23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 375
| Base Pair (375:399)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
19.1 |
12.2* |
0.7* |
4.7 |
37.7* |
0.3 |
-- |
0.2* |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
24.5 | 893 |
| 3 |
31.6 |
19.9* |
0.2* |
2.4 |
44.6* |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 | 538 |
| B |
1.8 |
28.6* |
0.4* |
3.6 |
65.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 280 |
| A |
13.5 |
64.9* |
-- |
-- |
16.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.4 |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
1.0* |
5.0 |
94.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
72.4* |
1.4* |
-- |
1.4* |
23.5 |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 221 |
| M |
0.4* |
0.8* |
1.6* |
9.4* |
1.2 |
1.2 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
85.1 | 255 |
| |
| Base Pair (376:398)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
31.8* |
23.0* |
3.5* |
10.0* |
6.2 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
24.4 | 894 |
| 3 |
51.9* |
21.5* |
2.6* |
11.5* |
10.2 |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 | 539 |
| B |
68.3* |
17.1* |
0.4* |
3.2* |
10.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 281 |
| A |
-- |
94.6 |
-- |
-- |
-- |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
89.0* |
9.0* |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
39.8* |
14.9* |
5.9* |
24.0* |
11.3 |
3.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- | 221 |
| M |
1.6* |
0.4* |
3.1* |
9.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
85.1 | 255 |
| |
| Base Pair (377:397)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
22.9* |
1.6* |
2.3* |
26.0* |
22.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
24.4 | 894 |
| 3 |
37.8* |
1.9* |
2.4* |
20.6* |
36.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 | 539 |
| B |
2.8 |
2.1* |
3.2* |
26.3 |
65.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 281 |
| A |
48.6* |
2.7* |
5.4* |
43.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
2.0* |
3.0* |
93.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- | 100 |
| E |
80.5* |
1.4* |
0.9* |
9.5* |
7.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- | 221 |
| M |
0.4* |
0.8* |
2.0* |
11.0* |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
85.1 | 255 |
| |
| Base Pair (378:396)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.2* |
38.0* |
1.2* |
1.1* |
0.9 |
32.4 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
24.3 | 893 |
| 3 |
2.0* |
59.9* |
1.1* |
0.4* |
1.3 |
35.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- | 538 |
| B |
3.2* |
96.1* |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 280 |
| A |
5.4 |
27.0 |
-- |
-- |
18.9* |
48.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
4.0 |
-- |
3.0* |
-- |
91.0* |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
19.5 |
2.7 |
0.9* |
-- |
76.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- | 221 |
| M |
-- |
5.1* |
2.0* |
2.0* |
0.4 |
3.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
85.1 | 255 |
| |
| Base Pair (379:395)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
21.9* |
4.0* |
27.8* |
3.9* |
16.3 |
0.7 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
24.5 | 890 |
| 3 |
17.9 |
6.5* |
44.3* |
5.0 |
23.9* |
0.7 |
0.6 |
0.2* |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 535 |
| B |
26.4 |
7.9* |
18.2* |
-- |
45.7* |
-- |
1.1 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 280 |
| A |
59.5* |
35.1* |
-- |
-- |
-- |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
94.0* |
-- |
3.0* |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
85.3* |
12.4* |
-- |
0.9 |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- | 218 |
| M |
2.0 |
0.4* |
2.7* |
2.0 |
6.7* |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
85.5 | 255 |
| |
| Base Pair (380:394)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
54.6* |
5.4* |
1.7* |
10.4* |
2.9 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
24.7 | 892 |
| 3 |
71.7* |
7.6* |
1.5* |
14.2* |
4.7 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- | 537 |
| B |
66.2* |
0.4* |
0.7* |
25.6* |
7.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 281 |
| A |
45.9* |
48.6* |
-- |
-- |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
96.0* |
-- |
-- |
4.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
83.1* |
10.0* |
2.7* |
1.8* |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- | 219 |
| M |
2.4* |
2.7* |
2.7* |
5.1* |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
86.3 | 255 |
| |
| Base Pair (381:393)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
37.6* |
9.5 |
1.5 |
10.5* |
0.1 |
15.1* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
25.1 | 893 |
| 3 |
43.9* |
15.4 |
1.7 |
13.6* |
-- |
25.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- | 538 |
| B |
78.6* |
0.7* |
-- |
20.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 280 |
| A |
43.2* |
48.6* |
-- |
8.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
89.0* |
-- |
1.0* |
8.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
-- |
28.5 |
4.1 |
5.4* |
-- |
61.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- | 221 |
| M |
4.3* |
0.8* |
1.2* |
5.1* |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
87.5 | 255 |
| |
| Base Pair (382:392)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.7 |
1.1* |
0.7 |
22.9 |
11.3 |
0.1 |
0.7 |
6.9* |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1* |
-- |
0.1 |
27.4* |
25.5 | 894 |
| 3 |
4.3 |
1.9* |
-- |
29.3 |
7.1 |
0.2 |
-- |
11.1* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
45.5* |
0.2 | 539 |
| B |
8.2* |
0.7* |
-- |
56.2* |
13.5 |
-- |
-- |
21.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 281 |
| A |
-- |
21.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
78.4* |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
40.0 |
57.0* |
-- |
-- |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
0.5 |
97.7 |
0.5 | 221 |
| M |
0.4* |
-- |
2.4* |
2.7* |
2.4 |
-- |
2.4 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
88.6 | 255 |
| |
| Base Pair (383:391) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4* |
0.1 |
-- |
-- |
41.5* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
56.8 | 894 |
| 3 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
50.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
48.4 | 539 |
| B |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
1.4* |
-- |
-- |
-- |
96.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 | 281 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 37 |
| C |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 | 100 |
| E |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.6 | 221 |
| M |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
95.8 | 255 |
| |
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