23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 687
| Base Pair (687:775)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
95.8* |
0.2* |
0.9* |
-- |
1.2 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 | 886 |
| 3 |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 | 524 |
| B |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
95.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
98.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
0.5 | 205 |
| M |
-- |
89.7* |
0.8* |
3.1* |
-- |
4.2 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
0.8 | 262 |
| |
| Base Pair (688:774)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
90.9* |
1.5* |
0.1 |
3.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.3 |
0.3 |
0.2 | 886 |
| 3 |
-- |
-- |
89.5 |
-- |
-- |
5.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.0 |
0.2 |
-- | 524 |
| B |
-- |
-- |
88.7 |
-- |
-- |
9.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.1 |
-- |
-- | 282 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
88.8 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
9.8 |
0.5 |
-- | 205 |
| M |
-- |
-- |
90.1* |
5.0* |
0.4 |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
0.8 |
0.8 | 262 |
| |
| Base Pair (689:773)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
0.9* |
1.7* |
96.3* |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- | 887 |
| 3 |
-- |
-- |
0.4* |
99.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 524 |
| B |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
1.0* |
99.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
| M |
0.4* |
3.0* |
4.9* |
88.6* |
1.1 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- | 263 |
| |
| Base Pair (690:772)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
9.7* |
29.8* |
40.3* |
14.1* |
3.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
1.6 |
0.1 | 885 |
| 3 |
14.0* |
20.5* |
58.0* |
1.5* |
4.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.2 | 522 |
| B |
17.1* |
33.6* |
39.3* |
1.1* |
6.8 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 280 |
| A |
64.9* |
18.9* |
8.1* |
-- |
8.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
3.0* |
1.0* |
14.0* |
70.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
11.0 |
-- | 100 |
| E |
0.5* |
2.9* |
92.7* |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
0.5 | 205 |
| M |
3.8* |
59.3* |
15.2* |
17.9* |
1.5 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.8 |
-- | 263 |
| |
| Base Pair (691:771)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.5 |
45.2* |
24.5* |
3.8 |
22.7* |
0.7 |
0.1 |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 887 |
| 3 |
2.5 |
42.4* |
12.6* |
3.6 |
38.2* |
0.2 |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 524 |
| B |
0.7* |
76.2* |
21.3* |
0.7* |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 282 |
| A |
2.7 |
18.9* |
16.2* |
13.5 |
48.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
1.0* |
66.0* |
32.0* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
4.9 |
-- |
-- |
5.9 |
88.3* |
-- |
-- |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
| M |
3.0* |
43.0* |
45.2* |
5.7* |
-- |
1.9 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 263 |
| |
| Base Pair (692:770)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2* |
74.2* |
11.6* |
1.7* |
-- |
8.2 |
-- |
-- |
0.2 |
1.0 |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.9 |
1.2 |
0.2 | 887 |
| 3 |
-- |
87.4* |
0.2* |
0.2* |
-- |
11.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 524 |
| B |
-- |
78.4 |
-- |
-- |
-- |
21.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 282 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
98.0* |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
97.6* |
0.5* |
0.5* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 205 |
| M |
0.8* |
38.8* |
38.0* |
5.3* |
-- |
4.2 |
-- |
-- |
0.8 |
3.4 |
-- |
1.1 |
-- |
0.4 |
3.0 |
4.2 |
-- | 263 |
| |
| Base Pair (693:769)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.8* |
23.0* |
6.3* |
56.6* |
1.1 |
1.0 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.2 |
6.2 |
0.3 |
-- |
-- |
0.7 |
1.0 |
0.3 | 887 |
| 3 |
3.1* |
38.2* |
4.6* |
52.3* |
0.4 |
0.8 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- | 524 |
| B |
0.7* |
1.1* |
3.5* |
94.3* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
27.0* |
62.2* |
-- |
8.1* |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
2.0* |
2.0* |
2.0* |
93.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
2.0* |
84.9* |
6.8* |
2.4* |
0.5 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- | 205 |
| M |
2.7 |
0.8 |
11.4* |
51.3* |
2.7 |
1.9 |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.4 |
20.5* |
1.1 |
-- |
-- |
2.3 |
3.0 |
1.2 | 263 |
| |
| Base Pair (694:768)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
8.9* |
5.0 |
6.1 |
4.7* |
0.2 |
67.7* |
1.7 |
0.6 |
0.6 |
0.9* |
0.7 |
0.2 |
-- |
1.8 |
-- |
0.7 |
0.2 | 886 |
| 3 |
4.0* |
2.7 |
1.5 |
0.2* |
0.2 |
87.4* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.1 |
-- |
-- |
0.4 | 523 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
54.1* |
-- |
13.5 |
2.7* |
2.7 |
24.3* |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
1.0 |
3.0 |
-- |
-- |
93.0* |
-- |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- | 100 |
| E |
0.5* |
6.9 |
1.5 |
-- |
-- |
81.4* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.8 |
-- |
-- |
1.0 | 204 |
| M |
22.1* |
11.0 |
16.3 |
15.6* |
0.4 |
19.0* |
5.7 |
1.9 |
0.8 |
2.7* |
2.3 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- | 263 |
| |
| Base Pair (695:767)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
6.2 |
0.5* |
2.3* |
13.3 |
74.6* |
1.8 |
0.5 |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- | 887 |
| 3 |
5.3 |
-- |
0.2* |
-- |
94.1* |
0.2 |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 524 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
43.2 |
-- |
2.7* |
-- |
54.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
2.0* |
1.0 |
96.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 100 |
| E |
5.9 |
-- |
-- |
-- |
93.2* |
0.5* |
-- |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
| M |
10.3* |
1.5* |
6.5* |
44.5* |
27.8 |
5.7 |
1.5 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- | 263 |
| |
| Base Pair (696:766)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
33.6* |
1.1 |
4.2 |
49.5* |
4.4 |
6.0* |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- | 885 |
| 3 |
34.9* |
0.8 |
1.7 |
48.5* |
5.2 |
8.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- | 522 |
| B |
38.6* |
0.7 |
0.4 |
35.4* |
8.6 |
16.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 280 |
| A |
89.2* |
-- |
-- |
10.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
33.0* |
-- |
3.0* |
53.0* |
8.0 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 100 |
| E |
20.0* |
1.0* |
3.9* |
73.2* |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- | 205 |
| M |
31.2* |
2.3* |
9.5* |
50.2* |
1.5 |
1.9 |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
-- | 263 |
| |
| Base Pair (697:765)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
34.3* |
32.5* |
5.8* |
17.9* |
0.8 |
1.2 |
0.3 |
0.6 |
5.5 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.3 | 886 |
| 3 |
44.2* |
33.8* |
4.6* |
13.4* |
1.1 |
1.1 |
-- |
0.8 |
0.2 |
0.2 |
0.4 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- | 523 |
| B |
32.4* |
60.5* |
5.3* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.7 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 281 |
| A |
91.9* |
-- |
-- |
8.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
2.0* |
90.0* |
8.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
51.7* |
3.4* |
4.4* |
32.7* |
2.9 |
2.4 |
-- |
2.0 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
| M |
27.0* |
8.0* |
7.2* |
33.8* |
0.4 |
1.9 |
1.1 |
0.4 |
18.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
1.2 | 263 |
| |
|
| Base Pair (698:763) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.5* |
79.5* |
13.8* |
1.4* |
-- |
1.2 |
0.7 |
-- |
0.1 |
0.9 |
0.2 |
0.3 |
0.1 |
0.5 |
0.2 |
0.1 |
0.6 | 887 |
| 3 |
0.8* |
76.9* |
17.6* |
0.4* |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
0.4 |
0.4 |
0.2 |
0.8 |
-- |
-- |
0.2 | 524 |
| B |
-- |
98.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.4 | 282 |
| A |
-- |
83.8* |
8.1* |
-- |
-- |
8.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
99.0* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
2.0* |
45.4* |
43.4* |
1.0* |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
2.9 |
1.0 |
1.0 |
0.5 |
1.0 |
-- |
-- |
-- | 205 |
| M |
-- |
77.2* |
11.0* |
3.8* |
-- |
1.5 |
2.3 |
-- |
0.4 |
0.8 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.8 |
0.4 |
1.5 | 263 |
| |
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