23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 2808


Base Pair (2808:2891)   (Tertiary) Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.7 1.7* 39.9* 7.6 9.7* 4.3 1.7 0.2* 1.4 3.3 -- -- 2.4 0.5 -- 1.0 25.5421
3 0.9 2.2* 39.7* 7.4 12.6* 4.9 0.3 -- 1.2 4.3 -- -- 3.1 -- -- 0.6 22.7325
B -- -- 63.1* 10.8 19.7* 3.9 -- -- -- -- -- -- 0.5 -- -- -- 2.0203
A 7.9* 2.6 2.6 -- -- -- 2.6 -- -- 36.8* -- -- 13.2 -- -- -- 34.338
C -- -- 71.2* 13.5* -- 3.8 -- -- -- -- -- -- -- 3.8* -- 1.9 5.752
E -- 7.1 -- 2.4* 1.2 9.5* -- -- 4.8 -- -- -- 4.8* -- -- 2.4 67.984
M -- -- 4.5 2.3 -- -- 13.6* 2.3 4.5 -- -- -- -- -- -- 2.3* 70.444
 

Base Pair (2811:2889)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 68.6* 5.0* 1.0* 17.1* 1.2 0.2 0.2 -- 0.5 -- 0.2 0.5 0.7 -- 0.2 0.7 3.7420
3 72.4* 5.2* -- 17.5* 1.2 0.3 0.3 -- 0.6 -- 0.3 0.6 0.6 -- -- -- 0.9326
B 98.5* -- -- 1.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.5203
A 89.5* -- -- 2.6* 7.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --38
C 96.0* -- -- 4.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --50
E 2.4* 20.0* -- 63.5* 1.2 1.2 1.2 -- 2.4 -- 1.2 2.4 2.4 -- -- -- 2.485
M 9.1* 9.1* 9.1* 29.5* 2.3 -- -- -- -- -- -- -- 2.3 -- 2.3 6.8 29.644
 
Base Pair (2812:2888)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 39.8* 4.0* 1.4* 46.0* 1.0 1.0 0.7 0.7 0.2 0.2 -- -- 0.7 -- -- 0.7 3.5420
3 38.0* 4.6* 0.6* 53.4* 0.6 0.9 -- 0.3 0.3 0.3 -- -- -- -- -- 0.3 0.6326
B 47.8* 3.4* 0.5* 48.3* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --203
A 71.1* 13.2* -- 15.8* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --38
C 72.0* -- -- 20.0* 2.0 -- -- -- -- -- -- -- 6.0 -- -- -- --50
E -- 3.5* 1.2* 82.4* 2.4 3.5 -- 1.2 1.2 1.2 -- -- -- -- -- 1.2 2.485
M 15.9* 4.5* 9.1* 20.5* 2.3 2.3 6.8 4.5 -- -- -- -- -- -- -- 4.5 29.644
 
Base Pair (2813:2887)   (Tertiary) Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 19.0* 23.1* 36.7* 7.1* 0.5 0.2 4.8 -- -- -- -- 1.4 0.5 0.5 -- 1.7 4.6420
3 24.2* 26.4* 33.4* 4.6* 0.3 -- 5.5 -- -- -- -- 1.8 0.3 0.6 -- 1.2 1.5326
B 29.1* 30.0* 25.1* 5.4* -- -- 8.9 -- -- -- -- 1.0 -- 0.5 -- -- --203
A 47.4* 18.4* 18.4* 7.9* -- -- -- -- -- -- -- 7.9 -- -- -- -- --38
C -- 18.0* 78.0* 4.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --50
E 2.4* 21.2* 60.0* 1.2* 1.2 -- -- -- -- -- -- 1.2 1.2 1.2 -- 4.7 6.085
M 2.3* 4.5* 13.6* 29.5* 2.3 2.3 4.5 -- -- -- -- -- 2.3 -- -- 6.8 31.844
 
Base Pair (2814:2886)   (Tertiary) Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 1.0* 60.7* 10.0* 2.4* -- 7.9 7.4 -- 1.0 0.5 1.0 1.7 -- -- -- 1.0 5.7420
3 0.9* 64.7* 9.5* 1.5* -- 10.1 8.0 -- 0.3 0.6 1.2 1.2 -- -- -- 0.6 1.2326
B -- 59.1* 13.3* 1.0* -- 15.3 10.3 -- 0.5 0.5 -- -- -- -- -- -- --203
A -- 76.3* 7.9* -- -- 5.3 -- -- -- -- -- 5.3 -- -- -- 2.6 2.638
C -- 84.0* 6.0* -- -- -- 2.0 -- 6.0 -- -- -- -- -- -- 2.0 --50
E 3.5* 72.9* 1.2 3.5 -- -- 5.9* -- -- 1.2 4.7 2.4 -- -- -- 1.2* 3.685
M 2.3* 4.5* 18.2* 11.4* -- -- 9.1 -- -- -- -- 6.8 -- -- -- 2.3 45.444
 

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