23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 700
| Base Pair (700:732)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
83.2* |
0.8* |
0.6* |
9.2* |
0.6 |
-- |
0.3 |
0.7 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.2 |
-- |
0.5 |
3.3 | 887 |
| 3 |
89.3* |
0.2* |
0.2* |
7.6* |
0.6 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.8 |
0.6 | 524 |
| B |
95.7* |
-- |
-- |
3.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 282 |
| A |
75.7* |
-- |
-- |
24.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
93.0* |
-- |
1.0* |
5.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
82.9* |
0.5* |
0.5* |
9.8* |
1.5 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
2.0 |
1.0 | 205 |
| M |
67.3* |
2.3* |
1.1* |
14.1* |
0.4 |
-- |
1.1 |
1.5 |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.8 |
0.4 |
-- |
-- |
10.3 | 263 |
| |
| Base Pair (701:731)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
59.5* |
12.9* |
7.3* |
5.9* |
10.5 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 | 885 |
| 3 |
78.7* |
0.6* |
-- |
4.2* |
15.5 |
0.4 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 522 |
| B |
96.8* |
1.1* |
-- |
1.1* |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 282 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
83.0* |
4.0* |
-- |
13.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
49.8* |
-- |
-- |
9.4* |
39.9 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 203 |
| M |
12.5* |
40.7* |
24.7* |
6.5* |
4.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
9.5 | 263 |
| |
| Base Pair (702:730)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
25.2* |
12.0* |
35.4* |
16.6* |
4.0 |
0.3 |
1.2 |
-- |
0.3 |
0.5 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
4.1 | 886 |
| 3 |
40.5* |
4.6* |
35.4* |
13.6* |
5.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 523 |
| B |
20.3* |
4.6* |
58.0* |
14.6* |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 281 |
| A |
54.1* |
21.6* |
5.4* |
18.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
5.0* |
1.0* |
12.0* |
69.0* |
7.0 |
-- |
5.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
65.9* |
1.5* |
9.8* |
11.2* |
10.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 205 |
| M |
2.3* |
30.8* |
44.5* |
2.7* |
0.4 |
1.1 |
2.3 |
-- |
0.4 |
1.5 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
0.8 |
12.5 | 263 |
| |
| Base Pair (703:729)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
15.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1* |
71.4* |
0.2* |
-- |
5.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
7.1 | 887 |
| 3 |
-- |
22.5 |
-- |
-- |
-- |
77.3* |
-- |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 524 |
| B |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
98.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
-- |
32.4 |
-- |
-- |
-- |
67.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
49.3 |
-- |
-- |
-- |
50.2* |
-- |
-- |
-- |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
| M |
-- |
6.1 |
0.4 |
0.4 |
0.4* |
48.7* |
0.8* |
-- |
17.1 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
24.0 | 263 |
| |
|
| Base Pair (707:724)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.9 |
0.2* |
0.6* |
3.7 |
67.6* |
0.2 |
0.1 |
0.2* |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
25.9 | 887 |
| 3 |
0.2 |
-- |
-- |
2.9 |
96.2* |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 524 |
| B |
-- |
-- |
-- |
5.3 |
94.3* |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
4.0 |
-- |
-- |
7.0 |
87.0* |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 100 |
| E |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 205 |
| M |
1.1* |
0.8* |
1.9* |
4.2* |
3.4 |
0.8 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
86.8 | 263 |
| |
| Base Pair (708:723)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
14.6* |
42.8* |
10.7* |
2.0* |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.7 |
0.1 |
0.5 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.3 |
27.4 | 886 |
| 3 |
23.9* |
56.6* |
15.9* |
0.8* |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.8 |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.2 |
0.8 | 523 |
| B |
41.5* |
40.8* |
15.2* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
18.9* |
64.9* |
16.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
83.0* |
9.0* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- | 100 |
| E |
0.5* |
77.0* |
16.7* |
2.0* |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
2.0 | 204 |
| M |
1.5* |
-- |
1.1* |
5.3* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
90.9 | 263 |
| |
| Base Pair (709:722)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
6.8* |
25.6* |
30.4* |
7.1* |
0.8 |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
0.3 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
27.3 | 887 |
| 3 |
9.7* |
43.3* |
32.8* |
9.9* |
1.1 |
0.6 |
-- |
-- |
0.4 |
0.6 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.8 | 524 |
| B |
14.2* |
6.0* |
57.8* |
18.1* |
1.8 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 282 |
| A |
29.7* |
48.6* |
13.5* |
2.7* |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
4.0* |
-- |
88.0* |
5.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
1.0 |
-- | 100 |
| E |
-- |
93.7* |
2.0* |
-- |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
1.5 | 205 |
| M |
1.9* |
-- |
3.8* |
2.3* |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
90.9 | 263 |
| |
| Base Pair (710:721)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
6.8* |
9.3* |
18.2* |
26.4* |
4.4 |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.7 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
5.0 |
26.7 | 886 |
| 3 |
9.8* |
15.7* |
15.3* |
42.3* |
7.3 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
1.1 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
5.7 |
0.2 | 523 |
| B |
11.4* |
24.6* |
26.7* |
16.0* |
10.3 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.3 |
-- | 281 |
| A |
51.4* |
18.9* |
13.5* |
-- |
8.1 |
8.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
1.0* |
-- |
76.0* |
3.0* |
-- |
8.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
11.0 |
-- | 100 |
| E |
-- |
2.9 |
-- |
85.9* |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.4* |
2.9 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 | 205 |
| M |
3.0* |
-- |
1.9* |
3.8* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
89.7 | 263 |
| |
| Base Pair (711:720)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
40.4* |
6.4* |
1.1* |
11.6* |
9.3 |
1.0 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
2.5 |
27.1 | 886 |
| 3 |
58.9* |
7.5* |
0.8* |
16.3* |
11.5 |
1.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
2.5 |
0.4 | 523 |
| B |
36.9* |
11.0* |
1.4* |
27.7* |
16.7 |
1.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.6 |
-- | 282 |
| A |
56.8* |
21.6* |
-- |
2.7* |
13.5 |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
46.0* |
7.0* |
1.0* |
16.0* |
22.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
6.0 |
-- | 100 |
| E |
89.7* |
-- |
-- |
2.9* |
3.9 |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 204 |
| M |
1.5* |
4.2* |
1.9* |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
90.5 | 263 |
| |
| Base Pair (712:719)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
45.7* |
1.0* |
2.3* |
17.7* |
3.0 |
1.5 |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.2 |
-- |
27.3 | 886 |
| 3 |
58.9* |
1.3* |
3.3* |
28.1* |
5.2 |
1.3 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 |
0.2 |
-- |
-- |
0.8 | 523 |
| B |
83.6* |
0.7* |
3.2* |
9.3* |
-- |
1.8 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 281 |
| A |
62.2* |
13.5* |
21.6* |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
91.0* |
-- |
1.0 |
4.0* |
-- |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- | 100 |
| E |
24.4* |
-- |
-- |
59.0* |
12.7 |
1.0* |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 205 |
| M |
2.3* |
0.8 |
0.8 |
2.3* |
-- |
1.5* |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
90.5 | 263 |
| |
| Base Pair (713:718) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
21.1 |
5.1* |
1.5 |
1.0* |
0.2 |
0.2 |
0.5 |
0.1 |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
41.4* |
0.5 |
0.2* |
-- |
27.3 | 886 |
| 3 |
35.8 |
8.4* |
1.0 |
1.0* |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
52.8* |
0.4 |
0.2* |
-- |
0.2 | 523 |
| B |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.9* |
0.7 |
0.4* |
-- |
0.4 | 282 |
| A |
35.1* |
62.2* |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
2.0 |
2.0* |
2.0 |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
88.0* |
1.0 |
1.0* |
-- |
-- | 100 |
| E |
85.3* |
10.3* |
1.5* |
2.5* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 204 |
| M |
-- |
0.4 |
2.3 |
0.8* |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
3.0* |
-- |
-- |
1.1 |
0.4 |
-- |
-- |
91.7 | 263 |
| |
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