23S rRNA Model Base Pair Collective Scoring Data for Helical Element 1467

Base Pair (1467:1525)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 24 28 10 0.39 0.73 0.85 1.59 0.85 0.89 -0.78 -0.75 0.02 0.47 860
3 21 20 10 0.49 0.73 0.86 1.59 0.86 0.89 -0.17 -0.15 0.03 0.63 484
B 19 15 10 0.59 0.67 0.82 1.49 0.82 0.86 -0.24 0.03 0.00 0.73 264
A 0 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.29 -0.59 0.10 0.12 41
C 3 8 0 0.00 0.61 0.82 1.43 0.82 0.87 0.36 -0.09 0.01 0.84 100
E 2 4 0 0.00 0.36 0.94 1.30 0.94 0.97 1.61 0.72 0.09 0.59 179
M 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 -0.15 -0.03 0.02 0.00 276
 
Base Pair (1468:1524)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 46 35 8 0.20 0.25 0.38 0.63 0.38 0.57 -0.93 -0.79 0.01 0.52 861
3 40 27 7 0.21 0.21 0.37 0.59 0.34 0.56 -0.28 0.13 0.01 0.71 485
B 23 16 5 0.26 0.28 0.52 0.80 0.52 0.83 -0.17 0.17 0.00 0.74 264
A 4 3 2 0.57 0.65 0.81 1.46 0.35 0.43 -0.06 0.52 0.10 0.90 41
C 6 8 1 0.14 0.33 0.68 1.01 0.58 0.65 0.04 -0.09 0.00 0.85 100
E 13 8 0 0.00 0.21 0.50 0.71 0.10 0.20 0.50 0.39 0.02 0.65 180
M 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 -0.15 -0.03 0.02 0.00 276
 
Base Pair (1471:1520)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 29 30 12 0.41 0.55 0.75 1.29 0.51 0.97 -0.68 -0.63 0.01 0.52 861
3 21 21 6 0.29 0.63 0.80 1.43 0.53 0.98 0.08 0.16 0.01 0.72 485
B 10 10 3 0.30 0.10 0.00 0.10 0.21 0.97 0.75 0.79 0.00 0.73 264
A 3 4 1 0.29 0.67 0.81 1.47 0.58 0.98 0.87 0.55 0.00 1.00 41
C 8 9 6 0.71 0.04 0.00 0.04 0.40 0.92 0.50 0.29 0.04 0.86 100
E 8 7 2 0.27 0.88 0.97 1.84 0.97 0.98 0.55 0.71 0.01 0.66 180
M 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 -0.09 -0.03 0.01 0.00 276
 
Base Pair (1472:1519)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 41 39 32 0.80 0.87 0.94 1.81 0.94 0.98 -0.77 -0.74 0.01 0.52 861
3 32 30 24 0.77 0.89 0.94 1.83 0.94 0.99 -0.04 -0.06 0.01 0.72 485
B 13 13 9 0.69 0.90 0.96 1.86 0.96 0.98 0.23 0.24 0.00 0.74 264
A 3 2 2 0.80 0.83 0.98 1.81 0.98 1.00 1.19 1.35 0.00 1.00 41
C 9 9 8 0.89 0.77 0.92 1.70 0.92 0.96 0.07 0.18 0.03 0.87 100
E 16 15 13 0.84 0.80 0.91 1.71 0.91 1.00 0.16 0.45 0.01 0.66 180
M 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.09 -0.03 0.01 0.00 276
 
Base Pair (1473:1518)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 50 52 43 0.84 0.80 0.89 1.69 0.89 0.95 -0.77 -0.74 0.01 0.52 861
3 42 43 35 0.82 0.79 0.89 1.68 0.89 0.95 -0.05 -0.05 0.01 0.72 485
B 21 22 18 0.84 0.78 0.88 1.66 0.88 0.95 -0.22 -0.19 0.00 0.74 264
A 5 5 5 1.00 0.64 0.88 1.52 0.90 1.00 0.55 0.58 0.00 1.00 41
C 8 9 8 0.94 0.86 0.93 1.79 0.93 0.93 -0.09 0.06 0.03 0.87 100
E 16 16 12 0.75 0.68 0.90 1.58 0.90 0.94 0.54 0.62 0.01 0.66 180
M 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 -0.07 -0.03 0.01 0.00 276
 
Base Pair (1474:1517)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 44 37 16 0.40 0.42 0.54 0.96 0.63 0.85 -0.83 -0.81 0.01 0.52 861
3 39 26 15 0.46 0.54 0.64 1.19 0.64 0.84 -0.16 -0.17 0.01 0.72 485
B 20 10 4 0.27 0.59 0.70 1.29 0.53 0.75 -0.24 -0.24 0.00 0.74 264
A 4 1 0 0.00 0.35 0.58 0.93 0.58 0.90 0.46 1.02 0.00 1.00 41
C 5 11 1 0.12 0.26 0.57 0.83 0.57 0.90 0.31 0.26 0.03 0.87 100
E 15 15 11 0.73 0.74 0.85 1.59 0.85 0.97 -0.05 0.25 0.01 0.66 180
M 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 -0.10 -0.03 0.01 0.00 276
 
Base Pair (1478:1513)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 21 41 8 0.26 0.16 0.00 0.16 0.41 0.80 -0.51 -0.85 0.01 0.49 860
3 13 30 6 0.28 0.18 0.00 0.18 0.43 0.80 0.09 -0.33 0.02 0.67 484
B 6 16 4 0.36 0.14 0.00 0.14 0.34 0.90 0.85 0.06 0.01 0.73 263
A 0 4 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.61 0.88 1.38 1.16 0.00 1.00 41
C 8 11 2 0.21 0.11 0.00 0.11 0.33 0.81 0.59 -0.18 0.02 0.84 100
E 7 10 2 0.23 0.58 0.69 1.28 0.53 0.55 -0.43 -0.48 0.01 0.58 180
M 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 -0.10 -0.03 0.01 0.00 276
 
Base Pair (1479:1512)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 49 46 27 0.57 0.50 0.74 1.24 0.74 0.81 -0.77 -0.74 0.00 0.50 861
3 37 36 22 0.60 0.50 0.73 1.23 0.73 0.81 -0.25 -0.15 0.01 0.69 485
B 17 16 13 0.79 0.72 0.91 1.63 0.91 1.00 0.39 0.25 0.00 0.74 264
A 6 6 5 0.83 0.96 0.98 1.94 0.98 1.00 0.23 0.25 0.00 1.00 41
C 12 10 5 0.46 0.54 0.81 1.34 0.79 0.86 0.37 -0.02 0.00 0.84 100
E 14 14 4 0.29 0.28 0.43 0.71 0.47 0.57 -0.33 -0.28 0.01 0.62 180
M 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.09 -0.05 0.01 0.01 276
 
Base Pair (1480:1511)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 52 43 23 0.48 0.52 0.68 1.20 0.68 0.79 -0.87 -0.87 0.00 0.50 860
3 41 37 20 0.51 0.57 0.71 1.29 0.71 0.76 -0.25 -0.28 0.01 0.71 484
B 23 24 17 0.72 0.81 0.89 1.70 0.89 0.93 -0.36 -0.31 0.01 0.74 264
A 1 2 0 0.00 0.67 0.95 1.62 0.95 0.98 1.19 1.30 0.00 1.00 41
C 11 6 3 0.35 0.07 0.00 0.07 0.49 0.96 0.00 0.23 0.07 0.75 100
E 17 11 3 0.21 0.25 0.45 0.71 0.45 0.59 -0.28 -0.07 0.01 0.62 180
M 0 0 0 0.00 1.00 1.00 2.00 0.00 0.00 -0.10 -0.06 0.01 0.01 276
 
Base Pair (1481:1510)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 21 22 4 0.19 0.40 0.66 1.06 0.26 0.45 -0.83 -0.92 0.05 0.24 861
3 14 22 4 0.22 0.43 0.68 1.11 0.24 0.44 -0.64 -0.53 0.00 0.00 485
B 8 13 3 0.29 0.60 0.77 1.37 0.55 0.98 -0.44 -0.32 0.03 0.68 264
A 2 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.30 -0.23 0.00 0.00 41
C 7 0 0 0.00 0.50 0.82 1.32 0.64 0.64 -0.21 -0.46 0.00 0.00 100
E 4 9 1 0.15 0.61 0.78 1.39 0.78 0.86 -0.27 -0.08 0.01 0.61 179
M 0 0 0 0.00 1.00 1.00 2.00 0.00 0.50 -0.10 -0.06 0.00 0.00 276
 
Base Pair (1482:1507)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 35 48 18 0.43 0.50 0.65 1.15 0.65 0.74 -0.90 -0.95 0.02 0.39 861
3 26 45 17 0.48 0.51 0.66 1.17 0.66 0.75 -0.50 -0.35 0.05 0.62 485
B 12 30 7 0.33 0.56 0.70 1.26 0.37 0.52 -0.74 -0.41 0.41 0.32 264
A 5 5 5 1.00 0.84 0.93 1.77 0.93 0.98 0.52 0.32 0.00 1.00 41
C 9 3 1 0.17 0.31 0.44 0.74 0.31 0.50 -0.20 -0.60 0.52 0.15 100
E 9 10 5 0.53 0.57 0.91 1.48 0.91 0.91 0.83 1.03 0.01 0.66 180
M 0 0 0 0.00 0.50 0.67 1.17 0.67 0.67 -0.10 -0.08 0.00 0.01 276
 
Base Pair (1483:1506)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 42 39 14 0.35 0.46 0.63 1.08 0.63 0.75 -0.72 -0.88 0.02 0.49 861
3 30 36 13 0.39 0.54 0.70 1.24 0.70 0.83 0.02 -0.21 0.01 0.72 485
B 17 24 8 0.39 0.44 0.79 1.23 0.79 0.90 0.23 -0.09 0.04 0.68 264
A 5 3 2 0.50 0.78 0.88 1.66 0.54 0.98 0.64 0.87 0.00 1.00 41
C 12 3 1 0.13 0.25 0.79 1.04 0.03 0.14 -0.17 -0.37 0.15 0.56 100
E 8 9 3 0.35 0.69 0.87 1.56 0.87 0.97 0.18 0.35 0.01 0.66 180
M 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.33 0.33 -0.10 -0.07 0.00 0.01 276
 
Base Pair (1484:1505)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 45 56 33 0.65 0.42 0.53 0.95 0.53 0.68 -0.81 -0.93 0.01 0.52 860
3 36 43 27 0.68 0.49 0.60 1.10 0.60 0.77 -0.03 -0.21 0.01 0.73 484
B 29 30 24 0.81 0.87 0.91 1.78 0.91 0.99 -0.31 -0.36 0.00 0.74 264
A 1 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 1.83 2.00 0.00 1.00 41
C 9 13 6 0.55 0.33 0.79 1.12 0.08 0.13 0.06 0.05 0.07 0.73 100
E 6 13 3 0.32 0.67 0.91 1.58 0.91 0.98 0.72 0.57 0.01 0.66 180
M 0 0 0 0.00 1.00 1.00 2.00 0.33 0.33 -0.08 -0.08 0.00 0.01 276
 
Base Pair (1485:1504)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 48 56 24 0.46 0.19 0.00 0.19 0.49 0.62 -0.68 -0.86 0.00 0.53 861
3 34 44 20 0.51 0.20 0.41 0.61 0.52 0.60 0.12 -0.09 0.00 0.73 485
B 27 32 17 0.58 0.86 0.91 1.76 0.91 0.97 -0.28 -0.34 0.00 0.74 264
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 2.00 2.00 0.00 1.00 41
C 14 12 4 0.31 0.16 0.00 0.16 0.36 0.73 -0.07 -0.01 0.00 0.86 100
E 7 12 3 0.32 0.28 0.71 0.99 0.13 0.72 0.78 0.50 0.00 0.66 179
M 0 0 0 0.00 1.00 1.00 2.00 0.33 0.67 -0.08 -0.08 0.00 0.01 276
 
Base Pair (1486:1503)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 46 53 29 0.59 0.31 0.50 0.82 0.50 0.58 -0.68 -0.85 0.00 0.53 861
3 35 42 23 0.60 0.26 0.46 0.72 0.46 0.52 0.07 -0.14 0.00 0.73 485
B 28 34 22 0.71 0.78 0.87 1.64 0.87 0.97 -0.28 -0.23 0.00 0.74 264
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 2.00 2.00 0.00 1.00 41
C 11 11 6 0.55 0.32 0.71 1.03 0.71 0.86 0.23 0.34 0.02 0.88 100
E 7 8 1 0.13 0.20 0.00 0.20 0.04 0.05 1.07 0.29 0.01 0.65 180
M 0 0 0 0.00 1.00 1.00 2.00 0.33 0.33 -0.07 -0.07 0.00 0.01 276
 
Base Pair (1487:1502)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 32 43 22 0.59 0.37 0.53 0.90 0.55 0.59 -0.76 -0.83 0.00 0.53 860
3 24 31 19 0.69 0.30 0.52 0.82 0.50 0.52 0.01 -0.04 0.00 0.73 485
B 20 22 16 0.76 0.86 0.91 1.76 0.91 0.95 -0.35 -0.35 0.00 0.74 264
A 1 1 1 1.00 0.57 0.93 1.50 0.00 0.00 1.34 1.17 0.00 1.00 41
C 8 12 3 0.30 0.54 0.82 1.36 0.82 0.95 0.54 0.15 0.01 0.86 99
E 3 8 2 0.36 0.25 0.79 1.04 0.06 0.07 0.98 0.94 0.00 0.66 180
M 0 0 0 0.00 0.50 0.67 1.17 0.33 0.33 -0.07 -0.07 0.00 0.01 276
 
Base Pair (1488:1501)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 43 34 21 0.55 0.50 0.63 1.13 0.48 0.79 -0.86 -0.73 0.01 0.52 861
3 30 20 13 0.52 0.47 0.64 1.11 0.40 0.76 -0.23 0.15 0.01 0.71 485
B 17 16 13 0.79 0.65 0.76 1.41 0.71 0.99 -0.28 -0.07 0.00 0.74 264
A 4 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.53 0.17 1.34 0.17 0.83 41
C 13 14 8 0.59 0.79 0.87 1.66 0.87 0.91 -0.26 -0.27 0.01 0.89 100
E 9 3 0 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.64 0.30 1.51 0.01 0.65 180
M 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.33 0.67 -0.07 -0.08 0.00 0.01 276
 
Base Pair (1489:1500)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 35 23 13 0.45 0.28 0.54 0.82 0.53 0.93 -0.76 -0.66 0.00 0.53 861
3 27 13 6 0.30 0.31 0.60 0.91 0.47 0.92 -0.06 0.33 0.01 0.73 485
B 14 5 3 0.32 0.23 0.76 0.99 0.29 0.97 0.30 0.81 0.00 0.74 263
A 3 3 2 0.67 0.50 0.83 1.33 0.83 1.00 1.19 0.87 0.00 1.00 41
C 8 10 7 0.78 0.56 0.84 1.40 0.84 0.99 0.30 0.11 0.00 0.89 100
E 10 5 1 0.13 0.81 0.92 1.74 0.92 0.97 0.28 0.31 0.02 0.64 180
M 0 0 0 0.00 1.00 1.00 2.00 0.00 0.00 -0.08 -0.08 0.00 0.01 276
 
Base Pair (1491:1499)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 21 23 18 0.82 0.89 0.96 1.85 0.96 0.97 -0.57 -0.58 0.00 0.53 861
3 14 15 12 0.83 0.86 0.96 1.82 0.96 0.97 0.58 0.54 0.00 0.73 485
B 2 2 1 0.50 0.75 1.00 1.75 1.00 1.00 1.31 1.31 0.00 0.74 264
A 3 3 3 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.54 1.54 0.00 1.00 41
C 7 8 6 0.80 0.91 0.98 1.88 0.98 0.98 0.43 0.39 0.00 0.89 100
E 9 10 8 0.84 0.84 0.93 1.77 0.93 0.94 0.33 0.33 0.00 0.67 180
M 0 0 0 0.00 0.50 0.67 1.17 0.00 0.00 -0.07 -0.08 0.00 0.01 276
 
Base Pair (1492:1498)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 15 25 13 0.65 0.55 0.87 1.43 0.87 0.92 -0.33 -0.41 0.00 0.53 861
3 13 19 12 0.75 0.66 0.91 1.57 0.91 0.96 0.53 0.56 0.00 0.73 485
B 3 6 3 0.67 0.79 0.97 1.77 0.88 0.97 0.98 0.85 0.00 0.74 264
A 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.83 1.83 0.00 1.00 41
C 2 6 1 0.25 0.14 0.00 0.14 0.73 0.74 1.11 0.51 0.00 0.89 100
E 9 12 8 0.76 0.74 0.93 1.67 0.93 0.94 0.53 0.63 0.00 0.67 180
M 0 0 0 0.00 0.50 0.67 1.17 0.00 0.67 -0.07 -0.08 0.00 0.01 276
 
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