23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 822
| Base Pair (822:835)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
6.1* |
3.9* |
72.5* |
5.2* |
0.1 |
0.8 |
1.8 |
-- |
0.2 |
1.2 |
0.2 |
0.5 |
0.1 |
-- |
0.7 |
0.2 |
6.6 | 853 |
| 3 |
10.2* |
3.7* |
80.9* |
4.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 491 |
| B |
18.3* |
0.8* |
71.4* |
8.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 241 |
| A |
2.7* |
43.2* |
54.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
2.3* |
-- |
96.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 213 |
| M |
0.8* |
5.7* |
46.2* |
8.8* |
0.4 |
2.7 |
5.7 |
-- |
-- |
3.8 |
0.8 |
1.5 |
0.4 |
-- |
2.3 |
0.8 |
20.2 | 262 |
| |
| Base Pair (823:834)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
40.0* |
12.7* |
1.8 |
18.9 |
0.4 |
0.1 |
0.1* |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
23.3* |
2.2 | 853 |
| 3 |
14.7* |
15.9* |
0.8 |
27.3 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
40.3* |
0.4 | 491 |
| B |
18.7* |
32.4* |
-- |
47.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 241 |
| A |
56.8* |
-- |
5.4* |
37.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
97.0* |
-- |
2.0* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
2.8* |
-- |
0.9 |
2.3 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
93.0* |
0.5 | 213 |
| M |
65.6* |
11.5* |
3.4* |
9.9* |
0.8 |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
6.5 | 262 |
| |
| Base Pair (824:833)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
11.2* |
15.2* |
44.6* |
19.7* |
4.6 |
2.6 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 | 854 |
| 3 |
19.1* |
8.1* |
66.0* |
3.5* |
0.8 |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 491 |
| B |
34.4* |
13.3* |
41.5* |
5.4* |
1.7 |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 241 |
| A |
29.7* |
21.6* |
32.4* |
10.8* |
-- |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
86.0* |
3.0* |
-- |
-- |
11.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 213 |
| M |
0.8* |
1.5* |
20.5* |
57.4* |
13.3 |
1.1 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.9 | 263 |
| |
| Base Pair (825:832)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
15.3* |
38.9* |
0.8* |
42.0* |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
1.7 | 855 |
| 3 |
4.7* |
67.1* |
0.4* |
27.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 492 |
| B |
1.7* |
42.6* |
0.8* |
54.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 242 |
| A |
51.4* |
40.5* |
-- |
8.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
94.0* |
-- |
-- |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 213 |
| M |
5.3* |
1.1* |
1.9* |
84.0* |
0.4 |
-- |
0.8 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
4.9 | 263 |
| |
| Base Pair (826:831)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
20.1 |
2.0 |
0.5* |
0.1 |
73.8* |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
2.8 | 856 |
| 3 |
-- |
34.1 |
-- |
-- |
-- |
65.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 | 493 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 243 |
| A |
-- |
18.9 |
-- |
-- |
-- |
81.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
96.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
-- |
75.6* |
-- |
-- |
-- |
23.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5* |
-- |
0.5 | 213 |
| M |
-- |
1.5 |
6.1 |
1.5* |
0.4 |
81.4* |
-- |
-- |
-- |
1.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
7.6 | 263 |
| |
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