23S rRNA Model Base Pair Collective Scoring Data for Helical Element 1405

Base Pair (1405:1597)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 32 33 24 0.74 0.91 0.96 1.87 0.96 0.99 -0.36 -0.34 0.01 0.56 845
3 23 23 16 0.70 0.85 0.96 1.82 0.96 0.99 0.92 0.98 0.00 0.74 469
B 14 14 11 0.79 0.96 0.99 1.94 0.99 1.00 1.09 1.05 0.00 0.81 263
A 2 2 2 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.46 1.46 0.00 1.00 41
C 6 6 5 0.83 0.86 0.98 1.84 0.98 0.98 1.31 1.39 0.00 0.97 100
E 7 7 3 0.43 0.71 0.91 1.62 0.91 0.99 0.74 0.92 0.00 0.63 165
M 3 4 3 0.86 0.86 0.94 1.80 0.94 1.00 -0.32 -0.37 0.02 0.06 276
 
Base Pair (1406:1596)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 66 62 33 0.52 0.79 0.87 1.67 0.87 0.97 -0.81 -0.80 0.01 0.55 847
3 43 39 21 0.51 0.82 0.89 1.71 0.89 0.97 0.06 -0.06 0.02 0.73 471
B 23 22 7 0.31 0.69 0.85 1.54 0.85 0.96 0.32 0.14 0.03 0.78 264
A 6 6 5 0.83 0.75 0.83 1.58 0.83 1.00 0.20 0.11 0.00 1.00 41
C 22 19 11 0.54 0.66 0.81 1.47 0.81 0.98 0.16 0.34 0.01 0.96 100
E 14 11 9 0.72 0.94 0.96 1.90 0.96 0.98 -0.02 -0.04 0.00 0.63 166
M 1 4 1 0.40 0.57 0.83 1.41 0.83 0.89 -0.29 -0.33 0.01 0.06 276
 
Base Pair (1407:1595)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 57 58 43 0.75 0.84 0.90 1.74 0.90 0.97 -0.79 -0.83 0.01 0.56 847
3 41 40 31 0.77 0.83 0.91 1.74 0.91 0.98 0.29 0.19 0.00 0.75 471
B 21 21 15 0.71 0.83 0.89 1.72 0.89 0.98 0.17 0.08 0.00 0.81 264
A 6 6 6 1.00 0.93 0.98 1.91 0.98 1.00 0.79 0.82 0.00 1.00 41
C 13 14 9 0.67 0.76 0.87 1.63 0.87 0.97 0.15 0.37 0.01 0.96 100
E 14 13 10 0.74 0.64 0.92 1.56 0.92 0.96 1.06 1.02 0.00 0.63 166
M 3 4 3 0.86 0.86 0.93 1.79 0.93 0.93 -0.27 -0.33 0.02 0.05 276
 
Base Pair (1408:1594)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 55 52 30 0.56 0.84 0.88 1.72 0.88 0.96 -0.78 -0.85 0.00 0.55 847
3 42 40 24 0.58 0.85 0.90 1.75 0.90 0.98 0.20 0.04 0.01 0.74 471
B 29 27 16 0.57 0.67 0.82 1.49 0.86 0.97 0.29 0.17 0.01 0.80 264
A 4 4 4 1.00 0.95 0.98 1.93 0.98 0.98 0.34 0.31 0.00 1.00 41
C 8 7 2 0.27 0.65 0.89 1.53 0.89 0.95 0.78 0.58 0.00 0.95 100
E 9 9 4 0.44 0.80 0.95 1.75 0.95 0.98 0.74 0.91 0.00 0.63 166
M 5 5 4 0.80 0.43 0.69 1.12 0.69 0.77 -0.26 -0.31 0.01 0.04 276
 
Base Pair (1409:1593)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 50 59 34 0.62 0.40 0.58 0.98 0.64 0.70 -0.77 -0.86 0.03 0.54 846
3 40 42 28 0.68 0.45 0.57 1.02 0.59 0.65 -0.10 -0.07 0.04 0.71 470
B 30 27 19 0.67 0.62 0.76 1.38 0.76 0.86 0.33 0.16 0.00 0.81 264
A 6 6 6 1.00 0.94 0.98 1.92 0.98 1.00 0.45 0.40 0.00 1.00 41
C 6 12 5 0.56 0.79 0.94 1.73 0.94 1.00 0.92 0.84 0.00 0.97 100
E 4 9 3 0.46 0.11 0.00 0.11 0.17 0.17 0.33 0.28 0.11 0.55 165
M 4 5 1 0.22 0.50 0.69 1.19 0.69 0.77 -0.25 -0.33 0.02 0.04 276
 
Base Pair (1410:1592)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 68 73 44 0.62 0.76 0.84 1.60 0.84 0.89 -0.85 -0.83 0.02 0.55 847
3 50 50 35 0.70 0.79 0.87 1.66 0.87 0.92 -0.02 0.12 0.02 0.73 471
B 29 31 20 0.67 0.76 0.83 1.59 0.83 0.91 -0.23 0.06 0.04 0.77 264
A 7 7 7 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 0.29 0.29 0.00 1.00 41
C 15 17 8 0.50 0.79 0.88 1.67 0.88 0.91 0.30 0.31 0.00 0.97 100
E 14 12 8 0.61 0.67 0.90 1.57 0.90 0.91 0.65 0.90 0.00 0.63 166
M 3 6 1 0.22 0.50 0.77 1.27 0.77 0.85 -0.24 -0.33 0.02 0.04 276
 
Base Pair (1411:1591)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 59 65 36 0.58 0.65 0.82 1.47 0.82 0.89 -0.67 -0.70 0.02 0.54 847
3 41 43 25 0.59 0.66 0.82 1.48 0.82 0.89 0.09 0.23 0.03 0.72 471
B 25 29 16 0.59 0.67 0.83 1.50 0.83 0.86 -0.00 0.32 0.05 0.76 264
A 2 2 2 1.00 0.83 0.98 1.81 0.98 1.00 1.22 1.30 0.00 1.00 41
C 14 20 10 0.59 0.92 0.97 1.89 0.97 0.97 0.68 0.64 0.00 0.97 100
E 14 12 7 0.54 0.47 0.77 1.24 0.77 0.90 0.49 0.48 0.00 0.63 166
M 4 2 1 0.33 0.25 0.73 0.98 0.73 0.73 -0.26 -0.25 0.01 0.04 276
 
Base Pair (1412:1590)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 63 60 35 0.57 0.83 0.89 1.72 0.89 0.91 -0.80 -0.81 0.00 0.56 847
3 44 39 21 0.51 0.84 0.90 1.74 0.90 0.93 0.10 0.10 0.00 0.74 471
B 32 29 16 0.53 0.81 0.87 1.68 0.87 0.91 0.16 0.18 0.00 0.81 264
A 2 3 2 0.80 0.85 0.95 1.79 0.95 0.95 0.62 0.48 0.02 0.95 41
C 16 17 11 0.67 0.89 0.94 1.83 0.94 0.96 0.56 0.48 0.01 0.96 100
E 10 7 3 0.35 0.74 0.94 1.68 0.94 0.94 0.91 0.97 0.00 0.63 166
M 3 4 3 0.86 0.33 0.69 1.03 0.69 0.77 -0.26 -0.30 0.01 0.04 276
 
Base Pair (1413:1589)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 50 56 23 0.43 0.47 0.59 1.06 0.59 0.76 -0.72 -0.81 0.02 0.52 847
3 29 39 11 0.32 0.45 0.60 1.05 0.60 0.79 -0.01 0.04 0.03 0.69 471
B 19 26 9 0.40 0.49 0.72 1.21 0.72 0.77 0.01 0.28 0.06 0.75 264
A 2 0 1 1.00 0.33 0.94 1.27 0.94 0.94 0.30 0.56 0.00 0.76 41
C 17 13 9 0.60 0.88 0.93 1.81 0.93 0.98 0.34 0.27 0.00 0.97 100
E 8 13 1 0.10 0.04 0.00 0.04 0.35 0.80 0.91 0.27 0.00 0.61 166
M 4 4 3 0.75 0.38 0.55 0.92 0.36 0.46 -0.25 -0.25 0.00 0.04 276
 
Base Pair (1414:1588)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 46 55 24 0.47 0.51 0.59 1.10 0.59 0.71 -0.89 -0.92 0.00 0.51 857
3 28 40 19 0.56 0.54 0.64 1.18 0.64 0.77 -0.34 -0.23 0.02 0.69 481
B 15 25 12 0.60 0.45 0.61 1.05 0.61 0.81 -0.35 -0.04 0.04 0.74 264
A 1 1 2 1.00 1.00 1.00 2.00 0.07 0.07 0.30 0.30 0.00 0.76 41
C 14 12 3 0.23 0.63 0.87 1.50 0.87 0.98 0.80 0.61 0.00 0.97 100
E 12 14 5 0.39 0.72 0.80 1.51 0.80 0.84 -0.06 -0.20 0.01 0.63 176
M 4 3 2 0.57 0.60 0.75 1.35 0.38 0.38 -0.21 -0.20 0.00 0.03 276
 
Base Pair (1415:1587)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 41 22 7 0.22 0.22 0.36 0.58 0.40 0.63 -0.78 -0.93 0.04 0.47 857
3 26 17 6 0.28 0.23 0.39 0.62 0.37 0.64 -0.18 -0.35 0.00 0.67 481
B 16 10 4 0.31 0.24 0.52 0.76 0.30 0.70 -0.07 0.15 0.00 0.68 263
A 2 3 1 0.40 0.93 0.97 1.90 0.97 1.00 -0.17 -0.04 0.00 0.76 41
C 12 4 1 0.12 0.83 0.91 1.73 0.91 0.93 0.37 0.24 0.01 0.94 100
E 8 4 1 0.17 0.50 0.63 1.13 0.34 0.49 0.09 -0.06 0.00 0.63 177
M 3 1 0 0.00 0.75 0.86 1.61 0.86 0.86 -0.22 -0.18 0.01 0.02 276
 
Base Pair (1416:1582)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 42 48 25 0.56 0.55 0.70 1.24 0.70 0.82 -0.76 -0.93 0.02 0.50 857
3 27 32 17 0.58 0.48 0.66 1.14 0.66 0.79 -0.05 -0.46 0.03 0.67 481
B 16 19 14 0.80 0.49 0.79 1.29 0.79 1.00 0.36 -0.03 0.00 0.74 264
A 2 2 2 1.00 1.00 1.00 2.00 0.90 0.90 0.03 0.03 0.00 0.76 41
C 15 15 8 0.53 0.78 0.86 1.64 0.86 0.95 0.34 0.29 0.00 0.97 100
E 9 11 1 0.10 0.30 0.45 0.75 0.40 0.43 0.09 -0.42 0.07 0.57 176
M 0 1 0 0.00 0.50 0.75 1.25 0.75 0.75 -0.21 -0.14 0.01 0.01 276
 
Base Pair (1417:1581)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 38 41 20 0.51 0.37 0.67 1.04 0.66 0.77 -0.84 -0.70 0.02 0.50 857
3 19 23 10 0.48 0.34 0.70 1.04 0.65 0.77 -0.04 -0.02 0.03 0.67 481
B 9 7 6 0.75 0.47 0.92 1.39 0.92 1.00 0.66 0.96 0.00 0.74 264
A 4 3 3 0.86 0.43 0.87 1.30 0.87 0.90 0.13 0.03 0.00 0.76 41
C 16 17 10 0.61 0.53 0.70 1.23 0.70 0.74 0.29 0.26 0.01 0.96 100
E 6 13 1 0.10 0.13 0.00 0.13 0.16 0.37 0.50 -0.46 0.07 0.56 176
M 3 1 0 0.00 1.00 1.00 2.00 0.67 0.67 -0.20 -0.15 0.01 0.01 276
 
Base Pair (1420:1578)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 29 38 14 0.42 0.50 0.71 1.20 0.53 0.55 -0.83 -0.73 0.10 0.44 860
3 26 22 11 0.46 0.53 0.74 1.27 0.52 0.53 -0.18 -0.05 0.02 0.69 484
B 13 7 0 0.00 0.09 0.00 0.09 0.13 0.14 0.55 1.05 0.03 0.72 264
A 3 3 3 1.00 0.80 0.90 1.70 0.90 1.00 -0.02 -0.04 0.00 0.76 41
C 1 14 1 0.13 0.33 0.50 0.83 0.50 0.67 -0.50 0.60 0.85 0.12 100
E 10 12 8 0.73 0.95 0.98 1.93 0.98 0.98 0.11 0.15 0.01 0.65 179
M 2 2 2 1.00 0.88 0.93 1.80 0.93 0.93 -0.29 -0.31 0.00 0.04 276
 
Base Pair (1421:1577)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 31 31 22 0.71 0.92 0.96 1.88 0.96 0.98 -0.71 -0.73 0.00 0.54 860
3 17 15 12 0.75 0.94 0.97 1.92 0.97 0.99 0.10 0.07 0.01 0.71 484
B 1 2 1 0.67 0.43 0.98 1.41 0.98 1.00 1.32 1.25 0.00 0.74 264
A 5 2 2 0.57 0.62 0.90 1.52 0.90 1.00 -0.15 0.03 0.02 0.73 41
C 12 12 8 0.67 0.65 0.89 1.53 0.89 0.92 0.70 0.84 0.00 0.97 100
E 11 11 9 0.82 0.96 0.98 1.93 0.98 0.98 0.24 0.13 0.02 0.66 179
M 2 4 2 0.67 0.78 0.88 1.66 0.88 0.88 -0.32 -0.34 0.00 0.05 276
 
Base Pair (1422:1576)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 37 40 25 0.65 0.58 0.73 1.31 0.60 0.99 -0.73 -0.81 0.00 0.55 860
3 25 27 17 0.65 0.80 0.89 1.70 0.51 0.99 -0.05 0.02 0.00 0.72 484
B 6 11 4 0.47 0.53 0.93 1.46 0.13 1.00 0.86 0.73 0.00 0.74 264
A 5 4 4 0.89 0.94 0.97 1.91 0.97 1.00 -0.51 -0.55 0.00 0.76 41
C 7 7 4 0.57 0.79 0.94 1.73 0.94 0.99 1.02 0.96 0.00 0.97 100
E 14 12 9 0.69 0.87 0.95 1.82 0.95 0.99 0.61 0.71 0.00 0.68 179
M 5 6 4 0.73 0.67 0.80 1.47 0.80 0.80 -0.33 -0.35 0.01 0.06 276
 
Base Pair (1423:1575)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 46 39 33 0.78 0.86 0.92 1.78 0.92 0.98 -0.61 -0.63 0.01 0.56 859
3 34 30 24 0.75 0.80 0.92 1.72 0.92 0.98 0.35 0.22 0.02 0.73 483
B 16 14 11 0.73 0.96 0.98 1.94 0.98 0.99 0.53 0.37 0.03 0.74 263
A 6 3 1 0.22 0.62 0.81 1.42 0.81 1.00 0.50 0.97 0.00 1.00 41
C 8 8 7 0.88 0.77 0.97 1.74 0.97 0.98 1.45 1.35 0.00 0.97 100
E 12 13 12 0.96 0.62 0.85 1.47 0.85 0.98 0.68 0.41 0.00 0.68 179
M 4 1 2 0.80 0.83 0.90 1.73 0.90 0.95 -0.34 -0.37 0.01 0.06 276
 
Base Pair (1424:1574)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 28 26 20 0.74 0.83 0.95 1.78 0.95 0.97 -0.35 -0.44 0.01 0.56 860
3 19 18 14 0.76 0.88 0.96 1.84 0.96 0.98 0.67 0.35 0.03 0.74 484
B 9 8 7 0.82 0.87 0.97 1.83 0.97 0.98 1.26 0.66 0.05 0.76 264
A 3 3 3 1.00 0.92 0.98 1.89 0.98 1.00 0.86 0.91 0.00 1.00 41
C 6 4 2 0.40 0.18 0.00 0.18 0.91 0.94 1.52 1.63 0.00 0.97 100
E 7 7 4 0.57 0.84 0.95 1.79 0.95 0.98 0.65 0.58 0.00 0.67 179
M 3 4 4 1.00 0.75 0.86 1.61 0.86 0.86 -0.35 -0.38 0.01 0.07 276
 
Base Pair (1425:1573)   (Tertiary) Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 34 26 12 0.40 0.56 0.73 1.29 0.41 0.59 -0.73 -0.43 0.00 0.57 860
3 27 19 9 0.39 0.58 0.72 1.31 0.48 0.66 0.13 0.54 0.00 0.77 484
B 13 9 4 0.36 0.39 0.76 1.14 0.16 0.39 0.96 1.27 0.00 0.81 264
A 7 1 0 0.00 0.06 0.00 0.06 0.41 1.00 0.89 1.83 0.00 1.00 41
C 5 5 1 0.20 0.20 0.00 0.20 0.05 0.20 1.31 1.49 0.00 0.97 100
E 7 9 5 0.62 0.89 0.97 1.85 0.97 0.99 0.69 0.68 0.00 0.68 179
M 2 2 2 1.00 0.17 0.00 0.17 0.44 0.83 -0.31 -0.38 0.01 0.06 276
 
Base Pair (1429:1564)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 22 38 17 0.57 0.47 0.89 1.36 0.88 0.94 0.10 -0.15 0.00 0.58 860
3 14 29 11 0.51 0.43 0.88 1.31 0.86 0.93 1.46 1.03 0.00 0.77 484
B 7 13 6 0.60 0.52 0.92 1.45 0.92 0.99 1.59 1.30 0.00 0.81 264
A 0 2 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.85 0.93 1.83 1.35 0.00 1.00 41
C 4 5 3 0.67 0.89 0.99 1.88 0.99 0.99 1.49 1.44 0.00 0.97 100
E 7 14 5 0.48 0.41 0.82 1.23 0.77 0.83 1.26 0.75 0.00 0.68 179
M 4 4 3 0.75 0.82 0.91 1.72 0.91 0.95 -0.39 -0.35 0.01 0.07 276
 
Base Pair (1430:1563)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 43 32 17 0.45 0.43 0.68 1.11 0.72 0.98 -0.75 -0.52 0.00 0.58 860
3 30 25 14 0.51 0.55 0.80 1.35 0.69 0.98 0.43 0.68 0.00 0.77 484
B 10 9 3 0.32 0.80 0.92 1.72 0.66 1.00 0.77 0.89 0.00 0.81 264
A 2 3 2 0.80 0.78 0.95 1.73 0.95 1.00 1.13 1.04 0.00 1.00 41
C 11 4 1 0.13 0.45 0.79 1.24 0.79 0.97 0.94 1.32 0.00 0.97 100
E 18 13 9 0.58 0.40 0.69 1.09 0.69 0.95 0.62 0.79 0.00 0.68 179
M 2 3 2 0.80 0.71 0.91 1.62 0.91 1.00 -0.36 -0.32 0.01 0.07 276
 
Base Pair (1431:1562)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 26 19 12 0.53 0.81 0.93 1.74 0.93 0.99 -0.44 -0.41 0.00 0.58 860
3 20 16 10 0.56 0.83 0.93 1.75 0.93 0.99 0.50 0.56 0.00 0.77 484
B 6 6 3 0.50 0.94 0.99 1.93 0.99 1.00 1.35 1.35 0.00 0.81 264
A 3 2 4 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 0.53 0.53 0.00 1.00 41
C 2 1 1 0.67 0.67 0.99 1.66 0.99 1.00 1.71 1.76 0.00 0.95 100
E 11 8 3 0.32 0.58 0.81 1.39 0.81 0.98 0.40 0.81 0.00 0.68 179
M 4 2 1 0.33 0.50 0.76 1.26 0.76 0.95 -0.39 -0.34 0.01 0.07 276
 
Base Pair (1432:1561)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 28 33 17 0.56 0.70 0.89 1.59 0.74 0.97 -0.38 -0.48 0.00 0.57 860
3 19 25 12 0.55 0.71 0.88 1.60 0.69 0.97 0.59 0.53 0.01 0.76 484
B 10 10 6 0.60 0.91 0.97 1.88 0.72 0.99 0.93 0.87 0.00 0.81 264
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 1.00 1.62 2.00 0.00 1.00 41
C 5 4 3 0.67 0.73 0.97 1.70 0.97 0.97 1.44 1.44 0.00 0.97 100
E 9 15 6 0.50 0.49 0.79 1.28 0.79 0.92 0.57 0.58 0.02 0.65 179
M 4 4 2 0.50 0.67 0.81 1.48 0.81 0.91 -0.42 -0.37 0.01 0.07 276
 
Base Pair (1435:1557)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 40 40 24 0.60 0.40 0.73 1.13 0.73 0.85 -0.41 -0.55 0.00 0.56 860
3 34 33 18 0.54 0.38 0.69 1.06 0.69 0.82 0.64 0.43 0.00 0.77 484
B 20 19 15 0.77 0.72 0.89 1.61 0.89 0.91 0.57 0.51 0.00 0.81 264
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 1.00 41
C 6 7 6 0.92 0.58 0.95 1.53 0.95 0.96 1.34 1.13 0.00 0.95 100
E 14 14 3 0.21 0.61 0.75 1.36 0.75 0.82 0.36 0.70 0.00 0.68 179
M 0 0 0 0.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 -0.19 -0.12 0.01 0.02 276
 
Base Pair (1436:1556)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 27 37 11 0.34 0.19 0.00 0.19 0.64 0.85 -0.22 -0.49 0.00 0.56 860
3 19 29 8 0.33 0.18 0.00 0.18 0.70 0.83 1.00 0.71 0.00 0.77 484
B 8 17 4 0.32 0.16 0.00 0.16 0.71 0.92 1.52 0.65 0.00 0.81 264
A 0 1 0 0.00 0.50 0.98 1.48 0.98 1.00 1.83 1.72 0.00 1.00 41
C 7 7 2 0.29 0.05 0.00 0.05 0.35 0.98 1.05 0.81 0.00 0.95 100
E 11 11 4 0.36 0.54 0.84 1.38 0.84 0.93 0.95 0.78 0.00 0.68 178
M 1 1 1 1.00 0.50 0.60 1.10 0.40 0.60 -0.20 -0.14 0.01 0.02 276
 
Base Pair (1437:1555)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 48 43 24 0.53 0.54 0.68 1.22 0.68 0.86 -0.85 -0.83 0.00 0.56 858
3 39 35 18 0.49 0.53 0.62 1.15 0.62 0.84 0.05 0.10 0.01 0.76 482
B 25 19 12 0.55 0.72 0.81 1.53 0.81 0.91 0.04 0.14 0.00 0.81 263
A 5 6 4 0.73 0.65 0.83 1.48 0.83 0.83 0.95 0.42 0.00 1.00 41
C 9 8 6 0.71 0.75 0.95 1.70 0.95 0.96 0.85 0.90 0.00 0.95 100
E 9 10 2 0.21 0.50 0.79 1.28 0.77 0.88 0.53 0.65 0.00 0.67 177
M 0 0 0 0.00 1.00 1.00 2.00 0.25 1.00 -0.17 -0.11 0.01 0.01 276
 
Base Pair (1440:1551)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 53 48 14 0.28 0.36 0.55 0.91 0.51 0.84 -0.87 -0.75 0.01 0.51 859
3 42 34 8 0.21 0.42 0.61 1.03 0.50 0.88 -0.03 0.12 0.01 0.72 483
B 22 21 6 0.28 0.27 0.64 0.92 0.38 0.89 0.16 0.67 0.03 0.78 264
A 1 5 0 0.00 0.10 0.00 0.10 0.58 1.00 1.67 0.87 0.00 1.00 41
C 10 13 5 0.43 0.28 0.59 0.87 0.57 0.64 0.21 -0.32 0.09 0.73 100
E 19 8 2 0.15 0.71 0.82 1.52 0.82 0.97 -0.79 -0.64 0.02 0.14 179
M 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 0.67 0.67 -0.14 -0.10 0.01 0.01 276
 
Base Pair (1441:1550)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 42 57 19 0.38 0.45 0.62 1.07 0.57 0.68 -0.79 -0.79 0.01 0.54 860
3 25 41 13 0.39 0.52 0.68 1.20 0.59 0.68 0.11 0.10 0.01 0.74 484
B 18 32 11 0.44 0.59 0.76 1.36 0.76 0.92 0.37 0.13 0.01 0.80 264
A 1 2 0 0.00 0.75 0.95 1.70 0.95 0.98 1.19 1.19 0.00 1.00 41
C 17 15 6 0.38 0.29 0.48 0.77 0.48 0.67 0.44 0.07 0.00 0.95 100
E 6 7 2 0.31 0.61 0.78 1.38 0.57 0.62 0.43 -0.67 0.49 0.15 179
M 0 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.50 0.50 -0.12 -0.10 0.00 0.01 276
 
Base Pair (1442:1549)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 48 52 30 0.60 0.69 0.81 1.50 0.81 0.88 -0.80 -0.80 0.01 0.55 860
3 36 39 25 0.67 0.76 0.85 1.61 0.85 0.93 0.15 0.12 0.01 0.76 484
B 22 27 17 0.69 0.81 0.86 1.67 0.86 0.89 0.11 -0.01 0.00 0.81 264
A 4 4 4 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 0.68 0.68 0.00 1.00 41
C 12 12 5 0.42 0.44 0.57 1.01 0.57 0.61 -0.02 0.17 0.00 0.94 100
E 10 8 4 0.44 0.50 0.82 1.32 0.82 0.99 0.60 0.88 0.01 0.67 179
M 0 1 0 0.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 -0.11 -0.10 0.00 0.01 276
 
Base Pair (1443:1548)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 50 45 20 0.42 0.61 0.71 1.32 0.71 0.80 -0.75 -0.88 0.01 0.55 859
3 39 31 15 0.43 0.61 0.73 1.34 0.73 0.83 0.18 -0.01 0.01 0.76 483
B 20 16 9 0.50 0.58 0.70 1.28 0.70 0.74 0.13 -0.02 0.01 0.80 264
A 6 5 2 0.36 0.77 0.85 1.62 0.85 1.00 0.15 0.23 0.00 1.00 41
C 11 14 5 0.40 0.31 0.65 0.96 0.65 0.66 0.63 0.13 0.00 0.94 100
E 13 10 4 0.35 0.46 0.75 1.22 0.75 0.93 0.71 0.62 0.01 0.66 178
M 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.50 -0.12 -0.07 0.01 0.01 276
 
Base Pair (1444:1547)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 43 43 19 0.44 0.74 0.85 1.59 0.85 0.91 -0.58 -0.62 0.03 0.53 860
3 30 28 15 0.52 0.80 0.90 1.69 0.90 0.94 0.56 0.18 0.04 0.72 484
B 17 15 6 0.38 0.62 0.84 1.46 0.84 0.90 0.70 0.27 0.07 0.74 264
A 2 3 2 0.80 0.75 0.95 1.70 0.95 1.00 1.22 1.08 0.00 1.00 41
C 13 15 4 0.29 0.46 0.65 1.11 0.65 0.75 0.02 0.33 0.02 0.92 100
E 11 10 7 0.67 0.87 0.97 1.84 0.97 0.98 0.78 0.57 0.02 0.66 179
M 0 0 0 0.00 1.00 1.00 2.00 0.50 0.50 -0.12 -0.07 0.01 0.01 276
 
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