23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 2395
| Base Pair (2395:2421)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.2* |
90.0* |
2.6* |
0.8* |
0.1 |
0.4 |
0.1 |
-- |
0.9 |
0.5 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
1.8 | 847 |
| 3 |
4.3* |
92.4* |
1.8* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.5 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 437 |
| B |
-- |
95.0* |
3.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 241 |
| A |
46.3* |
51.2* |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
98.0* |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
-- |
83.8* |
3.9* |
2.3* |
-- |
1.0 |
0.3 |
-- |
2.3 |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
4.8 | 309 |
| |
| Base Pair (2396:2420)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
49.4* |
5.3* |
19.6* |
22.7* |
0.4 |
0.6 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
1.7 | 847 |
| 3 |
54.2* |
7.8* |
34.6* |
2.5* |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 437 |
| B |
98.3* |
-- |
0.4* |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
-- |
68.3* |
7.3* |
22.0* |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
-- |
3.9* |
94.8* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 155 |
| M |
25.9* |
3.6* |
4.9* |
58.6* |
0.6 |
1.3 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
4.5 | 309 |
| |
| Base Pair (2397:2419)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.5* |
3.1 |
1.9 |
33.6* |
30.8 |
21.5* |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
2.8 | 848 |
| 3 |
-- |
3.7 |
0.2 |
4.1 |
53.0* |
38.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 438 |
| B |
-- |
1.2* |
-- |
2.1 |
95.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 242 |
| A |
-- |
29.3 |
-- |
19.5* |
-- |
51.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
93.1 |
6.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
-- |
0.6 |
0.6 |
3.2* |
-- |
95.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
15.2* |
3.2* |
4.9* |
56.0* |
7.1 |
4.2 |
0.3 |
0.6 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
7.1 | 309 |
| |
| Base Pair (2398:2418)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.7* |
29.8* |
45.6* |
6.1* |
0.2 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
15.2 | 848 |
| 3 |
0.2* |
23.1* |
73.1* |
2.7* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 438 |
| B |
-- |
23.1* |
76.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 242 |
| A |
-- |
61.0* |
31.7* |
7.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
98.0* |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
0.6* |
12.9* |
78.7* |
5.8* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
4.2* |
17.2* |
21.0* |
12.9* |
0.6 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
41.4 | 309 |
| |
| Base Pair (2399:2417)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
44.8* |
4.0* |
7.7* |
16.4* |
0.6 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
25.3 | 846 |
| 3 |
60.3* |
4.8* |
8.9* |
24.1* |
1.1 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 436 |
| B |
91.7* |
0.8* |
-- |
6.2* |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 240 |
| A |
73.2* |
7.3* |
12.2* |
7.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
96.0* |
-- |
-- |
4.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
8.4* |
10.3* |
21.9* |
56.1* |
3.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
6.1* |
4.2* |
8.4* |
9.7* |
-- |
0.6 |
0.3 |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
69.2 | 309 |
| |
| Base Pair (2400:2416)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
56.1* |
1.8* |
1.7* |
3.7* |
-- |
0.2 |
-- |
2.1 |
-- |
0.6 |
0.5 |
-- |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.2 |
32.7 | 848 |
| 3 |
84.0* |
3.2* |
1.1* |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
4.1 |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
0.2 |
0.5 |
-- |
-- |
5.3 | 438 |
| B |
93.8* |
4.5* |
-- |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
92.1* |
-- |
-- |
6.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
64.5* |
1.9* |
3.2* |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
11.0 |
-- |
-- |
2.6 |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
14.8 | 155 |
| M |
4.9* |
0.3* |
2.9* |
6.8* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
82.2 | 309 |
| |
| Base Pair (2401:2415)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.3* |
15.7 |
2.4 |
1.4* |
-- |
45.0* |
-- |
-- |
2.1 |
0.4* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 |
0.6 |
30.6 | 847 |
| 3 |
2.3* |
29.5 |
1.6 |
1.6* |
-- |
59.3* |
-- |
-- |
4.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
1.1 |
-- | 437 |
| B |
-- |
6.6 |
-- |
-- |
-- |
92.9 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
12.2* |
70.7* |
-- |
-- |
-- |
12.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
93.1* |
-- |
-- |
-- |
3.0* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- | 101 |
| E |
3.2* |
54.2* |
4.5* |
4.5* |
-- |
19.4 |
-- |
-- |
11.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.2 |
-- | 155 |
| M |
0.3* |
1.3 |
3.6 |
1.6* |
-- |
9.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
83.8 | 309 |
| |
|
| Base Pair (2403:2414)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.5* |
46.7* |
16.2* |
1.1* |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
30.9 | 848 |
| 3 |
8.7* |
63.0* |
26.5* |
0.7* |
0.2 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- | 438 |
| B |
14.0* |
85.1* |
0.4* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
-- |
90.2* |
2.4* |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
97.0* |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
2.6* |
21.3* |
73.5* |
1.9* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
-- |
7.1* |
6.1* |
1.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
84.8 | 309 |
| |
| Base Pair (2404:2413)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.1* |
31.6* |
17.2* |
4.4* |
-- |
11.0 |
0.7 |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
31.1 | 848 |
| 3 |
5.9* |
39.3* |
26.3* |
5.9* |
-- |
20.5 |
0.2 |
-- |
0.5 |
0.2 |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 438 |
| B |
0.8* |
59.1* |
0.4* |
6.6* |
-- |
31.8 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 242 |
| A |
-- |
68.3 |
-- |
-- |
-- |
31.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
86.1* |
11.9* |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 101 |
| E |
15.5* |
0.6* |
73.5* |
6.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
-- | 155 |
| M |
-- |
2.9* |
6.1* |
3.6* |
-- |
0.3 |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
85.1 | 309 |
| |
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