23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 533
| Base Pair (533:560)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
54.1* |
17.2* |
2.4* |
20.8* |
1.9 |
0.6 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.6 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
1.7 | 883 |
| 3 |
63.8* |
28.5* |
2.1* |
1.7* |
0.8 |
0.8 |
0.2 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
1.0 | 527 |
| B |
92.9* |
-- |
3.9* |
2.8* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
89.2* |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
5.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- | 37 |
| C |
91.0* |
-- |
-- |
5.0* |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
19.7* |
72.1* |
-- |
0.5 |
1.0 |
1.0 |
0.5* |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
2.4 | 208 |
| M |
19.9* |
0.8* |
3.9* |
66.4* |
3.5 |
0.4 |
-- |
0.8 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.9 | 256 |
| |
| Base Pair (534:559)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
22.4* |
3.4 |
4.0 |
22.0* |
1.6 |
42.0* |
0.1 |
0.7 |
-- |
0.2* |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
1.2 |
1.8 | 881 |
| 3 |
33.7* |
3.2 |
1.3 |
5.1* |
2.3 |
51.0* |
-- |
0.6 |
-- |
0.2* |
0.4 |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 |
0.6 |
1.0 | 525 |
| B |
-- |
0.4 |
2.5 |
1.4* |
-- |
95.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 280 |
| A |
59.5* |
5.4* |
-- |
24.3* |
10.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
1.0 |
5.0 |
2.0* |
-- |
87.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.0 |
-- | 100 |
| E |
74.5* |
6.7* |
-- |
6.7* |
3.8 |
0.5 |
-- |
1.4 |
-- |
0.5 |
1.0 |
-- |
0.5 |
-- |
1.0 |
1.4 |
1.9 | 208 |
| M |
7.8* |
4.7* |
9.0* |
64.5* |
0.8 |
5.9 |
0.4 |
1.2 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
4.3 | 256 |
| |
| Base Pair (535:558)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
34.5* |
28.0* |
10.0* |
6.7* |
8.4 |
0.7 |
0.2 |
5.1 |
-- |
0.9 |
-- |
1.4 |
1.8 |
-- |
0.1 |
0.5 |
1.8 | 883 |
| 3 |
8.3 |
44.2* |
10.4* |
6.1 |
13.3* |
0.6 |
0.4 |
8.5* |
-- |
1.5 |
-- |
2.3 |
3.0 |
-- |
0.2 |
0.2 |
1.0 | 527 |
| B |
1.8 |
67.7* |
11.0* |
4.3 |
15.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
5.4* |
56.8* |
24.3* |
5.4* |
-- |
8.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
87.0* |
-- |
-- |
13.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
17.8 |
10.1* |
7.2* |
8.7 |
13.0* |
-- |
1.0 |
21.6* |
-- |
3.8 |
-- |
5.8 |
7.7 |
-- |
0.5 |
0.5 |
2.5 | 208 |
| M |
68.0* |
5.5* |
12.9* |
5.5* |
1.6 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
4.3 | 256 |
| |
| Base Pair (536:557)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
38.7* |
2.2* |
9.5* |
23.0* |
0.1 |
-- |
0.1 |
2.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
23.6 | 883 |
| 3 |
41.7* |
2.7* |
14.2* |
35.1* |
0.2 |
-- |
0.2 |
3.8 |
-- |
-- |
0.2 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 | 527 |
| B |
59.9* |
3.9* |
-- |
35.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
43.2* |
5.4* |
-- |
51.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
99.0* |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
16.8* |
0.5* |
36.1* |
31.2* |
0.5 |
-- |
0.5 |
9.6 |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.4 | 208 |
| M |
9.0* |
2.0* |
3.5* |
6.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
78.9 | 256 |
| |
| Base Pair (537:556) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.3 |
2.6* |
17.7 |
3.2* |
0.2 |
0.1 |
8.3 |
0.3 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
37.8* |
0.1 |
-- |
0.5 |
25.4 | 883 |
| 3 |
5.5 |
4.4* |
28.3 |
4.0* |
0.2 |
0.2 |
8.3 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
44.4* |
0.2 |
-- |
0.8 |
3.3 | 527 |
| B |
-- |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
14.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.0* |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 282 |
| A |
29.7* |
40.5* |
21.6* |
5.4* |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
7.0 |
1.0* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
90.0* |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
8.7* |
1.4* |
67.8* |
9.1* |
0.5 |
-- |
1.4 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
1.9 |
7.3 | 208 |
| M |
-- |
-- |
2.3 |
2.7 |
0.4* |
-- |
8.6* |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.9 |
-- |
-- |
-- |
81.3 | 256 |
| |
| Base Pair (538:555) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
11.9* |
0.6 |
0.3 |
3.7 |
6.4 |
3.1 |
2.7 |
-- |
43.4* |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
1.4* |
26.1 | 881 |
| 3 |
20.0* |
1.0 |
-- |
4.0 |
10.3 |
5.1 |
0.6 |
-- |
52.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
2.3* |
4.2 | 525 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7* |
-- |
1.1 |
-- |
97.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 | 281 |
| A |
70.3* |
-- |
-- |
5.4* |
24.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
5.0 |
-- |
94.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
38.2* |
2.4 |
-- |
9.2* |
20.8 |
13.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
5.8 |
10.1 | 207 |
| M |
-- |
-- |
1.2 |
4.3 |
0.8* |
-- |
6.2* |
-- |
5.5 |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
81.3 | 256 |
| |
| Base Pair (539:554)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
13.8 |
1.1* |
0.7* |
6.8 |
51.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
25.9 | 880 |
| 3 |
21.9 |
1.5* |
1.1* |
9.9 |
61.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
3.1 | 524 |
| B |
2.9 |
-- |
-- |
0.4 |
96.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 280 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
51.7* |
3.9* |
2.9* |
24.6* |
7.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
1.0 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
7.8 | 207 |
| M |
2.3 |
0.8* |
-- |
2.7 |
10.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
82.8 | 256 |
| |
| Base Pair (540:553)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
18.4* |
35.6* |
1.7* |
12.9* |
2.2 |
1.0 |
-- |
0.8 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.1 |
26.6 | 882 |
| 3 |
16.0* |
53.6* |
0.4* |
19.4* |
2.9 |
1.3 |
-- |
1.3 |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.2 |
3.9 | 526 |
| B |
6.7* |
74.8* |
-- |
17.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 282 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
73.0* |
13.0* |
1.0* |
8.0* |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
31.4* |
16.4* |
1.0* |
25.1* |
7.2 |
3.4 |
-- |
3.4 |
0.5 |
1.0 |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
0.5 |
8.7 | 207 |
| M |
2.0* |
7.4* |
4.7* |
1.6* |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.6 | 256 |
| |
| Base Pair (541:552)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
12.3* |
26.3* |
4.8* |
18.9* |
2.4 |
1.3 |
0.3 |
-- |
0.9 |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.3 |
31.9 | 879 |
| 3 |
15.5* |
41.7* |
2.5* |
22.6* |
2.7 |
1.5 |
0.6 |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.2 |
-- |
0.6 |
10.2 | 523 |
| B |
9.0* |
68.0* |
1.8* |
15.1* |
2.9 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
1.5 | 278 |
| A |
-- |
37.8* |
8.1* |
37.8* |
-- |
16.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
27.0* |
9.0* |
11.0* |
42.0* |
4.0 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.0 | 100 |
| E |
26.9* |
7.2* |
2.4* |
29.8* |
2.9 |
-- |
1.4 |
-- |
3.8 |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
0.5 |
-- |
-- |
23.6 | 208 |
| M |
-- |
1.6* |
7.0* |
2.3* |
1.2 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
87.5 | 256 |
| |
| Base Pair (542:551)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.6* |
32.3* |
10.0* |
5.2* |
3.6 |
9.4 |
0.5 |
0.3 |
0.7 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.6 |
-- |
0.9 |
30.3 | 880 |
| 3 |
3.6 |
49.4* |
11.6* |
4.8 |
6.1* |
13.5 |
0.4 |
0.4* |
1.0 |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.6 |
-- |
1.1 |
7.0 | 524 |
| B |
2.9* |
69.2* |
4.7* |
4.3* |
1.1 |
12.5 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
0.4 |
3.3 | 279 |
| A |
2.7* |
64.9* |
18.9* |
-- |
-- |
13.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
24.0* |
23.0* |
17.0* |
13.0* |
-- |
10.0 |
2.0 |
1.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
2.0 |
5.0 | 100 |
| E |
4.8 |
20.2* |
19.7* |
6.2 |
13.9* |
14.9 |
1.0 |
1.0* |
1.4 |
0.5 |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
2.4 |
13.0 | 208 |
| M |
2.3* |
0.8* |
3.9* |
3.1* |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
88.7 | 256 |
| |
| Base Pair (543:550)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
8.5* |
12.5* |
3.6* |
8.0* |
5.5 |
1.7 |
3.8 |
0.1 |
0.9 |
0.9 |
0.8 |
1.6 |
0.1 |
0.5 |
0.2 |
0.3 |
50.9 | 879 |
| 3 |
10.5* |
17.6* |
0.4* |
11.9* |
9.2 |
1.9 |
5.2 |
0.2 |
1.3 |
0.8 |
1.3 |
2.7 |
-- |
0.8 |
-- |
0.2 |
36.1 | 523 |
| B |
19.8* |
18.3* |
0.7* |
19.8* |
15.8 |
2.2 |
9.0 |
0.4 |
2.2 |
0.4 |
0.4 |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
9.8 | 278 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 37 |
| C |
20.0* |
16.0* |
18.0* |
5.0* |
-- |
4.0 |
3.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
2.0 |
2.0 |
28.0 | 100 |
| E |
-- |
19.7* |
-- |
3.4* |
1.9 |
1.9 |
1.0 |
-- |
0.5 |
1.4 |
2.9 |
4.8 |
-- |
1.9 |
-- |
0.5 |
60.2 | 208 |
| M |
-- |
0.8* |
4.7* |
1.2* |
-- |
0.4 |
1.2 |
-- |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
90.2 | 256 |
| |
| Base Pair (544:549)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.3* |
2.2* |
7.3* |
4.2* |
0.2 |
0.8 |
1.3 |
-- |
0.1 |
1.4 |
1.7 |
3.8 |
0.1 |
-- |
2.2 |
0.8 |
70.6 | 878 |
| 3 |
4.2* |
3.1* |
9.8* |
6.3* |
0.4 |
1.1 |
1.0 |
-- |
0.2 |
2.1 |
2.9 |
6.3 |
-- |
-- |
3.6 |
1.1 |
57.8 | 522 |
| B |
6.5* |
5.1* |
18.1* |
4.0* |
0.4 |
1.1 |
0.7 |
-- |
0.4 |
2.2 |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
2.9 |
-- |
56.6 | 277 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 37 |
| C |
2.0* |
2.0* |
5.0 |
-- |
-- |
1.0 |
6.0* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
1.0* |
81.0 | 100 |
| E |
1.9 |
1.0 |
0.5 |
10.6 |
0.5 |
1.4 |
1.4* |
-- |
-- |
2.4 |
7.2 |
13.0* |
-- |
-- |
5.3* |
2.9 |
51.8 | 208 |
| M |
2.0* |
0.4* |
3.1* |
1.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
93.0 | 256 |
| |
Last generated : Mon Jul 2 2001 (16 : 9)