23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 563
| Base Pair (563:578) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
24.0* |
1.5 |
-- |
-- |
1.6 |
17.3 |
-- |
21.8 |
-- |
-- |
-- |
32.2* |
0.1 |
-- |
-- |
1.4 | 888 |
| 3 |
-- |
40.5* |
0.8 |
-- |
-- |
2.5 |
1.7 |
-- |
18.3 |
-- |
-- |
-- |
35.9* |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 526 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
31.9* |
-- |
-- |
-- |
66.7* |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
-- |
43.2* |
-- |
-- |
-- |
21.6 |
16.2* |
-- |
16.2 |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
92.0* |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
95.2* |
1.9* |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 207 |
| M |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
0.4* |
54.2* |
-- |
37.0 |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
4.6 | 262 |
| |
| Base Pair (564:577)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
97.6* |
0.2* |
0.1 |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 888 |
| 3 |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 526 |
| B |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
| M |
0.4* |
92.7* |
0.8* |
0.4* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.2 | 262 |
| |
| Base Pair (565:576) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
27.4* |
2.1 |
0.1* |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
65.8* |
-- |
-- |
1.5 |
0.3 |
1.2 | 888 |
| 3 |
45.8* |
-- |
-- |
0.4 |
0.8 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.2 |
-- |
50.0* |
-- |
-- |
1.9 |
0.4 |
-- | 526 |
| B |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
93.3* |
-- |
-- |
3.5* |
0.7 |
-- | 282 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
2.0 |
1.0* |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
94.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
98.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
| M |
0.8 |
6.5 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
86.6* |
-- |
-- |
1.1* |
0.4 |
4.2 | 262 |
| |
| Base Pair (566:575)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
98.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 887 |
| 3 |
-- |
-- |
99.8 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 525 |
| B |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 281 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
| M |
-- |
-- |
95.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.2 | 262 |
| |
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