23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 2547
| Base Pair (2547:2561)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.4* |
5.0* |
73.2* |
13.4* |
0.3 |
0.6 |
1.4 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
4.3 |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 798 |
| 3 |
-- |
7.6* |
59.7* |
20.4* |
-- |
0.9 |
1.2 |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
7.8 |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 422 |
| B |
-- |
0.4* |
65.7* |
33.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
19.5* |
-- |
-- |
-- |
80.5* |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
2.0* |
97.0* |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 99 |
| E |
-- |
22.3* |
66.9* |
2.9* |
-- |
2.9 |
3.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 | 139 |
| M |
1.1* |
2.2* |
85.2* |
7.6* |
0.7 |
0.4 |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 277 |
| |
| Base Pair (2548:2560)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
49.9* |
26.1* |
17.2* |
4.9* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
1.4 | 797 |
| 3 |
65.2* |
4.5* |
25.6* |
3.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
1.4 | 422 |
| B |
44.6* |
7.9* |
44.2* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
2.5 | 242 |
| A |
70.7* |
-- |
-- |
29.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
92.9* |
-- |
2.0* |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 | 99 |
| E |
99.3* |
-- |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 139 |
| M |
11.2* |
68.5* |
9.8* |
8.7* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 276 |
| |
| Base Pair (2549:2559)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
97.5* |
0.4* |
0.3* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 795 |
| 3 |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 419 |
| B |
98.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 239 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
97.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 | 99 |
| E |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 139 |
| M |
94.9* |
1.1* |
0.7* |
2.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 277 |
| |
| Base Pair (2550:2558)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
50.2* |
0.1* |
27.0* |
3.3* |
-- |
0.1 |
-- |
17.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.1 |
1.0 | 795 |
| 3 |
65.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
32.7 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 | 419 |
| B |
96.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.3 | 239 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
96.0* |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- | 99 |
| E |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.6 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 139 |
| M |
11.2* |
0.4* |
77.6* |
9.0* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
0.4 |
-- | 277 |
| |
| Base Pair (2551:2557)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
54.4* |
41.0* |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.8 |
0.5 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- | 798 |
| 3 |
-- |
62.9* |
33.0* |
-- |
-- |
3.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- | 421 |
| B |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
-- |
61.0* |
-- |
-- |
-- |
31.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.3* |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 139 |
| M |
-- |
24.9* |
67.9* |
-- |
-- |
3.6 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
2.2 |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- | 277 |
| |
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