- |
0.6 |
1.8 |
8.3 | 865 |
| 3 |
6.7* |
77.1* |
12.9* |
0.8* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 511 |
| B |
4.0* |
81.2* |
12.3* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 | 276 |
| A |
-- |
75.0* |
25.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
85.0* |
12.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
11.6* |
71.9* |
11.6* |
1.5* |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 199 |
| M |
2.4* |
7.9* |
9.4* |
28.7* |
4.3 |
-- |
5.9 |
1.6 |
0.4 |
2.4 |
0.8 |
2.0 |
-- |
-- |
2.0 |
6.3 |
26.1 | 254 |
| |
| Base Pair (237:260)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.3* |
72.6* |
6.6* |
3.1* |
-- |
3.7 |
0.5 |
0.1 |
0.9 |
0.6 |
0.6 |
0.9 |
0.2 |
-- |
1.0 |
3.9 |
4.7 | 864 |
| 3 |
-- |
92.0* |
1.8* |
-- |
-- |
4.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 510 |
| B |
-- |
94.9 |
-- |
-- |
-- |
4.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 274 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
93.0* |
3.0* |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
86.5* |
4.5* |
-- |
-- |
5.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.5 | 200 |
| M |
1.2* |
25.6* |
17.7* |
10.6* |
-- |
2.4 |
1.6 |
0.4 |
3.1 |
2.0 |
0.4 |
3.1 |
0.8 |
-- |
3.5 |
13.4 |
14.3 | 254 |
| |
| Base Pair (238:259)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
13.8* |
63.6* |
5.9* |
4.3* |
1.4 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.2 |
0.6 |
0.8 |
0.1 |
-- |
0.7 |
4.4 |
3.7 | 867 |
| 3 |
19.1* |
73.7* |
4.7* |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 513 |
| B |
28.3* |
67.0* |
-- |
-- |
3.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 | 276 |
| A |
52.8* |
47.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
0.5* |
87.6* |
11.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 201 |
| M |
8.7* |
29.5* |
10.6 |
14.6 |
1.2 |
-- |
0.4* |
1.2 |
-- |
0.8 |
1.2 |
2.8 |
0.4 |
-- |
2.4 |
15.0* |
11.5 | 254 |
| |
| Base Pair (239:258)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.7 |
5.5 |
22.5* |
12.1* |
2.5 |
21.2 |
1.4 |
-- |
0.1 |
4.4 |
5.9* |
0.3 |
0.3 |
0.2* |
9.6 |
4.7 |
3.3 | 866 |
| 3 |
3.3 |
8.2 |
20.3 |
4.9* |
1.0 |
31.6* |
-- |
-- |
-- |
3.9 |
9.8* |
-- |
0.2* |
0.4 |
13.9 |
2.1 |
0.4 | 512 |
| B |
5.1* |
14.9 |
15.6 |
8.7* |
0.7 |
46.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
7.2 |
-- |
0.4 | 276 |
| A |
5.6* |
2.8 |
8.3 |
-- |
-- |
77.8* |
-- |
-- |
-- |
5.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
29.0* |
-- |
8.0 |
5.0 |
17.0 |
5.0 |
3.0 |
-- |
-- |
4.0* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
12.0 |
16.0* |
-- | 100 |
| E |
0.5 |
-- |
29.0* |
0.5 |
1.5* |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
9.0 |
24.0* |
-- |
0.5 |
1.0 |
25.5 |
5.5 |
0.5 | 200 |
| M |
1.2* |
2.4* |
32.7* |
29.5* |
-- |
6.7 |
3.5 |
-- |
0.4 |
5.5 |
0.4 |
1.2 |
0.4 |
-- |
-- |
5.5 |
10.7 | 254 |
| |
|
| Base Pair (245:253)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
53.0* |
3.2* |
16.1* |
15.8* |
3.2 |
0.1 |
0.2 |
5.2 |
-- |
0.5 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
1.7 | 868 |
| 3 |
63.4* |
0.4* |
-- |
22.6* |
5.1 |
-- |
-- |
8.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- | 514 |
| B |
98.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- | 277 |
| A |
66.7* |
2.8* |
-- |
25.0* |
2.8 |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
13.9* |
0.5* |
-- |
53.2* |
12.4 |
-- |
-- |
19.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 201 |
| M |
13.4* |
10.2* |
55.1* |
8.3* |
0.8 |
0.4 |
0.8 |
1.2 |
-- |
1.6 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
1.6 |
5.9 | 254 |
| |
| Base Pair (246:252)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
8.4* |
52.4* |
6.6* |
14.4* |
0.1 |
15.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.5 |
1.8 | 868 |
| 3 |
4.5* |
70.2* |
4.1* |
1.6* |
0.2 |
19.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 514 |
| B |
-- |
63.9* |
0.4* |
0.4* |
-- |
34.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 277 |
| A |
55.6* |
13.9* |
13.9* |
13.9* |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
79.0* |
6.0* |
-- |
-- |
15.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
1.5* |
89.1* |
7.5* |
1.0* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 201 |
| M |
19.7* |
5.9* |
11.8* |
46.1* |
-- |
7.5 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
1.6 |
5.9 | 254 |
| |
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