23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 406
| Base Pair (406:421)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
34.4* |
1.6* |
4.0* |
7.0* |
27.5 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
24.0 | 895 |
| 3 |
55.0* |
2.4* |
4.1* |
6.1* |
30.7 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 |
0.4 |
0.2 |
0.2 |
-- | 540 |
| B |
77.0* |
1.8* |
-- |
2.1* |
18.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- | 282 |
| A |
62.2* |
13.5* |
5.4* |
10.8* |
8.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
10.0 |
-- |
-- |
10.0 |
79.0* |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
25.8 |
1.4* |
9.0* |
10.4 |
50.2* |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
0.9 |
-- |
0.5 |
-- | 221 |
| M |
0.4* |
0.4* |
5.5* |
7.8* |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
84.3 | 255 |
| |
| Base Pair (407:420)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
56.0* |
15.3* |
3.4* |
0.4* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
23.9 | 894 |
| 3 |
87.2* |
7.1* |
5.2* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- | 539 |
| B |
85.8* |
12.5* |
1.1* |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 281 |
| A |
94.6* |
5.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
99.0* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
87.8* |
0.5* |
11.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- | 221 |
| M |
12.2* |
-- |
0.4* |
1.6* |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
83.9 | 255 |
| |
| Base Pair (408:419)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
24.2 |
6.4* |
0.4* |
2.2 |
42.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
24.0 | 895 |
| 3 |
23.0 |
10.2* |
0.2* |
0.4 |
66.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 540 |
| B |
29.8 |
12.4* |
-- |
-- |
57.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
18.9 |
24.3* |
-- |
-- |
56.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
85.0* |
-- |
-- |
14.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
14.9 |
5.0* |
0.5* |
0.9 |
78.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 221 |
| M |
3.1 |
0.8* |
1.2* |
1.6 |
9.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.9 | 255 |
| |
| Base Pair (409:418)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
24.7* |
4.0* |
19.4* |
27.3* |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
23.9 | 895 |
| 3 |
36.9* |
6.7* |
31.4* |
24.3* |
-- |
0.4 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- | 539 |
| B |
64.2* |
2.5* |
5.3* |
27.7* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
40.5* |
2.7* |
8.1* |
48.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
1.4* |
12.7* |
68.6* |
15.9* |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- | 220 |
| M |
8.6* |
-- |
2.0* |
5.1* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
83.6 | 256 |
| |
| Base Pair (410:417)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
63.2* |
1.3* |
0.4* |
10.2* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
24.2 | 896 |
| 3 |
81.1* |
2.0* |
-- |
16.1* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 | 540 |
| B |
70.6* |
3.5* |
-- |
25.2* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 282 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
91.4* |
0.5* |
-- |
7.2* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- | 221 |
| M |
11.7* |
0.4* |
1.6* |
1.6* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
84.4 | 256 |
| |
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