23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 2520
| Base Pair (2520:2545)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
94.8* |
0.5* |
2.9* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
1.0 | 822 |
| 3 |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 418 |
| B |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 135 |
| M |
-- |
85.8* |
1.3* |
7.9* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
2.6 | 302 |
| |
| Base Pair (2521:2544)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.4* |
77.2* |
2.2* |
11.4* |
-- |
0.5 |
-- |
6.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
1.1 | 823 |
| 3 |
0.7* |
68.4* |
0.5* |
18.7* |
-- |
-- |
-- |
11.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 418 |
| B |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
-- |
97.6* |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
97.1* |
2.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
2.2* |
3.0* |
0.7* |
57.8* |
-- |
-- |
-- |
36.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 135 |
| M |
-- |
82.5* |
4.3* |
5.3* |
-- |
1.3 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.3 |
2.9 | 303 |
| |
|
| Base Pair (2523:2540)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
51.0* |
4.6* |
7.7* |
24.2* |
2.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
8.0 |
0.2 |
1.9 | 822 |
| 3 |
64.4* |
3.1* |
8.1* |
6.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
15.8 |
-- |
1.5 | 418 |
| B |
94.6* |
1.7* |
-- |
2.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.6 | 242 |
| A |
92.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
4.9 | 41 |
| C |
82.4* |
12.7* |
-- |
2.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 102 |
| E |
1.5 |
6.7* |
25.2 |
17.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
48.9* |
-- |
-- | 135 |
| M |
21.9* |
4.0* |
9.6* |
55.3* |
5.6 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
2.6 | 302 |
| |
| Base Pair (2524:2539)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
63.6* |
4.1* |
4.0* |
24.2* |
1.5 |
0.1 |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.7 |
1.1 | 822 |
| 3 |
91.4* |
7.4* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 418 |
| B |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
82.9* |
17.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
95.1* |
-- |
-- |
2.9* |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
78.5* |
17.8* |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 135 |
| M |
14.6* |
1.0* |
9.6* |
64.9* |
3.3 |
0.3 |
1.0 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
2.0 |
2.6 | 302 |
| |
| Base Pair (2525:2538)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
40.5* |
5.6* |
35.0* |
12.3* |
2.4 |
1.2 |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.6 |
-- |
0.5 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
1.1 | 823 |
| 3 |
60.5* |
9.8* |
18.4* |
7.4* |
1.2 |
1.4 |
-- |
0.7 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 418 |
| B |
95.0* |
-- |
-- |
4.5* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
46.3* |
39.0* |
-- |
7.3* |
-- |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
58.8* |
1.0* |
-- |
31.4* |
6.9 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 102 |
| E |
3.0* |
18.5* |
57.0* |
12.6* |
3.7 |
2.2 |
-- |
1.5 |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 135 |
| M |
6.6* |
1.3* |
69.6* |
12.5* |
2.6 |
1.0 |
0.3 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
1.3 |
0.7 |
-- |
-- |
0.3 |
2.6 | 303 |
| |
| Base Pair (2526:2537)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
18.4 |
2.9* |
0.7* |
2.7 |
70.9* |
-- |
0.1 |
1.0* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
1.4 | 825 |
| 3 |
32.6 |
5.2* |
1.4* |
1.4 |
57.4* |
-- |
-- |
1.0* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 420 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 242 |
| A |
39.0* |
39.0* |
14.6* |
4.9* |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
87.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
12.7 |
-- | 102 |
| E |
88.3* |
4.4* |
-- |
2.9* |
0.7 |
-- |
-- |
2.9 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 137 |
| M |
5.0 |
0.7* |
-- |
5.3 |
84.2* |
-- |
0.3 |
1.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
2.6 | 303 |
| |
| Base Pair (2527:2536)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
31.6* |
45.0* |
0.5* |
16.3* |
1.8 |
0.7 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.6 |
-- |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
0.8 |
1.5 | 826 |
| 3 |
8.1* |
59.6* |
-- |
28.7* |
1.0 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- | 421 |
| B |
0.4* |
99.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
75.6* |
24.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 102 |
| E |
1.4* |
-- |
-- |
87.7* |
2.9 |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
3.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.6 |
-- | 138 |
| M |
74.9* |
6.3* |
1.3* |
4.6* |
3.6 |
1.7 |
0.3 |
0.3 |
0.3 |
-- |
-- |
1.3 |
0.3 |
-- |
-- |
0.7 |
4.3 | 303 |
| |
| Base Pair (2528:2535)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.9* |
4.8 |
1.9 |
11.9* |
0.4 |
69.2* |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
1.7 |
1.4 | 826 |
| 3 |
0.2* |
7.1 |
-- |
22.8* |
-- |
68.9* |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- | 421 |
| B |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
62.7* |
-- |
-- |
2.0* |
2.0 |
27.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
1.0 | 102 |
| E |
-- |
21.7* |
-- |
69.6* |
-- |
5.8 |
0.7 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
-- | 138 |
| M |
-- |
3.3 |
5.3 |
-- |
0.3* |
83.8* |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
2.3 |
3.6 | 303 |
| |
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