23S rRNA Model Base Pair Collective Scoring Data for Helical Element 1030

Base Pair (1030:1124)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 23 27 19 0.76 0.95 0.98 1.93 0.98 0.99 -0.43 -0.47 0.01 0.59 850
3 16 18 15 0.88 0.99 0.99 1.98 0.99 1.00 0.39 0.38 0.00 0.75 474
B 8 9 8 0.94 0.99 1.00 1.98 1.00 1.00 0.93 0.87 0.00 0.74 241
A 3 3 2 0.67 0.86 0.97 1.83 0.97 1.00 1.03 1.19 0.02 0.88 37
C 2 2 1 0.50 0.20 0.00 0.20 0.96 0.99 1.86 1.73 0.00 0.97 100
E 5 6 5 0.91 0.98 0.99 1.98 0.99 0.99 0.68 0.79 0.00 0.74 196
M 5 7 3 0.50 0.69 0.89 1.58 0.89 0.91 -0.53 -0.56 0.01 0.15 276
 
Base Pair (1031:1123)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 16 15 13 0.84 0.86 0.99 1.85 0.99 0.99 0.34 0.33 0.00 0.59 851
3 6 6 4 0.67 0.82 0.99 1.81 0.99 1.00 1.67 1.66 0.00 0.75 475
B 2 2 1 0.50 0.78 0.99 1.77 0.99 1.00 1.79 1.75 0.00 0.74 241
A 3 3 2 0.67 0.83 0.97 1.81 0.97 0.97 0.98 1.30 0.02 0.88 37
C 2 1 1 0.67 0.50 0.99 1.49 0.99 0.99 1.84 1.92 0.00 0.97 100
E 1 1 1 1.00 0.86 0.99 1.85 0.99 0.99 1.74 1.68 0.00 0.74 197
M 8 8 8 1.00 0.95 0.98 1.93 0.98 1.00 -0.53 -0.56 0.01 0.15 276
 
Base Pair (1032:1122)   (Tertiary) Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 17 21 8 0.42 0.77 0.89 1.66 0.38 0.41 -0.30 -0.34 0.01 0.59 849
3 10 10 4 0.40 0.85 0.92 1.77 0.45 0.49 0.69 0.79 0.01 0.75 473
B 4 3 0 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.03 1.75 1.82 0.00 0.73 239
A 1 2 0 0.00 0.61 0.86 1.47 0.63 0.86 0.58 0.79 0.05 0.85 37
C 0 3 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 2.00 1.63 0.00 0.97 100
E 5 5 4 0.80 0.77 0.98 1.75 0.97 0.99 1.54 1.50 0.00 0.74 197
M 7 8 4 0.53 0.32 0.49 0.81 0.49 0.49 -0.57 -0.65 0.01 0.14 276
 
Base Pair (1034:1121)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 14 16 11 0.73 0.61 0.98 1.59 0.98 0.98 0.39 0.35 0.00 0.59 848
3 3 4 1 0.29 0.50 0.99 1.49 0.99 0.99 1.82 1.80 0.00 0.75 472
B 1 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.98 0.99 1.96 1.90 0.00 0.73 239
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 1.77 2.00 0.02 0.88 37
C 1 2 1 0.67 0.50 0.99 1.49 0.98 0.98 1.92 1.84 0.00 0.97 100
E 2 3 1 0.40 0.75 0.99 1.74 0.99 0.99 1.74 1.68 0.00 0.74 196
M 10 10 9 0.90 0.73 0.87 1.60 0.87 0.94 -0.58 -0.63 0.01 0.15 276
 
Base Pair (1035:1120)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 9 13 5 0.46 0.23 0.96 1.19 0.04 0.99 0.49 0.39 0.00 0.60 858
3 0 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.99 1.93 1.89 0.00 0.76 482
B 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.73 239
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.77 2.00 0.02 0.88 37
C 0 2 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.99 2.00 1.84 0.00 0.97 100
E 0 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.98 1.90 1.76 0.00 0.78 206
M 9 10 5 0.53 0.31 0.62 0.93 0.42 0.92 -0.54 -0.64 0.01 0.15 276
 
Base Pair (1036:1119)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 30 34 15 0.47 0.67 0.82 1.49 0.47 0.95 -0.47 -0.55 0.00 0.60 854
3 13 20 6 0.36 0.74 0.85 1.59 0.51 0.97 0.57 0.29 0.00 0.76 478
B 8 12 2 0.20 0.19 0.00 0.19 0.16 0.98 1.58 1.29 0.00 0.72 236
A 2 2 2 1.00 0.75 0.97 1.72 0.97 0.97 1.17 1.34 0.02 0.88 37
C 5 2 1 0.29 0.06 0.00 0.06 0.15 0.99 1.42 1.81 0.00 0.97 100
E 3 6 2 0.44 0.17 0.00 0.17 0.83 0.96 1.56 1.13 0.00 0.78 205
M 12 12 8 0.67 0.53 0.69 1.22 0.69 0.75 -0.64 -0.65 0.01 0.15 276
 
Base Pair (1037:1118)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 42 38 26 0.65 0.63 0.76 1.39 0.76 0.98 -0.45 -0.49 0.00 0.60 858
3 27 24 12 0.47 0.53 0.73 1.26 0.73 0.98 0.66 0.41 0.00 0.76 482
B 14 14 8 0.57 0.94 0.98 1.92 0.98 0.99 0.84 0.78 0.00 0.74 240
A 4 3 3 0.86 0.89 0.94 1.83 0.94 1.00 1.00 1.01 0.00 0.88 36
C 10 8 8 0.89 0.57 0.87 1.44 0.87 1.00 0.98 1.23 0.00 0.97 100
E 9 7 1 0.12 0.07 0.00 0.07 0.41 0.98 1.03 1.03 0.00 0.78 206
M 5 6 6 1.00 0.61 0.81 1.42 0.81 0.90 -0.57 -0.57 0.01 0.15 276
 
Base Pair (1038:1117)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 45 50 32 0.67 0.85 0.93 1.78 0.93 0.97 -0.49 -0.51 0.00 0.60 858
3 26 29 19 0.69 0.89 0.95 1.83 0.95 0.97 0.47 0.44 0.00 0.76 482
B 15 18 11 0.67 0.86 0.93 1.79 0.93 0.95 0.49 0.48 0.00 0.73 240
A 3 3 3 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.24 1.25 0.00 0.88 36
C 12 13 7 0.56 0.62 0.91 1.53 0.90 0.98 1.05 0.98 0.00 0.97 100
E 8 8 5 0.62 0.86 0.97 1.83 0.97 0.98 0.99 1.02 0.00 0.78 206
M 7 8 6 0.80 0.73 0.83 1.57 0.83 0.92 -0.62 -0.63 0.00 0.15 276
 
Base Pair (1039:1116)   (Tertiary) Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 34 34 20 0.59 0.66 0.78 1.44 0.78 0.88 -0.65 -0.70 0.00 0.60 856
3 21 22 12 0.56 0.62 0.78 1.40 0.78 0.88 0.25 0.09 0.00 0.76 480
B 11 14 4 0.32 0.41 0.60 1.00 0.60 0.78 0.91 0.47 0.00 0.74 241
A 7 5 5 0.83 0.76 0.83 1.59 0.83 0.94 0.14 -0.12 0.02 0.88 36
C 6 3 1 0.22 0.14 0.00 0.14 0.81 0.94 1.15 1.52 0.00 0.97 100
E 3 3 3 1.00 0.78 0.99 1.77 0.99 0.99 1.60 1.66 0.00 0.77 203
M 7 9 7 0.88 0.58 0.73 1.31 0.71 0.73 -0.60 -0.60 0.00 0.15 276
 
Base Pair (1040:1115)   (Tertiary) Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 44 37 26 0.64 0.64 0.80 1.44 0.80 0.82 -0.66 -0.63 0.00 0.60 858
3 25 23 13 0.54 0.45 0.74 1.19 0.77 0.80 0.30 0.42 0.00 0.76 482
B 15 15 7 0.47 0.58 0.77 1.35 0.70 0.73 0.39 0.39 0.00 0.74 241
A 3 2 1 0.40 0.86 0.92 1.77 0.92 1.00 0.22 0.08 0.02 0.88 36
C 9 7 7 0.88 0.76 0.91 1.67 0.91 0.92 0.87 0.70 0.00 0.97 100
E 7 6 5 0.77 0.43 0.81 1.25 0.81 0.84 0.72 1.06 0.00 0.78 205
M 10 7 6 0.71 0.79 0.87 1.66 0.87 0.91 -0.62 -0.62 0.01 0.15 276
 
Base Pair (1041:1114)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 32 28 18 0.60 0.50 0.67 1.17 0.60 0.99 -0.61 -0.47 0.00 0.60 859
3 19 16 11 0.63 0.51 0.70 1.21 0.70 1.00 0.40 0.54 0.00 0.76 483
B 15 10 6 0.48 0.55 0.77 1.32 0.47 1.00 0.63 0.61 0.00 0.74 241
A 1 2 1 0.67 0.10 0.00 0.10 0.53 1.00 1.69 0.75 0.00 0.88 36
C 3 3 1 0.33 0.14 0.00 0.14 0.06 0.99 1.78 1.63 0.00 0.97 100
E 3 4 4 1.00 0.99 0.99 1.99 0.99 1.00 0.92 0.88 0.00 0.78 206
M 10 9 6 0.63 0.68 0.79 1.47 0.79 0.89 -0.59 -0.64 0.01 0.15 276
 
Base Pair (1042:1113)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 36 35 21 0.59 0.54 0.71 1.25 0.71 0.98 -0.58 -0.43 0.00 0.60 859
3 23 22 12 0.53 0.40 0.66 1.07 0.66 1.00 0.29 0.89 0.00 0.77 483
B 14 15 7 0.48 0.48 0.81 1.30 0.36 1.00 0.69 0.92 0.00 0.74 241
A 4 4 4 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.10 1.11 0.00 0.88 36
C 4 3 1 0.29 0.40 0.91 1.31 0.91 0.98 1.53 1.44 0.00 0.97 100
E 5 3 1 0.25 0.72 0.97 1.69 0.97 0.99 1.26 1.48 0.00 0.78 206
M 9 10 8 0.84 0.66 0.74 1.40 0.74 0.87 -0.63 -0.68 0.01 0.15 276
 
Base Pair (1043:1112)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 12 10 5 0.46 0.93 0.97 1.91 0.97 0.99 -0.15 -0.13 0.01 0.60 858
3 0 0 0 0.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 0.97 1.00 0.00 0.76 482
B 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.74 241
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.88 36
C 3 2 1 0.40 0.43 0.96 1.39 0.96 0.98 1.57 1.81 0.00 0.97 100
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 1.90 1.95 0.00 0.77 205
M 9 8 4 0.47 0.60 0.74 1.34 0.74 0.87 -0.57 -0.64 0.01 0.15 276
 
Base Pair (1051:1108)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 24 17 6 0.29 0.68 0.81 1.49 0.81 0.98 -0.20 -0.14 0.01 0.66 858
3 15 4 2 0.21 0.58 0.78 1.36 0.78 0.99 1.05 0.96 0.00 0.76 482
B 12 2 1 0.14 0.02 0.00 0.02 0.59 0.99 0.98 1.90 0.00 0.74 241
A 1 1 0 0.00 0.44 0.86 1.31 0.86 1.00 1.50 1.20 0.00 0.88 36
C 2 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.85 0.99 1.37 1.74 0.02 0.95 100
E 2 1 1 0.67 0.33 0.99 1.32 0.99 0.99 1.80 1.90 0.00 0.78 205
M 7 12 4 0.42 0.82 0.89 1.71 0.89 0.91 -0.85 -0.83 0.03 0.36 276
 
Base Pair (1052:1107)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 26 30 24 0.86 0.85 0.96 1.81 0.96 0.96 0.21 0.18 0.01 0.66 854
3 10 11 11 1.00 0.98 1.00 1.98 1.00 1.00 1.41 1.41 0.00 0.76 478
B 6 6 6 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.45 1.47 0.00 0.73 237
A 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.50 1.51 0.00 0.88 36
C 3 3 3 1.00 0.28 0.87 1.15 0.87 0.87 1.71 1.32 0.00 0.97 100
E 3 4 4 1.00 0.97 0.99 1.96 0.99 0.99 1.34 1.32 0.00 0.78 205
M 13 16 10 0.69 0.73 0.89 1.63 0.89 0.90 -0.70 -0.73 0.03 0.36 276
 
Base Pair (1053:1106)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 32 33 28 0.86 0.96 0.98 1.94 0.98 0.98 -0.58 -0.53 0.01 0.66 859
3 18 19 17 0.92 0.99 0.99 1.98 0.99 1.00 0.21 0.23 0.00 0.77 483
B 12 12 10 0.83 0.99 1.00 1.98 1.00 1.00 0.98 1.00 0.00 0.74 241
A 3 3 3 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 0.73 0.75 0.00 0.88 36
C 3 3 3 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.71 1.71 0.00 0.97 100
E 3 4 4 1.00 0.95 0.99 1.94 0.99 0.99 0.98 1.01 0.00 0.78 206
M 11 11 8 0.73 0.79 0.88 1.67 0.88 0.90 -0.89 -0.94 0.03 0.36 276
 
Base Pair (1054:1105)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 13 16 6 0.41 0.96 0.98 1.94 0.98 0.99 -0.23 -0.18 0.01 0.66 859
3 2 4 2 0.67 0.99 1.00 1.99 1.00 1.00 0.91 0.91 0.00 0.77 483
B 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.67 1.68 0.00 0.74 241
A 0 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.97 1.00 2.00 1.82 0.00 0.88 36
C 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.97 100
E 1 2 1 0.67 0.83 0.99 1.83 0.99 1.00 1.79 1.74 0.00 0.78 206
M 10 12 4 0.36 0.82 0.90 1.73 0.90 0.91 -0.85 -0.86 0.04 0.35 276
 
Base Pair (1055:1104)   (Tertiary) Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 15 17 7 0.44 0.69 0.96 1.65 0.90 0.96 0.34 0.37 0.01 0.66 857
3 2 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.99 0.99 1.89 1.98 0.00 0.76 482
B 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.74 241
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.88 36
C 3 2 2 0.80 0.60 0.98 1.58 0.98 0.98 1.67 1.81 0.00 0.97 100
E 2 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.98 0.98 1.77 1.95 0.00 0.77 205
M 10 15 5 0.40 0.66 0.79 1.45 0.43 0.83 -0.81 -0.94 0.04 0.35 275
 
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