23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 2640
| Base Pair (2640:2774)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
38.7* |
9.8* |
14.4* |
6.6* |
1.4 |
-- |
0.3 |
-- |
0.2 |
0.3 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
28.0 | 662 |
| 3 |
53.0* |
15.8* |
21.9* |
5.8* |
1.3 |
-- |
0.5 |
-- |
0.3 |
0.5 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.3 | 379 |
| B |
76.5* |
8.5* |
3.8* |
9.4* |
0.5 |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 213 |
| A |
70.7* |
17.1* |
-- |
2.4* |
9.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
82.1* |
-- |
-- |
14.3* |
3.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 56 |
| E |
7.2* |
28.8* |
60.8* |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 125 |
| M |
4.0* |
2.2* |
5.3* |
6.2* |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
81.1 | 227 |
| |
| Base Pair (2641:2773)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
19.0* |
-- |
1.5* |
46.1* |
3.0 |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
28.6 | 664 |
| 3 |
31.0* |
-- |
1.9* |
61.1* |
5.0 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 378 |
| B |
25.9* |
-- |
3.3* |
62.7* |
7.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 212 |
| A |
87.8* |
-- |
-- |
9.8* |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
5.4* |
-- |
-- |
75.0* |
-- |
-- |
-- |
19.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 56 |
| E |
20.8* |
-- |
-- |
76.0* |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.6 | 125 |
| M |
2.6* |
-- |
1.3* |
14.3* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
81.3 | 230 |
| |
| Base Pair (2642:2772)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
58.7* |
0.1* |
0.4* |
11.0* |
0.7 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
28.6 | 671 |
| 3 |
85.0* |
-- |
0.3* |
14.0* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 379 |
| B |
76.1* |
-- |
-- |
23.5* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 213 |
| A |
90.2* |
-- |
2.4* |
7.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
93.1* |
-- |
-- |
5.2* |
-- |
1.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 58 |
| E |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 125 |
| M |
7.7* |
0.4* |
0.9* |
7.7* |
1.3 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
81.6 | 234 |
| |
| Base Pair (2643:2771)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
43.3* |
0.7 |
2.2 |
5.3* |
1.5 |
12.8* |
0.4 |
0.9 |
-- |
0.3* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
2.5 |
0.3 |
29.0 | 674 |
| 3 |
60.9* |
1.1 |
1.3 |
3.2* |
1.6 |
22.7* |
0.5 |
1.6 |
-- |
0.5* |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
4.5 |
0.5 |
0.6 | 379 |
| B |
91.5* |
-- |
-- |
3.8* |
1.9 |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 213 |
| A |
87.8* |
2.4* |
-- |
2.4* |
4.9 |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
82.8* |
-- |
12.1* |
5.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 58 |
| E |
-- |
2.4 |
4.0 |
2.4* |
-- |
68.8* |
1.6 |
-- |
-- |
1.6 |
3.2* |
-- |
-- |
-- |
13.6 |
1.6 |
0.8 | 125 |
| M |
5.5* |
0.4* |
1.3* |
8.9* |
1.7 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
81.8 | 237 |
| |
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