23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 671
| Base Pair (671:809)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
97.6* |
0.1* |
1.1* |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 845 |
| 3 |
-- |
99.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 483 |
| B |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 242 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 204 |
| M |
-- |
93.5* |
0.4* |
3.4* |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.6 | 262 |
| |
| Base Pair (672:808)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.8* |
91.8* |
4.4* |
1.7* |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 | 845 |
| 3 |
1.2* |
93.6* |
2.1* |
2.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 483 |
| B |
2.5* |
91.3* |
-- |
5.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 242 |
| A |
-- |
73.0* |
27.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
98.0* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 204 |
| M |
0.4 |
86.3* |
9.9* |
0.8 |
0.8* |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 | 262 |
| |
|
| Base Pair (674:806) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
97.9* |
-- |
0.9* |
0.2* |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 843 |
| 3 |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 481 |
| B |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 242 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 202 |
| M |
94.7* |
-- |
3.1* |
0.8* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 262 |
| |
|
| Base Pair (678:799)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
23.6* |
68.6* |
3.3* |
2.2* |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.3 | 845 |
| 3 |
41.0* |
58.0* |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 483 |
| B |
-- |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 241 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
99.0* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
96.6* |
2.0* |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 205 |
| M |
0.4* |
76.7* |
10.3* |
6.5* |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
0.4 | 262 |
| |
| Base Pair (679:798)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
8.3* |
57.5* |
10.4* |
22.1* |
-- |
0.4 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.7 | 845 |
| 3 |
13.9* |
48.7* |
1.0* |
35.4* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 | 483 |
| B |
13.7* |
82.6* |
1.7* |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.8 | 241 |
| A |
-- |
97.3* |
2.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
2.0* |
79.0* |
17.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
16.6* |
-- |
-- |
83.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
| M |
0.4* |
65.6* |
25.2* |
6.1* |
-- |
0.4 |
0.8 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.8 | 262 |
| |
| Base Pair (680:797)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
27.3* |
6.7* |
24.4* |
37.3* |
0.6 |
2.7 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.2 | 845 |
| 3 |
24.2* |
8.3* |
37.7* |
24.4* |
0.2 |
4.3 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 | 483 |
| B |
35.3* |
10.4* |
0.8* |
47.7* |
0.4 |
4.1 |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 241 |
| A |
86.5* |
5.4* |
-- |
8.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
90.0* |
-- |
-- |
8.0* |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
6.3* |
87.8* |
-- |
-- |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- | 205 |
| M |
9.2* |
6.5* |
9.2* |
72.1* |
0.8 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.8 |
0.4 | 262 |
| |
| Base Pair (681:796)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
55.5* |
0.4* |
2.1* |
25.1* |
14.2 |
0.2 |
0.2 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
0.1 | 845 |
| 3 |
66.0* |
0.2* |
1.2* |
20.9* |
9.3 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- | 483 |
| B |
39.4* |
0.4* |
0.4* |
38.6* |
17.0 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.7 |
-- | 241 |
| A |
89.2* |
-- |
-- |
5.4* |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
22.0 |
-- |
-- |
9.0 |
67.0* |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 100 |
| E |
93.2* |
-- |
2.4* |
2.9* |
1.0 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
| M |
48.9* |
0.8* |
4.6* |
38.9* |
3.1 |
0.4 |
0.4 |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 | 262 |
| |
| Base Pair (682:795)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
77.5* |
0.1* |
3.1* |
7.6* |
-- |
0.9 |
-- |
9.3 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
0.1 | 845 |
| 3 |
92.5* |
-- |
2.3* |
3.7* |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 483 |
| B |
93.8* |
-- |
1.7* |
4.1* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
64.9* |
-- |
5.4 |
13.5* |
-- |
16.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
81.0* |
-- |
2.0* |
15.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- | 100 |
| E |
96.1* |
-- |
2.4* |
1.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
| M |
48.5* |
0.4* |
5.0* |
11.8* |
-- |
0.4 |
-- |
30.2 |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
0.4 | 262 |
| |
| Base Pair (683:794)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.6* |
21.2* |
74.2* |
1.4* |
0.2 |
0.9 |
0.5 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.5 |
0.1 | 846 |
| 3 |
-- |
10.5* |
88.4* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 484 |
| B |
-- |
6.2* |
92.1* |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
-- |
91.9* |
8.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
2.0* |
98.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
1.0* |
98.5* |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
| M |
1.9* |
48.1* |
38.9* |
4.6* |
0.8 |
1.1 |
1.5 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
1.5 |
0.4 | 262 |
| |
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