23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 61
| Base Pair (61:93) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
23.0* |
8.3* |
5.0* |
9.9* |
2.0 |
0.3 |
0.4 |
3.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.7 |
0.4 |
0.4 |
0.8 |
45.0 | 734 |
| 3 |
26.0* |
14.3* |
8.8* |
15.7* |
-- |
0.5 |
-- |
5.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
28.5 | 407 |
| B |
32.7* |
18.5* |
14.2* |
25.2* |
-- |
0.4 |
-- |
9.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 254 |
| A |
63.9* |
30.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
2.8 |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
67.0* |
3.2* |
-- |
7.4* |
16.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.1 |
-- |
2.1 |
-- |
2.2 | 94 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.1 | 117 |
| M |
-- |
-- |
0.4 |
0.9 |
-- |
-- |
1.3* |
-- |
0.9 |
-- |
0.4* |
-- |
0.9 |
0.9* |
0.4 |
2.6* |
91.5 | 233 |
| |
| Base Pair (62:92) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.1* |
15.2* |
13.3* |
1.5* |
0.3 |
0.7 |
10.4 |
-- |
1.2 |
0.9 |
0.4 |
0.3 |
0.7 |
0.4 |
-- |
7.9 |
43.8 | 738 |
| 3 |
5.6* |
25.1* |
19.8* |
1.0* |
0.2 |
0.5 |
4.1 |
-- |
1.2 |
0.2 |
0.2 |
-- |
1.0 |
0.2 |
-- |
12.2 |
28.5 | 410 |
| B |
8.9* |
26.8* |
31.1* |
1.6* |
0.4 |
0.8 |
6.6 |
-- |
1.9 |
0.4 |
-- |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
19.5 |
0.4 | 257 |
| A |
-- |
94.4* |
2.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
8.4* |
15.8 |
2.1 |
-- |
-- |
57.9* |
-- |
4.2 |
6.3 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
3.2* |
1.1 | 95 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
99.1 | 117 |
| M |
-- |
0.4 |
0.9 |
2.1* |
0.4 |
1.3* |
2.1 |
-- |
-- |
-- |
0.9* |
0.9 |
0.4* |
0.4 |
-- |
2.1 |
88.0 | 233 |
| |
|
| Base Pair (64:90) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.8* |
3.0* |
0.5 |
13.6 |
0.1 |
0.1 |
23.2* |
4.6 |
0.7 |
-- |
0.3 |
0.3 |
0.4 |
0.3 |
-- |
0.5* |
44.5 | 740 |
| 3 |
14.1* |
5.1* |
0.7 |
22.1 |
-- |
0.2 |
29.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
28.4 | 411 |
| B |
22.6* |
8.2* |
0.8* |
35.4* |
-- |
0.4 |
32.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 257 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
5.2 |
-- |
-- |
54.2* |
34.4 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
1.0* |
3.1 | 96 |
| E |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.1 | 118 |
| M |
-- |
0.4 |
0.4 |
2.1* |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.4 |
1.7 |
-- |
0.9* |
0.9 |
1.3* |
-- |
-- |
1.3 |
89.7 | 233 |
| |
| Base Pair (65:89) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
10.4* |
24.5* |
4.9* |
9.1* |
2.8 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
1.9 |
0.3 |
0.3 |
0.1 |
44.9 | 740 |
| 3 |
18.5* |
24.8* |
7.1* |
15.1* |
5.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.2 |
0.2 |
28.5 | 411 |
| B |
15.6* |
39.7* |
11.3* |
24.1* |
8.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
0.4 |
-- | 257 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
81.2* |
6.2 |
2.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.3* |
-- |
1.0* |
-- |
1.0 | 96 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
99.1 | 118 |
| M |
0.4 |
0.4 |
0.4 |
1.3 |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
1.3* |
0.4 |
-- |
-- |
2.6* |
-- |
-- |
-- |
92.1 | 233 |
| |
| Base Pair (66:88) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
49.5* |
1.5* |
0.5* |
0.1 |
0.8 |
0.1 |
-- |
0.9 |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.3 |
0.3 |
0.3 |
0.3 |
44.8 | 740 |
| 3 |
-- |
67.4* |
1.5* |
-- |
-- |
1.5 |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
28.5 | 411 |
| B |
-- |
94.6* |
1.6* |
-- |
-- |
2.3 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- | 257 |
| A |
-- |
94.4* |
5.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
92.7* |
3.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
2.1 |
-- |
1.0 | 96 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.1 | 118 |
| M |
0.4 |
-- |
0.9* |
1.7 |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
2.6* |
-- |
0.4* |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
0.9 |
91.7 | 233 |
| |
Last generated : Mon Jul 2 2001 (16 : 9)