23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 2735
| Base Pair (2735:2769)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
24.9* |
10.7* |
12.3* |
8.6* |
7.1 |
4.9 |
3.7 |
2.4 |
0.4 |
1.9 |
1.8 |
0.1 |
1.0 |
0.1 |
2.2 |
1.3 |
16.2 | 675 |
| 3 |
39.6* |
4.7* |
13.7* |
9.0* |
12.1 |
7.7 |
3.4 |
2.4 |
0.5 |
2.4 |
0.3 |
-- |
1.1 |
0.3 |
1.1 |
1.1 |
0.8 | 379 |
| B |
47.4* |
1.4* |
5.6* |
13.1* |
20.2 |
1.4 |
2.3 |
3.8 |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
1.4 |
0.5 |
1.4 |
-- |
0.5 | 213 |
| A |
73.2* |
14.6* |
-- |
12.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
58.6* |
1.7* |
13.8* |
1.7* |
3.4 |
1.7 |
13.8 |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
1.7 | 58 |
| E |
15.2* |
7.2* |
32.0* |
0.8* |
2.4 |
20.8 |
6.4 |
0.8 |
0.8 |
6.4 |
0.8 |
-- |
0.8 |
-- |
0.8 |
3.2 |
1.6 | 125 |
| M |
4.2* |
22.7* |
10.1* |
9.7* |
0.8 |
1.3 |
1.7 |
0.4 |
0.4 |
1.7 |
-- |
0.4 |
1.3 |
-- |
-- |
0.8 |
44.5 | 238 |
| |
| Base Pair (2736:2768)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
50.1* |
8.7* |
4.7* |
17.2* |
0.7 |
0.1 |
0.9 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.7 |
15.4 | 675 |
| 3 |
74.9* |
3.4* |
0.8* |
17.9* |
0.8 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.8 |
0.3 | 379 |
| B |
64.8* |
2.8* |
1.4* |
28.6* |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- | 213 |
| A |
78.0* |
7.3* |
-- |
4.9 |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.3* |
-- | 41 |
| C |
67.2* |
-- |
1.7 |
24.1* |
-- |
1.7* |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- | 58 |
| E |
91.2* |
3.2* |
-- |
4.0* |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 125 |
| M |
6.3* |
19.7* |
12.2* |
14.3* |
0.8 |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
43.3 | 238 |
| |
| Base Pair (2737:2767)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
64.4* |
5.5* |
4.1* |
3.7* |
0.1 |
0.3 |
3.7 |
0.4 |
-- |
0.7 |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.9 |
15.3 | 675 |
| 3 |
97.1* |
-- |
0.5 |
0.5 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.3 |
0.8* |
-- | 379 |
| B |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- | 213 |
| A |
90.2* |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.3* |
-- | 41 |
| C |
91.4* |
-- |
1.7* |
3.4* |
-- |
-- |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 58 |
| E |
96.0* |
-- |
1.6* |
1.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- | 125 |
| M |
5.9* |
15.5* |
10.5* |
8.8* |
-- |
1.3 |
9.7 |
0.8 |
-- |
2.5 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
43.4 | 238 |
| |
|
| Base Pair (2742:2762)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
12.8* |
28.9* |
34.5* |
8.9* |
5.7 |
0.1 |
0.6 |
0.9 |
0.1 |
2.3 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
1.3 |
1.5 |
1.9 | 685 |
| 3 |
16.2* |
30.9* |
26.5* |
11.9* |
9.3 |
-- |
-- |
1.0 |
0.3 |
1.3 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
1.8 |
0.5 |
-- | 388 |
| B |
20.3* |
44.6* |
1.4* |
16.2* |
15.8 |
-- |
-- |
0.9 |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 222 |
| A |
39.0* |
41.5* |
4.9* |
14.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
12.1* |
86.2* |
1.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 58 |
| E |
1.6* |
3.2* |
78.4* |
3.2* |
0.8 |
-- |
-- |
1.6 |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.6 |
1.6 |
-- | 125 |
| M |
7.9* |
11.7* |
55.2* |
6.3* |
1.3 |
0.4 |
1.7 |
0.8 |
-- |
4.2 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.8 |
3.3 |
5.8 | 239 |
| |
| Base Pair (2743:2761)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
18.4* |
30.6* |
32.2* |
9.7* |
1.0 |
2.2 |
0.6 |
0.1 |
-- |
1.3 |
0.1 |
0.4 |
0.3 |
0.1 |
0.3 |
0.9 |
1.6 | 689 |
| 3 |
31.1* |
45.7* |
16.3* |
3.3* |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
0.3 |
0.3 |
0.3 |
-- |
-- |
-- | 392 |
| B |
-- |
69.8* |
27.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 225 |
| A |
24.4* |
46.3* |
4.9* |
24.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
27.6* |
65.5* |
6.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 58 |
| E |
88.9* |
2.4* |
-- |
2.4* |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.8 |
0.8 |
-- |
-- |
-- | 126 |
| M |
2.1* |
6.7* |
50.6* |
20.5* |
0.8 |
6.3 |
1.7 |
0.4 |
-- |
1.3 |
0.4 |
0.8 |
0.4 |
-- |
0.8 |
2.5 |
4.6 | 239 |
| |
| Base Pair (2744:2760)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
42.5* |
1.7* |
3.5* |
31.6* |
16.3 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
1.9 | 694 |
| 3 |
61.0* |
2.3* |
-- |
23.2* |
12.8 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 397 |
| B |
80.5* |
-- |
-- |
4.4* |
15.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 226 |
| A |
92.7* |
7.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
5.2 |
93.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 58 |
| E |
16.9* |
4.6* |
-- |
63.1* |
13.1 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 | 130 |
| M |
22.2* |
1.3* |
10.0* |
51.9* |
3.3 |
-- |
1.3 |
0.8 |
-- |
0.4 |
0.8 |
0.8 |
-- |
-- |
1.3 |
1.3 |
4.6 | 239 |
| |
| Base Pair (2745:2759)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.7* |
69.4* |
4.7* |
17.1* |
0.3 |
-- |
1.0 |
2.4 |
0.3 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.6 | 696 |
| 3 |
-- |
97.7* |
2.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 399 |
| B |
-- |
96.0* |
4.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 227 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
98.3* |
1.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 58 |
| E |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 131 |
| M |
7.9* |
15.1* |
9.6* |
49.8* |
0.8 |
-- |
2.9 |
7.1 |
0.8 |
0.8 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.6 | 239 |
| |
| Base Pair (2746:2758)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.3* |
94.4* |
1.1* |
0.3 |
0.6 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
0.1 |
1.7 | 697 |
| 3 |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 399 |
| B |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 227 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
96.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 58 |
| E |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 131 |
| M |
-- |
0.8* |
85.0* |
2.9* |
0.8 |
1.7 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.9 |
0.4 |
5.0 | 240 |
| |
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