23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 301
| Base Pair (301:316)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
36.4* |
12.7* |
12.2* |
3.7* |
2.8 |
0.6 |
0.2 |
0.2 |
0.6 |
0.8 |
0.2 |
-- |
0.7 |
0.2 |
0.2 |
1.7 |
26.7 | 887 |
| 3 |
47.3* |
20.5* |
18.0* |
2.6* |
3.9 |
0.8 |
0.4 |
0.4 |
0.2 |
1.3 |
0.2 |
-- |
0.8 |
0.4 |
-- |
2.6 |
0.8 | 533 |
| B |
28.9* |
33.9* |
28.9* |
2.5* |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 277 |
| A |
63.9* |
30.6* |
2.8* |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
71.0* |
2.0* |
7.0* |
12.0* |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
67.7* |
1.8* |
6.8* |
3.2* |
5.5 |
1.8 |
0.9 |
0.9 |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
1.8 |
0.9 |
-- |
6.4 |
1.4 | 220 |
| M |
-- |
0.8* |
2.0* |
2.8* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.8 |
0.4 |
91.0 | 254 |
| |
| Base Pair (302:315)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
15.2* |
24.2* |
4.2* |
5.1* |
1.0 |
1.2 |
0.1 |
0.7 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.8 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
47.0 | 887 |
| 3 |
25.1* |
24.6* |
3.9* |
6.4* |
1.5 |
1.9 |
-- |
0.4 |
-- |
0.2 |
-- |
1.3 |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
34.6 | 533 |
| B |
43.3* |
35.0* |
6.1* |
11.9* |
0.4 |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 277 |
| A |
27.8* |
58.3* |
5.6* |
-- |
-- |
8.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
83.0* |
10.0* |
2.0* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
1.8 |
5.9* |
0.9* |
0.5 |
3.2* |
0.5 |
-- |
0.9* |
-- |
-- |
-- |
3.2 |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
82.3 | 220 |
| M |
0.4* |
0.4* |
2.4* |
3.5* |
0.4 |
-- |
0.4 |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
91.0 | 254 |
| |
| Base Pair (303:314)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
18.5* |
11.9* |
11.5* |
21.2* |
1.6 |
2.1 |
0.2 |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
1.4 |
0.2 |
0.2 |
1.9 |
28.3 | 886 |
| 3 |
28.2* |
19.7* |
17.7* |
18.0* |
2.1 |
3.2 |
0.2 |
0.6 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
2.3 |
0.4 |
0.4 |
3.2 |
3.9 | 532 |
| B |
38.6* |
5.8* |
14.1* |
32.1* |
2.2 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.4 |
0.7 | 277 |
| A |
36.1* |
25.0* |
30.6* |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.6 |
-- | 36 |
| C |
7.0* |
-- |
3.0* |
84.0* |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
13.7* |
36.5* |
20.1* |
3.2* |
1.8 |
6.4 |
0.5 |
1.4 |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
5.5 |
0.9 |
0.9 |
-- |
8.2 | 219 |
| M |
2.8* |
-- |
2.0* |
3.1* |
-- |
0.8 |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
90.6 | 254 |
| |
| Base Pair (304:313)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
17.4* |
20.0* |
7.8* |
8.1* |
0.6 |
10.5 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.3 |
7.9 |
26.5 | 885 |
| 3 |
12.4* |
32.4* |
10.7 |
11.5 |
0.6 |
17.3 |
0.2* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.6 |
13.2* |
0.2 | 531 |
| B |
14.7* |
18.7 |
5.8 |
7.9* |
0.7 |
29.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
21.6 |
-- | 278 |
| A |
30.6* |
50.0* |
5.6* |
2.8* |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.6 |
-- | 36 |
| C |
87.0* |
1.0* |
3.0* |
5.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
6.5* |
47.0* |
18.0* |
17.5* |
0.5 |
3.7 |
0.5 |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
3.7 |
0.5 | 217 |
| M |
0.4* |
1.6* |
3.5* |
2.4* |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
91.3 | 254 |
| |
| Base Pair (305:312)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.6* |
39.5* |
10.3* |
1.9* |
0.2 |
5.9 |
0.1 |
0.2 |
2.4 |
1.0 |
7.3 |
0.2 |
-- |
-- |
0.5 |
1.5 |
26.5 | 887 |
| 3 |
4.1* |
65.1* |
12.0* |
2.8* |
0.2 |
7.9 |
0.2 |
0.2 |
3.9 |
1.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
2.1 |
0.2 | 533 |
| B |
-- |
71.8* |
5.8* |
-- |
-- |
12.6 |
-- |
-- |
7.6 |
1.8 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 277 |
| A |
8.3* |
77.8* |
13.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
3.0 |
11.0* |
-- |
-- |
8.0 |
-- |
1.0 |
-- |
3.0 |
65.0* |
1.0 |
-- |
-- |
4.0 |
2.0 |
2.0 | 100 |
| E |
8.6* |
54.5* |
19.5* |
6.8* |
0.5 |
3.2 |
0.5 |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.0 |
0.5 | 220 |
| M |
0.4* |
-- |
6.3* |
0.8* |
0.4 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
91.3 | 254 |
| |
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