23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 837
| Base Pair (837:942)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.4* |
84.4* |
2.1* |
1.9* |
0.1 |
0.6 |
0.6 |
0.2 |
0.6 |
0.2 |
0.5 |
3.3 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
1.4 |
3.4 | 851 |
| 3 |
0.6* |
97.1* |
0.6* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.6 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 485 |
| B |
0.4* |
98.8* |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 240 |
| A |
5.6* |
80.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.6 |
-- |
8.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
99.0* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
98.1* |
0.5* |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 | 209 |
| M |
-- |
55.6* |
5.3* |
6.0* |
0.4 |
1.5 |
1.9 |
0.8 |
1.9 |
-- |
1.5 |
9.4 |
0.4 |
-- |
0.4 |
4.5 |
10.6 | 266 |
| |
|
| Base Pair (838:940)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
20.5* |
34.3* |
17.1* |
9.2* |
1.8 |
0.4 |
0.8 |
1.3 |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
3.1 |
5.3 |
5.5 | 852 |
| 3 |
17.1* |
40.5* |
15.8* |
10.5* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
2.9 |
8.8 |
3.7 | 486 |
| B |
34.2* |
65.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 240 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
76.0* |
-- |
4.0* |
8.0* |
3.0 |
-- |
-- |
9.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
0.5* |
1.9* |
36.7* |
24.3* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
6.7 |
20.5 |
8.6 | 210 |
| M |
6.0* |
35.7* |
24.4* |
7.1* |
4.1 |
1.1 |
2.6 |
0.8 |
0.4 |
0.8 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
4.5 |
0.8 |
11.4 | 266 |
| |
| Base Pair (839:939)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
31.6* |
4.5 |
20.0 |
3.8* |
3.4 |
31.5* |
-- |
0.1 |
-- |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.5 |
3.6 | 851 |
| 3 |
34.8* |
2.9 |
0.4 |
2.3* |
5.8 |
53.0* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 | 485 |
| B |
1.2* |
0.4 |
-- |
0.4* |
-- |
97.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 240 |
| A |
5.6* |
25.0 |
5.6 |
2.8* |
-- |
61.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
88.0* |
-- |
4.0* |
6.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
78.5* |
1.9* |
-- |
4.3* |
13.4 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
1.0 | 209 |
| M |
4.5* |
9.0* |
62.8* |
5.6* |
0.4 |
4.1 |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
10.9 | 266 |
| |
| Base Pair (840:938)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
18.4* |
33.6* |
29.6* |
7.9* |
0.8 |
5.0 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
3.6 | 852 |
| 3 |
31.7* |
45.3* |
8.4* |
9.1* |
1.0 |
3.7 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 486 |
| B |
0.4* |
77.6* |
13.3* |
1.7* |
0.4 |
6.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
22.2* |
61.1* |
-- |
5.6* |
8.3 |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
15.0* |
62.0* |
-- |
-- |
22.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 100 |
| E |
69.4* |
5.3* |
4.3* |
18.2* |
0.5 |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 | 209 |
| M |
1.1* |
19.2* |
56.0* |
8.6* |
0.8 |
1.1 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
10.5 | 266 |
| |
| Base Pair (841:937)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
23.2* |
6.6* |
11.4* |
43.5* |
1.6 |
2.9 |
2.5 |
0.2 |
1.4 |
0.5 |
0.1 |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
0.1 |
4.2 | 850 |
| 3 |
34.9* |
9.9* |
6.0* |
42.1* |
1.9 |
1.2 |
-- |
-- |
2.5 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 484 |
| B |
57.7* |
0.8* |
0.8* |
36.8* |
2.9 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 239 |
| A |
25.0* |
38.9* |
16.7* |
13.9* |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
12.0* |
3.0* |
37.0* |
17.0* |
-- |
9.0 |
11.0 |
-- |
4.0 |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
5.0 |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
10.5* |
15.3* |
10.0* |
53.1* |
1.0 |
1.4 |
-- |
-- |
5.7 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.5 | 209 |
| M |
9.4* |
2.3* |
10.5* |
59.4* |
1.9 |
3.8 |
-- |
0.8 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
11.3 | 266 |
| |
| Base Pair (842:936)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
24.2* |
8.6* |
14.1* |
38.8* |
4.2 |
1.1 |
0.1 |
1.5 |
-- |
1.2 |
-- |
0.6 |
0.4 |
0.1 |
0.7 |
0.6 |
3.8 | 852 |
| 3 |
34.2* |
12.3* |
13.0* |
29.8* |
6.2 |
1.6 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.2 |
1.2 |
0.2 |
0.6 | 486 |
| B |
23.3* |
9.2* |
27.9* |
34.6* |
1.7 |
2.9 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 240 |
| A |
33.3* |
61.1* |
2.8* |
2.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
32.0* |
2.0* |
6.0* |
51.0* |
2.0 |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
1.0 | 100 |
| E |
46.7* |
7.6* |
-- |
29.0* |
12.4 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
0.5 |
0.5 |
0.5 |
1.5 | 210 |
| M |
3.4* |
4.1* |
19.2* |
51.1* |
1.1 |
0.4 |
0.4 |
3.0 |
-- |
3.8 |
-- |
0.4 |
1.1 |
-- |
-- |
1.1 |
10.9 | 266 |
| |
| Base Pair (843:935)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
21.0* |
26.9* |
10.9* |
27.3* |
0.8 |
2.8 |
0.6 |
2.1 |
0.2 |
0.4 |
0.4 |
0.4 |
0.5 |
0.7 |
0.4 |
0.6 |
4.1 | 852 |
| 3 |
31.1* |
37.9* |
10.5* |
11.9* |
-- |
3.7 |
0.2 |
1.2 |
0.2 |
0.6 |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.8 |
0.2 |
0.2 |
0.6 | 486 |
| B |
63.9* |
3.3* |
6.2* |
22.8* |
-- |
0.4 |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 241 |
| A |
5.6* |
47.2* |
-- |
2.8* |
-- |
44.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
6.0* |
32.0* |
12.0* |
43.0* |
2.0 |
1.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
1.0 |
1.0 |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
76.1* |
17.2* |
1.0* |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
0.5 |
1.4 |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
0.5 |
1.0 | 209 |
| M |
8.6* |
4.9* |
12.4* |
50.4* |
1.9 |
1.9 |
-- |
4.1 |
-- |
-- |
0.4 |
0.8 |
0.8 |
-- |
0.4 |
1.5 |
12.1 | 266 |
| |
| Base Pair (844:934)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
10.6* |
8.7* |
26.9* |
9.2* |
1.3 |
11.8 |
1.8 |
0.6 |
2.6 |
6.9 |
1.1 |
0.5 |
4.2 |
0.6 |
1.2 |
4.7 |
7.6 | 855 |
| 3 |
10.0* |
4.9* |
23.9* |
8.6* |
1.6 |
17.4 |
1.8 |
0.4 |
3.3 |
7.6 |
1.6 |
0.6 |
7.0 |
0.8 |
1.8 |
6.1 |
2.4 | 489 |
| B |
11.2* |
4.5 |
7.4 |
8.3* |
-- |
24.8* |
1.7 |
-- |
6.6 |
9.9* |
0.8 |
0.4 |
8.7 |
1.2 |
1.7 |
11.6 |
1.2 | 242 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
22.2 |
8.3* |
8.3 |
-- |
-- |
-- |
16.7* |
-- |
36.1* |
-- |
5.6 |
2.8 |
-- | 36 |
| C |
27.0* |
20.0* |
32.0* |
6.0* |
-- |
7.0 |
-- |
1.0 |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
1.0 |
1.0 |
-- |
3.0 |
-- | 100 |
| E |
10.4* |
6.2* |
45.5* |
10.4* |
-- |
11.8 |
0.9 |
0.9 |
-- |
6.2 |
-- |
0.9 |
-- |
0.5 |
1.4 |
0.5 |
4.3 | 211 |
| M |
5.6* |
11.7* |
30.1* |
11.7* |
1.1 |
3.8 |
2.3 |
0.8 |
1.9 |
8.3 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
2.6 |
19.7 | 266 |
| |
|
| Base Pair (847:933) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
6.9* |
3.7* |
15.3* |
17.5* |
0.8 |
1.5 |
1.2 |
0.8 |
0.6 |
0.9 |
-- |
-- |
0.1 |
2.3 |
0.2 |
0.1 |
47.8 | 855 |
| 3 |
0.4* |
6.5* |
25.2* |
25.8* |
0.8 |
2.5 |
0.4 |
0.6 |
0.4 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
36.0 | 489 |
| B |
-- |
-- |
49.6* |
44.2* |
1.7 |
2.5 |
0.4 |
1.2 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 36 |
| C |
64.0* |
-- |
4.0 |
6.0* |
3.0 |
1.0* |
1.0 |
1.0 |
2.0 |
5.0* |
-- |
-- |
-- |
11.0 |
1.0 |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
0.9* |
15.2* |
1.4* |
9.0* |
-- |
2.8 |
0.5 |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
66.4 | 211 |
| M |
-- |
-- |
1.1* |
7.1* |
0.4 |
-- |
2.6 |
0.4 |
0.4 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
86.9 | 266 |
| |
|
| Base Pair (848:930)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.0 |
6.7* |
5.6* |
3.9 |
10.6* |
1.1 |
1.6 |
3.9* |
1.6 |
0.4 |
0.5 |
0.4 |
1.3 |
0.8 |
0.1 |
4.6 |
50.2 | 855 |
| 3 |
8.4 |
10.0* |
7.8* |
1.8 |
14.5* |
0.4 |
0.2 |
1.6* |
2.9 |
0.4 |
0.4 |
0.4 |
1.4 |
1.2 |
0.2 |
5.3 |
42.8 | 489 |
| B |
3.3 |
20.3* |
14.9* |
3.3 |
27.8* |
0.8 |
0.4 |
3.3* |
3.3 |
0.8 |
0.8 |
0.8 |
2.5 |
1.2 |
0.4 |
10.8 |
4.9 | 241 |
| A |
89.2 |
-- |
-- |
-- |
10.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
18.0 |
-- |
5.0 |
9.0 |
18.0* |
5.0* |
9.0 |
25.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
7.0 |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
0.9* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
1.4 |
-- |
-- |
93.7 | 211 |
| M |
2.3* |
3.0* |
3.0* |
4.5* |
0.8 |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
82.0 | 266 |
| |
| Base Pair (849:929)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
9.6* |
4.4* |
5.1* |
27.7* |
2.0 |
0.1 |
0.7 |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
0.4 |
0.7 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.6 |
47.6 | 857 |
| 3 |
8.4* |
6.5* |
5.5* |
37.1* |
2.2 |
-- |
0.6 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
38.7 | 491 |
| B |
4.5* |
13.2* |
9.9* |
68.3* |
1.2 |
-- |
0.8 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- | 243 |
| A |
81.1* |
-- |
-- |
18.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
41.0* |
1.0* |
6.0* |
31.0* |
4.0 |
1.0 |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
1.0 |
5.0 |
-- |
4.0 |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
1.4* |
4.3* |
3.8 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
90.0 | 211 |
| M |
0.8* |
0.4* |
4.5* |
10.9* |
0.8 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.0 | 266 |
| |
| Base Pair (850:928)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.3* |
19.1* |
15.2* |
4.0* |
-- |
3.6 |
0.4 |
0.1 |
0.5 |
0.7 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
0.8 |
47.7 | 854 |
| 3 |
12.7* |
20.1* |
18.6* |
3.9* |
-- |
4.3 |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
38.7 | 488 |
| B |
25.7* |
37.3* |
27.4* |
6.6* |
-- |
0.4 |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- | 241 |
| A |
-- |
21.6 |
24.3 |
-- |
-- |
54.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
75.0* |
6.0* |
3.0* |
-- |
5.0 |
2.0 |
-- |
3.0 |
2.0 |
1.0 |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
7.6* |
1.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
90.0 | 210 |
| M |
-- |
0.4* |
12.0* |
4.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
82.0 | 266 |
| |
|
| Base Pair (851:926)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.1* |
13.4* |
21.3* |
10.0* |
1.7 |
17.9 |
2.6 |
0.1 |
0.8 |
0.2 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.8 |
26.4 | 858 |
| 3 |
2.4* |
21.1* |
32.9* |
3.9* |
0.6 |
31.1 |
3.7 |
0.2 |
1.2 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 |
1.8 | 492 |
| B |
-- |
30.9* |
60.9* |
6.6* |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
32.4* |
29.7* |
27.0* |
8.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- | 37 |
| C |
17.0* |
1.0* |
6.0* |
56.0* |
11.0 |
1.0 |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
2.0 |
-- | 100 |
| E |
-- |
8.5 |
1.9 |
-- |
0.5* |
72.2* |
8.5* |
0.5 |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
4.3 | 212 |
| M |
2.3* |
3.8* |
5.6* |
4.1* |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
82.0 | 266 |
| |
| Base Pair (852:925)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.1* |
17.0* |
36.1* |
9.2* |
2.8 |
1.9 |
0.2 |
0.5 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
1.7 |
0.3 |
25.5 | 858 |
| 3 |
5.7* |
26.0* |
46.3* |
12.2* |
4.1 |
1.0 |
0.2 |
0.8 |
0.2 |
-- |
0.4 |
0.2 |
-- |
-- |
2.6 |
-- |
0.2 | 492 |
| B |
8.6* |
28.4* |
31.3* |
23.0* |
7.0 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.8 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
5.4* |
56.8* |
29.7* |
-- |
-- |
8.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
2.0* |
15.0* |
66.0* |
3.0* |
-- |
10.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
2.0 |
1.0 |
-- | 100 |
| E |
2.4* |
17.9* |
66.5* |
1.9* |
1.4 |
0.9 |
0.5 |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
6.1 |
-- |
0.5 | 212 |
| M |
1.9* |
1.1* |
6.0* |
6.0* |
1.5 |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
82.0 | 266 |
| |
| Base Pair (853:924)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.5* |
20.5* |
37.9* |
8.9* |
2.0 |
1.5 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
25.5 | 857 |
| 3 |
4.1* |
20.0* |
59.7* |
10.0* |
3.1 |
1.6 |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.2 |
-- |
0.2 | 491 |
| B |
2.9* |
30.6* |
38.8* |
17.8* |
4.5 |
2.9 |
-- |
-- |
0.8 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
35.1* |
35.1* |
24.3* |
2.7* |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
1.0* |
73.0* |
13.0* |
6.0* |
2.0 |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
5.2* |
89.6* |
2.4* |
1.4 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 | 212 |
| M |
-- |
1.9* |
7.1* |
7.9* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
82.0 | 266 |
| |
| Base Pair (854:923)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
10.3* |
11.6* |
24.6* |
24.7* |
1.4 |
0.5 |
0.8 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
25.5 | 857 |
| 3 |
17.1* |
17.5* |
23.2* |
38.3* |
2.0 |
0.8 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 |
0.2 | 491 |
| B |
6.6* |
35.1* |
45.5* |
11.2* |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
64.9* |
-- |
-- |
10.8* |
18.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.4 |
-- | 37 |
| C |
-- |
4.0* |
82.0* |
12.0* |
1.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
20.8* |
0.5* |
1.9* |
74.1* |
1.4 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 | 212 |
| M |
1.5* |
3.4* |
5.6* |
4.5* |
0.4 |
-- |
2.3 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.0 | 266 |
| |
| Base Pair (855:922)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
28.0* |
4.3 |
5.8 |
10.7* |
1.6 |
21.9* |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
25.8 | 858 |
| 3 |
45.9* |
6.7 |
3.0 |
2.2* |
2.2 |
37.4* |
0.4 |
-- |
0.2 |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.8 | 492 |
| B |
91.8* |
0.4 |
-- |
2.5* |
3.3 |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 243 |
| A |
-- |
37.8* |
37.8* |
-- |
-- |
10.8 |
-- |
-- |
-- |
10.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- | 37 |
| C |
1.0* |
-- |
23.0* |
75.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 100 |
| E |
1.4* |
8.5 |
0.5 |
2.4* |
1.4 |
84.0* |
0.9 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 212 |
| M |
4.9* |
1.5* |
4.5* |
2.3* |
1.1 |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
82.0 | 266 |
| |
| Base Pair (856:921)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
45.0* |
14.1* |
1.3* |
2.2* |
9.1 |
0.8 |
-- |
-- |
0.2 |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
26.2 | 858 |
| 3 |
55.9* |
23.6* |
0.6* |
0.8* |
15.7 |
1.2 |
-- |
-- |
0.4 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 | 492 |
| B |
97.5* |
0.8* |
-- |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 243 |
| A |
43.2 |
5.4* |
-- |
2.7 |
45.9* |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
93.0* |
-- |
-- |
6.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
10.4 |
52.8* |
1.4* |
0.5 |
28.3* |
2.4 |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.9 | 212 |
| M |
6.8* |
1.9* |
3.0* |
3.4* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
82.0 | 266 |
| |
| Base Pair (857:920) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.9 |
7.4 |
2.9 |
3.4 |
1.2 |
3.3 |
5.6 |
0.1 |
17.7* |
-- |
0.1* |
-- |
28.8* |
-- |
-- |
0.6* |
26.0 | 857 |
| 3 |
5.1 |
12.8 |
3.9 |
4.3 |
1.4 |
5.5 |
6.7 |
0.2 |
28.7* |
-- |
0.2* |
-- |
29.9* |
-- |
-- |
0.6* |
0.6 | 491 |
| B |
0.4 |
1.2 |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
46.3* |
-- |
-- |
-- |
50.0* |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
64.9* |
5.4* |
-- |
16.2* |
13.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
7.0 |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
89.0* |
-- |
-- |
1.0* |
-- | 100 |
| E |
-- |
27.4* |
9.0 |
5.2 |
0.9 |
12.7 |
15.1* |
0.5 |
13.7 |
-- |
0.5 |
-- |
12.3 |
-- |
-- |
1.4* |
1.5 | 212 |
| M |
-- |
-- |
1.5 |
3.0 |
1.1 |
0.4 |
3.0 |
-- |
3.8* |
-- |
-- |
-- |
4.1* |
-- |
-- |
0.4* |
82.7 | 266 |
| |
|
| Base Pair (862:915)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
35.6* |
1.8* |
0.5* |
27.8* |
0.2 |
-- |
7.7 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
25.8 | 856 |
| 3 |
56.5* |
-- |
-- |
40.8* |
0.4 |
-- |
1.0 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 | 490 |
| B |
95.9* |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
2.1* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
5.0* |
-- |
-- |
35.0 |
-- |
-- |
59.0* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
4.2* |
-- |
-- |
92.9* |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 | 212 |
| M |
8.6* |
5.6* |
1.5* |
1.1* |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.4 | 266 |
| |
|
| Base Pair (863:913)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.7* |
-- |
0.1* |
72.5* |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
25.7 | 857 |
| 3 |
1.0* |
-- |
-- |
98.0* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 491 |
| B |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
2.7* |
-- |
-- |
97.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
1.9* |
-- |
-- |
95.8* |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 212 |
| M |
0.4* |
-- |
0.4* |
15.0* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
82.4 | 266 |
| |
| Base Pair (864:912)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
72.7* |
-- |
0.1* |
0.5* |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
25.8 | 857 |
| 3 |
98.4* |
-- |
-- |
0.8* |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 491 |
| B |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
96.2* |
-- |
-- |
1.9* |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 | 212 |
| M |
15.4* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
1.1* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
82.4 | 266 |
| |
|
| Base Pair (868:909)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2* |
0.9* |
69.6* |
0.9* |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
0.7 |
0.1 |
-- |
-- |
25.9 | 858 |
| 3 |
0.4* |
1.0* |
95.3* |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
0.4 |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 | 492 |
| B |
-- |
0.8* |
99.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
5.4* |
2.7* |
59.5* |
10.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
16.2 |
-- |
-- |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
2.0* |
98.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
0.9* |
97.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
1.0 | 212 |
| M |
-- |
0.4* |
11.3* |
1.5* |
-- |
1.1 |
0.4 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
83.1 | 266 |
| |
| Base Pair (869:908)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
62.8* |
1.8* |
0.8* |
1.5* |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
1.1 |
26.5 | 857 |
| 3 |
89.4* |
-- |
0.6* |
2.4* |
6.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 491 |
| B |
83.1* |
-- |
-- |
5.0* |
12.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
91.9* |
-- |
8.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
97.0* |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0* |
-- | 100 |
| E |
96.2 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.9 | 212 |
| M |
0.8 |
5.6* |
1.5* |
0.4 |
3.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
3.0 |
83.2 | 266 |
| |
| Base Pair (870:907)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.6* |
0.9 |
5.3 |
38.7* |
0.7 |
18.5* |
0.6 |
0.7 |
0.9 |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.9 |
26.6 | 856 |
| 3 |
9.0* |
1.4 |
6.5 |
66.1* |
0.8 |
12.7* |
0.8 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
1.2 | 490 |
| B |
17.8* |
2.9 |
13.3 |
34.4* |
1.7 |
25.7* |
1.7 |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
1.0 |
6.0 |
-- |
-- |
93.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
0.5* |
-- |
-- |
96.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
2.9 | 212 |
| M |
1.5* |
-- |
2.6* |
2.6 |
0.8 |
1.1 |
0.4 |
-- |
3.0* |
-- |
1.1 |
0.4* |
-- |
0.4 |
-- |
2.6 |
83.6 | 266 |
| |
|
| Base Pair (872:905)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.6* |
0.9* |
28.6 |
5.5 |
0.1 |
0.1 |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
35.9* |
27.2 | 856 |
| 3 |
0.6* |
1.4* |
39.8 |
7.8 |
0.2 |
0.2 |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
47.1* |
1.4 | 490 |
| B |
0.8* |
-- |
77.2* |
12.0* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
9.1 |
-- | 241 |
| A |
-- |
18.9* |
21.6 |
13.5 |
-- |
-- |
5.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
40.5* |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
23.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
74.0 |
-- | 100 |
| E |
0.5 |
-- |
0.5 |
1.9 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
91.5* |
3.3 | 212 |
| M |
0.8* |
0.4* |
10.2* |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
85.0 | 266 |
| |
| Base Pair (873:904)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
21.9* |
16.7* |
4.4* |
25.4* |
3.4 |
0.5 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
26.6 | 858 |
| 3 |
36.0* |
8.3* |
5.5* |
42.5* |
5.3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 | 492 |
| B |
56.8* |
16.9* |
11.1* |
6.2* |
8.6 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
91.9* |
-- |
-- |
2.7* |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
96.0* |
4.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
2.4* |
-- |
-- |
91.0* |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.3 | 212 |
| M |
4.1* |
2.3* |
3.0* |
3.4* |
1.1 |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
83.5 | 266 |
| |
| Base Pair (874:903)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
29.1* |
1.5* |
2.2* |
2.6* |
12.9 |
0.3 |
0.6 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
22.8 |
-- |
0.2 |
0.5 |
26.8 | 859 |
| 3 |
30.6 |
2.6* |
1.2 |
2.4* |
21.3 |
-- |
0.4 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
39.8* |
-- |
-- |
-- |
1.4 | 493 |
| B |
53.7* |
4.5* |
2.5* |
4.9* |
34.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 244 |
| A |
40.5 |
-- |
-- |
-- |
45.9* |
-- |
-- |
2.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.8 |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
91.0* |
-- |
-- |
1.0* |
2.0 |
2.0* |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- | 100 |
| E |
2.4 |
0.9* |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
90.6* |
-- |
-- |
-- |
3.3 | 212 |
| M |
3.0* |
-- |
4.9* |
3.8* |
1.5 |
0.4 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
84.3 | 266 |
| |
| Base Pair (875:902)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
16.6* |
5.7* |
2.1* |
33.1* |
9.2 |
1.9 |
-- |
1.3 |
0.4 |
-- |
-- |
0.6 |
0.8 |
0.5 |
0.4 |
0.6 |
26.9 | 857 |
| 3 |
26.7* |
7.1* |
2.2* |
48.9* |
3.9 |
3.3 |
-- |
2.2 |
0.4 |
-- |
-- |
1.0 |
1.4 |
0.8 |
0.6 |
-- |
1.4 | 491 |
| B |
50.4* |
6.6* |
3.3* |
27.3* |
2.5 |
6.2 |
-- |
2.9 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
16.2 |
-- |
-- |
-- |
29.7* |
2.7* |
-- |
10.8* |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
18.9 |
10.8 |
8.1 |
-- |
-- | 37 |
| C |
1.0 |
-- |
1.0* |
41.0 |
55.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- | 100 |
| E |
1.4* |
9.0* |
1.4* |
82.1* |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.3 | 212 |
| M |
3.8* |
5.3* |
2.6* |
1.1* |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
84.3 | 266 |
| |
|
| Base Pair (879:898)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
36.3* |
9.2* |
11.8* |
1.5* |
2.0 |
4.4 |
0.2 |
-- |
1.6 |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
0.3 |
-- |
3.8 |
28.1 | 859 |
| 3 |
43.0* |
16.0* |
20.1* |
-- |
1.6 |
7.7 |
-- |
-- |
2.8 |
0.6 |
-- |
-- |
0.2 |
0.6 |
-- |
6.5 |
0.8 | 493 |
| B |
82.8* |
-- |
-- |
-- |
3.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
13.1* |
0.4 | 244 |
| A |
5.4* |
18.9 |
2.7 |
-- |
-- |
21.6 |
-- |
-- |
37.8* |
5.4* |
-- |
-- |
2.7 |
5.4 |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
93.0* |
-- |
-- |
3.0* |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
3.8* |
34.0* |
46.2* |
-- |
-- |
14.2 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 | 212 |
| M |
2.6* |
-- |
0.8* |
4.1* |
2.6 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
88.7 | 266 |
| |
| Base Pair (880:897)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
58.9* |
1.4* |
0.1* |
4.1* |
5.7 |
0.4 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.6 |
28.4 | 857 |
| 3 |
79.8* |
2.0* |
0.2* |
6.1* |
9.0 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.8 |
1.0 | 491 |
| B |
98.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
73.0* |
21.6* |
-- |
2.7* |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
97.0* |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
59.4* |
0.9 |
0.5 |
13.7* |
20.3 |
0.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
2.3 | 212 |
| M |
6.0* |
0.8* |
-- |
1.9* |
1.9 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
89.2 | 266 |
| |
|
| Base Pair (881:895)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.6 |
0.6* |
0.9* |
1.4 |
65.3* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.5 |
0.3 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
28.8 | 858 |
| 3 |
2.6 |
1.0* |
0.8* |
1.0 |
91.7* |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.8 |
0.6 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.8 | 492 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 244 |
| A |
35.1* |
13.5* |
-- |
13.5* |
29.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
95.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.0 | 100 |
| E |
-- |
-- |
1.9* |
-- |
92.9* |
-- |
-- |
-- |
0.5* |
-- |
1.9* |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 |
1.9 | 211 |
| M |
0.4 |
-- |
1.1* |
2.6 |
5.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
90.3 | 266 |
| |
| Base Pair (882:894)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
22.3 |
16.0* |
3.6* |
2.3 |
25.8* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.9 |
28.7 | 857 |
| 3 |
38.5 |
8.6* |
5.1* |
2.9 |
43.4* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.8 | 491 |
| B |
7.4 |
14.4* |
-- |
-- |
78.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
54.1* |
18.9* |
2.7* |
18.9* |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 | 37 |
| C |
-- |
95.0* |
2.0* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
71.6* |
-- |
11.4* |
3.3* |
10.4 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
1.4 | 211 |
| M |
0.8 |
-- |
1.5* |
1.9 |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
2.3 |
90.3 | 266 |
| |
| Base Pair (883:893)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
30.7* |
10.8 |
5.6 |
2.8* |
7.3 |
11.8* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
1.3 |
29.2 | 858 |
| 3 |
51.2* |
17.3* |
8.1* |
4.3* |
11.6 |
3.0 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
2.2 |
1.6 | 492 |
| B |
44.9* |
32.9* |
12.8* |
2.9* |
2.1 |
4.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
64.9* |
2.7* |
18.9* |
13.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
7.0 |
3.0 |
1.0* |
-- |
86.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
56.1* |
1.9* |
0.9 |
4.2 |
24.5 |
2.4 |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.2* |
3.8 | 212 |
| M |
4.1* |
0.4* |
1.9* |
0.8* |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
90.6 | 266 |
| |
| Base Pair (884:892)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
21.7* |
20.2* |
13.2* |
8.0* |
2.4 |
1.0 |
-- |
0.1 |
-- |
2.8 |
0.3 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
29.3 | 858 |
| 3 |
19.7* |
35.2* |
22.0* |
11.0* |
1.6 |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
0.6 |
-- |
0.4 |
0.2 |
0.2 |
0.6 |
1.8 | 492 |
| B |
8.3* |
65.7* |
18.2* |
3.7* |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.8 | 242 |
| A |
56.8* |
29.7* |
-- |
10.8* |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
80.0* |
-- |
1.0* |
5.0* |
11.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
26.3* |
1.4* |
30.0* |
19.2* |
3.8 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
11.3 |
0.9 |
-- |
0.9 |
-- |
0.5 |
1.4 |
3.3 | 213 |
| M |
3.4* |
-- |
1.5* |
3.8* |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
90.6 | 266 |
| |
| Base Pair (885:891)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.5* |
46.9* |
9.1* |
3.4* |
0.3 |
1.3 |
-- |
0.6 |
0.2 |
2.0 |
0.2 |
-- |
0.9 |
-- |
0.8 |
0.7 |
32.0 | 861 |
| 3 |
1.6* |
62.8* |
13.5* |
5.5* |
0.2 |
1.4 |
-- |
1.0 |
0.4 |
3.4 |
0.4 |
-- |
1.4 |
-- |
1.4 |
1.2 |
5.6 | 495 |
| B |
0.4 |
69.3* |
4.1* |
0.4 |
0.4* |
1.2 |
-- |
2.0* |
0.8 |
7.0 |
0.8 |
-- |
2.0 |
-- |
2.9 |
2.5 |
6.2 | 244 |
| A |
-- |
73.0* |
-- |
21.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.4* |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
1.0 |
83.0* |
8.0* |
-- |
2.0* |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
3.3* |
53.7* |
26.6* |
8.4* |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
6.1 | 214 |
| M |
1.5* |
3.8* |
1.1* |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
92.5 | 266 |
| |
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