23S rRNA Model Base Pair Collective Scoring Data for Helical Element 1

Base Pair (1:2902)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 22 22 9 0.41 0.64 0.86 1.50 0.86 0.94 -0.54 -0.28 0.11 0.21 327
3 14 10 3 0.25 0.61 0.90 1.50 0.90 0.95 -0.19 -0.23 0.04 0.27 246
B 11 10 3 0.29 0.67 0.92 1.58 0.92 0.96 0.63 0.73 0.05 0.49 173
A 3 0 0 0.00 0.43 0.64 1.06 0.55 0.73 -0.71 -0.97 0.05 0.27 33
C 2 3 1 0.40 0.64 0.77 1.40 0.77 0.94 -0.53 0.68 0.78 0.17 47
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.35 -0.29 0.05 0.00 40
M 6 9 5 0.67 0.58 0.71 1.29 0.71 0.86 -0.64 -0.71 0.02 0.09 34
 
Base Pair (2:2901)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 25 23 8 0.33 0.76 0.88 1.65 0.88 0.92 -0.70 -0.50 0.08 0.23 326
3 13 13 4 0.31 0.80 0.92 1.73 0.92 0.95 -0.43 -0.33 0.03 0.29 246
B 10 11 4 0.38 0.82 0.94 1.75 0.94 0.96 0.52 0.80 0.01 0.53 173
A 2 2 0 0.00 0.67 0.85 1.51 0.77 0.77 -0.42 -0.80 0.00 0.32 33
C 3 3 0 0.00 0.60 0.76 1.36 0.76 0.80 -0.68 0.51 0.61 0.24 46
E 1 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.39 -0.29 0.04 0.00 40
M 9 7 4 0.50 0.60 0.71 1.31 0.71 0.79 -0.88 -0.77 0.02 0.09 34
 
Base Pair (3:2900)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 16 20 13 0.72 0.53 0.80 1.33 0.80 0.90 -0.39 -0.44 0.01 0.24 325
3 11 12 6 0.52 0.58 0.85 1.44 0.85 0.88 -0.40 -0.38 0.02 0.29 247
B 7 10 5 0.59 0.43 0.83 1.26 0.87 0.90 0.38 0.63 0.01 0.52 173
A 4 2 1 0.33 0.83 0.94 1.77 0.69 0.69 -0.65 -0.81 0.07 0.39 33
C 1 2 0 0.00 0.14 0.00 0.14 0.50 0.98 1.65 0.40 0.02 0.41 44
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.33 -0.29 0.05 0.00 41
M 4 6 7 1.00 0.75 0.89 1.64 0.89 0.89 -0.52 -0.49 0.02 0.09 34
 
Base Pair (4:2899)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 30 28 18 0.62 0.78 0.87 1.65 0.87 0.89 -0.41 -0.49 0.02 0.25 325
3 18 19 13 0.70 0.92 0.96 1.88 0.96 0.97 -0.36 -0.37 0.02 0.31 247
B 12 15 10 0.74 0.93 0.96 1.90 0.96 0.98 0.61 0.77 0.01 0.53 173
A 6 4 3 0.60 0.93 0.95 1.88 0.95 0.95 -0.51 -0.81 0.15 0.51 33
C 5 4 1 0.22 0.12 0.00 0.12 0.52 0.55 1.09 0.76 0.00 0.43 44
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.47 -0.35 0.05 0.00 41
M 7 5 4 0.67 0.67 0.79 1.45 0.79 0.86 -0.78 -0.68 0.02 0.09 34
 
Base Pair (5:2898)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 20 15 9 0.51 0.80 0.97 1.76 0.97 0.98 0.18 0.27 0.02 0.26 326
3 10 6 3 0.38 0.89 0.98 1.87 0.98 0.99 0.26 0.30 0.03 0.32 248
B 3 1 0 0.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.66 1.95 0.01 0.53 174
A 5 5 3 0.60 0.80 0.93 1.73 0.93 0.93 -0.12 -0.33 0.02 0.66 33
C 2 2 1 0.50 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.70 1.72 0.00 0.43 44
E 2 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 -0.48 -0.49 0.06 0.00 41
M 8 7 5 0.67 0.60 0.78 1.38 0.78 0.89 -0.80 -0.71 0.01 0.09 34
 
Base Pair (6:2897)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 16 13 11 0.76 0.80 0.96 1.76 0.96 0.97 0.26 0.22 0.02 0.26 326
3 7 6 3 0.46 0.87 0.98 1.85 0.98 0.98 0.36 0.28 0.03 0.32 248
B 2 2 1 0.50 0.50 0.99 1.49 0.99 1.00 1.85 1.91 0.01 0.53 174
A 3 4 2 0.57 0.71 0.93 1.64 0.93 0.93 0.40 0.15 0.00 0.68 33
C 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.74 1.76 0.00 0.43 44
E 2 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.55 -0.45 0.05 0.00 41
M 8 6 7 1.00 0.65 0.78 1.43 0.78 0.78 -0.64 -0.47 0.01 0.09 34
 
Base Pair (7:2896)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 20 16 10 0.56 0.83 0.95 1.78 0.95 0.96 -0.02 -0.04 0.01 0.27 329
3 10 7 4 0.47 0.81 0.98 1.78 0.98 0.99 0.33 0.33 0.01 0.33 251
B 5 4 4 0.89 0.88 0.99 1.87 0.99 0.99 1.64 1.66 0.01 0.54 177
A 2 3 0 0.00 0.82 0.90 1.72 0.90 0.97 0.69 -0.01 0.07 0.73 33
C 2 4 1 0.33 0.64 0.89 1.53 0.89 0.89 1.14 0.82 0.00 0.43 44
E 3 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.66 -0.45 0.03 0.00 41
M 8 5 5 0.77 0.64 0.81 1.46 0.81 0.89 -0.78 -0.62 0.01 0.09 34
 
Base Pair (8:2895)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 31 29 7 0.23 0.57 0.73 1.30 0.73 0.92 -0.23 -0.26 0.00 0.27 329
3 22 21 5 0.23 0.62 0.75 1.37 0.75 0.99 -0.14 -0.16 0.01 0.33 251
B 11 13 3 0.25 0.57 0.72 1.29 0.72 0.99 0.77 0.73 0.00 0.54 177
A 5 8 2 0.31 0.90 0.93 1.82 0.93 0.96 0.10 -0.30 0.07 0.68 33
C 4 4 1 0.25 0.26 0.68 0.94 0.68 0.70 0.57 1.32 0.00 0.43 44
E 6 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 -0.91 -0.43 0.01 0.00 41
M 5 4 1 0.22 0.47 0.67 1.14 0.67 0.74 -0.74 -0.53 0.02 0.09 34
 
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