23S rRNA Model Base Pair Collective Scoring Data for Helical Element 1196

Base Pair (1196:1250)   (Tertiary) Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 37 34 19 0.54 0.71 0.93 1.64 0.93 0.94 1.03 0.99 0.00 0.82 864
3 6 5 2 0.36 0.65 0.98 1.62 0.98 0.99 1.58 1.66 0.00 0.77 488
B 2 2 1 0.50 0.25 0.99 1.24 0.99 0.99 1.94 1.90 0.00 0.82 266
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.90 37
C 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.97 100
E 4 3 1 0.29 0.70 0.96 1.66 0.96 0.98 1.19 1.37 0.00 0.70 185
M 31 29 17 0.57 0.72 0.83 1.54 0.83 0.85 0.35 0.34 0.00 0.85 276
 
Base Pair (1198:1247)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 41 30 20 0.56 0.50 0.85 1.35 0.85 0.86 0.74 1.11 0.00 0.82 870
3 11 9 10 1.00 0.94 0.99 1.93 0.99 1.00 1.24 1.22 0.00 0.78 494
B 2 1 1 0.67 0.33 0.99 1.33 0.99 0.99 1.93 1.93 0.00 0.82 266
A 2 2 2 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.04 1.04 0.00 0.90 37
C 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.97 100
E 7 6 7 1.00 0.96 0.98 1.94 0.98 1.00 0.85 0.85 0.00 0.72 191
M 30 21 10 0.39 0.05 0.00 0.05 0.55 0.55 0.48 0.96 0.00 0.85 276
 
Base Pair (1199:1246)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 54 56 38 0.69 0.61 0.84 1.45 0.79 0.93 0.35 0.40 0.00 0.82 869
3 29 29 21 0.72 0.72 0.87 1.59 0.75 0.98 0.39 0.31 0.00 0.78 493
B 8 8 6 0.75 0.98 1.00 1.97 1.00 1.00 1.22 1.20 0.00 0.82 266
A 6 5 4 0.73 0.61 0.76 1.36 0.70 0.84 0.19 0.17 0.00 0.90 37
C 1 2 1 0.67 0.67 0.99 1.66 0.99 1.00 1.84 1.78 0.00 0.97 100
E 15 16 11 0.71 0.44 0.76 1.21 0.42 0.99 0.82 0.41 0.00 0.72 190
M 24 25 16 0.65 0.49 0.78 1.28 0.78 0.80 0.34 0.38 0.03 0.82 276
 
Base Pair (1200:1245)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 40 44 36 0.86 0.84 0.94 1.78 0.94 0.99 0.52 0.43 0.00 0.82 871
3 17 19 15 0.83 0.85 0.92 1.77 0.92 0.99 0.68 0.51 0.00 0.78 495
B 8 9 8 0.94 0.91 0.98 1.89 0.98 0.98 1.20 1.23 0.00 0.82 266
A 1 1 1 1.00 0.94 0.97 1.91 0.97 1.00 1.00 0.86 0.00 0.90 37
C 2 2 2 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.78 1.78 0.00 0.97 100
E 8 9 6 0.71 0.45 0.83 1.28 0.83 0.99 1.19 0.86 0.00 0.73 192
M 21 23 19 0.86 0.81 0.95 1.76 0.95 0.98 0.57 0.58 0.00 0.85 276
 
Base Pair (1201:1244)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 68 67 51 0.76 0.88 0.94 1.82 0.94 0.98 0.30 0.30 0.00 0.82 868
3 38 38 28 0.74 0.85 0.93 1.79 0.93 0.98 0.32 0.33 0.00 0.78 492
B 19 18 14 0.76 0.86 0.97 1.82 0.97 0.99 1.13 1.07 0.00 0.82 266
A 5 5 5 1.00 0.83 0.89 1.72 0.89 0.95 0.39 0.20 0.00 0.90 37
C 10 9 7 0.74 0.83 0.94 1.77 0.94 1.00 1.06 1.12 0.00 0.97 100
E 14 15 9 0.62 0.85 0.89 1.74 0.89 0.98 -0.07 0.01 0.00 0.71 189
M 20 20 16 0.80 0.84 0.94 1.78 0.94 0.95 0.35 0.34 0.00 0.85 276
 
Base Pair (1202:1243)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 52 54 44 0.83 0.92 0.96 1.88 0.96 0.99 0.45 0.45 0.00 0.82 870
3 22 25 16 0.68 0.88 0.95 1.83 0.95 1.00 0.66 0.63 0.00 0.78 494
B 16 16 9 0.56 0.91 0.95 1.86 0.95 1.00 0.52 0.49 0.00 0.81 265
A 2 3 2 0.80 0.46 0.81 1.27 0.81 1.00 1.21 0.85 0.00 0.90 37
C 8 8 6 0.75 0.94 0.99 1.93 0.99 0.99 1.16 1.19 0.00 0.97 100
E 4 6 5 1.00 0.81 0.98 1.80 0.98 1.00 1.43 1.43 0.00 0.72 192
M 22 21 22 1.00 0.79 0.94 1.73 0.94 0.95 0.56 0.65 0.00 0.85 276
 
Base Pair (1203:1242)   (Tertiary) Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 54 60 36 0.63 0.69 0.79 1.48 0.79 0.82 0.07 -0.07 0.00 0.81 870
3 34 37 24 0.68 0.65 0.76 1.42 0.76 0.78 0.17 0.26 0.00 0.78 494
B 14 17 11 0.71 0.16 0.00 0.16 0.61 0.61 0.59 0.66 0.00 0.81 266
A 7 7 4 0.57 0.76 0.84 1.60 0.84 0.97 0.08 0.15 0.00 0.90 37
C 10 13 7 0.61 0.63 0.84 1.47 0.84 0.91 0.80 0.68 0.00 0.97 100
E 13 13 9 0.69 0.87 0.96 1.83 0.96 0.97 0.83 0.86 0.00 0.72 191
M 10 10 5 0.50 0.24 0.81 1.05 0.81 0.83 0.76 0.59 0.01 0.80 276
 
Base Pair (1204:1241)   (Tertiary) Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 47 51 16 0.33 0.48 0.60 1.08 0.48 0.73 -0.37 -0.57 0.03 0.63 868
3 19 32 10 0.39 0.55 0.72 1.27 0.37 0.76 0.33 0.15 0.00 0.78 492
B 16 14 7 0.47 0.58 0.72 1.30 0.49 0.61 0.25 0.21 0.00 0.80 263
A 2 4 0 0.00 0.32 0.65 0.96 0.41 0.89 1.04 0.26 0.00 0.90 37
C 11 14 5 0.40 0.22 0.62 0.84 0.62 0.65 0.58 0.74 0.00 0.97 100
E 1 14 3 0.40 0.07 0.00 0.07 0.21 0.93 1.44 0.85 0.00 0.72 192
M 17 5 1 0.09 0.54 0.68 1.22 0.68 0.70 -0.70 -0.83 0.23 0.38 276
 
Base Pair (1206:1240)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 54 48 16 0.31 0.40 0.53 0.93 0.54 0.83 -0.73 -0.73 0.00 0.61 870
3 40 36 14 0.37 0.35 0.50 0.85 0.51 0.82 0.17 0.26 0.00 0.78 494
B 22 15 4 0.22 0.26 0.50 0.76 0.20 0.69 0.31 0.58 0.00 0.81 266
A 5 4 3 0.67 0.85 0.95 1.79 0.76 1.00 0.64 0.85 0.00 0.90 37
C 9 9 1 0.11 0.15 0.00 0.15 0.78 0.87 1.16 1.23 0.00 0.97 100
E 13 17 7 0.47 0.81 0.90 1.70 0.90 0.97 0.23 0.32 0.00 0.72 191
M 5 3 1 0.25 0.55 0.77 1.31 0.77 0.98 -0.56 -0.49 0.01 0.14 276
 
Base Pair (1207:1239)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 40 32 17 0.47 0.59 0.78 1.36 0.78 0.84 -0.67 -0.54 0.00 0.61 869
3 23 18 9 0.44 0.73 0.91 1.64 0.91 0.95 0.78 0.74 0.00 0.78 493
B 16 16 9 0.56 0.80 0.88 1.68 0.88 0.96 0.45 0.44 0.00 0.81 265
A 0 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.97 1.00 2.00 1.82 0.00 0.90 37
C 10 8 2 0.22 0.26 0.49 0.75 0.46 0.53 0.31 0.69 0.00 0.97 100
E 7 1 0 0.00 0.22 0.96 1.19 0.96 0.96 1.77 1.68 0.00 0.72 191
M 7 6 6 0.92 0.61 0.84 1.45 0.84 0.95 -0.52 -0.53 0.00 0.14 276
 
Base Pair (1208:1238)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 33 30 13 0.41 0.76 0.87 1.63 0.87 0.91 -0.56 -0.54 0.00 0.61 870
3 24 22 9 0.39 0.88 0.95 1.83 0.95 0.98 0.54 0.58 0.00 0.78 494
B 14 10 4 0.33 0.75 0.95 1.70 0.95 0.99 1.04 1.17 0.00 0.82 266
A 4 4 4 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.13 1.13 0.00 0.90 37
C 3 2 0 0.00 0.62 0.97 1.59 0.97 0.97 1.55 1.63 0.00 0.97 100
E 6 8 1 0.14 0.91 0.95 1.85 0.95 0.96 0.50 0.53 0.00 0.72 191
M 6 6 4 0.67 0.56 0.70 1.26 0.70 0.95 -0.56 -0.55 0.00 0.13 276
 
Base Pair (1215:1234)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 12 4 1 0.12 0.55 0.96 1.51 0.03 0.94 0.25 0.36 0.00 0.61 871
3 3 1 0 0.00 0.74 0.98 1.72 0.01 0.93 1.56 1.64 0.00 0.78 495
B 1 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.93 2.00 0.00 0.82 266
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.90 37
C 3 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.98 1.72 2.00 0.00 0.97 100
E 2 1 0 0.00 0.78 0.96 1.74 0.02 0.83 1.19 1.31 0.00 0.73 192
M 6 3 1 0.22 0.31 0.72 1.04 0.33 0.93 -0.52 -0.41 0.00 0.13 276
 
Base Pair (1216:1233)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 40 37 30 0.78 0.86 0.92 1.79 0.92 0.99 -0.61 -0.57 0.00 0.61 870
3 23 21 15 0.68 0.84 0.92 1.76 0.92 0.99 0.43 0.53 0.00 0.78 494
B 11 11 6 0.55 0.71 0.87 1.58 0.87 1.00 0.57 0.77 0.00 0.82 266
A 2 2 1 0.50 0.71 0.86 1.57 0.86 1.00 0.55 0.79 0.00 0.90 37
C 13 12 11 0.88 0.88 0.94 1.82 0.94 0.98 0.81 0.73 0.00 0.97 100
E 10 8 8 0.89 0.95 0.98 1.93 0.98 0.98 0.84 0.88 0.00 0.72 191
M 4 4 4 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 -0.56 -0.56 0.00 0.13 276
 
Base Pair (1217:1232)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 63 57 40 0.67 0.50 0.67 1.17 0.67 0.96 -0.71 -0.50 0.00 0.60 869
3 45 37 30 0.73 0.46 0.68 1.14 0.68 0.98 0.19 0.63 0.00 0.78 493
B 23 18 15 0.73 0.27 0.64 0.91 0.45 0.97 0.43 1.11 0.00 0.81 264
A 5 4 1 0.22 0.75 0.84 1.59 0.84 1.00 0.15 0.45 0.00 0.90 37
C 15 17 8 0.50 0.52 0.68 1.20 0.57 0.91 0.44 0.32 0.00 0.97 100
E 17 15 14 0.88 0.92 0.96 1.88 0.96 0.99 0.30 0.29 0.01 0.72 192
M 3 3 2 0.67 0.55 0.77 1.32 0.77 0.87 -0.45 -0.54 0.00 0.12 276
 
Base Pair (1218:1231)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 60 63 29 0.47 0.51 0.64 1.16 0.56 0.95 -0.75 -0.73 0.00 0.60 870
3 41 38 20 0.51 0.57 0.68 1.25 0.58 0.98 0.04 0.13 0.01 0.77 494
B 23 25 16 0.67 0.41 0.66 1.07 0.66 0.97 0.45 0.73 0.00 0.81 266
A 2 1 0 0.00 0.70 0.92 1.62 0.92 1.00 0.92 1.16 0.00 0.90 37
C 13 19 4 0.25 0.17 0.00 0.17 0.35 0.81 0.71 0.33 0.00 0.97 100
E 16 12 4 0.29 0.32 0.72 1.04 0.39 0.98 0.63 0.56 0.01 0.69 191
M 6 6 5 0.83 0.78 0.88 1.66 0.88 0.97 -0.52 -0.55 0.00 0.13 276
 
Base Pair (1219:1230)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 62 73 40 0.59 0.45 0.63 1.08 0.68 0.92 -0.70 -0.82 0.01 0.58 860
3 39 49 29 0.66 0.47 0.68 1.15 0.68 0.93 0.26 -0.01 0.01 0.74 484
B 27 29 22 0.79 0.54 0.68 1.22 0.68 0.96 0.17 0.21 0.00 0.81 266
A 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.82 1.82 0.00 0.90 37
C 14 16 4 0.27 0.51 0.64 1.14 0.64 0.89 0.28 0.35 0.01 0.96 100
E 11 19 6 0.40 0.33 0.63 0.96 0.62 0.87 0.54 -0.08 0.03 0.63 181
M 9 8 7 0.82 0.56 0.74 1.31 0.74 0.87 -0.53 -0.54 0.00 0.12 276
 
Base Pair (1220:1229)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 55 57 34 0.61 0.53 0.65 1.18 0.60 0.70 -0.72 -0.83 0.02 0.58 866
3 31 35 23 0.70 0.59 0.72 1.31 0.58 0.68 0.12 0.01 0.03 0.74 490
B 21 20 18 0.88 0.58 0.79 1.37 0.45 0.46 0.66 0.20 0.01 0.80 264
A 2 1 0 0.00 0.33 0.95 1.28 0.05 0.97 1.52 1.82 0.00 0.90 37
C 17 16 7 0.42 0.52 0.67 1.19 0.67 0.74 0.04 0.07 0.00 0.95 100
E 8 14 5 0.46 0.71 0.90 1.62 0.90 0.95 0.10 0.51 0.08 0.63 189
M 7 6 4 0.61 0.56 0.72 1.28 0.72 0.88 -0.56 -0.51 0.00 0.13 276
 
Base Pair (1221:1228)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 43 40 24 0.58 0.79 0.86 1.65 0.86 0.98 -0.75 -0.67 0.01 0.60 872
3 27 24 14 0.55 0.73 0.84 1.57 0.84 0.98 0.34 0.51 0.01 0.77 496
B 18 11 6 0.41 0.37 0.76 1.14 0.76 1.00 0.71 1.12 0.01 0.81 266
A 3 3 3 1.00 0.94 0.97 1.92 0.97 1.00 0.42 0.34 0.00 0.90 37
C 13 12 8 0.64 0.77 0.90 1.67 0.90 0.98 0.61 0.71 0.00 0.97 100
E 6 10 5 0.62 0.76 0.93 1.69 0.93 0.95 0.85 0.59 0.01 0.71 193
M 3 4 2 0.57 0.82 0.95 1.77 0.95 0.97 -0.47 -0.49 0.00 0.13 276
 
Base Pair (1222:1227)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 43 41 30 0.71 0.74 0.91 1.65 0.91 0.98 -0.37 -0.33 0.00 0.60 872
3 31 29 20 0.67 0.69 0.90 1.60 0.90 0.98 0.68 0.74 0.00 0.78 496
B 19 15 10 0.59 0.63 0.88 1.51 0.88 1.00 0.79 0.93 0.00 0.82 266
A 3 3 3 1.00 0.78 0.95 1.72 0.95 1.00 1.01 1.14 0.00 0.90 37
C 9 9 8 0.89 0.82 0.95 1.77 0.95 0.99 1.04 0.95 0.01 0.96 100
E 9 11 7 0.70 0.78 0.93 1.71 0.93 0.95 0.68 0.49 0.01 0.72 193
M 3 3 2 0.67 0.83 0.90 1.73 0.90 1.00 -0.55 -0.58 0.00 0.13 276
 
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