23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 35
| Base Pair (35:445)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
94.1* |
-- |
-- |
1.6* |
-- |
0.3* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
3.2 | 681 |
| 3 |
99.0* |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 402 |
| B |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 251 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
97.8* |
-- |
-- |
2.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 46 |
| E |
96.5* |
-- |
-- |
0.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.6 | 115 |
| M |
85.0* |
-- |
-- |
3.9* |
-- |
0.9* |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
8.5 | 233 |
| |
| Base Pair (36:444)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
65.8* |
25.5* |
0.6* |
3.2* |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
3.3 | 682 |
| 3 |
95.8* |
1.0* |
-- |
1.7* |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 403 |
| B |
94.8* |
1.2* |
-- |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 251 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
97.8* |
-- |
-- |
2.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 46 |
| E |
96.6* |
0.9* |
-- |
0.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 | 116 |
| M |
7.7* |
73.0* |
1.7* |
6.0* |
0.9 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
9.0 | 233 |
| |
|
| Base Pair (37:442)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.5* |
74.7* |
12.2* |
2.9* |
-- |
4.3 |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
3.6 | 680 |
| 3 |
1.7* |
88.8* |
1.7* |
2.5* |
-- |
4.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 401 |
| B |
1.2* |
94.8* |
0.4* |
2.4* |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 250 |
| A |
-- |
94.4* |
2.8* |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
84.8* |
6.5* |
-- |
-- |
4.3 |
-- |
-- |
-- |
4.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 46 |
| E |
3.5* |
73.9* |
4.3* |
3.5* |
-- |
13.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 115 |
| M |
1.3* |
48.5* |
31.3* |
4.3* |
-- |
3.4 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.3 | 233 |
| |
| Base Pair (38:441)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
6.3* |
15.0* |
31.5* |
41.6* |
0.4 |
0.7 |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.5 | 680 |
| 3 |
10.2* |
0.5* |
37.7* |
51.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 401 |
| B |
16.0* |
-- |
4.4* |
79.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 250 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
2.2* |
-- |
2.2* |
95.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 46 |
| E |
0.9* |
1.7* |
90.4* |
6.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 115 |
| M |
0.4* |
42.9* |
26.6* |
14.2* |
1.3 |
2.1 |
0.9 |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.2 | 233 |
| |
| Base Pair (39:440)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.0* |
39.4* |
22.1* |
14.8* |
-- |
0.6 |
1.7 |
2.1 |
-- |
0.3 |
1.1 |
0.8 |
0.4 |
-- |
-- |
0.6 |
9.0 | 711 |
| 3 |
10.5* |
54.9* |
24.2* |
9.7* |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 401 |
| B |
16.8* |
40.8* |
28.4* |
13.2* |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 250 |
| A |
-- |
80.6* |
19.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
74.0* |
22.1* |
-- |
-- |
3.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 77 |
| E |
-- |
77.4* |
16.5* |
5.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 115 |
| M |
3.4* |
1.3* |
18.5* |
28.3* |
-- |
-- |
5.2 |
6.0 |
-- |
0.9 |
3.4 |
2.6 |
1.3 |
-- |
-- |
1.7 |
27.5 | 233 |
| |
| Base Pair (40:439)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
9.6* |
18.6* |
38.1* |
6.2* |
0.3 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
26.0 | 709 |
| 3 |
16.3* |
23.1* |
52.1* |
6.5* |
0.3 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 | 399 |
| B |
3.2* |
22.2* |
70.2* |
4.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 248 |
| A |
91.7* |
-- |
-- |
8.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
50.6* |
48.1* |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 77 |
| E |
20.9* |
32.2* |
29.6* |
11.3* |
0.9 |
3.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 115 |
| M |
1.3* |
0.4* |
10.7* |
7.7* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
79.3 | 233 |
| |
| Base Pair (41:438)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
16.2* |
27.8* |
9.8* |
18.6* |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
27.1 | 711 |
| 3 |
27.4* |
33.7* |
9.7* |
28.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 401 |
| B |
30.8* |
25.2* |
4.4* |
39.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 250 |
| A |
75.0* |
-- |
-- |
25.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
79.2* |
20.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 77 |
| E |
5.2* |
62.6* |
24.3* |
6.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 115 |
| M |
2.1* |
0.9* |
6.4* |
7.7* |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.0 | 233 |
| |
| Base Pair (42:437)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
27.6* |
0.4* |
3.5* |
40.9* |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
27.1 | 711 |
| 3 |
47.1* |
0.2* |
4.5* |
47.1* |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 401 |
| B |
34.0* |
-- |
2.4* |
63.2* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 250 |
| A |
94.4* |
-- |
-- |
5.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
2.6* |
97.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 77 |
| E |
60.9* |
0.9* |
10.4* |
25.2* |
0.9 |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 115 |
| M |
3.0* |
0.9* |
2.1* |
11.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.5 | 233 |
| |
| Base Pair (43:436)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
32.8* |
20.6* |
4.2* |
6.9* |
0.6 |
-- |
2.2 |
-- |
0.6 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
31.3 | 714 |
| 3 |
38.1* |
36.6* |
4.5* |
5.5* |
1.0 |
-- |
4.0 |
-- |
1.0 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.7 |
8.1 | 402 |
| B |
58.0* |
27.2* |
1.6 |
4.4 |
-- |
-- |
6.4* |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 250 |
| A |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
11.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.3 |
77.8 | 36 |
| C |
88.6* |
-- |
1.3* |
10.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 79 |
| E |
6.9* |
68.1* |
12.1* |
8.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
2.6 | 116 |
| M |
4.7* |
-- |
4.7* |
8.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.0 | 233 |
| |
|
| Base Pair (44:434)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.7* |
3.7* |
4.2* |
53.9* |
1.3 |
0.4 |
1.3 |
1.0 |
2.0 |
0.4 |
0.1 |
-- |
0.8 |
0.6 |
-- |
0.7 |
26.8 | 712 |
| 3 |
3.5* |
6.5* |
3.0* |
73.5* |
1.8 |
0.5 |
2.2 |
1.8 |
3.5 |
0.8 |
0.2 |
-- |
1.5 |
0.5 |
-- |
0.5 |
0.2 | 400 |
| B |
0.4* |
-- |
-- |
99.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 249 |
| A |
5.6* |
72.2* |
2.8* |
5.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.6 |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
1.3* |
96.2* |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 79 |
| E |
9.6* |
-- |
9.6* |
38.3* |
6.1 |
1.7 |
7.8 |
6.1 |
12.2 |
-- |
0.9 |
-- |
5.2 |
1.7 |
-- |
-- |
0.9 | 115 |
| M |
2.1* |
-- |
7.3* |
6.0* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
1.3 |
81.9 | 233 |
| |
| Base Pair (45:433)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
47.8* |
0.4* |
2.5* |
7.6* |
1.5 |
1.4 |
0.1 |
1.7 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
3.2 |
5.0 |
28.4 | 713 |
| 3 |
68.1* |
0.5* |
1.0 |
5.7 |
2.2 |
2.0 |
0.2* |
2.7 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
5.5 |
8.7* |
2.8 | 401 |
| B |
97.2* |
0.4* |
-- |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 249 |
| A |
86.1* |
-- |
-- |
13.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
83.5* |
-- |
-- |
13.9* |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 79 |
| E |
-- |
0.9* |
3.4 |
10.3 |
7.8 |
6.9 |
0.9 |
9.5* |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
19.0 |
30.2* |
10.5 | 116 |
| M |
0.9* |
0.4* |
6.0* |
8.6* |
-- |
0.9 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
81.9 | 233 |
| |
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