23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 579
| Base Pair (579:1261)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
39.5* |
0.4* |
14.9* |
36.0* |
4.0 |
0.2 |
0.5 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
1.6 |
2.3 | 803 |
| 3 |
41.7* |
-- |
2.0* |
52.6* |
2.3 |
-- |
0.9 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 441 |
| B |
64.4* |
-- |
3.8* |
29.7* |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 236 |
| A |
78.4* |
-- |
-- |
5.4* |
16.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
88.0* |
-- |
-- |
5.0* |
7.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
1.8* |
-- |
-- |
95.2* |
-- |
-- |
2.4 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 168 |
| M |
17.2* |
1.1* |
42.4* |
19.8* |
5.7 |
0.8 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
5.0 |
6.9 | 262 |
| |
| Base Pair (580:1260)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.5* |
61.6* |
30.5* |
0.2* |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
1.2 | 803 |
| 3 |
0.5* |
81.0* |
18.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 441 |
| B |
-- |
67.4* |
32.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 236 |
| A |
5.4* |
94.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
96.0* |
4.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
97.0* |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 168 |
| M |
0.8* |
16.0* |
61.1* |
0.8* |
-- |
17.2 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
3.4 | 262 |
| |
| Base Pair (581:1259)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
71.3* |
25.3* |
0.9* |
0.4 |
0.6 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
1.1 | 806 |
| 3 |
-- |
99.1* |
0.7* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 444 |
| B |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 236 |
| A |
-- |
97.3 |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
96.0* |
4.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
98.2* |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 171 |
| M |
-- |
14.9* |
75.2* |
2.7* |
1.1 |
1.5 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
3.4 | 262 |
| |
| Base Pair (582:1258)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
22.8* |
0.4* |
8.3* |
64.5* |
2.6 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 806 |
| 3 |
23.6* |
0.2* |
11.5* |
64.0* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 444 |
| B |
35.2* |
0.4* |
21.6* |
42.4* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 236 |
| A |
51.4* |
-- |
-- |
48.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
78.0* |
-- |
5.0* |
2.0* |
15.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
1.8* |
-- |
-- |
97.1* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 171 |
| M |
0.4* |
0.8* |
4.2* |
89.3* |
1.5 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.4 | 262 |
| |
| Base Pair (583:1257)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
47.7* |
0.4* |
1.9* |
35.2* |
12.6 |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
1.5 | 807 |
| 3 |
54.8* |
0.2* |
0.2* |
43.4* |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 | 445 |
| B |
88.1* |
-- |
-- |
9.3* |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.8 | 236 |
| A |
97.3* |
-- |
2.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
1.0 |
-- |
-- |
2.0 |
97.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
0.6* |
-- |
99.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 172 |
| M |
53.4* |
0.8* |
5.3* |
34.0* |
0.8 |
0.8 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.2 | 262 |
| |
| Base Pair (584:1256)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
27.3* |
66.3* |
0.5* |
0.5* |
0.1 |
3.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
1.2 | 806 |
| 3 |
49.5* |
49.3* |
-- |
0.5* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 444 |
| B |
5.1* |
93.2* |
-- |
0.4* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 235 |
| A |
97.3* |
-- |
-- |
2.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 172 |
| M |
-- |
82.8* |
1.5* |
0.8* |
0.4 |
9.9 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
3.4 | 262 |
| |
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