23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 812


Base Pair (812:1195)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 15.1* 62.3* 11.5* 6.3* 1.2 0.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.4 0.2 -- -- -- 0.5 1.5819
3 0.4* 87.9* 8.3* 1.8* -- -- -- -- -- 0.2 0.7 -- -- -- -- -- 0.6456
B -- 98.3 -- -- -- -- -- -- -- 0.4 -- -- -- -- -- -- 1.2237
A -- 91.9 -- -- -- -- -- -- -- -- 8.1 -- -- -- -- -- --37
C -- 99.0* 1.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --100
E 1.1* 73.6* 20.9* 4.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --182
M 46.4* 3.8* 20.9* 16.7* 3.8 0.8 0.4 0.4 0.4 0.4 -- 0.8 -- -- -- 1.5 3.8263
 
Base Pair (813:1194)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.6* 33.7* 59.0* 2.4* -- 0.7 -- -- -- 0.5 -- 0.1 -- -- -- 0.6 2.3821
3 -- 43.9* 52.6* 3.1* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4458
B -- -- 99.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.8238
A -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --37
C -- -- 99.0 -- -- 1.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --100
E -- 89.6* 2.7* 7.7* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --183
M 1.9* 28.9* 54.8* 2.3* -- 1.9 -- -- -- 1.5 -- 0.4 -- -- -- 1.9 6.4263
 
Base Pair (814:1193)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.4* 80.0* 14.9* 2.2* -- 0.2 -- -- -- -- -- -- 0.2 -- -- 0.6 1.4821
3 0.7* 80.3* 15.7* 2.8* -- 0.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.2458
B -- 99.2* -- 0.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4238
A 2.7* 62.2* 5.4* 29.7* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --37
C -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --100
E 1.1* 59.6* 38.3* 0.5* -- 0.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --183
M -- 71.9* 19.0* 1.9* -- 0.4 -- -- -- -- -- -- 0.8 -- -- 1.9 4.2263
 
Base Pair (815:1192)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 7.3* 45.3* 41.3* 3.0* 0.1 0.4 0.1 -- 0.4 -- -- -- -- 0.1 -- 0.5 1.4821
3 12.7* 32.8* 49.3* 3.7* -- 0.7 0.2 -- 0.4 -- -- -- -- -- -- -- 0.2458
B 2.1* 53.4* 42.9* 0.4* -- 0.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4238
A 18.9* 56.8* -- 24.3* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --37
C -- 94.0* 6.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --100
E 25.1* 1.1* 67.8* 3.8* -- 0.5 0.5 -- 1.1 -- -- -- -- -- -- -- --183
M 0.8* 48.7* 40.7* 3.0* 0.4 -- -- -- 0.4 -- -- -- -- 0.4 -- 1.5 4.2263
 
Base Pair (816:1191)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 15.1* 57.9* 7.7* 15.9* 0.5 0.5 0.1 -- 0.1 0.1 -- 0.1 0.1 -- -- 0.5 1.3820
3 5.5* 82.9* 10.7* -- -- 0.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.2457
B 8.9* 78.5* 11.4* -- -- 0.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4237
A -- 86.5* 10.8* -- -- 2.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --37
C -- 94.0* 6.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --100
E 2.2* 88.0* 9.8* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --183
M 37.6* 0.8* 3.0* 49.4* 1.5 0.4 0.4 -- 0.4 0.4 -- 0.4 0.4 -- -- 1.5 3.8263
 
Base Pair (817:1190)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 6.1* 73.4* 3.2* 12.8* 0.4 0.4 1.1 0.5 -- 0.1 0.1 -- -- -- 0.2 0.4 1.3831
3 -- 99.1* 0.4* -- -- 0.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.2468
B -- 99.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.4237
A -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --37
C -- 98.0* 2.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --100
E -- 98.5* 1.0* -- -- 0.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --194
M 19.4* 18.3* 8.7* 40.3* 1.1 0.8 3.4 1.5 -- 0.4 0.4 -- -- -- 0.8 1.1 3.8263
 

Last generated : Mon Jul 2 2001 (16 : 9)