23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 2808
Base Pair (2808:2891) (Tertiary)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
0.7 |
1.7* |
39.9* |
7.6 |
9.7* |
4.3 |
1.7 |
0.2* |
1.4 |
3.3 |
-- |
-- |
2.4 |
0.5 |
-- |
1.0 |
25.5 | 421 |
3 |
0.9 |
2.2* |
39.7* |
7.4 |
12.6* |
4.9 |
0.3 |
-- |
1.2 |
4.3 |
-- |
-- |
3.1 |
-- |
-- |
0.6 |
22.7 | 325 |
B |
-- |
-- |
63.1* |
10.8 |
19.7* |
3.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 203 |
A |
7.9* |
2.6 |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
36.8* |
-- |
-- |
13.2 |
-- |
-- |
-- |
34.3 | 38 |
C |
-- |
-- |
71.2* |
13.5* |
-- |
3.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.8* |
-- |
1.9 |
5.7 | 52 |
E |
-- |
7.1 |
-- |
2.4* |
1.2 |
9.5* |
-- |
-- |
4.8 |
-- |
-- |
-- |
4.8* |
-- |
-- |
2.4 |
67.9 | 84 |
M |
-- |
-- |
4.5 |
2.3 |
-- |
-- |
13.6* |
2.3 |
4.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3* |
70.4 | 44 |
|
|
Base Pair (2811:2889)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
68.6* |
5.0* |
1.0* |
17.1* |
1.2 |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.5 |
-- |
0.2 |
0.5 |
0.7 |
-- |
0.2 |
0.7 |
3.7 | 420 |
3 |
72.4* |
5.2* |
-- |
17.5* |
1.2 |
0.3 |
0.3 |
-- |
0.6 |
-- |
0.3 |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 326 |
B |
98.5* |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 203 |
A |
89.5* |
-- |
-- |
2.6* |
7.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 38 |
C |
96.0* |
-- |
-- |
4.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 50 |
E |
2.4* |
20.0* |
-- |
63.5* |
1.2 |
1.2 |
1.2 |
-- |
2.4 |
-- |
1.2 |
2.4 |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 85 |
M |
9.1* |
9.1* |
9.1* |
29.5* |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
2.3 |
6.8 |
29.6 | 44 |
|
Base Pair (2812:2888)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
39.8* |
4.0* |
1.4* |
46.0* |
1.0 |
1.0 |
0.7 |
0.7 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.7 |
3.5 | 420 |
3 |
38.0* |
4.6* |
0.6* |
53.4* |
0.6 |
0.9 |
-- |
0.3 |
0.3 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.6 | 326 |
B |
47.8* |
3.4* |
0.5* |
48.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 203 |
A |
71.1* |
13.2* |
-- |
15.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 38 |
C |
72.0* |
-- |
-- |
20.0* |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
6.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 50 |
E |
-- |
3.5* |
1.2* |
82.4* |
2.4 |
3.5 |
-- |
1.2 |
1.2 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
2.4 | 85 |
M |
15.9* |
4.5* |
9.1* |
20.5* |
2.3 |
2.3 |
6.8 |
4.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.5 |
29.6 | 44 |
|
Base Pair (2813:2887) (Tertiary)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
19.0* |
23.1* |
36.7* |
7.1* |
0.5 |
0.2 |
4.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
0.5 |
0.5 |
-- |
1.7 |
4.6 | 420 |
3 |
24.2* |
26.4* |
33.4* |
4.6* |
0.3 |
-- |
5.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
0.3 |
0.6 |
-- |
1.2 |
1.5 | 326 |
B |
29.1* |
30.0* |
25.1* |
5.4* |
-- |
-- |
8.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- | 203 |
A |
47.4* |
18.4* |
18.4* |
7.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 38 |
C |
-- |
18.0* |
78.0* |
4.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 50 |
E |
2.4* |
21.2* |
60.0* |
1.2* |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
1.2 |
1.2 |
-- |
4.7 |
6.0 | 85 |
M |
2.3* |
4.5* |
13.6* |
29.5* |
2.3 |
2.3 |
4.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
6.8 |
31.8 | 44 |
|
Base Pair (2814:2886) (Tertiary)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
1.0* |
60.7* |
10.0* |
2.4* |
-- |
7.9 |
7.4 |
-- |
1.0 |
0.5 |
1.0 |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
5.7 | 420 |
3 |
0.9* |
64.7* |
9.5* |
1.5* |
-- |
10.1 |
8.0 |
-- |
0.3 |
0.6 |
1.2 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.2 | 326 |
B |
-- |
59.1* |
13.3* |
1.0* |
-- |
15.3 |
10.3 |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 203 |
A |
-- |
76.3* |
7.9* |
-- |
-- |
5.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.3 |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
2.6 | 38 |
C |
-- |
84.0* |
6.0* |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
6.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- | 50 |
E |
3.5* |
72.9* |
1.2 |
3.5 |
-- |
-- |
5.9* |
-- |
-- |
1.2 |
4.7 |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
1.2* |
3.6 | 85 |
M |
2.3* |
4.5* |
18.2* |
11.4* |
-- |
-- |
9.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
6.8 |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
45.4 | 44 |
|
Last generated : Mon Jul 2 2001 (16 : 9)