23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 2630
| Base Pair (2630:2788)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
35.6* |
0.5 |
1.5 |
13.6* |
8.8 |
2.1* |
1.8 |
0.5 |
1.4 |
1.2* |
0.8 |
0.2 |
0.5 |
0.8 |
0.6 |
0.8 |
29.7 | 660 |
| 3 |
59.9* |
0.8 |
1.8 |
6.3* |
15.0 |
2.9* |
2.1 |
0.5 |
2.1 |
2.1* |
1.3 |
0.3 |
0.8 |
0.3 |
0.8 |
-- |
3.0 | 379 |
| B |
87.8* |
0.9* |
1.9* |
8.0* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 213 |
| A |
70.7* |
2.4 |
4.9 |
-- |
7.3 |
9.8* |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
10.7* |
-- |
-- |
89.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 56 |
| E |
9.6 |
-- |
0.8 |
5.6 |
48.0* |
3.2 |
5.6 |
0.8 |
5.6* |
6.4* |
3.2 |
1.6 |
-- |
-- |
2.4* |
-- |
7.2 | 125 |
| M |
0.9 |
-- |
1.3* |
7.1* |
0.4 |
1.3 |
1.8 |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8* |
0.4 |
2.2 |
81.7 | 225 |
| |
| Base Pair (2631:2787)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
55.7* |
0.8* |
6.5* |
5.3* |
1.2 |
0.6 |
0.5 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.3 |
28.5 | 659 |
| 3 |
77.8* |
1.1* |
10.1* |
5.3* |
2.1 |
1.1 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 |
0.3 |
-- |
0.3 |
-- |
0.3 |
1.4 | 378 |
| B |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 212 |
| A |
82.9* |
-- |
-- |
14.6* |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 56 |
| E |
38.4* |
3.2* |
36.8* |
11.2* |
2.4 |
0.8 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
0.8 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
4.0 | 125 |
| M |
7.6* |
0.4* |
2.2* |
6.7* |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
80.9 | 225 |
| |
| Base Pair (2632:2786)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.9* |
8.8 |
3.6 |
45.2* |
0.6 |
10.3* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.2 |
27.8 | 660 |
| 3 |
3.4* |
15.3 |
4.7 |
56.2* |
0.5 |
17.9* |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.3 |
0.3 | 379 |
| B |
-- |
-- |
1.4* |
97.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 213 |
| A |
22.0* |
61.0* |
-- |
9.8* |
-- |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 56 |
| E |
3.2* |
28.0 |
8.8 |
0.8* |
1.6 |
56.0* |
-- |
-- |
-- |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- | 125 |
| M |
2.7* |
-- |
2.7* |
12.9* |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
80.9 | 225 |
| |
| Base Pair (2633:2785)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
23.4* |
4.1* |
8.6* |
30.5* |
2.6 |
1.4 |
0.6 |
0.3 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.2 |
0.2 |
-- |
27.6 | 659 |
| 3 |
26.2* |
6.9* |
14.3* |
42.6* |
4.5 |
2.4 |
1.1 |
0.5 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.3 |
0.3 |
-- |
-- | 378 |
| B |
21.2* |
-- |
17.0* |
59.9* |
0.5 |
-- |
0.9 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 212 |
| A |
-- |
58.5* |
24.4* |
4.9* |
-- |
12.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
82.1* |
-- |
-- |
17.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 56 |
| E |
51.2* |
0.8* |
6.4* |
25.6* |
11.2 |
-- |
1.6 |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.8 |
-- |
-- | 125 |
| M |
4.0* |
0.4* |
1.3* |
13.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
80.9 | 225 |
| |
| Base Pair (2634:2784)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
13.5* |
9.5* |
20.6* |
26.5* |
0.2 |
0.9 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
28.3 | 661 |
| 3 |
21.4* |
7.1* |
29.6* |
38.1* |
0.3 |
1.6 |
-- |
0.3 |
0.3 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.8 | 378 |
| B |
18.9* |
0.9* |
13.7* |
63.7* |
-- |
1.9 |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 212 |
| A |
85.4* |
-- |
2.4* |
9.8* |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
62.5* |
37.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 56 |
| E |
2.4* |
23.2* |
68.8* |
4.0* |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 125 |
| M |
3.5* |
0.4* |
1.3* |
13.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
81.1 | 227 |
| |
| Base Pair (2635:2783)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.3* |
25.8* |
21.9* |
19.6* |
0.2 |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
28.4 | 662 |
| 3 |
4.0* |
43.3* |
35.6* |
12.9* |
0.3 |
3.2 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 379 |
| B |
3.8* |
28.2* |
45.1* |
22.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 213 |
| A |
4.9* |
75.6* |
19.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
3.6* |
96.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 56 |
| E |
3.2* |
60.0* |
26.4* |
0.8* |
0.8 |
8.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 125 |
| M |
-- |
3.1* |
3.5* |
11.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
81.4 | 227 |
| |
| Base Pair (2636:2782)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
15.1* |
9.4 |
5.4 |
2.1* |
1.4 |
36.8* |
0.5 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
28.2 | 661 |
| 3 |
25.1* |
14.6 |
5.6 |
0.3* |
2.4 |
50.3* |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.3 |
0.3 |
0.3 |
-- | 378 |
| B |
0.9* |
5.7 |
8.0 |
-- |
-- |
85.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 212 |
| A |
-- |
87.8* |
4.9* |
-- |
-- |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
10.7 |
-- |
-- |
89.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 56 |
| E |
77.6* |
4.0 |
0.8 |
1.6* |
6.4 |
4.8* |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
1.6 |
0.8 |
0.8 |
0.8 |
-- | 125 |
| M |
2.2* |
3.1* |
4.0* |
5.7* |
-- |
1.3 |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
81.9 | 227 |
| |
| Base Pair (2637:2781)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.9* |
11.6* |
51.8* |
1.7* |
-- |
0.8 |
0.8 |
0.2 |
0.3 |
1.1 |
0.6 |
0.2 |
0.8 |
-- |
0.8 |
0.5 |
28.3 | 662 |
| 3 |
1.1* |
20.3* |
71.0* |
0.8* |
-- |
1.1 |
0.3 |
0.3 |
-- |
1.8 |
1.1 |
0.3 |
0.3 |
-- |
1.3 |
0.5 |
-- | 379 |
| B |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 213 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 56 |
| E |
1.6* |
68.0* |
12.8* |
1.6* |
-- |
3.2 |
0.8 |
0.8 |
-- |
1.6 |
3.2 |
-- |
0.8 |
-- |
4.0 |
1.6 |
-- | 125 |
| M |
0.9* |
-- |
7.9* |
3.5* |
-- |
0.4 |
1.8 |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
0.4 |
82.3 | 227 |
| |
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