23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 604
| Base Pair (604:624)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
71.9* |
0.6* |
-- |
0.9* |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
25.4 | 883 |
| 3 |
97.9* |
-- |
-- |
0.6* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 | 521 |
| B |
98.9* |
-- |
-- |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
97.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
96.5* |
-- |
-- |
0.5* |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 202 |
| M |
9.9* |
1.9* |
-- |
1.9* |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
84.8 | 262 |
| |
| Base Pair (605:623)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
36.4* |
11.1 |
1.4 |
3.1* |
2.0 |
20.0* |
-- |
-- |
-- |
0.2* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
25.5 | 882 |
| 3 |
42.5* |
15.2 |
0.4 |
4.4* |
3.5 |
32.9* |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 | 520 |
| B |
75.1* |
18.9* |
-- |
5.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 281 |
| A |
21.6* |
48.6* |
-- |
5.4* |
2.7 |
21.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
98.0* |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
1.0 |
4.0 |
1.0 |
2.5 |
8.4* |
80.7* |
-- |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
1.0 | 202 |
| M |
0.8* |
7.3* |
3.8* |
1.1* |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
84.8 | 262 |
| |
| Base Pair (606:622)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
8.4* |
13.7 |
1.9 |
3.6* |
0.2 |
45.2* |
0.2 |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
26.1 | 882 |
| 3 |
14.2* |
22.7 |
0.8 |
4.6* |
0.2 |
56.0* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 520 |
| B |
-- |
1.4 |
-- |
0.4* |
-- |
98.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 281 |
| A |
2.7* |
62.2* |
-- |
-- |
-- |
35.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
96.0* |
-- |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
36.1* |
45.0* |
2.0* |
11.4* |
0.5 |
1.0 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 202 |
| M |
-- |
0.4* |
5.0* |
3.1* |
0.4 |
4.6 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
85.9 | 262 |
| |
| Base Pair (607:621)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.8 |
1.0 |
52.8* |
4.1* |
1.5 |
3.3 |
3.9 |
1.2 |
0.8 |
0.2 |
0.5* |
-- |
1.0 |
1.6* |
0.3 |
0.2 |
26.8 | 883 |
| 3 |
1.3 |
1.7 |
67.6* |
4.8* |
2.5 |
5.6 |
6.0 |
2.1 |
1.2 |
0.2 |
0.8* |
-- |
1.5 |
2.7* |
0.6 |
-- |
1.6 | 521 |
| B |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
-- |
-- |
97.3 |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
3.5 |
4.5 |
16.8* |
12.4* |
6.4 |
13.9 |
15.3 |
5.4 |
3.0 |
0.5 |
2.0* |
-- |
4.0 |
6.9* |
1.5 |
-- |
4.0 | 202 |
| M |
-- |
-- |
5.3* |
4.2* |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.8 |
87.5 | 262 |
| |
|
| Base Pair (610:618)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
41.0* |
12.7* |
1.7* |
6.8* |
7.9 |
0.9 |
0.1 |
0.7 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
27.2 | 883 |
| 3 |
55.1* |
20.3* |
1.3* |
7.5* |
11.3 |
1.0 |
0.2 |
1.2 |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.8 | 521 |
| B |
51.8* |
30.1* |
-- |
1.8* |
16.0 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
70.3* |
13.5* |
2.7* |
-- |
8.1 |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 | 37 |
| C |
74.0* |
-- |
-- |
19.0* |
6.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
56.9* |
7.9* |
3.0* |
16.8* |
5.4 |
2.0 |
0.5 |
3.0 |
-- |
0.5 |
0.5 |
1.0 |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
1.5 | 202 |
| M |
0.4 |
2.3* |
3.1* |
0.8 |
1.9* |
1.1 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
90.1 | 262 |
| |
| Base Pair (611:617)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
38.4* |
22.5* |
3.5* |
4.1* |
2.5 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.5 |
0.1 |
27.7 | 883 |
| 3 |
47.6* |
36.9* |
3.8* |
4.2* |
4.2 |
0.4 |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.8 |
0.2 |
1.2 | 521 |
| B |
26.6* |
64.2* |
6.4* |
1.8* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 282 |
| A |
59.5* |
21.6* |
5.4* |
13.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
89.0* |
-- |
2.0* |
9.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
74.8* |
1.5* |
-- |
5.9* |
10.9 |
0.5 |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
2.0 |
0.5 |
2.5 | 202 |
| M |
0.8* |
2.7* |
3.4* |
1.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
91.3 | 262 |
| |
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