23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 589
| Base Pair (589:668)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.0* |
23.7* |
43.9* |
4.6* |
0.2 |
6.7 |
2.2 |
4.0 |
-- |
4.0 |
2.9 |
0.9 |
0.1 |
-- |
0.6 |
1.0 |
3.0 | 882 |
| 3 |
3.3* |
37.1* |
58.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 520 |
| B |
1.1* |
3.5* |
94.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 282 |
| A |
32.4* |
2.7* |
64.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
11.0 |
31.0 |
-- |
-- |
56.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- | 100 |
| E |
1.0* |
90.5* |
6.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 201 |
| M |
0.4 |
1.9 |
20.2* |
15.6* |
0.8 |
1.1 |
7.3 |
13.4 |
-- |
13.0 |
9.5* |
4.2 |
0.4 |
-- |
1.1 |
3.4 |
7.8 | 262 |
| |
| Base Pair (590:667)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.2* |
9.0* |
18.3* |
46.3* |
0.3 |
13.0 |
0.9 |
0.1 |
0.1 |
2.4 |
2.5 |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.5 |
0.2 |
1.7 | 882 |
| 3 |
5.4* |
5.8 |
16.2 |
51.2* |
-- |
21.2* |
-- |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 520 |
| B |
9.2* |
0.7* |
3.9* |
85.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 282 |
| A |
-- |
54.1* |
45.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
6.0* |
2.0* |
3.0* |
89.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
1.0* |
4.0 |
27.9 |
11.9* |
-- |
54.7* |
-- |
-- |
-- |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 201 |
| M |
1.1* |
17.9* |
28.2* |
20.2* |
1.1 |
1.9 |
3.1 |
0.4 |
0.4 |
7.6 |
8.4 |
0.8 |
0.8 |
-- |
1.5 |
0.8 |
5.7 | 262 |
| |
| Base Pair (591:666)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
9.3* |
22.9* |
24.9* |
35.0* |
2.0 |
2.3 |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.6 |
1.8 | 881 |
| 3 |
11.4* |
23.5* |
9.6* |
48.9* |
2.9 |
3.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 519 |
| B |
7.8* |
42.0* |
16.7* |
22.8* |
4.3 |
6.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 281 |
| A |
18.9* |
-- |
2.7* |
73.0* |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
15.0* |
-- |
85.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
14.9* |
2.0* |
1.0* |
81.1* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 201 |
| M |
3.1* |
30.5* |
32.1* |
20.6* |
1.1 |
1.1 |
1.1 |
0.4 |
-- |
1.1 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.4 |
1.9 |
5.7 | 262 |
| |
| Base Pair (592:665)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
13.3* |
4.8* |
19.4* |
42.8* |
12.4 |
0.6 |
1.4 |
1.5 |
0.5 |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
0.5 |
0.3 |
0.7 |
1.4 | 881 |
| 3 |
18.5* |
7.1* |
10.8* |
36.4* |
20.4 |
-- |
1.7 |
1.7 |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
0.8 |
0.2 | 519 |
| B |
25.6 |
4.3* |
13.2* |
19.9 |
36.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 281 |
| A |
8.1* |
62.2* |
27.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
3.0* |
-- |
-- |
96.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
10.4* |
1.0* |
4.5* |
66.2* |
1.5 |
-- |
4.5 |
4.5 |
1.5 |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
1.5 |
2.0 |
-- | 201 |
| M |
6.9* |
1.9* |
43.9* |
35.1* |
0.8 |
1.9 |
1.1 |
1.5 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.4 |
-- |
0.8 |
4.6 | 262 |
| |
| Base Pair (593:664)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
14.9* |
25.1* |
8.7* |
28.0* |
9.1 |
7.7 |
0.2 |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 |
0.1 |
0.3 |
1.4 |
3.1 | 882 |
| 3 |
14.4* |
42.3* |
10.4* |
16.9* |
2.7 |
11.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.6 |
0.2 | 520 |
| B |
18.8* |
9.9 |
17.4 |
27.7* |
4.6 |
19.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
0.4 | 282 |
| A |
54.1* |
18.9* |
2.7* |
13.5* |
2.7 |
8.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
18.0 |
-- |
-- |
21.0 |
59.0* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 100 |
| E |
1.0* |
92.0* |
2.0* |
2.5* |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- | 201 |
| M |
14.5* |
0.4* |
8.8* |
52.7* |
2.7 |
1.9 |
0.8 |
1.5 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
1.5 |
-- |
1.1 |
3.1 |
10.4 | 262 |
| |
| Base Pair (594:663)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
17.3* |
2.4 |
4.4 |
21.0* |
13.0 |
31.9* |
0.2 |
4.9 |
-- |
-- |
0.6 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
4.0 | 882 |
| 3 |
10.0* |
3.7 |
2.5 |
28.3* |
2.7 |
52.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 | 520 |
| B |
0.4 |
4.3 |
2.5 |
0.4 |
1.1* |
91.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 282 |
| A |
54.1* |
13.5 |
8.1 |
-- |
-- |
24.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
61.0* |
-- |
6.0* |
10.0* |
22.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
15.4* |
1.0 |
1.5 |
72.6* |
5.5 |
3.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- | 201 |
| M |
15.3 |
0.8* |
7.6* |
10.7 |
30.2* |
2.7 |
0.8 |
16.4* |
-- |
-- |
1.9 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
13.0 | 262 |
| |
| Base Pair (595:662)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.9* |
36.8* |
9.1* |
24.0* |
5.4 |
4.1 |
0.2 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.9 |
0.3 |
0.1 |
7.3 |
0.5 |
4.9 | 882 |
| 3 |
9.0 |
28.8* |
11.2 |
26.5* |
4.4 |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
0.6* |
0.2 |
12.3* |
-- |
0.2 | 520 |
| B |
5.7* |
31.9* |
4.6* |
44.7* |
5.7 |
7.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 282 |
| A |
18.9* |
54.1* |
2.7* |
-- |
8.1 |
16.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
1.0* |
19.0* |
7.0* |
43.0* |
23.0 |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- | 100 |
| E |
11.9 |
19.9* |
21.9 |
6.0* |
2.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.5 |
1.5* |
0.5 |
31.8* |
-- |
-- | 201 |
| M |
1.5* |
59.5* |
5.7* |
11.8* |
0.8 |
1.1 |
0.8 |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
16.5 | 262 |
| |
| Base Pair (596:661)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.9* |
5.8* |
16.1* |
37.5* |
6.6 |
1.6 |
7.3 |
4.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
2.4 |
0.3 |
0.2 |
0.6 |
2.8 |
6.6 | 882 |
| 3 |
13.1* |
9.2* |
22.9* |
29.4* |
9.0 |
2.7 |
0.4 |
4.4 |
-- |
0.2 |
-- |
4.0 |
0.2 |
0.4 |
0.2 |
3.8 |
-- | 520 |
| B |
1.1* |
5.3* |
36.9* |
35.5* |
3.9 |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.1 |
-- |
0.4 |
0.4 |
6.7 |
-- | 282 |
| A |
2.7* |
29.7* |
21.6* |
35.1* |
-- |
8.1 |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
1.0* |
-- |
4.0* |
87.0* |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- | 100 |
| E |
31.8* |
10.9* |
3.5* |
19.9* |
17.9 |
1.5 |
1.0 |
10.9 |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 |
0.5 |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- | 201 |
| M |
0.4* |
1.1* |
7.3* |
34.7* |
2.3 |
-- |
23.7 |
5.0 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
1.5 |
0.8 |
22.1 | 262 |
| |
| Base Pair (597:660)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
27.4* |
17.4* |
11.1* |
23.7* |
5.2 |
2.8 |
2.5 |
0.2 |
1.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.9 |
6.6 | 881 |
| 3 |
29.7* |
28.7* |
15.6* |
14.3* |
5.2 |
4.6 |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.6 |
0.2 |
-- | 519 |
| B |
44.1* |
30.6* |
-- |
18.9* |
4.3 |
1.1 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- | 281 |
| A |
73.0* |
-- |
8.1* |
13.5* |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
74.0* |
2.0* |
2.0* |
4.0* |
16.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- | 100 |
| E |
1.5* |
31.3* |
38.8* |
8.0* |
7.5 |
10.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
1.0 |
0.5 |
-- | 201 |
| M |
5.0* |
0.8* |
5.7* |
50.0* |
1.1 |
0.4 |
7.6 |
-- |
3.8 |
-- |
0.4 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
22.6 | 262 |
| |
| Base Pair (598:659)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
11.1* |
8.2* |
22.3* |
23.7* |
9.2 |
10.8 |
0.3 |
0.9 |
0.1 |
0.3 |
0.5 |
2.0 |
-- |
1.9 |
0.6 |
1.1 |
6.8 | 882 |
| 3 |
16.3* |
13.3 |
16.0 |
11.3* |
15.2 |
18.3* |
0.4 |
0.2 |
0.2 |
0.2* |
-- |
3.5 |
-- |
3.3 |
0.2 |
1.3 |
0.4 | 520 |
| B |
19.1* |
22.0 |
14.5 |
9.2* |
-- |
33.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
-- | 282 |
| A |
5.4* |
-- |
91.9* |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
89.0* |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.0 |
3.0 |
-- | 100 |
| E |
14.4 |
3.5* |
4.0* |
16.4 |
39.3* |
-- |
1.0 |
0.5* |
0.5 |
0.5 |
-- |
9.0 |
-- |
8.5 |
0.5 |
1.0 |
1.0 | 201 |
| M |
5.0* |
1.1* |
9.5* |
56.5* |
0.8 |
-- |
0.4 |
2.7 |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
22.6 | 262 |
| |
| Base Pair (599:658)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
38.7* |
8.6* |
23.0* |
20.1* |
0.2 |
0.2 |
0.6 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
8.0 | 881 |
| 3 |
28.1* |
14.6* |
37.8* |
19.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 | 519 |
| B |
38.4* |
3.9* |
25.3* |
32.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 281 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
97.0* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
0.5* |
32.3* |
62.2* |
4.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 | 201 |
| M |
37.4* |
-- |
2.7* |
29.4* |
0.8 |
0.8 |
1.1 |
0.8 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
26.8 | 262 |
| |
| Base Pair (600:657)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
20.1 |
-- |
0.1* |
1.0 |
54.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
24.7 | 882 |
| 3 |
33.8 |
-- |
0.2* |
0.8 |
65.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 520 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
21.6 |
-- |
-- |
8.1 |
70.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
83.6* |
-- |
0.5* |
0.5* |
14.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 201 |
| M |
0.4 |
-- |
-- |
1.1 |
15.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.9 | 262 |
| |
| Base Pair (601:656)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
73.6* |
0.7* |
-- |
0.1* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
24.8 | 882 |
| 3 |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 520 |
| B |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
94.0* |
2.0* |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
98.5 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 201 |
| M |
-- |
14.5* |
1.5* |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.6 | 262 |
| |
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