23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 946
| Base Pair (946:971)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
71.4* |
6.7* |
6.6* |
3.4* |
2.5 |
0.1 |
1.3 |
0.6 |
0.1 |
0.5 |
0.5 |
0.2 |
3.0 |
0.1 |
0.2 |
0.6 |
2.2 | 863 |
| 3 |
83.8* |
11.3* |
-- |
0.4* |
3.3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 | 487 |
| B |
77.4* |
22.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
94.4* |
-- |
-- |
2.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8 | 36 |
| C |
94.0* |
-- |
-- |
5.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
89.4* |
-- |
-- |
0.5* |
7.7 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 | 208 |
| M |
41.3* |
1.1* |
20.7* |
8.0* |
2.2 |
0.4 |
4.0 |
1.4 |
0.4 |
1.4 |
0.7 |
0.7 |
9.4 |
-- |
0.7 |
1.8 |
5.8 | 276 |
| |
| Base Pair (947:970)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.4* |
25.1* |
21.2* |
42.8* |
1.6 |
1.2 |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.7 |
2.0 | 864 |
| 3 |
6.8* |
42.8* |
0.6* |
43.6* |
2.3 |
1.6 |
0.2 |
0.4 |
0.4 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.2 | 488 |
| B |
2.5* |
-- |
1.2* |
87.7* |
4.5 |
0.8 |
0.4 |
0.8 |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- | 243 |
| A |
75.0* |
8.3 |
-- |
-- |
-- |
16.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
4.0* |
96.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
98.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 209 |
| M |
1.8* |
2.9* |
63.8* |
22.1* |
1.1 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
1.4 |
5.8 | 276 |
| |
| Base Pair (948:969)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.9* |
76.7* |
12.7* |
2.0* |
1.4 |
1.2 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.7 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
2.3 | 861 |
| 3 |
1.4* |
88.5* |
1.9* |
2.3* |
2.3 |
1.2 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
1.0 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 486 |
| B |
0.8* |
91.4* |
-- |
2.1* |
2.1 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
2.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 243 |
| A |
13.9 |
22.2* |
25.0* |
2.8 |
16.7* |
16.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
3.0* |
91.0* |
3.0* |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
96.6* |
-- |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 207 |
| M |
2.2* |
50.5* |
35.3* |
1.1* |
0.4 |
1.5 |
0.4 |
-- |
-- |
0.7 |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
0.7 |
6.2 | 275 |
| |
| Base Pair (949:968)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
13.1* |
5.6* |
26.0* |
41.4* |
4.8 |
3.7 |
1.0 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.6 |
2.5 | 863 |
| 3 |
16.4* |
6.6* |
21.4* |
45.6* |
2.1 |
5.5 |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 487 |
| B |
31.8* |
8.3* |
33.1* |
16.1* |
-- |
6.6 |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 242 |
| A |
8.3 |
11.1 |
8.3 |
22.2 |
27.8* |
19.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8 | 36 |
| C |
29.0* |
3.0* |
20.0* |
34.0* |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
12.0 |
-- | 100 |
| E |
-- |
3.8* |
10.0* |
83.7* |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 209 |
| M |
1.4* |
4.7* |
36.2* |
36.6* |
10.5 |
1.8 |
0.7 |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
6.2 | 276 |
| |
| Base Pair (950:967)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.4 |
5.4* |
6.2 |
27.2 |
30.2* |
1.9 |
0.2* |
0.9 |
-- |
0.6 |
5.9 |
0.3 |
-- |
-- |
14.0* |
0.7 |
2.1 | 859 |
| 3 |
6.4 |
6.6* |
1.2 |
5.6 |
40.2* |
2.7 |
0.2* |
0.6 |
-- |
0.4 |
10.4 |
0.6 |
-- |
-- |
24.6* |
-- |
0.4 | 483 |
| B |
3.7 |
3.3 |
0.8 |
7.0 |
80.2* |
4.1* |
-- |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
8.3* |
66.7* |
2.8* |
8.3* |
-- |
8.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
1.0 |
5.0* |
5.0* |
25.0 |
58.0* |
3.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- | 100 |
| E |
9.3 |
-- |
1.5 |
3.4* |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
1.0* |
23.4 |
1.5 |
-- |
-- |
58.0* |
-- |
1.0 | 205 |
| M |
2.2* |
3.3* |
15.2* |
65.9* |
2.5 |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
5.8 | 276 |
| |
| Base Pair (951:966)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.6* |
26.5* |
43.0* |
20.5* |
2.6 |
1.5 |
-- |
0.1 |
-- |
0.7 |
0.1 |
-- |
0.6 |
0.3 |
0.1 |
1.3 |
2.1 | 859 |
| 3 |
0.2 |
44.1* |
46.6* |
1.9 |
2.1* |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
0.8 |
0.6 |
-- |
-- |
0.4 | 483 |
| B |
-- |
75.6* |
20.2* |
0.4* |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
2.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
2.8 |
22.2* |
13.9* |
16.7 |
25.0* |
13.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
1.0 |
6.0* |
77.0* |
3.0 |
11.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- | 100 |
| E |
-- |
10.7* |
83.4* |
1.0* |
0.5 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
1.5 |
-- |
-- |
1.0 | 205 |
| M |
1.1* |
3.3* |
24.3* |
59.4* |
0.4 |
0.7 |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
3.3 |
5.8 | 276 |
| |
| Base Pair (952:965)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
47.1* |
5.8* |
23.3* |
16.9* |
0.3 |
1.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.7 |
1.0 |
-- |
0.7 |
2.4 | 862 |
| 3 |
50.4* |
7.8* |
36.8* |
1.0* |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.8 |
-- |
0.6 |
0.8 | 486 |
| B |
98.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
16.7* |
72.2* |
-- |
11.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
80.0* |
8.0* |
8.0* |
4.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
5.8* |
86.5* |
0.5* |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
1.4 |
2.0 | 207 |
| M |
29.3* |
1.4* |
5.1* |
49.6* |
1.1 |
2.2 |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.7 |
1.8 |
-- |
1.1 |
6.2 | 276 |
| |
| Base Pair (953:964)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
36.4* |
3.6 |
2.0 |
9.2* |
15.1 |
20.6* |
-- |
10.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
2.1 | 863 |
| 3 |
27.7* |
3.7 |
1.4 |
1.2* |
12.5 |
36.3* |
-- |
16.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 | 487 |
| B |
51.0* |
-- |
-- |
0.8* |
15.2 |
-- |
-- |
32.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- | 243 |
| A |
22.2 |
11.1* |
-- |
-- |
63.9* |
-- |
-- |
2.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
20.0 |
4.0* |
2.0* |
5.0 |
66.0* |
-- |
-- |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 100 |
| E |
1.4* |
6.7 |
3.4 |
1.9* |
0.5 |
85.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 208 |
| M |
57.6* |
3.3* |
2.9* |
24.6* |
1.1 |
0.4 |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
5.8 | 276 |
| |
| Base Pair (954:963)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
10.1 |
3.1* |
20.7* |
12.3 |
48.1* |
-- |
-- |
2.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
2.9 | 863 |
| 3 |
4.7 |
5.1* |
36.3* |
2.3 |
50.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 487 |
| B |
0.8 |
2.1* |
-- |
3.7 |
93.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 242 |
| A |
52.8* |
-- |
-- |
5.6* |
41.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
2.0* |
-- |
2.0 |
96.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
1.0 |
9.6* |
84.7* |
-- |
3.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 209 |
| M |
23.2* |
-- |
0.7* |
33.7* |
25.7 |
-- |
-- |
8.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.3 | 276 |
| |
| Base Pair (955:962)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
65.9* |
6.4 |
10.8 |
0.9* |
0.1 |
12.3* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.5 |
3.0 | 864 |
| 3 |
57.0* |
4.7 |
16.6 |
1.0* |
0.2 |
19.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.6 | 488 |
| B |
21.0* |
4.9 |
31.7 |
2.1* |
0.4 |
39.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- | 243 |
| A |
63.9* |
30.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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5.6 | 36 |
| C |
88.0* |
5.0* |
3.0* |
3.0* |
-- |
1.0 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- | 100 |
| E |
97.6* |
-- |
1.9* |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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0.5 | 209 |
| M |
73.6* |
9.8* |
3.3* |
-- |
-- |
3.3 |
-- |
0.4 |
-- |
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1.4 |
8.3 | 276 |
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