23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 53
| Base Pair (53:117) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.4 |
1.5* |
2.1 |
-- |
-- |
0.8 |
0.3 |
66.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
28.1 | 719 |
| 3 |
-- |
0.5 |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 405 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 252 |
| A |
-- |
5.6 |
-- |
11.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
6.2 |
-- |
93.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 81 |
| E |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
0.9 | 117 |
| M |
-- |
0.4* |
4.7* |
3.9* |
-- |
-- |
0.4 |
0.9 |
2.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
86.6 | 233 |
| |
| Base Pair (54:116)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
56.1* |
0.1* |
0.6* |
2.9* |
12.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
28.0 | 720 |
| 3 |
75.6* |
-- |
-- |
2.5* |
21.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 406 |
| B |
95.7* |
-- |
-- |
4.0* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 253 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
98.8* |
-- |
-- |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 81 |
| E |
24.8 |
-- |
-- |
-- |
73.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 117 |
| M |
7.3* |
0.4* |
1.7* |
4.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
86.3 | 233 |
| |
| Base Pair (55:115)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
58.1* |
0.4* |
-- |
12.4* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
27.7 | 724 |
| 3 |
77.0* |
0.2* |
-- |
21.2* |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 405 |
| B |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 252 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 86 |
| E |
21.4* |
0.9* |
-- |
73.5* |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 117 |
| M |
9.9* |
0.9* |
-- |
1.7* |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
85.8 | 233 |
| |
| Base Pair (56:114)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
16.6* |
2.1* |
2.2* |
49.9* |
0.1 |
0.4 |
0.3 |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
27.7 | 725 |
| 3 |
8.9* |
3.7* |
3.0* |
83.7* |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 406 |
| B |
3.2* |
-- |
2.4* |
93.7* |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 253 |
| A |
55.6* |
13.9* |
-- |
30.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
94.2* |
-- |
-- |
4.7* |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 86 |
| E |
6.8* |
8.5* |
5.1* |
78.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 117 |
| M |
1.3* |
-- |
1.7* |
7.7* |
-- |
1.3 |
0.9 |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
85.9 | 233 |
| |
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